Главная » Просмотр файлов » Диссертация

Диссертация (1097599), страница 14

Файл №1097599 Диссертация (Компьютерные методы системной биологии в персонализированной лекарственной онкотерапии) 14 страницаДиссертация (1097599) страница 142019-03-13СтудИзба
Просмтор этого файла доступен только зарегистрированным пользователям. Но у нас супер быстрая регистрация: достаточно только электронной почты!

Текст из файла (страница 14)

3-2С), что88указывает на потерю чувствительности рецепторной и протеин-киназной системк действию пертузумаба.Отметим, что в данном расчете не были учтены механизмы лиганднезависимой активации рецепторной системы за счет гомодимеризации ErbB2рецепторов, которая, как предполагается, доминирует при повышенном уровнеErbB2 рецепторов в раковых клетках (Park, Neve, Szollosi, & Benz, 2008). Цельданного расчета состояла в исследовании потери чувствительности рецепторнойсистем к пертузумабу, действие которого заключается в ингибированииактивации рецепторной системы за счет подавления гетеродимеризации ErbB2 иErbB3 рецепторов.Результаты расчетов показали, что ErbB2/ErbB3 механизм активациирецепторной системыстановитьсянечувствительным (резистентным) кдействию пертузумаба при повышенном уровне ErbB2 рецепторов.

Полученныерезультаты относятся к случаю повышения уровня ErbB2 (до 10 раз), котороеможет происходить за счет транскрипционных и трансляционных механизмов(Park et al., 2008), а не за счет амплификации ErbB2 гена, что приводит квозрастанию экспрессии рецепторов больше, чем в 100 раз. Т.е. в данном расчетепредполагается, что лиганд-зависимый ErbB2/ErbB3 механизм активациирецепторной системы остается доминирующим в данной области соотношенийконцентраций рецептров ErbB2/ErbB3. В главе 5 в расчете учитывается лиганднезависимый механизм активации рецепторной системы за счет образованияактивных ErbB2/ErbB2 комплексов при высоких концентрациях ErbB2рецепторов и исследуется действие трастузумаба, лекарственного препарата,ингибирующего формирование этих комплексов в ErbB2+ раковых клетках.89Рис. 3-3.

Результаты расчета чувствительности сигнальной системыSRSS,i к начальным концентрациям ErbB2 (HER2)и ErbB3 (HER3)рецепторов (А) и к кинетическим параметрам системы (В). Черные ибелыестолбцысоответствуютчувствительностисистемывотсутствии и присутствии 100 нМ пертузумаба, соответственно.Серые столбцы – чувствительность системы при повышеннойконцентрации ErbB2 (HER2)рецепторов в присутствии 100 нМпертузумаба.С целью анализа влияния лекарственных преапаратов на чувствительностьрецепторной системы были проведены расчеты чувствительности рецепторнойсистемы RSS к входному сигналу и кинетическим параметрам системы SRSS,i, (3.5)в отсутствии и присутствии 100 нМ пертузумаба (Рис. 3-3).

Как видно изполученных данных, пертузумаб вызывает возрастание чувствительностисистемы к начальной концентрации ErbB2 (HER2) и ErbB3 (HER3) рецепторов,а также к кинетическим параметрам рецепторной системы, pi, по сравнению счувствительностью системе в отсутствии пертузумаба. Этот эффект связан спереходом системы из активного состояния с сигналом близким к насыщению ксостояниюсвыходнымненасыщеннымсигналомингибированнымлекарственным препаратом.

При ингибировании входного сигнала системастановиться более чувствительной как к входному сигналу, так и параметрамсистемы.90Переход от ненасыщенного к насыщенному выходному сигналу привозрастании концентрации ErbB2 рецепторов приводит к уменьшениючувствительности системы SRSS,i, при действии пертузумаба (серые столбцы наРис.

3-3). Следовательно, подавление ингибирующего эффекта пертузумаба приповышении экспрессии ErbB2 рецепторов вызывает переход системы вначальное активное состояние с насыщенным pErbB2 сигналом (Рис. 0-2С) инизкой чувствительностью рецепторной системы (RSS).Приведенные расчеты дозовых зависимостей pErbB2(2C4) и pAKT(2C4)показали различие в дозовых зависимостях для рецепторной и киназ-протеиннойсигнальных систем (Рис.

3-2А-С). С целью анализа соотношения междувыходными характеристиками этих двух систем, были рассчитаны ихчувствительности к действию пертузумаба SRSS и SSTS, а также чувствительностьполной сигнальной системы SSN (Рис. 0-2D). Чувствительности SRSS и SSN былирассчитаны согласно уравнениям (3.5) на основе результатов расчета дозовыхзависимостей pErbB2(2С4) и pAKT(2С4) от концентрации пертузумаба (2С4).Чувствительность SSTS рассчитывалась, как отношение SSTS =SSN/SRSS.

