Диссертация (1097599), страница 24

Просмтор этого файла доступен только зарегистрированным пользователям. Но у нас супер быстрая регистрация: достаточно только электронной почты!

Текст из файла (страница 24)

(S8) приконцентрации ингибитора равной величине его 50 , можно получить161 10= (1 +).0 20Подставляя полученное выражение в ур. (S9), получаем окончательнозависимость величины 50 от начальной концентрации 0500 (− 0 )= ,−1 .012 ( (1 +20 ))()Это уравнение позволяет рассчитывать значение50 , используя толькоизмерения концентраций ATP(ADP) в момент времени t=tm при отсутствииингибитора 0 .Оценка доверительных интервалов кинетических параметров ферментовметодом бутстрепингаСтандартныеошибкиидоверительныеинтервалыкинетическихпараметров, полученные при фиттировани экспериментальных данных, былиоценены методом бутстрепинга (Draper & Smith, 2014; Efron & Tibshirani, 1994).В методе бутстрепига использована процедура ресамлинга для n остатков = − ,где и – вектора экспериментальных данных и теоретическихзначений, полученных в результате наилучшего описания экспериментальныхданных; e – вектор остатков размерности N, равной числу экспериментальныхточек.

Процедура ресамплинга состоит в построении бутстреп-векторов остатков∗ , где каждый элемент выбирается из элементов вектора остатков свероятностью 1/n. На следующем шаге процедуры модель фиттируется понабору точек, полученному при процедуре бутстрепинга:∗,= + ∗162В результате фиттигна определяются M наборов для оценки кинетическихпараметров .В качестве оценки кинетических параметров были использованымедианы M бутстреп-наборов оценок параметра , полученных в процедурефиттигна.Вкачестведоверительногоинтервалабылирассчитаныпроцентильный доверительный интервал (, ; , , где , и , ааметра 2.5 и 97.5 процентали для распределения параметра , полученного в процедуребутстрепинга (Efron & Tibshirani, 1994).

