Главная » Просмотр файлов » Диссертация

Диссертация (1097599), страница 22

Файл №1097599 Диссертация (Компьютерные методы системной биологии в персонализированной лекарственной онкотерапии) 22 страницаДиссертация (1097599) страница 222019-03-13СтудИзба
Просмтор этого файла доступен только зарегистрированным пользователям. Но у нас супер быстрая регистрация: достаточно только электронной почты!

Текст из файла (страница 22)

Как показали расчеты, действие BEZ-235 соединяет в себе основныесвойства ингибиторов mTOR1 и PI3K. BEZ-235 оказывает существенноеингибирующее действие на основные субстраты mTOR1 комплекса: S6K1 и4EBP1. При его действии не происходит дополнительной активации AKTсигнала, механизмы которой обсуждались выше. Ингибирование PI3K (Kd=1.6нМ) и комплекса mTOR2 (Kd=0.56 нМ) при действии BEZ-235 предотвращаетактивацию AKT и приводит к эффективному подавлению pAKT сигнала.С целью исследования корреляции между ингибирующим действиемлекарственных препаратов на сигнальные пути и рост клеточных популяцийраковых клеток был проведен анализ экспериментальных данных поингибированию роста PE04 и A2780 клеток (Рис.

6-8А). Согласно результатам145анализа экспериментальных данных полученных коллабораторами проекта вЦентре Исследования Рака Эдинбургского Университета, клетки A2780обладают более высокой скоростью роста по сравнению с PE04 клетками (0.791/сут. и 0.27 1/сут). Это связано с частичной потерей активности PTEN гена вA2780 клетках, что приводит к повышенной активности AKT, S6K1 и 4E-BP1киназ, которые подавляют апоптоз клеток и активируют трансляции многихбелков, повышая тем самым скорость пролиферацию клеток. Для оценкивлияния данных лекарств на скорость роста PE04 и A2780 клеток былипроведены расчеты относительного изменения скорости роста клеток = (0 − )/0 , где 0 и - скорости роста клеток в отсутствии и присутствии ЛП.Расчеты покали, что относительные изменение рост клеток при действииданных лекарства на PE04 и A2780 клетки различаются несущественно (Рис.18Б).

Анализ экспериментальных результатов также показал, что ингибитордвойного действия BEZ-235 оказывает наибольший ингибирующий эффект нарост как PE04, так и A2780 клеток по сравнению с другими рассмотреннымиингибиторами.Рис. 6-8. Экспериментальные результаты по ингибированию количества клеток(А) и относительного изменения скорости роста  (Б) в популяции PE04 и A2780опухолевых клеток при действии ЛП, рапамицина, L294002 и BEZ235.146Учитывая высокую степень резистентности многих линий раковых клетокк рапамицину в работе анализируется предложенные в клиническихисследованиях биомаркеры чувствительности к рапамицину, такие какдополнительная активация AKT при его действии и мутации PTEN гена.

Исходяиз полученных экспериментальных данных (Рис. 18) можно заключить, что, хотяA2780 клетки с PTEN мутацией проявляют повышенную чувствительность крапамицину (90% ингибирование роста клеточной популяции) по сравнению сPE04 клетками (30%), относительная степень ингибирования скорости роста, ,в этих клеточных линиях почти одинакова (50% и 57% для PE04 и A2780 клеток,соответственно). Также показано, что дополнительная активация AKT приполной делеции PTEN гена не может служить биомаркером эффективностирапамицина, т.к.

указанная активация исчезает при полной потере активностиPTEN.Также в работе проанализировано влияние ингибирования различныхсигнальных белков на подавлении роста раковых клеток. Учитывая, что mTOR1ингибитор, рапамицин, приводит не к ингибированию, а к дополнительнойактивации рAKT сигнала в PE04 и A2780 клетках, в работе делается вывод, чтоосновным механизмом ингибирования роста популяций PE04 и A2780опухолевых клеток является подавление активации субстратов mTOR1, S6K1 и4E-BP1 киназ, которые регулирует процессы трансляции многих белков,обеспечивающих пролиферацию клеток.

