Диссертация (1139571), страница 20
Текст из файла (страница 20)
Восемнадцать изолятов (изоляты были любезно предоставленыНИИ антимикробной химиотерапии ГОУ ВПО «Смоленская государственнаямедицинская академия Минздравсоцразвития», директор член-корр. РАН,профессор, доктор медицинских наук, Козлов Р.С.), были выделены в 2003 году вгородах европейской части России (Москва, Санкт-Петербург и Смоленск) быливыделены девять изолятов были выделены в городах азиатской части России в2002-2008 гг. (Анадырь, Екатеринбург, Иркутск и Новокузнецк); 22 изолята былиполучены в Москве в 2010-2013 гг. Бактерии выделяли из носоглоточных мазков137(67%), жидкости среднего уха (18%), а также образцов из нижних дыхательныхпутей (мокроты и бронхоальвеолярного лаважа; 15%).Клональная эволюция и устойчивость к антимикробным препаратамРазнообразие клональных линий и сиквенс-типов 19А-пневмококков взависимости от времени выделения и его географии представлено в Таблице 7.10и на Рисунке 7.6.Таблица 7.10Клональные комплексы (СС) и сиквенс-типы (ST) пневмококковсеротипа 19A, выделенных в России в 2002-2013 гг.CCn (% от изолятов всоответствующей колонке)АзиатскаяЕвропейская частьчасть201020032002-20082013Комментарий a12 (67%)2 (9%)бColombia23F-26(ST338)663511043441DLV ST6631043520DLV ST6631051510SLV ST66309 (41%)b3 (33%)23021276101611102013105369015539101043121DLV ST2301043210SLV ST10432STn(% от всехизолятов)14(28%)66312(25%)2300Denmark14-32(ST230)138Продолжение таблицы 7.10CCSTn(% отвсехизолятов)7(14%)1 (5%)b143011043740DLV of ST1561043810SLV of ST104371051410SLV of ST1043707 (32%)b7(14%)3203203965645(10%)00Spain9V-3 (ST156)Taiwan19F-14(ST236)SLV ST32005(56%)в1043301Новая комбинацияаллелей1043601Новая аллель dll1051203Новая комбинацияаллелей3(13%)1(11%)63105954011043010SLV of ST59541051110Netherlands3-31(ST180)22(100%)9(100%)Синглетоны4(10%)РазныеПримечаниеКомментарий a6 (33%)156Итогоn (% от изолятов всоответствующей колонке)ЕвропейскаяАзиатскаячастьчасть201020032002-2008201349(100%)0018(100%)Sweden15A-25(ST63)Группа из двух(ST5954, ST10430)aРMEN-клоны и их сиквенс-типы-родоначальники (в скобках), относящиеся ксоответствующему клональному комплексу, обозначены жирным шрифтом.
Для впервыеописанных сиквенс-типов показано родство с соответствующим сиквенс-типомродоначальником клона. SLV и DLV (single- or double-locus variant) ─ аллельные профили,отличающиеся по одному и двум локусам соответственно от указанного сиквенс-типа.бвЗначимые различия между долями в 2003 и 2010-2013 гг. (р<0,05).Значимые различия между долями в 2002-2008 и 2003, 2010-2013 гг. (р<0,05).139CC1561043810437CC 23010431CC663276663105141051555391431043496561043220135369CC 32010435161123032010436CC 6359546310512104301043310511SingletonsРисунок 7.6 Популяционная структура пневмококков серотипа 19A,выделенных в России в 2002-2013 гг., eBURST анализПримечание.
SLV обозначены сплошными линиями; DLV - пунктирнымилиниями. Размер круга пропорционален числу изолятов.Всего было выявлено 25 сиквенс-типов (14 из них были описаны впервые),принадлежавших к шести основным клонам; три сиквенс-типа не имелиопределеннойклональнойпринадлежности,т.е.былисинглетонами.Распределение клональных комплексов в течение периода исследованиясущественно различалось (χ2 = 29,60, р<0,001). Европейские изоляты 2003 г.
былипредставлены двумя клонами, CC663 (n=12) и CC156 (n=6). В период 2010-2013гг. распространенность этих клонов снизилась, и они были в значительнойстепени замещены клонами CC230 и CC320, которые составили 73% (16/22) отвсех изолятов, выделенных в 2010-2013 гг. Пять из девяти изолятов из азиатскойчасти России были представлены синглетонами; три изолята принадлежали кCC230 (Рисунок 7.6).140Наиболее распространенный клон СС663 (n=14, 28% от всей коллекции)был представлен четырьмя родственными сиквенс-типами (Таблица 7.10).
