Диссертация (1139571), страница 19
Текст из файла (страница 19)
Значимыеизменения выделены жирным шрифтом.129Клональная эволюция пневмококков серотипа 14Для того чтобы определить возможную взаимосвязь изменений спектраантибиотикочувствительности со сдвигами в клональной структуре, мы провелиМЛСТ пневмококков серотипа 14, полученных в 2010-2015 гг., разделив выборкупо времени выделения изолятов на два периода: 2010-2012 и 2013-2015 гг.
(вкаждую группу вошло по 39 изолятов). Всего было выявлено 26 сиквенс-типов (втом числе 13 новых сиквенс-типов), 19 (70%) из которых принадлежали тремклонам, включая СС15 (семь сиквенс-типов), СС143 (семь сиквенс-типов) иСС156 (пять сиквенс-типов) (Таблица 7.8, Рис. 7.5).Таблица 7.8Сиквенс-типы и клональные комплексы пневмококков серотипа 14,выделенных в 2010-2015 гг.ССST143n (% отвсехизолятов)30 (39%)143978112618n (% от изолятов всоответствующийпериод)2010-20122013-20157 (18%)23 (59%) б418110112619011262001126291012931119151881958716 (41%)18105 (13%) б22011262340126261012627101521 (27%)КомментарийаDLV Spain9V-3 (ST156)SLV ST143 (новая gki)SLV ST143 (новаякомбинация аллелей)SLV ST143 (новаякомбинация аллелей)SLV ST143 (новаякомбинация аллелей)SLV ST143 (новая dll)England14-9 (ST9)DLV ST15 (новаякомбинация аллелей)SLV ST12623 (новаякомбинация аллелей)SLV ST15 (новаякомбинация аллелей)130Продолжение таблицы 7.8ССSTn (% отвсехизолятов)n (% от изолятов всоответствующийпериод)Комментарийа1562010-20127(18%)52013-20159(23%)31227021569012944131293010SLV ST156 (новая dll)1249(23%)32(5%) б1Netherlands14-35 (ST124)78210Sweden15A-25 (ST63)15001012621011262220CC30 (ST30)Синглетон (новые gki иrecP)SLV ST12625 (новая gki)1262410126251039 (100%)39 (100%)16(21%)15611(14%)ДругиеВсего78 (100%)Spain9V-3 (ST156)Синглетон (новая spi)Группа из двух (ST12622,ST12625)Примечание.аРMEN-клоны и их сиквенс-типы-родоначальники (в скобках), относящиесяк соответствующему клональному комплексу, обозначены жирным шрифтом.
Длявпервые описанных сиквенс-типов показано родство с соответствующим сиквенстипом-родоначальником клона. SLV и DLV (single-, double-locus variant) ─аллельные профили, отличающиеся по одному и двум локусам соответственно отуказанного сиквенс-типа.бЗначимые различия между долями в 2010-2012 и 2013-2015 гг. (р<0,05;фактические значения p указаны в тексте).131Рисунок 7.5 Популяционная структура пневмококков серотипа 14,выделенных в 2010-2015 гг., eBURST-анализПримечание.
Однолокусные варианты (SLV) обозначены сплошнымилиниями, двухолкусные варианты (DLV) - пунктирными линиями. Размер кругапропорционаленчислуизолятов.Белымцветомпредставленыизоляты,выделенные в 2010-2012 гг., черным – в 2013-2015 гг.Несмотря на то, что ST143 является DLV ST156 (по локусам gdh и recP),для целей настоящего исследования мы выделили ST143 и родственные сиквенстипы, которые отличались от ST156 по динамке распространенности и профилюустойчивости к АМП (см. ниже), в отдельный клональный комплекс.СС15, СС143 и СС156 содержали большинство исследованных изолятов(67/78, 86%), а самым представительным по их числу стал СС143 (39%, 30/78).
ВСС143 доминировали пневмококки ST143 (73%, 22/30), которые такжелидировали по выборке в целом на уровне сиквенс-типа (28%, 22/78). Доли двухдругих ведущих сиквенс-типов ST15 и ST156 составили 13% (10/78) и 10% (8/78)соответственно (Таблица 7.12). Распространенность как клональных комплексов,132так и отдельных сиквенс-типов значимо отличалась в зависимости от периода(2=19, p<0,001 и (2=38, р=0,043 соответственно). Так, в 2010-2012 гг.
впопуляции преобладал СС15 (41%, 16/39), а СС143 и СС156 были менеепредставительны (18%, 7/39 каждый) (Таблица 7.8, Рис. 7.5). При этом 23% (9/39)выборки этого периода составляли сиквенс-типы из других клональных групп(Таблица 7.8, строка «Другие»). Напротив, в 2013-2015 гг. лидирующим клономстал СС143, который составил долю в 59% (23/39) в числе изолятов этого периода(z=3,72, р<0,001), а доля СС15 снизилась до 13% (5/39) (z=-2,81, р=0,005).