Ингибитор двойного действия BEZ-235оказывает наибольший ингибирующий эффект за счет ингибирования S6K1 и4E-BP1 киназ и подавления дополнительной активации AKT в результатеослабления обратной связи в сигнальном пути.147Глава7.Влияниелекарственныхпрепаратовнарегуляциюантиокислительной системы в раковых клеткахВ данной главе приводятся результаты моделирования клеточной системырегуляции антиокислительного ответа клетки при действии ингибиторовклеточных рецепторов. Цель работы заключалась в исследовании влиянияингибирования выходных сигналов pAKT и pERK на антиокислительнуюсистему (АОС) клетки, которая находится под контролем фактора транскрипцииNRF2.

В рамках разработанной модели учтено, что в возрастание pERK сигналаприводит к увеличению экспрессии NRF2 за счет фосфорилирования факторатранскрипции киназой pERK (см. описание четвертой главы).ВозрастаниеpAKT сигнала, в свою очередь, приводит к ингибированию деградации NRF2 засчет инактивации киназы GSK3 при ее фосфорилировании киназой pAKT (см.главу 2).

При ингибировании pAKT и pERK сигналов в результате действияингибиторов рецепторов происходит понижение уровня NRF2 и, как следствие,снижение активности антиокислительной системы клетки, приводящее квозрастанию концентрации активного кислорода и перекиси водорода H2O2 вклетке. С целью исследования механизма регуляции АО ответа раковых клетокна действие рецепторных ингибиторов была развита модель NRF2 сигнальнойсистемы, контролирующей АО ответ в клеточных линиях рака яичников.Развитая модель включает в себя 3 системы: сенсорную, генетическую иферментативную антиокислительную системы, которые связаны между собойпетлей отрицательной связи регуляции (Рис. 7-1). Сенсорная система включает вформирование комплекса NRF2-KEAP1, окисление KEAP1 в результатедействия H2O2 и, приводящее к деградация NRF2.регуляциивключаетдиффузиюNRF2вядроГенетическая системаклетки,формированиеактивационного и репрессорного факторов транскрипции в результатеформирования комплексов NRF2-MAF и MAF-MAF, их связывание с ARE148сайтами DNA, активация и репрессия экспрессии NRF2-зависимых ферментовАОС.

В модели антиокислительная система клетки включает следующие белки,регулирующиеокислительно-восстановительногопотенциалаклетки:тиоредоксин перексидазу, тиоредоксин, тиоредоксин редуктаза, глутатионперексидазу, глутатион и глутатион редуктаза. Отрицательная обратная связьформируется за счет восстановления окисленного белка KEAP1 ферментамиРис. 7-1.

Схема модели NRF2- KEAP-сигнальной системы, контролирующейокислительно-восстановительного баланс клетки.АОС, приводящего к диссоциации комплекса NRF2-KEAP1 и накоплению NRF2в цитоплазме.Полная модель NRF2- KEAP-сигнальной системы приведена вПриложении 3.Развитая модель была применена к описанию функционирования NRF2зависимой сигнальной системы в следующих раковых клетках яичниковOVCAR3, OVCAR4, PEO1, PEO4, PEO6 и SKOV3 с различным уровнемэкспрессии NRF2 и KEAP1 белков [5]. Экспериментальные работы по проверкетеоретических расчетов были проведены коллаборатором проекта в Абертей149Университете.

Результаты моделирования сенсорной NRF2-KEAP1 системыприведены на Рис. 7-2А, где показано деградация NRF2 в результате окисленияKEAP1 в 7 клеточных линиях при отсутствии генетической регуляции придействии CHX. Результаты моделирования антиоксидантной системы клеткиприведены на Рис. 7-2Б, где показана кинетика деградации H2O2 ферментамиАОС. Видно, начальной стадии деградации H2O2 сопровождается увеличениемэкспрессии тиоредоксин перексидазы (Pxtot) и ее окислением (Pxox).

