Главная » Просмотр файлов » Диссертация

Диссертация (1174340), страница 13

Файл №1174340 Диссертация (Совершенствование системы пренатального скрининга анеуплоидий плода на основе анализа внеклеточной ДНК крови матери) 13 страницаДиссертация (1174340) страница 132020-05-24СтудИзба
Просмтор этого файла доступен только зарегистрированным пользователям. Но у нас супер быстрая регистрация: достаточно только электронной почты!

Текст из файла (страница 13)

Алгоритмдополнительного анализа приведен в разделе “Определение происхожденияанеуплоидий при ДНК-скрининге”.742.3.8 Статистическая обработка материалаДля работы с файлами формата bam, содержащими информацию овыравниваниипрочитанныхфрагментовнареференсныйгеном,использовался программный пакет SAMtools и модуль Pysam для языкапрограммирования Python [155].

Статистический анализ данных проводили сиспользованием программных пакетов R (версия 3.2.2) и Microsoft Excel.Статистическую значимость относительного изменения доли плодовой ДНКопределяли с использованием критерия Манна-Уитни с поправкой нанепрерывность. Статистическую значимость разницы частоты встречаемостимозаичной формы моносомии определяли при помощи критерия Хи-квадратс поправкой Йетса. Статистически значимыми считали различия приp менее 0,05. Анализ данных секвенирования проводили с использованиемразработанного в лаборатории программного обеспечения.75Глава 3.

Результаты и обсуждение3.1 Скрининг наличия анеуплоидий3.1.1 Результаты валидацииВо всех 286 наблюдениях пациентов первой ретроспективной группы вобразцахтканейплодовогопроисхождения(хорион,плацента,амниотическая жидкость) был определен кариотип плода с помощьюстандартного цитогенетического метода, а периферическая кровь женщинбыла исследована на наличие анеуплоидий и Y-хромосомы у плода спомощью ДНК-скрининга анеуплоидий по крови матери.

Все беременныеимели высокий риск хромосомной патологии плода, обусловленныйвозрастом, изменениями в уровнях сывороточных маркеров, особенностямифенотипа плода. Подсчет рисков осуществлялся с помощью компьютерныхпрограмм Astraia и Prisca.закончилисьрождениемУ 11% женщин предыдущие беременностидетейсгенетическиминарушениямиилипрерыванием неразвивающейся беременности с анеуплоидией у плода; 7%женщин страдали привычным выкидышем. У 13% беременность наступилапосле ЭКО, донорства яйцеклетки не было ни в одном случае.

У 5% женщинв родословной отмечены случаи наследственной и врожденной патологии ублизких родственников.Доля плодовой ДНК в материнском кровотоке является крайне важнымкритерием валидности ДНК-скрининга. В проведенном нами исследованиисреднее содержание доли плодовой ДНК в 1918 образцах составило 11,6%(90% доверительный интервал составил от 6,6% до 17,5%). В пяти образцах в1-й группе валидации уровень плодовой ДНК был менее 4%, в связи с чемонибылиисключеныиздальнейшихрасчетовдиагностическиххарактеристик ДНК-скрининга. Важно отметить, что при этом в двухобразцах с низкой долей плодовой ДНК не были выявлены трисомии по 21хромосоме (ложноотрицательный результат), что подтвердило важность76оценки доли плодовой ДНК для получения валидных результатов ДНКскрининга.РезультатыбиоинформатическогоанализаданныхДНК-скрининга в 1-й группе валидации представлены на рисунке 15.

ЗеленымРисунок 15. Результаты биоинформатического анализа данных НИПС.цветом обозначены образцы с нормальным количеством хромосом, красным- с наличием анеуплоидии по 21, 18 и 13 хромосомам.Данные исследования первой ретроспективной группы представлены втаблице 3. Исключены 5 образцов с низкой долей ДНК плода.Таблица 3. Результаты выявления анеуплоидий для первой ретроспективнойгруппы.N=281Вид хромосомногонарушения.Трисомия 21Трисомия 18Трисомия 13По всем половымхромосомамРезультатыНИПСПодтвержденокариотипомЛожнопозитивныеЛожнонегативные161510441934419200100077При исследовании первой ретроспективной группы, сопоставлениеполученных обоими методами результатов показало, что в 279 из 281 (99%)случаях данные цитогенетического исследования совпадают с результатамиДНК-скрининга.ВсегоспомощьюДНК-скринингавысокийрисканеуплоидий по 21, 18, 13 и половым хромосомам был установлен в 82случаях, из них трисомия 21 - 44 наблюдения, трисомия по 18 хромосоме – 19наблюдений, трисомия по 13 хромосоме – 3 наблюдения, нарушения пополовым хромосомам 16 наблюдений.

