Диссертация (1139571), страница 15
Текст из файла (страница 15)
baumannii.Среди представителей СС944Oxf встречались носители как ОХА-72 (75%;46/61), так и OXA-23 (23%; 14/61), однако изоляты СС944Oxf обладалиисключительно OXA-72 (у одного изолята она сочеталась с OXA-23).93Примечательно, что каждый сиквенс-тип отличался наличием гена определеннойкарбапенемазы, за некоторыми исключениями, описанными выше (Таблица 4.1).Например, все изоляты ST348Oxf (n=30) и ST944Oxf (n=16) несли ген blaOXA-72, в товремя как все изоляты ST493rpoDOxf (n=8) и ST1128Oxf (n=3) обладали геномblaOXA-23. Исключение составили изоляты ST493Oxf, которые имели карбапенемазуOXA-72 (2 из 3) или OXA-23 (1 из 3), а также два изолята, которыепродуцировали обе карбапенемазы (по одному изоляту ST450Oxf и ST1103Oxf).В 2016 г.
было опубликовано короткое сообщение Pfeifer и соавт. [298],которые описали два карба-Р изолята А. baumannii ST78Pas, выделенных у двухпациентов из России, проходивших лечение в двух разных стационарах вГермании. Эти изоляты оказались носителями комбинации blaOXA-72 и гена βлактамазы расширенного спектра blaCTX-M-115, что послужило стимулом проверитьналичие CTX-M-115 у карба-РА. baumannii, исследованных нами. Все изолятыCC944Oxf/ST78Pas, за исключением одного, несли ген blaCTX-M-115 (Таблица 4.1 и еепримечание). Ни один из оставшихся карба-Р изолятов А. baumannii не былносителем blaCTX-M-115, за исключением единственного изолята ST558.4.3.
Образование биопленокБиопленкообразование было изучено у 70 (80%) карба-Р изолятов А.baumannii (Рис. 4.2, Таблица 4.2). Значение медианы биопленочного роста былозначимо выше у изолятов СС92Oxf по сравнению с СС944Oxf и другими изолятами(Таблица 4.2). Высокой способностью к образованию биопленок (ОП≥0,6)обладали 19 из 20 (95%) исследованных представителей СС92 Oxf. Н-критерийКраскела-Уоллиса показал значимые различия в способности к формированиюбиопленок между сиквенс-типами (H=30,8, p=0,006). Сравнение различныхсиквенс-типов выявило, что изоляты ST493rpoDOxf (CC92Oxf) продуцировализначимо больше биопленочной массы, чем три сиквенс-типа CC944Oxf (Таблица4.2, Рис.4.2).94Дополнительно мы исследовали способность к биопленкообразованию у 12карбапенемчувствительных изолятов А.
baumannii без определенной клональнойпринадлежности (синглетоны), включая сиквенс-типы 1107-1110Oxf, 1127Oxf,1129Oxf, 1098Oxf, 1099Oxf, 1132Oxf. Различия в способности к формированиюбиопленок между группой карба-Ч изолятов и карба-Р изолятами СС92Oxf иСС944Oxf были статистически незначимы (p=0,470 и p=0,177 соответственно)(Таблица 4.2, Рис.
4.2).Рисунок 4.2. Биопленкообразование отдельных изолятов A. baumanniiПримечание. Каждый кружок соответствует одному изоляту. Сиквенс-типыи клональные комплексы (СС) представлены на оси Х. Пунктирной линиейобозначен уровень ОП=0,6, который разделяет изоляты с высокой (выше линии) инизкой (ниже линии) способностью к образованию биопленок. ОП – оптическаяплотность; 493v – ST493rpoDOxf; Карба-Ч – карбапенемчувствительные.95Таблица 4.2Способность к биопленкообразованию у изолятов A. baumanniiв соответствии с генотипом по схеме МЛСТ OxfordCCSTnaСпособность к образованиюбиопленокn (%) изолятовMe OП(P25; P75)Высокаяб НизкаяКарба-Р изолятыСС9246ST34823ST4508ST493rpoD7СС94423ST94413ST11033ST110470,57(0,29; 0,75)в0,43(0,26; 0,69)0,53 (0,27; 0,7)0,57(0,53; 0,73)г0,30(0,25; 0,39)0,29(0,24; 0,33)0,28(0,23; 0,44)0,36(0,3; 0,39)19 (41%)27 (59%)1 (4%)22 (96%)1 (8%)11 (92%)Карба-Ч изолятыСинглетоныST11071110, 1127,1129,1098,1099, 1132120,44(0,32; 0,56)Примечание.
