Диссертация (1139571), страница 16
Текст из файла (страница 16)
pneumoniae были выявлены 10 (12%) и 7(8%) изолятов, относившихся к ST48 и ST377 соответственно. К четыремвышеописанным генотипам суммарно относились 68 (81%) карба-Р изолятов K.pneumoniae. Остальные девять сиквенс-типов этой части коллекции былипредставлены 1-3 штаммами.Карба-Ч изоляты отличались меньшим клональным разнообразием: три изпяти выявленных сиквенс-типов (ST48, ST70, ST111) были представленыединичными изолятами. ST11 и ST111 не встречались в карба-Р части коллекции.Далее, мы проанализировали распределение сиквенс-типов штаммов K.pneumoniae, выделенных в период с 2012 по 2016 гг.
в двух педиатрическихстационарах.Из 15 выявленных сиквенс-типов 10 встречались только в С1, а одинсиквенс-тип (ST23) был обнаружен только в С2. Изоляты, принадлежавшие кчетырем сиквенс-типам (ST395, 337, 70 и 336), были обнаружены в обоихстационарах.Составлявшие значительную часть коллекции штаммы ST307 (n=28) иST48 (n=11) были выделены только у пациентов в С1. Интересно, что клон ST307доминировал в данном стационаре в течение всего периода исследования. ST395такжевстречалсявС1(10/31)иС2(21/31)напротяжениивсегопроанализированного периода.
Изоляты ST48 (n=11) выделяли в С1 в период сянваря 2014 по сентябрь 2015 гг., а ST377 (n=7) выявляли в С2 с апреля по июнь2015 г (n=3), а в С1 с апреля 2015 по март 2016 гг. (n=4), (рис.5.1, таблица 5.4).104Таблица 5.4Распределение сиквенс-типов штаммов K. pneumoniae по стационарамС1С2STВсего%n%n%3953132101521723072829284100481111111600377774631070443414233300310172223003362211,5143922230011222300141111,5001471111,5004611111,5001111111,50030241111,500Итого97100%68100%29100%В данной главе мы представили молекулярно-генетический анализ карба-Чи карба-Р изолятов K.
pneumoniae, выделенных у пациентов двух педиатрическихстационаров г. Москвы. Более половины проанализированных изолятов (61%)принадлежало к двум сиквенс-типам: ST395 и ST307.Среди карба-Р изолятов K. pneumoniae доминирующим был ST395 (n=31),который встречался в обоих исследованных стационарах. Семь штаммов данногосиквенс-типа были носителями генов БЛРС и карбапенемаз blaCTX-M + blaOXA-48, 20изолятов дополнительно несли ген БЛРС blaTEM. Три штамма имели только генblaOXA-48, а один изолят обладал комбинацией двух генов БЛРС.105Глава 6. Популяционная структура карбапенемрезистентных P. aeruginosaи носительство металло-β-лактамазВ данной главе были проанализированы карба-Ризоляты P. aeruginosa,выделенные в период 2012-2016 гг.
в двух стационарах г. Москвы. Былаисследована их чувствительность к некарбапенемным антибиотикам, проведеноМЛСТ и протестировано носительство генов трех типов металло-β-лактамаз(МБЛ): blaVIM, blaIMP и blaNDM.Всего было отобрано 87 изолятов P. aeruginosa, которые были резистентны(МПК >8 мг/л) к меропенему и/или имипенему (карба-Р изоляты). Из них 78(90%) изолятов были резистентны к обоим карбапенемам, еще восемь (9%)изолятов обладали умеренной устойчивостью к меропенему (МПК 4-8 мг/л) иодин (1%) изолят был умеренно устойчив в имипенему (МПК 8 мг/л).Максимальную МПК ≥32 мг/л меропенема и имипенема имели 85 (98%) и 78(90%) изолятов соответственно.
Большинство изолятов было получено изреспираторных образцов (54%), меньшую долю имели изоляты, выделенные изстомы/раны (22%), мочи (16%), крови (6%) и ликвора (2%). Медиана возрастапациентов-источников изолятов составила 4,4 года (Р25 11 мес, Р75 14,7 лет).Анализ чувствительности карба-Р P. aeruginosa к некарбапенемнымантибиотикам показал их высокую устойчивость ко всем группам исследованныхпрепаратов,включаяцефалоспорины,аминогликозидыифторхинолоны.Наиболее высокая резистентность наблюдалась к амикацину, гентамицину ицефепиму (>80% устойчивых изолятов). Таким образом, все исследованныеизоляты обладали МЛУ (Таблица 6.1).106Таблица 6.1Устойчивость Карба-Р изолятов P.
aeruginosaк некарбапенемным антибиотикамМПК50МПК90Доля резистентных(мг/л)(мг/л)изолятовCZD16≥25667%FEP48≥25685%AKN≥256≥25689%GMN≥256≥25682%NTMа76%ТMNа77%CIP≥32≥3277%АнтибиотикПримечание: а Чувствительность определяли с помощью диско-диффузионного метода6.1.Характеристика популяционной структуры Карба-Р P. аeruginosaВсе выделенные изоляты были подвергнуты генотпированию с помощьюМЛСТ. Всего был выявлен 21 уникальный сиквенс-тип.
