Диссертация (1139571), страница 14
Текст из файла (страница 14)
pneumoniae, A.baumаnnii+E.coli, A. junnii+B. flexus, A. lwoffii+E. faecalis. Одна ассоциациясостояла из трех микроорганизмов P. aeruginosa+K. pneumoniae+E. faecalis.85Чувствительность к антибиотикам микроорганизмов,Выделенных из ликвораИз четырех изолятов A. baumannii один штамм был нечувствителен кнетилмицину, три штамма были резистентны к тобрамицину, а к амикацину игенамицину проявили резистентность все четыре штамма. К карбапенемамустойчивых штаммов было два.
К цефепиму и ципрофлоксацину былирезистентны все исследуемые штаммы.Все четыре изолята K. рneumoniae были не чувствительны к ампициллину,амоксициллину/клавуланат, бисептолу, нитрофуронтоину иамикацину.Кципрофлоксацину было нечувствительно три штамма. К имипенему резистентыхбыло два штамма, а к меропенему – один.Все протестированные штаммы E. faecalis (n=3) были чувствительными кванкомицину, имипенему, линезолиду, нитрофурантоину, тигециклину. Кампициллину, ципрофлоксацину и левофлоксацину было нечувствительных поодному изоляту.Из двух штаммов P.
aeruginosa , выделенных из ликвора, один штаммобладал МЛУ и был чувствителен только к колистину. Другой штамм имелчувствительность к амикацину и нетилмицину, карбапенемам, ципрофлоксацинуи колистину.Выделенные микроорганизмы из ликвора у детей с острым менингитомбыли чувствительны ко всем тестируемым группам антибиотиков.Таким образом, возбудители, выделенные из положительных проб ликворау детей C-2, отличались от такового полученных от детей C-1, которые былитипичными возбудителями острого менингеального воспаления и обладаличувствительностью к антибактериальным препаратам, которые используются длялечения этих инфекций. У детей C-2 в микробном пейзаже преобладали86оппортунистические возбудители, что говорит о вероятном инфицировании встационаре.Микроорганизмы, выделенные из положительных образцов крови вмонокультуре, скорее всего, указывают на истинную бактериемию, но выделениеСКН вызывает сомнение в их истинной роли в развитии инфекций кровотока.Возбудители, выделенные в ассоциациях, скорее всего, являются следствиемконтаминации при взятии материала.
Чаще всего, из положительных гемокультуру детей C-2 выделялись оппортунистические микроорганизмы, а от пациентов C-1СКН. Возможно, это связано с неправильным забором материала (например,кровь забирали из ЦВК), что значительно увеличивает риск контаминации.Результатыизучениярезистентностикантибиотикамизолятов,выделенных из положительных гемокультур и проб ликвора, показали высокуюдолю резистентных штаммов оппортунистических микроорганизмов. Однаковозбудители острых менингитов были чувствительны ко всем антибиотикам,которые обычно применяют при данном виде инфекции.87Глава 4. Клональное разнообразие, молекулярные механизмыустойчивости к карбапенемам и биопленкообразование укарбапенемрезистентных штаммов Acinetobacter baumannii,выделенных в г.
МосквеВ настоящей главе были охарактеризованы 88 карбапенемрезистентных(карба-Р) изолятов A. baumannii, выделенных у пациентов из трех стационаровгорода Москвы в 2012-2015 гг. Исследованные изоляты были подвергнутыМЛСТ, исследованию спектра антибиотикорезистентности и носительства геновкарбапенемаз, а также способности к биопленкообразованию.4.1. Распределение клональных комплексов и сиквенс-типов согласносхемам Oxford и PasteurВсего было исследовано 88 карба-Р изолятов A.
baumannii, выделенных изкрови (14%), трахеального аспирата (48%), отделяемого раны (9%) искрининговых мазков из зева/ануса (29%). Исходно для всех изолятов мы провелиМЛСТ по схеме Oxford, выявив 15 сиквенс-типов, которые принадлежали к тремклональным комплексам: CC92Oxf (n=61), CC109Oxf (n=1) и CC944Oxf (n=26).CC92Oxf (69%) был представлен тремя однолокусными вариантами (singlelocus variant, SLV) и восемью двухлокусными вариантами (double locus variant,DLV) ST92Oxf.