CC – клональный комплекс; ST – сиквенс-тип; Me – медиана; ОП –оптическая плотность; P – перцентиль.aДиапазон средних значений среди карба-Р изолятов представлен только длясиквенс-типов c n ≥3.бИзоляты с высокой способностью к образованию биопленок имели ОП ≥0,6.вp=0,024 по сравнению с CC944 (U-критерий Манна-Уитни).гp=0,003 по сравнению с ST944 и ST1104; p=0,022 по сравнению с ST1103 (Uкритерий Манна-Уитни).96Таким образом, наши данные показали доминирование двух клонов средикарба-Р изолятов A. baumannii в г.
Москве. Один из них, СС92Oxf/ СС2Pas,распространен по всему миру. Второй клон, СС944Oxf/ST78Pas, несущий геныblaOXA-72 и blaCTX-M-115, может оказаться эндемичным для московского региона и,возможно, для России в целом.97Глава 5. Клональное разнообразие, молекулярные механизмы устойчивостик карбапенемам у карбапенемрезистентных штаммов K. pneumoniaeВ настоящей главе был охарактеризован 101 штамм K. pneumoniae.Резистентных к карбапенемам (карба-Р) изолятов 84. Все изоляты выделены удетей их двух стационаров города Москвы в 2012-2016 гг. ИсследованныеизолятыбылиподвергнутыМЛСТ,исследованиюспектраантибиотикорезистентности и носительства генов карбапенемаз.5.1. Профиль чувствительности к антибиотикам изолятов K. pneumoniaeДля анализа были отобраны 84 штамма карба-Р и 17 карба-Ч K. pneumoniae,выделенных из крови/ликвора (25%), трахеального аспирата (17%), отделяемогораны/дренажи/стомы (11%), мочи (6%) и локусов мониторинга зева/ануса (37%).Спектр устойчивости и диапазоны МПК антибиотиков в отношенииисследованных штаммов представлены в таблице 5.1.Все исследованные карба-Ч и карба-Р изоляты были резистентны кцефалоспоринам III-IV поколений.
К аминогликозидам доля нечувствительныхштаммов у карба-Ч варьировала от 59% до 100%, а у карба-Р от 71% до 86%. Кципрофлоксацину и фосфомицину резистентность карба-Ч изолятов составила94% и 31%, соответственно, а карба-Р штаммы в 94% случаев были резистентны ик ципрофлоксацину и фосфомицину.Наибольшую чувствительность исследованные изоляты проявляли вотношении тигециклина. Нечувствительных штаммов к тигециклину было 18%как среди карба-Ч, так и для карба-Р изолятов.98Таблица 5.1Устойчивость к антибиотикам и диапазон МПК к тигециклину, имипенему, меропенемуу штаммов K. pneumoniaeАМПCOXCZDКарба-Чn=17ДиапазонДоля НЧ (%)МПК, мкг/мл100н/тн/т100ДоляНЧ (%)100Карба-Рn=84Диапазон МПК,мкг/мл> 64 (n=53)1004-> 64 (n=53)FEP100н/т1008-> 64 (n=53)АKN59н/т762-> 64 (n=53)GMN100н/т861-> 64 (n=53)NTM88н/т711-> 32 (n=53)CIP94 (15/16)н/т940.25-4 (n=53)FOS31 (5/16)н/т94 (75/80)16-> 156 (n=53)ТGC180,125-1,5180.125-6МEM00,064-1,5100> 32IPM00,125-4**99> 32995.2.
Молекулярные механизмы устойчивости изолятов K. pneumoniaeк β-лактамным антибиотикамВсе изоляты были протестированы на наличие генов БЛРС (CTX-M,TEM) и карбапенемаз IMP, KPC, OXA-48, NDM, VIM (Таблица 5.2).Среди карба-Ч штаммов ген БЛРС blaCTX-M был найден только у одногоизолята (6%), а восемь штаммов (47%) обладали комбинацией, состоящей издвух генов blaCTX-M и blaTEM. Нами были выявлены также комбинации геновБЛРС и карбапенемаз. Так, пять (35%) штаммов обладали комбинацией,состоящей из трех генов: blaCTX-M+blaTEM+blaОХА-48.
