Диссертация (1139494), страница 27
Текст из файла (страница 27)
Тем не менее,этот эффект не достигал статистически значимого уровня (p=0,09), вероятно,вследствие недостаточно большого объема выборки.Напротив, генотип СС варианта С3435T выявлялся чаще у пациентов сферментопатией, в сравнении с другими генотипами (СТ и ТТ), при этом уровеньдостоверности составил p=0,049 (без учета поправки на множественноесравнение).РезультатычастотывстречаемостигенотиповC1236T(rs1128503)продемонстрировал результаты, сравнимые с G2677T/A, они представлены втаблице 9.168Таблица 9Полученные результаты исследования частоты встречаемости генотипов 2677, 3435 и 1236.G2677T/A***C3435TC1236T3039595Количествообследованных пациентовГенотипGAGGGTTTCCCTTTCCCTTTЧастота генотипа119412374175325275414++++Токсичность ИП***Среди G2677T/A был один ATР=0,049+169Таким образом, тенденции к ассоциации генотипов rs1045642 ТТ и СС стоксическим проявлением приема ИП и ферментопатией была обнаружена у 25%и 11% пациентов, соответственно.
Что свидетельствует о генетическом характерепроявлений НЯ на фоне приема препаратов класса ИП .3.7.3. Анализ геномной ДНК человекаХарактеристика участников исследования приводится в таблице 10.Из 319 пациентов, находившихся под наблюдением, анализ хромосомной ДНКудалось провести у 295 (92,4%), остальные образцы содержали недостаточноеколичество клеток крови и не могли дать достаточно материала для анализа.Среди 295 участников исследования с доступной информацией о липидномпрофиле было идентифицированы 34 случая дислипидемии (11,5%). Среднийвозраст больных с этим расстройством составлял 38 лет, что несколько выше, чемв среднем в группе, причем дислипидемия встречалась значительно чаще умужчин, 70% этой группы составляли активные курильщики, но в ней не былопризнаков увеличения индекса массы тела (BMI).
В группе из 10 больных слиподистрофией (3,4%) была только одна женщина, а демографические иклинические параметры были близки к группе с дислипидемией (таблица 10).Показательно, что среди больных с периферической нейропатией 61% былиинфицированы вирусом гепатита С.В таблице 10 приведен более полный перечень характеристик групппациентов, количественные показатели со стандартным отклонением от среднегои медианой, номинальные – в виде процента по отношению к общему всоответствующей группе.170Таблица 10Общие характеристики исследованной группы пациентовПациентыn=295Липодистрофияn= 10Дислипидемияn=34Периферическая нейропатияn=23158 (53)9 (90)25 (73)16 (69)137 (46)35 ±722 ±21 (10)39 ±824 ±19 (26)38 ±823 ±27 (30)39 ±823 ±2104 (35)4 (40)11 (32)12 (52)147 (50)015 (44)7 (30)44 (15)106 (36)6 (60)3 (30)8 (23)10 (28)4 (17)14 (61)6 (2)01 (2.8)0Курение, (%)195 (66)9 (90)24 (70)15 (65)Пассивное курение, (%)126 (43)3 (30)12 (34)8 (35)HIV-1 РНК нагрузка (ВН), копии/мл195000±298000156000±63000172000±193000194000±212000CD4+ T клетки, на мкл644 ±153578 ±170631 ±149595 ±137Пол, число (%)МужчиныЖенщиныВозраст (лет)BMI (индекс массы тела), Kg/m2Путь заражения ВИЧ, n (%)Потребители инъекционных наркотиковГетеросексуальный контактГомосексуальный контактВГС инфекция, n (%)HLA-B 5701, n (%)171Таблица 11Описание генотипированных маркёровNCBI SNP референс-ХромосомапоследовательностьФизическаяБлижайший генАллелилокализацияЧастота