CC663преобладал в европейской части России в 2003 году (67%); в 2010-2013 гг. быливыделены только два изолята CC663. Большинство изолятов CC663 (79%) имелиМЛУ-фенотип с высокими значениями МПК β-лактамов (Таблица 7.11, 7.12).Все резистентные к цефтриаксону изоляты (n=4; МПК> 2 мг/л)принадлежали к этому клональному комплексу (Таблица 7.12). Более того,изолятыST10434(n=5),входящеговСС663,обладалиэкстремальнойрезистентностью, т.к. были нечувствительны к пяти из шести тестированныхгруппантибиотиков,включаяпенициллин,эритромицин,клиндамицин,тетрациклин и хлорамфеникол; они сохраняли чувствительность только к котримоксазолу.Вторым по распространенности клоном был CC230 (n=12, 25% от всейколлекции), который включал восемь сиквенс-типов (Таблица 7.10).
Большинствоизолятов CC230 было выделено в Москве в 2010-2013 гг., составляя 41% от этойчасти коллекции; три изолята было получено в азиатской части России. CC230характеризовался умеренными и низкими значениями МПК β-лактамов, вбольшинстве случаев сохранял чувствительность к клиндамицину, тетрациклинуи хлорамфениколу, но обладал резистентностью к ко-тримоксазолу (Таблица 7.11,7.12). МЛУ обладали пять (42%) изолятов CC230, которые были резистентны кэритромицину.141Таблица 7.11Резистентность к антимикробным препаратам, генотип резистентности к макролидам и наличие генов пилейв клональных группах пневмококков серотипа 19Аn и доля (%) изолятовCC(n изолятов)Нечувствительны к соответствующему препаратуaМЛУPENCC663 (14)CC230 (12)CC320 (7)CC156 (7)CC63 (1)Синглетон,10433 (1)Синглетон,10436 (1)14(100%)AMX13(93%)CTX11(79%)ERYCLISXTCHLTET149(100%) (64%)3(21%)7(50%)6(43%)11(79%)52(42%) (17%)776(100%) (100%) (6%)411(57%) (14%) (14%)12(100%)7(100%)6(86%)1(8%)2(17%)4(57%)1(14%)5(42%)7(100%)1(14%)Генотипрезистентности кмакролидам berm(B)/mef, 3 (21%);erm(B), 6 (43%); mef,3 (21%); нетerm(B)/mef, 2 (14%)erm(B)/mef, 2 (40%);mef, 3 (60%)erm(B)/mef, 6 (86%);mef, 1 (14%)PI1cPI214(100%)0007(100%)7(100%)7(100%)12(100%)7(100%)7(100%)7(100%)7(100%)000110011erm(B), 1/100100110001erm(B), 1/100111001000Нет ERYрезистентных100000erm(B), 1/10142Продолжение таблицы 7.11n и доля (%) изолятовCC(n изолятов)PEN-S d (6):CC180,ST10511 (1);Синглетон,ST10512 (3);Группа двухсиквенстипов, ST5954(1), ST10430(1)Итого (49)Нечувствительны к соответствующему препаратуaPENAMXCTXERYCLISXTCHLTET000004(67%)01(17%)43(88%)28(57%)23(47%)29(59%)20(41%)338(67%) (16%)13(27%)МЛУГенотипрезистентности кмакролидам bPI1cPI20Нет ERYрезистентных0025(51%)erm(B)/mef, 11(38%); erm(B), 9(31%); mef, 7 (24%);нет erm(B)/mef, 2(7%)29(59%)7(14%)Примечание.aAMX ─ амоксициллин; CHL ─ хлорамфеникол; CLI ─ клиндамицин; CTX ─ цефтриаксон; ERY ─ эритромицин;PEN ─ пенициллин; SXT ─ ко-тримоксазол; TET ─ тетрациклин; МЛУ ─ множественная лекарственная устойчивость.bПроцент показывает долю среди эритромицин-резистентных изолятов, несущих соответствующую детерминантурезистентности.cPI (pilus islet) ─ островок, кодирующий пили.dPEN-S (penicillin-susceptible) ─ группа из шести пенициллин-чувствительных изолятов, описанных в Таблице 7.11143CC156 был представлен семью 19А-пневмококками (14% от всейколлекции), относящимися к четырем сиквенс-типам.