Доминирующим генотипом был ST348Oxf (n=30), который составил34% всей коллекции. CC944Oxf состоял из 26 изолятов (30% всей коллекции),относившихся к трем сиквенс-типам, включая ST944Oxf (n=16) и два его SLV:ST1103Oxf (n=3) и ST1104Oxf (n=7). Один изолят ST441Oxf принадлежал к CC109Oxf(Таблица 4.1). Взаимосвязи между сиквенс-типом и типом образца – источникомизолята выявлено не было (данные не представлены).88Таблица 4.1Распределение 88 карбапенемрезистентных изолятов A. baumannii в соответствии с генотипом по схемам МЛСТOxford и Pasteur, распространенностью в стационарах, носительством blaOXA-подобных генов и гена blaCTX-M-115Стационар(число изолятов)МЛСТPasteurвblaCTX-M-115бCCn (% от всехизолятов)тип blaOXAaМЛСТOxford348DLV ST9230327072отр.2450DLV ST92990072дотр.2493rpoD DLV ST92800823отр.570жотр.45; 570зSTгКомментарий(n=88)61 (69%)CC92C-1n=27C-2n=41C-3n=20163015CCSTCC2е493DLV ST9230121128SLV ST92300372отр.2208SLV ST92220072отр.2281DLV ST92211072отр.2436SLV ST92100123отр.2558DLV ST92110072пол.451097DLV ST92101023отр.5701102DLV ST92100172отр.289Продолжение таблицы 4.1КомментарийCC944944Стационар(число изолятов)МЛСТPasteurв26 (30%)10blaCTX-M-115бSTгCCn (% от всехизолятов)тип blaOXAaМЛСТOxford16310372пол.7878(n=88)C-1n=27C-2n=4111C-3n=2051104SLV ST944770072пол.1103SLV ST944301272ииCCSTСинг.78CC1CC109441SLV ST1091 (1%)10072отр.826Примечание.
DLV – двухлокусный вариант; SLV – однолокусный вариант; пол. – положительный; отр. – отрицательный; Синг. – синглетон.aВсе изоляты конкретного сиквенс-типа имели соответствующий тип blaOXA, если не указано иное.Наличие гена blaCTX-M-115 определяли у всех изолятов, относившихся к CC944Oxf, и как минимум у одного изолята каждого сиквенстипа не-CC944Oxf, выделенного в каждом из стационаров.вМЛСТ по схеме Pasteur было выполнено как минимум у одного изолята каждого Oxford-сиквенс-типа из каждого стационара.гСиквенс-типы расположены в порядке убывания частоты встречаемости.
Жирным шрифтом выделены номера впервые описанныхсиквенс-типов.дОдин изолят имел также blaOXA-23.еВариант ST493 с делецией 18 п.о. 229-246 в алелли rpoD.жblaOXA-72 два изолята (С-3), blaOXA-23 – один изолят (С-2).зST45, два изолята (С-3); ST570, один изолят (С-2).иИз трех изолятов один был носителем blaOXA-72 и blaCTX-M-115 (С-2), один – blaOXA-72, blaOXA-23 и blaCTX-M-115 (С-3), один – только blaOXA-72(С-3).б90Шесть из 15 Oxford-сиквенс-типов ранее не были представлены в базеданных МЛСТ A. baumannii [93].
Новые комбинации алеллей встречались у пятииз шести впервые описанных сиквенс-типов; ST1128Oxf содержал новую gpiаллель. Восемь из 11 изолятов ST493Oxf несли делецию размером 18 п.о. в аллелиrpoD (позиции 229-246). Этот вариант ST493, который мы обозначили какST493rpoDOxf, встречался только в одном изучаемом стационаре, С-3 (см. ниже).Впервые описанные ST1103Oxf и ST1104Oxf составили 38% (10/26) изолятов изчисла представителей СС944 Oxf.Для выявления взаимосвязи между изолятами СС944Oxf и известнымимеждународными клонами мы провели дополнительное генотипирование A.baumannii по схеме Pasteur.