достоверногогенотипированияrs108000981163675719RXRGA/G96%rs13679511212192136PROX1-AS1A/G96%rs177621501212191441PROX1-AS1C/T98%rs177621921212191750PROX1-AS1C/G97%rs1799987346386939CCR5A/G0%rs1799945626199158HFEC/G98%rs3869068630112031ZNRD1C/T98%rs8321630140501ZNRD1G/T0%rs2575735897603827SDC2C/T99%rs42442851096531606CYP2C19A/C/G0%rs285411611116205379APOC3A/G0%rs41490561221222816SLCO1B1C/T86%rs30204501463838055ESR2C/T99%rs104684731712068401MAP2K4C/T97%rs5968255Х83141348CYLC1/RPS6K6C/T98%172Таблица 12Ассоциация побочных реакций приема антиретровирусных препаратовс генетическими маркерами, сцепленными с полом.ЛиподистрофияГенотипыrs3020450CCДислипидемияНегативные, n=188(%)Позитивные, n=10(%)2 (1)8 (80)CTTT33 (17)150 (80)2 (20)0C240 (65)18(90)12822(1)33(17)149(79)1(10)4(40)5(50)0.01637(10)6(30)0.00533114Trs10468473CCCTTTCTНегативные, n=165(%)Позитивные, n=34(%)68(41)22(65)74(45)21(13)8(23)3(9)208(64)52(79)11614NS1(0.6)30(18)131(79)2(6)7(21)24(71)0.0532(10)11(17)29255puncor pcorr*br0.0240.022NSNSПериферическая нейропатияНегативные, n=175(%)Позитивные, n=23(%)76(43)14(61)76(43)21(12)6(26)3(13)226(66)34(74)11812NS3(2)31(18)138(79)06(26)17(74)NSNS37(11)6(13)NS30740puncor pcorr*br0.0250.040NSNSpuncor pcorrbr*NSNS173rs5968255aЖенщины CCCTTTСТМужчиныC1(0.5)18(9)74(39)001(10)NS1(0.6)17(10)67(41)01(3)8(23)NS16(8)76(40)4(40)5(50)NS12(7)66(40)8(23)16(47)0.02636(13)4(36)0.02731(12)9(21)NS2173332(19)75(45)56(34)6(18)13(38)14(41)187(57)41(62)13925Trs2575735CCCTTT242738(20)84(45)63(33)03(30)7(70)NSC210(43)17(15)0.013T1603NSNS1(0.6)15(8)70(40)03(13)4(17)NS15(8)71(40)5(22)11(48)NS32(12)8(27)0.03522622NS34(19)79(45)60(34)4(17)8(35)10(43)NSNS199(57)28(64)NS14716NSNS174В таблице 12 приведены результаты только для генетических вариантов, которыедемонстрируют связь с исследованными фенотипами.NS: Не достигают статистической значимости (p≥0.05)*вероятность для различий (p-value) рассчитана для частоты аллелей и сиспользованием доминантно/рецессивной моделианализ этого полиморфизма проводился отдельно для мужчин и женщин,поскольку маркёр находится в Х хромосомеbКоррекция по Бонферрони с учетом 11 вариантов из 15.В ходе выполнения исследования было проведено генотипирование по 15маркёрам (таблица 11).
Четыре из них не дали результата достаточно хорошегокачества для проведения анализа из-за плохого агрегирования сигналов вкластеры. 11 коммерческих аналитических систем продемонстрировали хорошеекластирование, позволившее идентифицировать генотипы с высоким качеством в96-99% проб ДНК. Частота аллелей всех маркёров из аутосом соответствовалазакону Харди-Вайнберга.Генетические ассоциации с фенотипическими проявлениями осложненийлечения ВИЧ-инфекции описываются далее.Ассоциация с изменением липидного профиля. Среди исследованныхпациентов наблюдалась ассоциация частоты аллелей четырех генетическихмаркёров с липидодистрофией: rs3020450, rs10468473, rs5968255 и rs2575735(таблица12).Дополнительноассоциацияrs3020450иrs10468473илиподистрофии также наблюдалась при сравнении частоты генотипов (рис.
17MAPK24 и rs3020450). Поскольку липидный профиль в значительной степенизависит от пола и возраста, мы провели регрессионный анализ полиморфизмаrs3020450 в отношении дислипидемии. Как видно из данных таблиц 9 и 12рецептор эстрогена, мужчины-носители СС генотипа rs3020450 с возрастом могутиметь нарастающий риск развития дислипидемии.
