Диссертация (1139571), страница 21
Текст из файла (страница 21)
S ─ чувствительные; I ─ промежуточные; R ─ резистентные.bДолю аминокислотных замен рассчитывали путем сравнения аминокислотных последовательностей консервативных мотивов вПСБ1a (позиции 341-582), ПСБ2b (позиции 375-652) и ПСБ2x (позиции 337-661) исследуемых изолятов с аминокислотнымипоследовательностями ПСБ референсного штамма R6.
Шесть пенициллин-чувствительных изолятов было исключено из расчетов общегосреднего.cУ шести из семи изолятов значения МПК амоксициллина были выше, чем МПК пенициллина.dPEN-S (penicillin-susceptible) ─ группа из шести пенициллин-чувствительных изолятов; описана в Таблице 7.11146В целом, чувствительность 19А-пневмококков к β-лактамным антибиотикамбыла сходной в 2003 и 2010-2013 гг.
В течение этого периода доля полностьюпенициллин-резистентных изолятов (МПК> 2 мг/л) снизилась с 28% (5/18) до 5%(1/22) (р=0,041).Несмотря на то, что доля эритромицин-резистентных 19А-пневмококковосталась неизменной (67-68%), доля изолятов, несущих две детерминантырезистентности к эритромицину ermB и mef, увеличилась с 17% (2/12) в 2003 годудо 60% (9/15) в 2010-2013 гг.
(р=0,023). Частота хлорамфеникол-резистентныхизолятов значительно снизилась с 33% (6/18) до 5% (1/22) (р=0,017). Наоборот,доля резистентных ко-тримоксазолу изолятов в течение периода исследованияувеличилась с 44% (8/18) до 82% (18/22) (р=0,014).Носительство генов пилей в зависимости от клональнойпринадлежности и антибиотикорезистентностиУ 29 изолятов (59%) было показано наличие PI1, из которых у семиизолятов дополнительно присутствовали PI2; у 20 изолятов (41%) островков,кодирующих пили, обнаружено не было (Таблица 7.11, 7.10).
Носительство PI1 иPI2 имело явную клональность. Пневмококки CC663 и CC156 несли PI1, но необладали PI2, в то время как в CC320-изолятах были выявлены оба вида PI(Таблица 7.11). Среди остальных пневмококков не было выявлено изолятов,несущих PI, за исключением ST10436, который был PI1-положительным. ЧастотаМЛУ была значительно выше среди PI-положительных изолятов (Таблица 7.13).Подавляющеебольшинствопилированныхпневмококковбылинечувствительны к β-лактамным антибиотикам, однако все изоляты без PIоставались чувствительны к амоксициллину и цефтриаксону, имея низкие иумеренные значения МПК пенициллина (Таблица 7.13, Таблица 7.10).
Кроме того,распространенность эритромицин- и клиндамицин-резистентных пневмококковбыла выше среди пилированных изолятов (Таблица 7.13).147Таблица 7.13Нечувствительность к антимикробным препаратам и носительствогенов пилей у пневмококков серотипа 19АПрепаратaPI-отрицательныеb(n=20)PI-положительныеb(n=29)pcn (%) нечувствительных изолятовPEN14 (70%)29 (100%)AMX028 (97%)<0,001CTX023 (79%)<0,001ERY7 (35%)22 (76%)0,004CLI4 (20%)16 (55%)0,003SXT16 (80%)17 (59%)0,117CHL1 (5%)7 (24%)0,075TET16 (80%)20 (69%)0,390<0,0016 (30%)19 (66%)МЛУ0,015(есть)Примечание.aAMX ─ амоксициллин; CHL ─ хлорамфеникол; CLI ─ клиндамицин;CTX ─ цефтриаксон; ERY ─ эритромицин; PEN ─ пенициллин; SXT ─ котримоксазол; TET ─ тетрациклин; МЛУ ─ множественная лекарственнаяустойчивость.bPI (pilus islet) ─ островок, кодирующий пили.
PI-отрицательные ─изоляты, не несущие PI; PI-положительные ─ изоляты, несущие PI1 или PI1вместе с PI2.сСтатистически значимые различия в долях нечувствительныхизолятов среди PI-отрицательных и PI-положительных пневмококковпоказаны жирным шрифтом.148Результаты секвенирования пенициллинсвязывающих белковАминокислотные последовательности фрагментов ПСБ изучаемых изолятовмы сравнили со структурой ПСБ референсного пенициллин-чувствительногоштамма S. pneumoniae R6. Число аминокислотных замен различалось междучувствительными и нечувствительными к пенициллину изолятами, а также междуклональными линиями (Таблица 7.12, Таблица 7.11). Пенициллин-чувствительныеизоляты (n=6) не имели аминокислотных замен в ПСБ2b и ПСБ2x; в ПСБ1a былаобнаружена только одна аминокислотная замена. В ПСБ1a, ПСБ2b и ПСБ2xпенициллин-нечувствительных пневмококков были заменены в среднем 13,9%,7,2% и 8,7% аминокислот соответственно. Различные клоны пенициллиннечувствительных 19А-пневмококков имели сходную частоту аминокислотныхзамен в ПСБ1а (Таблица 7.12, Таблица 7.11).
У 33 (77%) изолятоваминокислотные замены были найдены в консервативном мотиве ПСБ1a370STMK373 (T371A/S) и во фланкирующих регионах консервативного мотива428SRN430 (P432T). Во всех пенициллин-нечувствительных изолятах, кромеодного, присутствовала одинаковая замена из четырех аминокислот (замена TSQFна NTGY в позициях 574-577) (Таблица 7.11).