Все три сиквенс-типа СС944Oxf соответствовалиST78Pas (Таблица 4.1), который был раннее описан в литературе [128, 308, 287].Мы провели дальнейшее сравнение схем МЛСТ Oxford и Pasteur, выполнивPasteur-МЛСТ как минимум одного изолята каждого Oxford-сиквенс-типа изкаждогостационара(Таблица4.1.).ОбесхемыМЛСТраспределилиисследованные изоляты между тремя клональными группами [227, 391]:CC92Oxf/CC2Pas (относится к IC2), CC109Oxf/CC1Pas (относится к IC1) иCC944Oxf/ST78Pas.В то же время, схема Oxford позволила идентифицировать 15 сиквенстипов,тогдакаксхемаPasteurвыделилатолькопятьсиквенс-типов.Единственный Pasteur-сиквенс-тип ST2Pas охватывал семь из одиннадцати Oxfordсиквенс-типов, принадлежавших к СС92Oxf; ST78Pas соответствовал трем сиквенстипам схемы Oxford.
ST493Oxf был эквивалентен двум сиквенс-типам схемыPasteur: ST45Pas и ST570Pas; последний был идентичен ST493rpoDOxf (Таблица4.1.).В связи с тем, что схема Oxford показала более высокую разрешающуюспособность, мы использовали ее для анализа разнообразия генотипов карба-Р A.baumannii на уровне стационара (Рис. 4.1, Таблица 4.1). Распространенностьклонов в трех исследуемых стационарах отличалась незначимо (2=7,3; p=0,294),однако распределение сиквенс-типов было разным (2=123; p<0,001). Десять из 1591выявленных Oxford-сиквенс-типов встречались в единственном стационаре, пятьсиквенс-типов были обнаружены в двух стационарах, и только ST944Oxfприсутствовал во всех трех стационарах (Рис. 4.1, Таблица 4.1).Рисунок 4.1.
Популяционная структура 88 карбапенемрезистентныхизолятов A. baumannii, выделенных в трех стационарах г. МосквыПримечание. Цвет кружков обозначает стационар: черный С-1, белый С-2, серый С-3. Размер кружков пропорционален числу изолятов ссоответствующим сиквенс-типом. Линии обозначают однолокусные варианты(SLV).92Например, все изоляты ST450Oxf (n=9) и ST1104Oxf (n=7) были выявлены вC-1; ST493rpoDOxf (n=8) и ST1128Oxf (n=3) встречались только в С-3. Интересно,что все изоляты ST1104Oxf (n=7) были выявлены в ОРИТ С-1 в течение пятинедель в ноябре-декабре 2014 г., что указывало на вспышку, а девять изолятовST450Oxf присутствовали здесь в течение почти всего периода исследования, ссентября 2012 по декабрь 2014 гг.
В С-2 было получено 27 из 30 изолятовST348Oxf, что сделало этот генотип доминирующим в данном стационаре;выделение изолятов было равномерно распределено во времени исследования.4.2. Определение чувствительности к антибиотиками идентификация генов β-лактамазМПК карбапенемов у всех исследованных изолятов А. baumannii составила≥32 мг/л. Все штаммы были резистентны к ципрофлоксацину (МПК>1 мг/л); 88%и 82% изолятов проявляли устойчивость к гентамицину и нетилмицинусоответственно. Все карба-Р изоляты были чувствительны к колистину с МПК впределах 0,125-0,5 мг/л.У всех карба-Р изолятов А.
baumannii были выявлены гены карбапенемазыиз группы OXA (Таблица 4.1). Большинство изолятов (73/88; 82%) несли OXA-40подобную карбапенемазу, у 15% (13/88) была обнаружена OXA-23-подобнаякарбапенемаза, еще два изолята имели обе карбапенемазы. Ни один изолят необладалOXA-58-подобнойкарбапенемазой.Секвенированиеамплифицированных фрагментов blaOXA-23- и blaOXA-40-подобных генов показало,что они были идентичны blaOXA-23 и blaOXA-72 соответственно.Таким образом, наличие OXA-40-подобной карбапенемазы типа OXA-72было наиболее распространенным механизмом устойчивости к карбапенемам уисследованных нами изолятов А.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