Также были рассчитаны средниезначения ̅ на основе M бутстреп-наборов и 95% доверительный интервал(̅ − 1.96 ∙ ; ̅ + 1.96 ∙ ), где – оценка стандартной ошибки среднегозначения кинетического параметра ̅ , полученного в процедуре бутстрапинга1/22 = (∑( − ̅ ) /( − 1))=1.163Приложение 2. Биоинформационный анализ экспрессиигеновТаблица П2-1. Результаты анализа экспрессии генов при активации клетокHRG. Приведены гены со статистически значимым изменением экспрессииотносительно контроля (p<0.05)ILMN_GENEPROBE_IDCTGFILMN_2115125FoldChange19.86FOS*ILMN_166952318.103.8E-05CTGFILMN_169982917.688.1E-06RASD1ILMN_174042616.670.0001FOSBILMN_175160712.840.004EGR2ILMN_174319912.662.1E-05CYR61ILMN_218826411.081.2E-05JUN*ILMN_18060236.620.0005KLF2ILMN_17359305.910.0003EGR1ILMN_17628995.750.003ZFP36ILMN_17208294.480.0002JUNBILMN_20860773.893.9E-05NR4A3ILMN_17818123.730.0009DUSP1*ILMN_17812853.461.3E-05EGR4ILMN_17640522.810.01HS.543887ILMN_18193842.780.002IER2ILMN_17005842.371.6E-06TAGLNILMN_17786682.350.01EGR3ILMN_17227812.260.001EDN1ILMN_16827752.237.1E-06KLF6ILMN_17350142.210.0009SNF1LKILMN_17176392.130.006PPP1R15AILMN_16599362.070.002AXUD1ILMN_17031232.030.0009DUSP5*ILMN_16565012.010.013MYADMILMN_23088492.000.001DUSP2*ILMN_17129591.970.0004SERTAD1ILMN_17940171.940.0002HS.446286ILMN_18220041.880.0009ATF3ILMN_23748651.840.003IER3ILMN_16827171.824.3E-05NCOA7ILMN_16877681.820.0003FOXC1ILMN_17384011.820.03KLF6ILMN_17374061.800.04SRFILMN_18033981.730.005RPPH1ILMN_17040561.690.0025C14ORF28ILMN_18070311.620.0003DDIT3ILMN_16769841.560.004TPM1ILMN_22781521.550.002CBX4ILMN_17241451.540.005t-test1.3E-07164RND1ILMN_16518381.510.00015TPM1ILMN_16853391.500.01MYC*ILMN_16806181.490.006HS.570343ILMN_19022511.490.02ZFP36L2ILMN_21502581.480.04SLC25A25ILMN_17917281.489.9E-05GDF15ILMN_21888621.460.005FAM46BILMN_18080111.450.02MSX1ILMN_17773971.400.0001DNAJB1ILMN_17753040.0003ILMN_GENEPROBE_IDDCDC5ILMN_22096711.39FoldChange1.39GLTSCR1ILMN_17828291.380.02PUF60ILMN_17794041.380.0SERTAD3ILMN_18019341.370.0007TSKUILMN_18014431.360.01ZC3H12AILMN_16722951.360.0005CKS2ILMN_17563261.360.01CCNL1ILMN_20947761.350.00ADMILMN_17089341.350.03HNRPDLILMN_16534321.340.008LOC387763ILMN_16774021.340.005SLCO4A1ILMN_17272001.340.03KIAA1754ILMN_18051921.330.02EIF1ILMN_18038461.332.6E-05TSPYL2ILMN_16575541.320.04NARFILMN_23346931.320.02KLF10ILMN_24118971.310.04IRS2ILMN_20834691.310.04UBXD5ILMN_23764161.310.04YRDCILMN_20617321.310.0001SLC25A25ILMN_23279471.300.04MEPCEILMN_21808271.300.03PSD4ILMN_21541151.300.04LOC651816ILMN_17291151.300.002IRF2BP2ILMN_16710051.300.04NFKBIZILMN_17196951.300.002PHLDA2ILMN_16715571.290.01QPRTILMN_17002681.290.01FRS3ILMN_17726051.290.02NOC4LILMN_17331071.290.01ANKRD37ILMN_17564171.290.04HIC2ILMN_16527621.290.005ATOX1ILMN_16706091.290.03BAXILMN_23210641.290.05LOC650826ILMN_17176901.280.004AP3S2ILMN_17315961.280.01PHF15ILMN_17952851.280.02TRAF3IP2ILMN_17015141.280.04CNTD2ILMN_18075251.280.03ZYXILMN_17018751.270.01NFKBIAILMN_17731541.270.04TMEM93ILMN_17945601.270.02t-test0.04165NR4A2*ILMN_17823051.270.003IRX3ILMN_18114681.270.03LOC651380ILMN_17970251.270.03C14ORF138ILMN_17811021.270.002DECR2ILMN_17833371.260.007RPS4Y2ILMN_21913311.260.001APOL2ILMN_23253371.260.02CXCR7ILMN_23714581.260.03Таблица П2-2.

