Лекция (11) (1157667), страница 2

Просмтор этого файла доступен только зарегистрированным пользователям. Но у нас супер быстрая регистрация: достаточно только электронной почты!

Текст из файла (страница 2)

Отсюда жерассчитывают набор {Fhklвыч.}Модельный пример:вещество Х, a =..., b=..., c=...,o Z=..., группа Pmm2,5 атомов в независимой части ячейкиКристаллическая структура Хатомx/ay/bz/cBизо(или Bij)A(1) ........................................................A(2) ........................................................B .............................................................C .............................................................D .............................................................Текстовый файл name.hklh k0 -10 -30 -40 -50 -60 -70 -80 -90 -100 -110 -120 -130 -140 -150 -160 -170 -180 -190 -200 -210 -220 -23l интенс. фон0 0.10 0.100 -0.80 1.100 2326.90 25.700 2.40 2.300 2.20 2.900 0.70 2.900 932.00 21.000 3.60 3.800 1275.30 25.600 8.30 3.800 1392.50 26.700 7.50 3.500 256.80 14.100 17.80 6.000 1457.90 35.900 29.80 7.800 665.50 26.800 33.20 8.300 768.40 29.900 22.00 7.200 424.50 21.100 5.50 4.80Текстовый файл name.insTITL vas3 in Iba2CELL 0.71073 11.6820 34.4430 7.097090.000 90.000 90.000ZERR 8.00 0.0112 0.0297 0.01070.000 0.000 0.000LATT -2SYMM -X, -Y, ZSYMM 0.5+X, 0.5-Y, ZSYMM 0.5-X, 0.5+Y, ZSFAC C H O CLUNIT 112 80 24 32TEMP -100Место для координат атомов и другойструктурной информацииx/a y/b z/cUij …--------- --- --ENDПрограмма Olex: расшифровка и уточнение структур в РСАсинтез Фурье с пробными Fhklизотропное приближение, R=11.65%позиции атомовЭтапы расшифровки иуточнения структурыпо программе Olex 2анизотропное приближение, R=6.7%некоторые из максимумовв разностном ряде Фурье– это позиции атомов Нэлвведены атомы Н, R=6.38%кристаллическаяструктура найдена,ее уточнение МНКзавершеноПредставление данных РСА в химической статье1.

параметры ячейки, пр. группа, кол-во I(hkl), Z, R-фактор2. краткое описание исследования структуры3. краткое обсуждение структуры4. основные длины связей и валентные углы5. координаты атомов в ячейке(депонируются в банке данных)6. рисунок молекулы или (и)проекции элементарной ячейкимолекула глицил-глицинаH2NCH2C(O)−NHCH2COOHКоординаты атомов x/a, y/b, z/c в ячейкеи их температурные параметрыСовременная форма: crystallography information file (*.cif)Полная информация о кристаллической структуре:crystallography information file (*.cif)'International Tables Vol C Tables 4.2.6.8 and6.1.1.4'c_symmetry_cell_settingMonoclinic_symmetry_space_group_name_H-M 'P21/n'_symmetry_space_group_name_Hall '-P 2yn'loop__symmetry_equiv_pos_as_xyz'x, y, z''-x+1/2, y+1/2, -z+1/2''-x, -y, -z''x-1/2, -y-1/2, z-1/2'_cell_length_a_cell_length_b_cell_length_c_cell_angle_alpha_cell_angle_beta_cell_angle_gamma_cell_volume_cell_formula_units_ZbaC16S83.86640(10)16.5115(2)11.1393(2)90.0094.0035(8)90.00709.40(2)2Положения атомов в элементарной ячейке кристалла:фракционные координаты в симметрически независимой части ячейкиV.G.Nenajdenko, et al., Angew.

Chem. Int. Ed., 2006, 45, 7367:cloop__atom_site_label_atom_site_type_symbol_atom_site_fract_x_atom_site_fract_y_atom_site_fract_z_...x/ay/bS1 S 0.94498(5)S2 S 0.82094(5)S3 S 0.50706(6)S4 S 0.18694(5)C1 C 0.68218(19)C2 C 0.68130(19)C3 C 0.57806(19)C4 C 0.42654(19)C5 C 0.8172(2)C6 C 0.8147(2)C7 C 0.6376(2)C8 C 0.3728(2)0.271159(11)0.302381(11)0.448621(12)0.626066(12)0.41603(4)0.39919(4)0.44130(4)0.51790(4)0.35326(4)0.32353(4)0.39732(4)0.53106(4)S3z/cS2S4-0.058458(17)0.220396(17) aS10.372048(17)0.305399(17)-0.08675(6)0.03801(6)0.14081(6)Программы визуализации0.16133(6)cтруктур-0.15073(7)1. Diamond (неорганика)0.06676(7)2.

Mercury (молекулярные0.24550(7)кристаллы)0.28098(6)b.

Характеристики

Список файлов лекций