Шесть из семи изолятовбыли выделены в городах европейской части России в 2003 году, сформировавсубклон в составе трех новых близкородственных сиквенс-типов: ST10437,ST10438 и ST10514 (Таблица 7.10). Эти пневмококки обладали примечательнымфенотипом, будучи полностью резистентными к амоксициллину с МПК 4-8 мг/л,которые превышали МПК пенициллина (Таблица 7.12). Кроме того, эти изолятыбылиустойчивыкко-тримоксазолу,носохраняличувствительностькэритромицину, клиндамицину, тетрациклину и хлорамфениколу.CC320-пневмококки (n=7, 14% от всей коллекции) были выделеныисключительно в 2010-2013 гг., их доля в этот период составила 32% (Таблица7.10).
СС320 был представлен двумя сиквенс-типами: ST320 (n=3) и ST9656 (n=4;новый однолокусный вариант ST320 по аллели recP). Все изоляты CC320 имелиМЛУ с высокими МПК пенициллина и амоксициллина (диапазон 1-4 мг/л) ирезистентностью к эритромицину и ко-тримоксазолу (Таблица 7.11, 7.12). Всеизоляты, кроме одного, имели более высокие значения МПК амоксициллина, чемМПКпенициллина;всеСС320-пневмококкибыличувствительныкхлорамфениколу.Девятьнесвязанныеизолятовпредставлялисиквенс-типы.Всеразличныешестьклональныелиниипенициллин-чувствительныхили19А-пневмококков принадлежали к этой группе изолятов и не имели МЛУ (Таблица7.11, 7.12).
Один синглетон (ST10436) демонстрировал высокие значения МПКпенициллина и амоксициллина (2 мг/л) (Таблица 7.12).144Таблица 7.12Чувствительность к β-лактамам и частота аминокислотных замен в пенициллинсвязывающих белкаху пневмококков серотипа 19Аn и (%) изолятов; диапазон МПК (мг/л)aССВсего, n (%)PENS≤0,066(12%)0CC663 (n=14)I>0,06;≤232(65%)5(36%)AMXR>211(23%)9(64%)S≤0,521(43%)1(7%)1,0-160CC230 (n=12)12(100%)012(100%)CC320 (n=7)7(100%)CC156 (n=7)5(71%)00010,125S≤0,526(53%)3(21%)1(14%)2(29%)01(14%)012(100%)100,047R>24(8%)4(29%)1a2b2x13,9%1,7%13,5%0,8%7,2%3,3%6,0%1,9%8,7%2,8%6,6%0,7%0014,1%2,0%4,3%06,7%1,1%013,9%1,2%11,3%0,3%12,1%0,1%011,6%1,9%14,8%2,0%10,8%2,9%09,5%3,6%11,3%0,06-0,56(86%)07(100%)1-1,56(86%)3(43%)1,5-8,0c0I>0,5; ≤219(39%)7(50%)0,250-321.0-4,0c1,0-4,0CC63, ST63(n=1)R>214(29%)2(14%)0,047-0,51,0-2,000% замен аминокислот;среднее (СО)CTX0,5-120,094-0,50I>0,5; ≤214(29%)11(79%)ПСБb4(57%)0,5-1,00100,250145Продолжение таблицы 7.12n и (%) изолятов; диапазон МПК (мг/л)aССPENAMXS≤0,06I>0,06;≤2R>2S≤0,5I>0,5; ≤2Всего,n (%)6(12%)32(65%)11(23%)21(43%)14(29%)Синглетон,ST10433 (n=1)01010Синглетон,ST10436 (n=1)0PEN-Sd(n=6)0,510000,003-0,016R>214(29%)0S≤0,5I>0,5; ≤2R>21a2b2x26(53%)19(39%)4(8%)13,9%1,7%7,2%3,3%8,7%2,8%10014%6,5%6,5%1014%9,4%13,1%00000,25100206(100%)% замен аминокислот;среднее (СО)CTX0,526(100%)ПСБb1,500,01-0,03206(100%)0,4 %0,016-0,08Примечание.aPEN ─ пенициллин; AMX ─ амоксициллин; CTX ─ цефтриаксон.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