Результаты анализа представленности функциональных группгенов (functional enrichment analysis) на 10 мин после активации клеток (p<0.05).Приведены гены, для которых обнаружено подавление экспрессии.ФункцияЧисло геновRibonucleoprotein/11ГеныRPS26,RPL23,translationalRPL31,elongationHNRNPUL1,RPS28,MRPL32,RPL9,HNRNPA2B1,RPL7,RPS15A,RPL36A,PTGES3,PABPC1, SFRS1RNA processing8RPS28,HNRNPA2B1,ROD1,RPL7,HNRNPUL1, PABPC1, SFRS1, RPL36AMitochondrion10PEBP1, IMMT, MRPL32, NDUFAB1, DLD,partsUQCRH, UQCRHL, CKMT1A, CKMT1B,HSPE1Таблица П2-3. Результаты анализа представленности функциональных группгенов (functional enrichment analysis) на 20 мин после активации клеток (p<0.05).Приведены гены, для которых обнаружено подавление экспрессии.ФункцияЧислоГеныгеновRibonucleoprotein41RPL23, DHX15, HNRNPA1, HNRNPA2B1, HNRNPH1,HNRNPH2, HNRNPUL1, HNRPA1L2, HNRPA1L3,HSPA1A, HSPA1B, MRPL10, MRPL 15, MRPL32,MRPL48, MRPL50, MRPS27, PABPC1, PTGES3,RBM25, RPL10A, RPL14, RPL15, RPL21, RPL23A,RPL31, RPL36A, RPL5, RPL7, RPL7A, RPL9, RPLP1,166RPS15A, RPS26, RPS27, RPS28, SFRS1, SRP14,STRAP, WAC, XPOLStructure constituent of22ribosomeHNRNPH2, MRPL10, MRPL15, MRPL32, MRPL48,RPL10A, RPL14, RPL15, RPL21, RPL23, RPL23A,RPL31, RPL36A, RPL5, RPL7, RPL7A, RPL9, RPLP1,RPS15A, RPS26, RPS27, RPS28Translational18elongationHNRNPH2, RPL10A, RPL14, RPL15, RPL21, RPL23,RPL23A, RPL31, RPL36A, RPL5, RPL7, RPL7A, RPL9,RPLP1, RPS15A, RPS26, RPS27, RPS28translation27EIF3M, EIF4G2, ETS1, HNRNPH2, MRPL10, MRPL15,MRPL32, MRPL48, NARS, RPL10A, RPL14, RPL15,RPL21, RPL23, RPL23A, RPL31, RPL36A, RPL5,RPL7, RPL7A, RPL9, RPLP1, RPS15A, RPS26, RPS27,RPS28, TARSRNA processing24DDX17,DHX15,HNRNPA1,HNRNPA2B1,HNRNPH2, HNRNPH2, HNRNPUL1, HNRPA1L2,HNRPA1L3, INTS8, PABPC1, PAPOLA, RBM25,ROD1, RPL10A, RPL14, RPL36A, RPL5, RPL7, RPS28,SFRS1, STRAP, TRA2B, ZRANB2Negative regulation of14transcriptionLRRFIP1, CDKN1B, HDAC2, NR2F2, HAT1, NCOR2,ID2, TCEAL1, RBBP7, MTDH, PRMT6, SOX2,SMARCA2, SAP30Transcription repressor9activityID2, NCOR2, SP3, RBBP7, LRRFIP1, HDAC2, SAP30,YY1, NR2F2Таблица П2-4.

Результаты анализа представленности функциональных группгенов (functional enrichment analysis) на 40 мин после активации клеток (p<0.05).Приведены гены, для которых обнаружено подавление экспрессии.ФункцияЧислоГеныгеновribonucleoproteincomplex11RPS28, HNRNPUL1, MRPL10, PABPC1, RBM25,RPL15, RPL7A, RPL9, RPLP1, SF3A2, SFRS1167translation11AIMP2, MRPL10, PELO, RPL15, RPL7A, RPL9,RPLP1, RPS28, STAG3L1, STAG3L2, STAG3L3Structure constituent of6MRPL10, RPL15, RPL7A, RPL9, RPLP1, RPS285RPL15, RPL7A, RPL9, RPLP1, RPS287HNRNPUL1, PABPC1, RBM25, RPS28, SF3A2,ribosomeTranslationalelongationRNA processingSFRS1, TRMT12Таблица П2-5.

Результаты анализа представленности функциональных группгенов (functional enrichment analysis) на 10 мин после активации клеток (p<0.05).Приведены гены, для которых обнаружено повышение экспрессии.ФункцияЧислоГеныгеновRegulation of21transcriptionGTF2IRD2, EGR2, SIX5, CSRNP1, FOS, FOSB,JUNB, CENPB, ZNF467, EGR1, ELF3, JUN,PRDX2, KHSRP, FOXC1, PUF60, RASD1,MXD4, MED16, PPIE, GTF2IRD2BmRNA splicing6KHSRP, PPIE, PUF60, HNRNPK, SFRS5,HNRNPA3Ribonucleoprotein6complexCell proliferationRPS6KB2, TROVE2, PPIE, PUF60, HNRNPK,HNRNPA37CYR61, FOXC1, SBDS, BAX, MATK, PRDX2,ZFP36L2168Таблица П2-6.

Характеристики

Список файлов диссертации