ДоляСС156 изменилась незначимо, составив 23% (9/39) (z=0,56, p=0,575), араспространенность сиквенс-типов из группы «Другие» значимо уменьшилась до5% (2/39; z=-2,26, p=0,023) (Таблица 7.8, Рис. 7.5). Возрастание доли СС143произошло преимущественно за счет пневмококков ST143, которые увеличилисвое представительство с 10% (4/39) в 2010-2012 гг. до 46% (18/39) в 2013-2015 гг.(z=3,52, р<0,001). Сокращение СС15 было обусловлено значимым снижениемдоли ST15 с 21% (8/39) до 5% (2/39) (z=-2,03, р=0,042) и прекращениемциркуляции пневмококков ST12623 (4/39 против 0/39 в 2010-2012 и 2013-2015 гг.соответственно; z=-2,05, р=0,04).Такимобразом,числосиквенс-типовпневмококковсеротипа14сократилось с 19 в 2010-2012 гг. до 15 в 2013-2015 гг.
Экспансия СС143 привела кснижениюразнообразияциркулирующихгенотипов(т.е.кповышениюклональности в популяции пневмококков серотипа 14). Это выразилось встатистически значимом уменьшение индекса биоразнообразия Шеннона за времяисследования с 2,63 (95% ДИ 2,93-2,33) до 2,05 (95% ДИ 2,47-1,64) (t-тестХатчисона, t=2,22, p=0,03).133Устойчивость к АМП пневмококков серотипа 14в зависимости от клональной принадлежностиПневмококковыеклонысеротипа14обладалиразнымпрофилемчувствительности к АМП.
Изоляты СС143 отличались МЛУ-фенотипом (29/30,97%), 100% были нечувствительны к PEN с высокой МПК50 и МПК90 (1 мг/л); 97%обладали резистентностью к ERY (МПК50, МПК90 ERY ≥256 мг/л), причем у 97%(28/29) ERY-резистентных изолятов присутствовал ген ermB, что делало их CLIрезистентными и придавало MLSB-фенотип. Большинство СС143-изолятовсохраняли чувствительность к AMX (2/30 нечувствительных, в т.ч. один AMXрезистентный). Устойчивость к SXT проявляли 87% (26/30) СС143-изолятов.
Всеизоляты СС143, выделенные с 2010 по 2015 гг., были чувствительны к CHL.Фенотип изолятов СС143 за время исследования качественно не изменился, а ихвклад в уровень резистентности вырос за счет увеличения доли в популяциициркулирующих пневмококков (Таблица 7.8, Рис. 7.5). Отметим, что в 2013-2015гг. СС143 был представлен ST143, к которому принадлежало 46% (18/39) изобщего числа изолятов в данном периоде исследования, и пятью SLV этогосиквенс-типа, четыре из которых были впервые описаны (Таблица 7.8, Рис. 7.5).Кроме того, в 2013-2015 гг. пневмококки ST143, ST9781 и ST12620 приобрелидополнительную детерминанту устойчивости к макролидам, став носителями генаmef, который наряду с ermB присутствовал у семи из 23 ERY-резистентныхизолятов этого периода.
У других клонов одновременного носительства ermB иmef выявлено не было (Таблица 7.9).134Таблица 7.9Устойчивость к антимикробным препаратам и генотип резистентности к макролидаму пневмококков серотипа 14 в зависимости от клонального комплексаАМПКатегорияСС143 (n=30)СС15 (n=21)СС156 (n=16)Другие (n=11)Всего (n=78)30 (100%)4 (19%)16 (100%)4 (36%)54 (69%)PENНЧ (%)В т.ч. Р (%) (МПК>2мг/л)МПК50; МПК90 (мг/л)001 (6%)01 (1%)≤0,06; 0,5≤0,06; 0,5≤0,06; 0,58(38%)≤0,25; ≥2561; 23(19%)1(6%)1; 44(25%)≤0,25; ≥256≤0,06; 0,53(27%)≤0,25; ≥256ermB 5/8; mef 3/8ermB 4/4ermB 3/35 (27%)16 (76%)4 (25%)14 (88%)3 (27%)5 (46%)0,5; 25(6%)2(3%)1; 244(56%)≥256; ≥256ermB/ermB+mef 40/44(91%); mef 3/44 (7%);нет ermB/mef 1/44 (2%)41 (53%)61 (78%)2 (10%)1 (6%)03 (4%)CLISXTР (%)Р (%)1; 12(7%)1(3%)1; 229(97%)≥256; ≥256ermB/ermB+mef28/29; нет ermB/mef1/2929 (97%)26 (87%)CHLР (%)0НЧ (%)AMXВ т.ч. Р (%) (МПК>4мг/л)МПК50; МПК90 (мг/л)Р (%)ERYМПК50; МПК90 (мг/л)Генотип ERY-Ризолятов0000n (%)29 (97%)5 (24%)4 (25%)3 (27%)41 (53%)МЛУАМП – антимикробный препарат, PEN - пенициллин, AMX – амоксициллин, ERY – эритромицин, CLI – клиндамицин, SXT –триметоприм/сульфаметоксазол, CHL – хлорамфеникол, МЛУ – множественная лекарственная устойчивость, СС – клональный комплекс, НЧ –нечувствительный, Р – резистентный, МПК – минимальная подавляющая концентрация.135Большинство из 21 СС15-изолята сохраняло чувствительность к беталактамам, лишь четыре изолята (19%) ST15 (n=3) и ST9587 (n=1) обладалиумеренной резистентностью к PEN с МПК 0,12-1 мг/л (МПК90 0,5 мг/л).Устойчивость к ERY и CLI была выявлена соответственно у 8 (38%) и 5 (27%)изолятов СС15.