Как видноиз результатов расчетов, приведенных на Рис. 3-2D, чувствительностирецепторной и полной сигнальных систем перекрываются в области вышефизиологических концентраций пертузумаба (100 нМ). Полученное в расчетеотличие чувствительностей рецепторной и полной сигнальных системопределяется чувствительностью протеи-киназной сигнальной подсистемы SSN(пунктирная линия на Рис. 3-3D), особенности которой исследуются вследующем разделе.913.5. Влияние онкомутаций на выходные характеристики протеинкиназной сигнальной системыРазработаннаямодельPI3K/PTEN/AKTсигнальногопутибылаиспользована для исследования влияния различных онкомутаций на выходныххарактеристик протеин-киназной сигнальной системы (Рис.

1-1). В расчете былирассмотрены влияния мутаций генов, кодирующих фосфатазу PTEN и протеикиназы PI3K и AKT1/2, на выходной сигнал системы pAKT. Дляколичественного анализа этого влияния использовался управляющий параметра (ур. (3.4)), который определяет баланс киназной и фосфатазной активностей вPI3K/PTEN/AKT сигнальной системе.

В расчете анализировался выходнойсигнал системы pAKT(pErbB2, ) в зависимости от уровня входного сигнала,концентрации фосфорилированного рецептора pErbB2 для различных значенийпараметра . В расчете величина pErbB2 сигнала изменялась путем увеличенияконцентрации ингибитора pErbB2 рецептора, пертузумаба, от нулевойконцентрации до концентрации, при которой полностью ингибируется pErbB2сигнал. В свою очередь, параметра  в расчете изменялся путем варьированияконцентрации фосфатазы PTEN. На Рис. 3-4 представлены расчётныехарактеристика отклика PI3K/PTEN/AKT сигнальной системы pAKT(pErbB2, )для семи значений управляющего параметра: 0.3 (50% PTEN); 0.5 (50% PTEN);0.7 (70% PTEN); 0.8; 0.9; 1 (значение для референтной системы) и 1.3).Полученныехарактеристикасигнальнойсистемыпозволяютпроанализировать поведение pAKT сигнала при ингибировании рецепторногосигнала pErbB2 независимо от типа ингибитора.

Для референтной системы созначением управляющего параметра =1 выходная характеристика системыпредставляет собой плавную сигмоидную функцию входного сигнала pErbB2(HER2) (Рис. 3-4). При такой выходной характеристике система проявляетчувствительность к входному рецепторному сигналу: уменьшение pErbB292сигнала при его ингибировании вызывает ингибирование выходного сигналаpAKT. При этом 80%-90% ингибирование pErbB2 сигнала при физиологическойконцентрации пертузумабом 100 нМ приводит к 80%-70% ингибированию pAKTсигнала.Рис. 3-4.

Зависимость выходного сигнала pAKT от входного сигналаpErbB2 (pHER2) PI3K/PTEN/AKT сигнального пути при различныхзначениях управляющего параметра линия 1 – 2 – 0 3 – 4–  5 – 6 –  7 –  pAKT и pHER2 сигналы нормализованы к ихмаксимальным значениям.Расчеты при значениях <1 показали существенное изменение откликасистемы на ее входной сигнал. Выходная характеристика при 50%-70% потереактивностиPTENимеетвидступенчатойфункции,соответствующейпереключению системы из неактивного в активное состояние в области значенийвходногосигнала0.2.Призначениях<0.5системаобладаетгиперчувствительным характером ответа на входной рецепторный сигнал.Сигнальная система усиливает слабые входные рецепторные сигналы pErbB2 вобласти значений 0.1-0.2 до максимального выходного сигнала pAKT=1.

Вширокой области значений входного сигнала pErbB2(0.1-1) система93нечувствительна к входному сигналу: выходной сигнал pAKT=1 в областизначений 0.1-1 для входного сигнала pErbB2 система. Таким образом при <0.5система приобретает резистентность к действию ингибитора рецепторногосигнала pErbB2: ингибиторные рецептора не приводит к ингибированиювыходного сигнала pAKT системы.Рис. 3-5. 3D представление выходной характеристик pAKT(pHER2, ) вшироком диапазоне управляющего параметра >1.Таким образом при изменении управляющего параметра в сигнальнойсистеме происходит переход «чувствительность-резистентность», в результатекоторого система, обладающая чувствительностью к действию ингибитороврецепторных сигналов, переходит в режим резистентности к действиюингибиторов входного сигнала.

Состояние резистентности сигнальной системыреализуется при значениях управляющего параметра <0.5 за счет усиленияслабых рецепторных сигналов при действии ингибитора до максимальногоуровня выходного сигнала. Согласно ур. (3.4) параметр  может уменьшатьсялибо при делеции и мутации гена PTEN, либо при мутации гена PIK3CA,приводящей к повышенной активности киназы PI3K, а также при повышеннойэкспрессии киназы AKT. Аналогичная выходная характеристика была полученапри уменьшении параметра  вызванном активационной мутацией PIK3CA гена.94Расчет выходных характеристик pAKT(pErbB2, ) при >1 показал, чтосигнальная системаподавляет входной рецепторный сигнал и проявляетингибирующий эффект по сравнению с выходной характеристикой при =1 вовсей области значений pErbB2 сигнала (линия 7 на Рис. 3-4).