Модельантиоксидантной системы раковых клеток была опубликована в работах [3, 8, 9]из списка публикаций по теме диссертации.Рис. 7-2. (А) Функционирование сенсорной NRF2-KEAP1 системы: деградацияNRF2 в результате окисления комплекса NRF2-KEAP1 при действииэндоклеточной H2O2для клеточных линий с различным соотношениемNRF2/KEAP1: HaCaT (), PEO1 (PEO4 ().

Точки – соответствующие экспериментальныеданные.), OVCAR4 (), SKOV3 (), PEO6 (), OVCAR3 (),(Б) Функционирование антиоксидантой системы: кинетикадеградация экзоклеточной H2O2 (черная линия), восстановленной Pxred(фиолетовая линия), окисленного фермента Pxox (синия линия) пероксидазыпри добавлении в систему 5 M H2O2 в нулевой момент времени. Точки –экспериментальные данные для HaCaT ( ) и OVCAR3 ( ) клеток.Для учета генетической регуляции развита кинетическая модельэкспрессию NRF2-зависимых белков АОС.

Модель включает следующие ОДУ,150описывающие кинетику формирования активационного NRF2-MAF факторовтранскрипции за счет образования комплекса NRF2 с белком MAF ирепрессорного факторов транскрипции MAF-MAF, а также их связывание с AREсайтом DNA, NRF2-MAF-ARE и MAF-MAF-ARE:_= 1 ( ∙ − 1 _)2_= 2 ( ∙ 2 − 2 2_ )2__= 3 (2_ ∙ − 2 ∙ 2__)__= 4 (_ ∙ − 2 ∙ __)Расчеты были выполнены с экспериментальными значениями константскоростей реакций и констант диссоциации 2 для активационного ирепрессорного комплексов и их связывания с промотерными сайтами(Yamamotoet al., 2006).

Расчеты показали, что при возрастании концентрации NRF2 в ядреклетки в результате повышения уровня H2O2 нарушается баланс междуактивационным и репрессорным комплексами факторов транскрипции, чтоприводит к увеличению экспрессии ферментов антиоксидантной системы клетки(Рис. 7-3).На основе разработанной модели была рассчитана регуляторнаяхарактеристика NRF2-KEAP1 сигнальной системы: зависимость NRF2 отвнутриклеточного уровня H2O2. При низких концентрациях H2O2 деградацииNRF2 в комплексе NRF2-KEAP1 приводит к низкому уровню NRF2.

Привозрастании внутриклеточного концентрации H2O2 регуляторная кривая имеетгистнерезистной характер, что соответствует функционированию сенсорной ирегуляторной систем. В этой области концентраций H2O2 в клетке происходитнакопление фактора транскрипции NRF2, формирование в ядре активационногокомплекса NRF2-MAF и инициация транскрипции ферментов АОС клетки.Механизм регуляции отключается при достижении максимальной концентрацииNRF2, обеспечивающий максимальный синтез ферментов антиоксидантной151системы клетки.

Дальнейшее увеличение внутриклеточного уровня H2O2 невызывает АО ответа клетки, что приводит к окислительному стрессу.Рис. 7-3. Функционирование генетической подсистемы регуляции NRF2сигнальной системы: зависимость концентрации активаторного NRF2-MAF() и репрессорного MAF-MAF () комплексов с ARE сайтами DNA.Приведенные данные для H2O2 концентрации для ряда клеточных линийрака яичников на Рис. 7-4 показывают, что многие раковые клетки находятся внеобласти регуляции NRF2 АО системы (PE01, PE06 и SKOV3). Это предполагает,что многие раковые клетки находятся под окислительным стрессом.

Данныерезультаты моделирования был проверены в экспериментах по индуцированиюокислительного стресса в раковых клетках и результаты опубликованы в работах[3,8,9] из списка публикаций по теме диссертации.152Рис. 7-4. Регуляторная кривая NRF2 сигнальной системы: зависимостьконцентрации NRF2 в клетке () и ядре () от внутриклеточного уровняH2O2. Точки – экспериментальные данные для 7 клеточных линий ракаяичников.