Структура консервативного мотиваПСБ1a 557KTG559 и фланкирующих его регионов была интактна. В ПСБ2bаминокислотные замены чаще встречались у изолятов CC156 и CC320 (Таблица7.12). Все нечувствительные к пенициллину изоляты несли замену T445A вконсервативном мотиве 442SSNT445 и мутацию T488A/S. Все 14 амоксициллинрезистентных 19А-пневмококков содержали уникальный набор из десятиаминокислотных замен в регионе 591-640 ПСБ2b (A591S, G596P, N605D, L608T,A618G, D624G, Q627E, T629N, S639T и D640E), повреждения которого связанысо сниженной чувствительностью к амоксициллину. В консервативном мотивеПСБ2b 385SVVK388 или рядом с ним мутации отсутствовали. Как и в случаеПСБ2b, структурные изменения ПСБ2x были более выражены у изолятов CC156 иCC320 (Таблица 7.12). У 31 (72%) пенициллиннечувствительного пневмококкавнутри консервативного мотива ПСБ2x 337STMK340 присутствовала мутация149T338A/P.
Другие частые мутации включали I371T, R384G/S, Q552E, N605T(Таблица 7.11).Далее мы оценили родство между структурой ПСБ исследованных изолятови ряда референсных штаммов с помощью построения филогенетического дереваметодом ближайших соседей (Рисунок 7.7). Все чувствительные к пенициллинуизоляты кластеризовались со штаммом R6 (Рис. 7.7, а-с). Структура ПСБ1aисследованныхСС320-изолятовбылана100%идентичнареференснымпоследовательностям MDR19A/ST320 и предшественника этого сиквенс-типа –ST236 (клон Taiwan19F-14) (Рис.
7.7а). Один высоко резистентный пневмококкST10434, относившийся к CC663 (изолят №242; МПК: пенициллин иамоксициллин, 3 мг/л; цефтриаксон 8 мг/л), кластеризовался с этой же ветвьюизолятов. Кроме того, вблизи СС320/ST236-группы изолятов локализовалисьпредставители CC230. Структура ПСБ изолятов, относившихся к CC156 и CC663,занимала промежуточное положение между MDR19A/ST320 и Spain9V-3/ST156(Рис. 7.7а).Аминокислотные последовательности ПСБ2b у изолятов CC320 и CC156(кроме ST143, обладавшим идентичным ПСБ2b со Spain9V-3/ST156) былиэквивалентны или очень близки к структуре ПСБ2b у MDR19A/ST320 (Рис.
7.7,б). Изоляты CC230 и CC663 (за исключением одного экстремально резистентногоизолята ST663, описанного ниже) образовывали большой кластер сходныхпоследовательностей в непосредственной близости от R6 и группы пенициллинчувствительных изолятов.Следует отметить, что группа высоко резистентных пневмококков,относившихся к CC156 и CC320 и обладавших мутацией A681G в ПСБ2b,кластеризовалась вместе. Один из этих изолятов (ST663) с экстремально высокойрезистентностью к β-лактамам (изолят №58, МПК: пенициллин, 16 мг/мл;амоксициллин, 12 мг/мл; цефтриаксон, 32 мг/мл), располагался отдельно отостальных изолятов из CC663, но вместе с MDR19A/ST320-идентичнымиизолятами (Рис. 7.7, б).150(a) PBP1a(b) PBP2b(c) PBP2xРисунок 7.7 Родство аминокислотных последовательностей ПСБисследованных 19А-пневмококков и референсных штаммовПримечание.
Родство ПСБ1a (а), ПСБ2b (б) и ПСБ2x (в) показано путем построенияфилогенетического дерева методом ближайших соседей с использованиемпрограммного обеспечения MEGA. Референсный штамм R6 и клоны Taiwan 19F-14(ST236), Spain9V-3 (ST156) и MDR19A (ST320) показаны жирным шрифтом.Отрезок соответствует генетическому расстоянию в 1%.151Аминокислотные последовательности ПСБ2x CC156-изолятов были близкик таковым у Taiwan19F-14/ST236 и Spain9V-3/ST156 (Рис.
7.7, b). Изоляты изCC320 и клон MDR19A/ST320 имели идентичную структуру ПСБ2x. Эта группаизолятов группировалась отдельно от CC663, который по аминокислотнойпоследовательности ПСБ2х был ближе к R6.Таким образом, 80% изученной коллекции изолятов 19А-пневмококковотносились к четырем глобально распространенным клональным комплексам:СС156, СС230, СС320 и СС663. Циркулирующие в настоящее время вЕвропейскойчастиРоссиипневмококкисеротипа19Аотносятсяпреимущественно к СС230 и СС320 (70%), замещая распространенные ранееСС156 и СС663. Все изоляты CC156, CC320 и CC663 имели значения МПКпенициллина ≥1 мг/л, в то время как изоляты CC230 характеризовалисьумеренными и низкими значениями МПК пенициллина, и были полностьючувствительны к амоксициллину и цефтриаксону. Это свидетельствует оклональных различиях чувствительности к β-лактамным антибиотикам висследуемой популяции пневмококков.
Поскольку данная коллекция изолятовбыла получена до включения ПКВ в Национальный календарь профилактическихпрививок в 2014 году, описанная эволюция колнальной структура пневмококковсеротипа 19А носила ПКВ-независимый характер, как и в некоторых другихрегионах. Распространение небольшого числа клонов серотипа 19А скорее всегосвязано с их конкурентными преимуществами на генном уровне, а также сселективным давлением антибиотиков.1527.4. Распространенность и механизмы устойчивости к макролидамStreptococcus pyogenes, выделенных у детейДинамика устойчивость S.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