Ген карбапенемаз blaОХА-48 вдвух случаях сочетался с геном blaTEM и в одном случае с blaCTX-M.Среди карба-Р штаммов гены карбапенемаз blaОХА-48 в качествеединственной детерминанты резистентности присутствовали в пяти (6%)изолятах, ген blaNDM только у одного штамма. Использованный нами ПЦРметод не выявил ни одного штамма K.
pneumoniae, обладающего генами IMP,KPC,VIM.Наиболеераспространеннойкомбинациейдетерминантрезистентности стало сочетание гена карбапенемазы blaОХА-48 с двумя генамиБЛРС blaCTX-M+blaTEM выявленное у 53 (63%) изолятов, при этом у 17 (20%)карба-Р изолятов был выявлена комбинация blaОХА-48+blaCTX-M и только у одногоизолята blaОХА-48+blaТЕM.
Сочетание гена карбапенемаз blaТЕM и гена БЛРСblaCTX-M было найдено в 5 (6%) случаях. У одного штамма были обнаруженыкомбинации двух генов карбапенемазП blaТЕM + blaNDM с геном БЛРС blaCTX-M.Одинштаммимелчетыредетерминантыкарбапенемаз и два гена БЛРС (Таблица 5.2).резистентности:двагена100Таблица 5.2Распространенность генов резистентности и их комбинаций уштаммов K. pneumoniae (n=101)Карба-Р,Карба-Ч,n=84n=17CTX-M01 (6%)CTX-M +OXA-4817 (20%)1 (6%)CTX-M +TEM5 (6%)8 (47%)CTX-M +TEM +OXA-4853 (63%)5 (35%)CTX-M + TEM +NDM1 (1%)0CTX-M +TEM +OXA-48+NDM1 (1%)0OXA-485 (6%)0TEM+ OXA-481 (1%)2 (3%)NDM1 (1%)0Гены5.3. Клональная структура популяции K. pneumoniaeВсего 84 карба-Р и 13 карба-Ч штаммов K. pneumoniae были исследованыметодом МЛСТ.
Разнообразие сиквенс-типов представлено на рисунке 5.1.Проанализированные изоляты относились к 15 сиквенс-типам, в том числе былобнаружен один новый сиквенс-тип, зарегистрированный в базе данных МЛСТпод номером ST3024.101CG2582211CG1439142 2237011131 1CG17CG1472833621117147307481032144611377395С-13024C-2Рис. 5.1. Распределение сиквенс-типов штаммов K. pneumoniaeПримечание:числавкругахобозначаютколичествоизолятов,относящихся к соответствующему ST. Прямой линией показаны SLV (single locusvariant, однолокусный вариант), прерывистой – DLV (double locus variant,двухлокусный вариант); CG (clonal group) – клональная группа.В целом, в исследованной популяции преобладали четыре сиквенс-типа:ST395 (n=31; 32%), ST307 (n=28; 29%), ST48 (n=11; 11%) и ST377 (n=7; 7%), всовокупности, составлявшие 79% всей выборки.
Большинство карба-Р штаммовотносилось к ST395 (n=31; 37% этой части коллекции) (Таблица 5.3).102Таблица 5.3Распределение карбапенемрезистентных изолятов K. pneumoniaeв зависимости от сиквенс-типа и носительства детерминант резистентности(n=84)Гепнотип(n, %)ST39531 (37%)ST30720 (24%)ST4810 (12%)ST3777 (8%)ST703 (4%)ST233 (4%)ST172 (2%)ST3362 (2%)ST392 (2%)ST141 (1%)ST1471 (1%)ST4611 (1%)ST30241 (1%)nOXA-48NDMCTX-MTEM2073118118242121212++++++++++++++-+-+++++++++++++++++++++++++112+++-++++1+-++1-+++1-+--1--++Итого:76(90,5%)3(3,6%)77(91,7%)61(72,6%)103Не было обнаружено ни одного карба-Ч изолята, относившегося к данномусиквенс-типу. Вторым по частоте среди карба-Р изолятов был ST307 (n=10; 24%),данный сиквенс-тип доминировал среди карба-Ч изолятов (8/13; 62% этой частиколлекции). В популяции карба-Р K.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