Получен один ложноположительныйрезультат по 13-й хромосоме и один положительный результат привыявлении моносомии хромосомы Х.Результаты выявления анеуплоидий для второй ретроспективнойподгруппы представлены в таблице 4.Таблица 4. Результаты выявления анеуплоидий для второй ретроспективнойгруппы.N=63Вид хромосомногонарушенияТрисомия 21Трисомия 18Трисомия 13По всем половымхромосомамРезультатыНИПСПодтвержденокариотипомЛожнопозитивныеЛожнонегативные110015601560000000При исследовании второй ретроспективной подгруппы, сопоставлениеполученных обоими методами результатов показало, что во всех 63 случаях(100%) данные цитогенетического исследования совпадают с результатамиДНК-скрининга.

Всего с помощью НИПС высокий риск по 21, 18, 13 иполовым хромосомам был установлен в 22 случаях.Результатывыявленияанеуплоидийдляпроспективнойгруппыпредставлены в таблице 5. Исключены 10 образцов с низкой долей плодовойДНК.78Таблица 5. Результаты выявления анеуплоидий для проспективной группы.N=1145Вид хромосомногонарушенияТрисомия 21Трисомия 18Трисомия 13По всем половымхромосомамРезультатыНИПСПодтвержденокариотипомЛожнопозитивные169713041404000Ложнонегативные1000При проведении проспективного исследования при уровне плодовойДНК менее 4% производился повторный забор крови. Уровень плодовойДНК ниже 4% после перезабора крови наблюдался в 10 случаях (0,87%).

Этомогло быть связано как с осложненным течением беременности, так и сприемом женщиной лекарственных препаратов. Например, устойчиво низкийуровень плодовой ДНК наблюдался нами в случае приема женщинойпреднизолона и метипреда после операции тимэктомии.При исследовании проспективной группы, сопоставление полученных спомощью НИПС и цитогенетическим методом результатов показало, что в1137 из 1145 (99%) случаях данные цитогенетического исследованиясовпадают с результатами ДНК-скрининга. В результате проспективногоисследования было обнаружено 13 образцов с высоким риском трисомии по21 хромосоме, 4 образца с риском трисомии по 13 хромосоме, 8 образцов сриском моносомии Х, 1 образец с риском трисомии по Х хромосоме. Всетрисомии по аутосомам были подтверждены инвазивной диагностикой.Моносомия по Х хромосоме была подтверждена в трех случаях, в одном изних ребенок имел мозаичный кариотип.

У одного плода в результатеинвазивной диагностики был обнаружен мозаичный кариотип 47,ХХХ/46,ХХпри высоком риске моносомии Х по данным ДНК-скрининга, это может бытьобъяснено ошибками на этапе митоза и образованием трёх клонов клеток. Вслучае с высоким риском трисомии по Х хромосоме, был подтверждентрисомный кариотип у матери, исследование кариотипа плода не проводили.Ложноотрицательнй результат, полученный при выявлении трисомии 21,связан с мозаицизмом у плода, характеризующимся наличием трех клонов79клеток:моносомного, нормального(дисомного)итрисомного.Приисследовании новорожденного методом FISH для 21 хромосомы былообнаружено 77 (76%) ядер с 3 сигналами, 18 ядер (18%) с 2 сигналами и 6(6%) ядер с 1 сигналом.Обобщенные результаты выявления анеуплоидий с помощью ДНКскрининга для проспективной и перспективной групп представлены втаблице 6.Таблица 6.

Обобщенные результаты по всем группам, N=1489.ВиднарушенияРез-тыНИПСПодтв.кариот.Ложн.позит.Ложн.негат.Чувствительность, %98,6Специфичность, %100Положительн.предиктивнаяоценка (PPV)Отрицательн.предиктивнаяоценка (NPV)100100Трисомия 21727301(92,6-100)(99,7-100)(95-100)(99,6-100)Tрисомия 18252500(86,3-100)(99,8-100)(86,3-100)(99,8-100)Tрисомия 137610(59-100)(99,6-100)(47,4-99,7)(99,8-100)45X251870По всемполовымхромосомам(78,2-100)(99-99,8)(45,1-86,1)(99,8-100)332580100100100100(86,3-100)10099,999,599,5(98,9-99,8)10087,57275,8(57,7-88,9)100100100100(99,8-100)Всего с помощью ДНК-скрининга высокий риск анеуплоидий по 21, 18,13 и половым хромосомам был установлен в 137 случаях, из них трисомия 21- 72 наблюдения (совпадает с кариотипом во всех наблюдениях), трисомия по18 хромосоме – 25 наблюдений (также совпадает с кариотипом во всехнаблюдениях), трисомия по 13 хромосоме – 7 наблюдений (один случайложноположительный), риск нарушений по половым хромосомам былустановлен в 33 случаях, подтвержден кариотипом в 25 случаях.