Таким образом вобласти управляющего параметра сигнальная система переходит в режимподавления входного сигнала. Все три режима функционирования сигнальнойсистемы хорошо вины на 3D представлении выходной характеристикиpAKT(pErbB2, ) в широком диапазоне управляющего параметра >1 (Рис. 3-5):режим резистентности при 1 , режим чувствительности к рецепторнымсигналам при 1 и режим подавления при >1.Рис. 3.6. Зависимость индекс резистентности сигнальной системы R90 отуправляющего параметра .

Характеристики

Список файлов диссертации

Свежие статьи
Популярно сейчас
Зачем заказывать выполнение своего задания, если оно уже было выполнено много много раз? Его можно просто купить или даже скачать бесплатно на СтудИзбе. Найдите нужный учебный материал у нас!
Ответы на популярные вопросы
Да! Наши авторы собирают и выкладывают те работы, которые сдаются в Вашем учебном заведении ежегодно и уже проверены преподавателями.
Да! У нас любой человек может выложить любую учебную работу и зарабатывать на её продажах! Но каждый учебный материал публикуется только после тщательной проверки администрацией.
Вернём деньги! А если быть более точными, то автору даётся немного времени на исправление, а если не исправит или выйдет время, то вернём деньги в полном объёме!
Да! На равне с готовыми студенческими работами у нас продаются услуги. Цены на услуги видны сразу, то есть Вам нужно только указать параметры и сразу можно оплачивать.
Отзывы студентов
Ставлю 10/10
Все нравится, очень удобный сайт, помогает в учебе. Кроме этого, можно заработать самому, выставляя готовые учебные материалы на продажу здесь. Рейтинги и отзывы на преподавателей очень помогают сориентироваться в начале нового семестра. Спасибо за такую функцию. Ставлю максимальную оценку.
Лучшая платформа для успешной сдачи сессии
Познакомился со СтудИзбой благодаря своему другу, очень нравится интерфейс, количество доступных файлов, цена, в общем, все прекрасно. Даже сам продаю какие-то свои работы.
Студизба ван лав ❤
Очень офигенный сайт для студентов. Много полезных учебных материалов. Пользуюсь студизбой с октября 2021 года. Серьёзных нареканий нет. Хотелось бы, что бы ввели подписочную модель и сделали материалы дешевле 300 рублей в рамках подписки бесплатными.
Отличный сайт
Лично меня всё устраивает - и покупка, и продажа; и цены, и возможность предпросмотра куска файла, и обилие бесплатных файлов (в подборках по авторам, читай, ВУЗам и факультетам). Есть определённые баги, но всё решаемо, да и администраторы реагируют в течение суток.
Маленький отзыв о большом помощнике!
Студизба спасает в те моменты, когда сроки горят, а работ накопилось достаточно. Довольно удобный сайт с простой навигацией и огромным количеством материалов.
Студ. Изба как крупнейший сборник работ для студентов
Тут дофига бывает всего полезного. Печально, что бывают предметы по которым даже одного бесплатного решения нет, но это скорее вопрос к студентам. В остальном всё здорово.
Спасательный островок
Если уже не успеваешь разобраться или застрял на каком-то задание поможет тебе быстро и недорого решить твою проблему.
Всё и так отлично
Всё очень удобно. Особенно круто, что есть система бонусов и можно выводить остатки денег. Очень много качественных бесплатных файлов.
Отзыв о системе "Студизба"
Отличная платформа для распространения работ, востребованных студентами. Хорошо налаженная и качественная работа сайта, огромная база заданий и аудитория.
Отличный помощник
Отличный сайт с кучей полезных файлов, позволяющий найти много методичек / учебников / отзывов о вузах и преподователях.
Отлично помогает студентам в любой момент для решения трудных и незамедлительных задач
Хотелось бы больше конкретной информации о преподавателях. А так в принципе хороший сайт, всегда им пользуюсь и ни разу не было желания прекратить. Хороший сайт для помощи студентам, удобный и приятный интерфейс. Из недостатков можно выделить только отсутствия небольшого количества файлов.
Спасибо за шикарный сайт
Великолепный сайт на котором студент за не большие деньги может найти помощь с дз, проектами курсовыми, лабораторными, а также узнать отзывы на преподавателей и бесплатно скачать пособия.
Популярные преподаватели
Добавляйте материалы
и зарабатывайте!
Продажи идут автоматически
6353
Авторов
на СтудИзбе
311
Средний доход
с одного платного файла
Обучение Подробнее