В структуре с большимотрывом лидировали представители пяти сиквенс-типов, включая ST111, ST235,ST446, ST654 и ST2592, которые суммарно составляли 78% выборки карба-Р P.aeruginosa; из них самыми распространенными стали ST654 (30%), ST235 (23%) иST111 (13%). Оставшиеся 16 сиквенс-типов формировали 22% выборки (Таблица6.2).107Таблица 6.2Распределение генотипов карбапенемрезистентных изолятов P. aeruginosaSTЧисло изолятовДоляНакопленный %%6542630%30%2352023%53%1111113%66%2592 а67%72%44656%78%24422%80%121122%83%156722%85%23311%86%23411%87%24511%89%26011%90%39911%91%56211%92%61211%93%64411%94%103111%95%103311%97%193011%98%204911%99%2757 б11%100%Итого:87100%Примечание. Изоляты расположены в порядке убывания частоты встречаемостиаВпервые описанный сиквенс-тип, однолокусный вариант ST357 (новая аллельaro).бВпервые описанный сиквенс-тип (новая аллель aro).108Популяционная структура карба-Р P. aeruginosa в двух исследованныхстационарах значимо различалась (2=46, р=0,001).
В стационаре С2 былообнаружено семь, а в стационаре С1 – 16 различных сиквенс-типов. Два наиболеераспространенных генотипа ST235 и ST654 были представлены в обоихстационарах, тогда как ST111 присутствовал только в С2, а уникальным для С1стал ST446; для С2 был эндемичным также ST2592. Одиннадцать из 16 сиквенстипов, обнаруженных в стационаре С1, были представлены единичнымиизолятами, доля которых в общем числе изолятов из С2 составила 25% (Рисунок6.1).244233112112341223522592 (SLV357)24516206544461112626051644111612399156715621103111033121193020491127571Рисунок 6.1. Популяционная структура P.
aeruginosaС-1С-21096.2. Носительство МБЛ-карбапенемазУ 50 (57%) исследованных изолятов карба-Р P. aeruginosa был выявлен генМБЛ blaVIM; носительство других карбапенемаз, включая blaNDM и blaIMP,обнаружено не было. ПродуцентамиVIM-подобных карбапенемаз былипредставители трех сиквенс-типов: ST111, ST235 и ST654. Носителями blaVIMбыли все изоляты ST111 и ST654, а также 13 (65%) ST235-изолятов. В структуре вструктуре VIM-позитивных изолятов лидировал ST654 (52%, 26/50), ST111 иST235 занимали долю 23% (11/50) и 26% (13/50) соответственно (Таблица 6.3).Таблица 6.3Распределение карбапенемрезистентных изолятов P. aeruginosa всоответствии с генотипом, распространенностью в стационарах,носительством blaVIMSTn (%)НосителиС1С2рб10 (23%)14 (32%)005 (11%)02 (5%)2 (5%)11 (25%) г44 (100%)16 (37%)6 (14%)11 (26%)6 (14%)02 (5%)002 (5%) в43 (100%)>0,050,048<0,0010,010,023>0,05>0,05>0,050,008blaVIMа654235111259244624412111567ДругиеВсего26 (30%)20 (23%)11 (13%)6 (7%)5 (6%)2 (2%)2 (2%)2 (2%)13 (15%)87 (100%)26 (100%)13 (65%)11 (100%)00000050 (57%)Примечание.Представлены сиквенс-типы с частотой >=2.
Сиквенс-типы расположены в порядке убывания частотывстречаемости. ST – сиквенс-тип, С1 – стационар 1, С2 – стационар 2.аВ скобках указана доля blaVIM-положительных изолятов от общего числа изолятов соответствующегосиквенс-типа.бЗначение р указывает на значимость различий (критерий 2) между частотой встречаемостисоответствующего сиквенс-типа в двух стационарах; значимые различия выделены жирным шрифтом.вST234, ST1930.гВсего11 сиквенс-типов: 233, 245 260, 399, 562, 612, 644, 1031, 1033, 2049, 2757; каждый представленодним изолятом.110Таким образом, наше исследование показало широкое распространение(>50%) носительства VIM-подобных карбапенемаз среди Карба-Р P.
aeruginosa,что делает их наличие ведущим механизмом устойчивости к карбапенемам угоспитальных штаммов этих возбудителей. В то же время, у значительной долиКарба-Р изолятов механизмы резистентности остаются нерасшифрованными. Всеэто свидетельствует о необходимости дальнейших исследований, направленныхна мониторинг устойчивости к антибиотикам и популяционной эволюциигоспитальных штаммов P. aeruginosa на территории России.111Глава 7.
Респираторные патогены7.1 Динамика распространенности серотипов и антибиотикорезистентностиносоглоточных пневмококков, выделенных в 2010-2016 гг.В главе 7 проанализирована динамика структуры серотипов носоглоточныхпневмококковиихустойчивостикантибиотикам.Былиисследованыносоглоточные изоляты пневмококков, выделенные в 2010-2016 гг. у детей,получавших стационарную и амбулаторную помощь в ФГАУ «Национальныймедицинский исследовательский центр здоровья детей» Минздрава России.Исследование включало определение серотипа, чувствительности к шести АМП, атакже определение фенотипа и генотипа устойчивости к макролидам илинкозамидам.Описание коллекции пневмококковВ исследование вошло 1111 изолятов пневмококков, выделенных в течение2010-2016 гг.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