Эти выводы, несомненно,должныбытьвперспективедополнительных исследований.дополненыиподкрепленырезультатами175Ассоциация с периферической нейропатией. Наше исследование показалостатистическую ассоциацию периферической нейропатии с полиморфизмомrs5968255. В остальных случаях разницы в частоте аллелей между группами ненаблюдалось (таблица 12).Анализ статистиче ской ассоциации с использованием множественныхгенетических маркёров в единственной коллекции ДНК должен сопровождатьсяпоправкой на множественное сравнение. Мы использовали два метода для такойпоправки: метод перестановки и поправку Бонферрони. В первом случае былатестирована ассоциация фенотипов с частотой аллелей при 100 000 независимыхперестановках. После проведения этого теста только ассоциация липодистрофиии периферической нейропатии с частотой аллелей rs5968255 сохраниластатистическуюединственнойзначимость.номинальноПрииспользованиизначимойпоправкинаблюдаласьБонферрониассоциациялиподистрофией и полиморфизмом rs10468473 (рис.17, таб.12).между176Рис.
18. Частота генотипов полиморфизма rs10468473 статистически различаетсяв группах с различной эффективностью NFV, p=0,0012 по критерию Пирсона.1773.7.4. Генетические ассоциации с действием антиретровирусныхпрепаратовДополнительнобылпроведенанализфенотипов,связанныхсэффективностью лечения (сниженная эффективность NFV, эффективностьингибиторов протеаз), а также некоторых других побочных эффектов лечения(симптомы токсичности ЦНС при приеме EFV, ферментопатии на фоне приемаИП) и дополнительных фенотипов, способных влиять на течение заболевания(позитивность на гепатит С, курение).
Данные нашего исследования показываютстатистически значимое влияние генотипа rs10468473 гена MAP2K4 насниженную эффективность NFV. Индивидуумы с Т аллелем, особенно вгомозиготном состоянии, достоверно чаще имеют сниженную эффективностьНелфинавира (p=0.0012 по критерию Пирсона). Следует отметить, что частотаэффекта была относительно невелика в исследуемой популяции (15 из 170случаев, 9%, с известной информацией об эффективности NFV).Мы также выявили генетическую ассоциацию маркёра rs2575735 склиническими проявлениями токсичности ЦНС при приеме препарата EFV (Рис.18.
rs2575735). Это осложнение наблюдалось у 58 пациентов из 187зарегистрированныхвнашемисследовании(31%)ихарактеризовалосьнеобычной структурой с точки зрения ассоциации с генотипом. Мы наблюдалиболее высокое число осложнений у пациентов с гетерозиготным генотипом СТ,тогда как пациенты с гомозиготными генотипами имели это осложнениезначительно реже (p=0.017 по критерию Пирсона) и клинические проявлениятоксичности ЦНС на фоне приема EFV были выражены в меньшей степени.178%нетдаРис. 19.
Статистические различия по критерию Пирсона (p=0,017) частотывстречаемости генотипов полиморфизма rs2575735 у пациентов снейротоксическим эффектом и без него на фоне приема препарата EFV.179Выявлена связь наблюдаемых нами в клинической практике ферментопатии токсических проявлений приема ИП и генотипов rs1045642 ТТ и СС. Этихассоциаций было обнаружено у 25% и 11% пациентов, соответственно.Таким образом, сопоставление полученных результатов в частностичастоты встречаемости генотипов полиморфизма rs2575735 ТТ с частотойвстречаемости клинических проявлений нейротоксического действия препаратаEFV свидетельствуют о том,что безопасность действия этого препарата(входящего в первую линию АРВТ Национальных клинических рекомендаций),детерминирована индивидуальными генетическими особенностями пациента,учет которых позволит подобрать дозу этого препарата путем ее снижения итаким образом прогнозировать не только безопасность и эффективность, но ирасходы на терапию.Эффективность и безопасность действия препаратов применяемых для леченияВИЧ-инфекции также индивидуальны, как и психологические и поведенческиеособенности пациентов.3.7.5.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