При анализеполовых хромосом все образцы, в которых определялась Y-хромосома, былиотнесены к мужскому полу. Все отрицательные по Y-хромосоме образцырассматривались как относящиеся к женскому полу. Моносомия хромосомыХбылаопределенав23наблюденияхиподтвержденаданнымицитогенетического анализа в 18. В семи случаях был получен результат,80трактуемый как моносомия хромосомы X при наличии у плода нормальногоженского кариотипа 46,ХХ.Таким образом, ложноположительные результаты наблюдались привыявленииподаннымДНК-скринингавысокогорискамоносомиихромосомы X, а также высокого риска трисомии по 13 хромосоме.

Характеристики

Список файлов диссертации

Совершенствование системы пренатального скрининга анеуплоидий плода на основе анализа внеклеточной ДНК крови матери
Свежие статьи
Популярно сейчас
Как Вы думаете, сколько людей до Вас делали точно такое же задание? 99% студентов выполняют точно такие же задания, как и их предшественники год назад. Найдите нужный учебный материал на СтудИзбе!
Ответы на популярные вопросы
Да! Наши авторы собирают и выкладывают те работы, которые сдаются в Вашем учебном заведении ежегодно и уже проверены преподавателями.
Да! У нас любой человек может выложить любую учебную работу и зарабатывать на её продажах! Но каждый учебный материал публикуется только после тщательной проверки администрацией.
Вернём деньги! А если быть более точными, то автору даётся немного времени на исправление, а если не исправит или выйдет время, то вернём деньги в полном объёме!
Да! На равне с готовыми студенческими работами у нас продаются услуги. Цены на услуги видны сразу, то есть Вам нужно только указать параметры и сразу можно оплачивать.
Отзывы студентов
Ставлю 10/10
Все нравится, очень удобный сайт, помогает в учебе. Кроме этого, можно заработать самому, выставляя готовые учебные материалы на продажу здесь. Рейтинги и отзывы на преподавателей очень помогают сориентироваться в начале нового семестра. Спасибо за такую функцию. Ставлю максимальную оценку.
Лучшая платформа для успешной сдачи сессии
Познакомился со СтудИзбой благодаря своему другу, очень нравится интерфейс, количество доступных файлов, цена, в общем, все прекрасно. Даже сам продаю какие-то свои работы.
Студизба ван лав ❤
Очень офигенный сайт для студентов. Много полезных учебных материалов. Пользуюсь студизбой с октября 2021 года. Серьёзных нареканий нет. Хотелось бы, что бы ввели подписочную модель и сделали материалы дешевле 300 рублей в рамках подписки бесплатными.
Отличный сайт
Лично меня всё устраивает - и покупка, и продажа; и цены, и возможность предпросмотра куска файла, и обилие бесплатных файлов (в подборках по авторам, читай, ВУЗам и факультетам). Есть определённые баги, но всё решаемо, да и администраторы реагируют в течение суток.
Маленький отзыв о большом помощнике!
Студизба спасает в те моменты, когда сроки горят, а работ накопилось достаточно. Довольно удобный сайт с простой навигацией и огромным количеством материалов.
Студ. Изба как крупнейший сборник работ для студентов
Тут дофига бывает всего полезного. Печально, что бывают предметы по которым даже одного бесплатного решения нет, но это скорее вопрос к студентам. В остальном всё здорово.
Спасательный островок
Если уже не успеваешь разобраться или застрял на каком-то задание поможет тебе быстро и недорого решить твою проблему.
Всё и так отлично
Всё очень удобно. Особенно круто, что есть система бонусов и можно выводить остатки денег. Очень много качественных бесплатных файлов.
Отзыв о системе "Студизба"
Отличная платформа для распространения работ, востребованных студентами. Хорошо налаженная и качественная работа сайта, огромная база заданий и аудитория.
Отличный помощник
Отличный сайт с кучей полезных файлов, позволяющий найти много методичек / учебников / отзывов о вузах и преподователях.
Отлично помогает студентам в любой момент для решения трудных и незамедлительных задач
Хотелось бы больше конкретной информации о преподавателях. А так в принципе хороший сайт, всегда им пользуюсь и ни разу не было желания прекратить. Хороший сайт для помощи студентам, удобный и приятный интерфейс. Из недостатков можно выделить только отсутствия небольшого количества файлов.
Спасибо за шикарный сайт
Великолепный сайт на котором студент за не большие деньги может найти помощь с дз, проектами курсовыми, лабораторными, а также узнать отзывы на преподавателей и бесплатно скачать пособия.
Популярные преподаватели
Добавляйте материалы
и зарабатывайте!
Продажи идут автоматически
6384
Авторов
на СтудИзбе
307
Средний доход
с одного платного файла
Обучение Подробнее