Три из восьми ERY-резистентных изолятов (все ST9) былиносителями гена mef с М-фенотипом, т.е. они сохраняли чувствительность к CLI.Два из трех CHL-резистентных изолятов всей исследованной выборки относилиськ данному клональному комплексу (Таблица 7.9).Большинство СС15-изолятов (16/21, 76%) были устойчивы к SXT. В 20102012 гг.
клон СС15 был представлен 16 изолятами, относившимися к шестисиквенс-типами, среди которых преобладали ST15 (n=8) и его DLV, впервыеописанный ST12623 (n=4) (Таблица 7.8, Рис. 7.5). Все ST12623-изоляты быличувствительны к PEN, ERY и CLI, четверть из них к CHL. В 2013-2015 гг. СС15составляло пять изолятов трех сиквенс-типов, все были резистентны к ERY, 3/5 –нечувствительны к PEN.
МЛУ была выявлена у 24% (5/21) СС15-изолятов.СС156 в рассматриваемые периоды был представлен ST156 и четырьмя егоSLV. Фенотипический профиль СС156-изолятов в целом за время наблюдения непретерпел заметных изменений. Все они были нечувствительны к PEN с МПК 90 2мг/л, 19% (3/16) обладали сниженной чувствительностью к AMX (МПК90 4 мг/л),88% (14/16) были резистентны к SXT. В то же время, большинство СС156пневмококков сохраняли чувствительность к ERY и CLI, в том числе всепневмококки ST156. Резистентностью к этим АМП обладали пневмококкиST1227 (n=2), ST1569 (n=1) и ST2944 (n=1). Доля изолятов с МЛУ-фенотипом вСС156 была невысока – 25% (4/16) (Таблица 7.9).Изоляты ST124 (CC124, n=4), ST782 (n=1, CC63), ST1500 (n=1, СС30)(Таблица 7.8, строка «Другие») были чувствительны ко всем тестированным АМП(ST782 был устойчив к SXT).
Изоляты синглетонов ST12621 и ST12624, а такжегруппы из двух сиквенс-типов ST12622 (1 из 2 изолятов) и ST12625 былиустойчивы к PEN с МПК 0,25-1 мг/л. Группа ST12622/12625 обладаларезистентностью к ERY и CLI с MLSB-фенотипом, связанной с носительством136ermB. Эта группа из трех изолятов, единственная из числа внеклональныхизолятов, обладала МЛУ-фенотипом.7.3 Клональная эволюция пневмококков серотипа 19А в 2002-2013 гг.В настоящем разделе описаны изменения клонального разнообразияпневмококков серотипа 19А в период 2002-2013 гг. в призме устойчивости кантибиотикам, изменения структуры пенициллинсвязывающих белков (ПСБ) иносительства пилей.
В исследование были включены клинические изолятыпневмококков, выделенные в разных регионах России от педиатрическихпациентов с респираторными инфекциями различной локализации. У 19Апневмококков определяли: (1) клональную принадлежность с помощью методамультилокусногосиквенс-типирования(МЛСТ),(2)чувствительностькширокому спектру антибиотиков, (3) гены, кодирующие пили типа 1 и 2, (4)структуру ПСБ путем секвенирования фрагментов генов ПСБ1a, ПСБ2b и ПСБ2x.Описание коллекции пневмококков серотипа 19AВ исследование были включены 49 неинвазивных изолятов пневмококковсеротипа 19А, выделенных у детей (медиана возраста 2,76 года, межквартильныйразмах 2,59 года).
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