Характеристики

Список файлов диссертации

Свежие статьи
Популярно сейчас
Как Вы думаете, сколько людей до Вас делали точно такое же задание? 99% студентов выполняют точно такие же задания, как и их предшественники год назад. Найдите нужный учебный материал на СтудИзбе!
Ответы на популярные вопросы
Да! Наши авторы собирают и выкладывают те работы, которые сдаются в Вашем учебном заведении ежегодно и уже проверены преподавателями.
Да! У нас любой человек может выложить любую учебную работу и зарабатывать на её продажах! Но каждый учебный материал публикуется только после тщательной проверки администрацией.
Вернём деньги! А если быть более точными, то автору даётся немного времени на исправление, а если не исправит или выйдет время, то вернём деньги в полном объёме!
Да! На равне с готовыми студенческими работами у нас продаются услуги. Цены на услуги видны сразу, то есть Вам нужно только указать параметры и сразу можно оплачивать.
Отзывы студентов
Ставлю 10/10
Все нравится, очень удобный сайт, помогает в учебе. Кроме этого, можно заработать самому, выставляя готовые учебные материалы на продажу здесь. Рейтинги и отзывы на преподавателей очень помогают сориентироваться в начале нового семестра. Спасибо за такую функцию. Ставлю максимальную оценку.
Лучшая платформа для успешной сдачи сессии
Познакомился со СтудИзбой благодаря своему другу, очень нравится интерфейс, количество доступных файлов, цена, в общем, все прекрасно. Даже сам продаю какие-то свои работы.
Студизба ван лав ❤
Очень офигенный сайт для студентов. Много полезных учебных материалов. Пользуюсь студизбой с октября 2021 года. Серьёзных нареканий нет. Хотелось бы, что бы ввели подписочную модель и сделали материалы дешевле 300 рублей в рамках подписки бесплатными.
Отличный сайт
Лично меня всё устраивает - и покупка, и продажа; и цены, и возможность предпросмотра куска файла, и обилие бесплатных файлов (в подборках по авторам, читай, ВУЗам и факультетам). Есть определённые баги, но всё решаемо, да и администраторы реагируют в течение суток.
Маленький отзыв о большом помощнике!
Студизба спасает в те моменты, когда сроки горят, а работ накопилось достаточно. Довольно удобный сайт с простой навигацией и огромным количеством материалов.
Студ. Изба как крупнейший сборник работ для студентов
Тут дофига бывает всего полезного. Печально, что бывают предметы по которым даже одного бесплатного решения нет, но это скорее вопрос к студентам. В остальном всё здорово.
Спасательный островок
Если уже не успеваешь разобраться или застрял на каком-то задание поможет тебе быстро и недорого решить твою проблему.
Всё и так отлично
Всё очень удобно. Особенно круто, что есть система бонусов и можно выводить остатки денег. Очень много качественных бесплатных файлов.
Отзыв о системе "Студизба"
Отличная платформа для распространения работ, востребованных студентами. Хорошо налаженная и качественная работа сайта, огромная база заданий и аудитория.
Отличный помощник
Отличный сайт с кучей полезных файлов, позволяющий найти много методичек / учебников / отзывов о вузах и преподователях.
Отлично помогает студентам в любой момент для решения трудных и незамедлительных задач
Хотелось бы больше конкретной информации о преподавателях. А так в принципе хороший сайт, всегда им пользуюсь и ни разу не было желания прекратить. Хороший сайт для помощи студентам, удобный и приятный интерфейс. Из недостатков можно выделить только отсутствия небольшого количества файлов.
Спасибо за шикарный сайт
Великолепный сайт на котором студент за не большие деньги может найти помощь с дз, проектами курсовыми, лабораторными, а также узнать отзывы на преподавателей и бесплатно скачать пособия.
Популярные преподаватели
Добавляйте материалы
и зарабатывайте!
Продажи идут автоматически
6510
Авторов
на СтудИзбе
302
Средний доход
с одного платного файла
Обучение Подробнее