Диссертация (Молекулярно-генетические основы ювенильного артрита), страница 11

Небольшое отклонение от равновесия Харди-Вайнберга в контрольнойгруппе было установлено для полиморфного локуса IL2-IL21 rs6822844 (p=0,019),однако учитывая, что при формировании выборки отбор индивидов проводился позаданным критериям (отсутствие аутоиммунных заболеваний, возраст, пол),данный локус был оставлен для последующего анализа.Оценка вклада полиморфизма генов медиаторов иммунного ответа вформирование предрасположенности к ЮИА в целомПри исследовании распределения частот генотипов и аллелей полиморфноголокуса TNFA rs1800629 было установлено, что генотип TNFA rs1800629*ААвстречался у пациентов с ЮИА статистически значимо реже, чем в контрольнойгруппе (0,30% против 2,63% соответственно, p=0,021, pcor=0,020, OR=0,112, 95% CI0,010-0,681) (Таблица 5).

Кроме того, была отмечена тенденция к снижению долиаллеля TNFA rs1800629*А в группе больных (pcor=0,096). При анализе с учетом полаиндивидов указанная ассоциация по генотипу TNFA rs1800629*АА сохраниласьтолько для девочек (p=0,031, pcor=0,032, OR=0,000, 95% CI 0,000-0,757). Наиболееудачной моделью наследования в обоих случаях оказалась рецессивная, согласнокоторой генотип TNFA rs1800629*АА маркирует сниженный риск развитиязаболевания (АА против GG+GA, p=0,0074 для общей группы индивидов иp=0,0049 для девочек).Для полиморфных вариантов локуса LTA rs909253 ассоциаций с развитиемЮИА в общей группе пациентов, а также у девочек выявлено не было (p>0,1).Однако оказалось, что у мальчиков с ЮИА генотип LTA rs909253*AA встречалсястатистически значимо реже, чем у юношей в контрольной группе (39,82% против53,77% соответственно, p=0,043, pcor=0,043, OR=0,569, 95% CI 0,334-0,991). Былатакже отмечена тенденция к повышению доли аллеля LTA rs909253*G у мальчиковс ЮИА (pcor=0,052).

Наиболее удачной моделью наследования оказаласьдоминантная, согласно которой наличие хотя бы одной копии аллеля LTArs909253*G служит маркером повышенного риска развития ЮИА у мальчиков(AG+GG против АА, p=0,038, OR=1,76, 95% CI 1,03-3,01).60Таблица 5 ‒ Анализ распределения полиморфных вариантов локусов у пациентов с ЮИА и в контрольной группеЛокусыГенrsAллели(1)/(2)TNFA1800629 G/ALTA909253A/GIL1B16944C/TIL2-216822844 G/TIL2RA2104286 A/GIL61800795 G/CIL101800872 C/AMIF755622G/CCTLA4 3087243 G/ANFKB1 28362491 I/DPTPN22 2476601 G/APADI42240336 G/AОбщая группа (д+м)Частоты вариантов:Modelу пациентов, %в контроле, %varORp95% CI(2) (11)/(12)/(22)10,2 80,0/19,7/0,3 rec0,1113,2 76,3/21,1/2,6 0,0074 0,01-0,8932,4 45,8/43,6/10,6NSNS29,4 49,1/43,0/7,936,2 41,2/45,2/13,6NSNS37,9 38,9/46,5/14,69,4 82,1/17,0/0,9NSNS12,1 78,7/18,4/2,917,0 69,1/27,9/3,0NSNS17,4 68,4/28,4/3,238,5 37,6/47,9/14,5NSNS34,2 42,1/47,4/10,529,8 50,3/39,7/10,0NSNS31,6 47,7/41,5/10,819,1 65,5/30,9/3,6NSNS21,8 60,2/36,0/3,832,0 47,9/40,3/11,8NSNS34,6 42,7/45,3/12,043,0 32,7/48,5/18,8NSNS44,9 31,0/48,2/20,812,7 76,4/21,8/1,8 over-d 1,559,4 83,0/15,2/1,8 0,028 1,05-2,3042,9 32,1/50,0/17,9NSNS43,1 32,3/49,3/18,5Девочки (д)Частоты вариантов:Modelу пациентов, %в контроле, %varORp95% CI(2) (11)/(12)/(22)10,4 79,3/20,7/0,0 rec0,0014,4 73,7/23,7/2,5 0,0049 0,00-NA30,4 48,8/41,5/9,7NSNS30,3 47,0/45,3/7,637,3 37,8/49,8/12,4NSNS37,1 39,0/47,9/13,110,1 80,2/19,4/0,50,13rec12,3 78,8/17,8/3,4 0,017 0,02-1,0618,4 66,8/29,5/3,7NSNS16,7 69,9/26,7/3,438,0 35,0/53,9/11,1NSNS32,8 43,2/47,9/8,927,6 52,5/39,6/7,8NSNS32,6 46,2/42,4/11,418,7 65,4/31,8/2,8NSNS22,2 59,7/36,0/4,232,3 47,0/41,5/11,5NSNS36,4 39,4/48,3/12,343,3 31,3/50,7/18,0NSNS47,2 28,4/48,7/22,914,1 74,2/23,5/2,3 dom1,659,4 82,6/16,2/1,3 0,030 1,05-2,5942,9 32,7/48,8/18,4NSNS43,2 32,6/48,3/19,1Мальчики (м)Частоты вариантов:Modelу пациентов, %в контроле, %varORp95% CI(2) (11)/(12)/(22)9,7 81,4/17,7/0,9NSNS10,4 82,1/15,1/2,836,3 39,8/47,8/12,4 dom1,7627,4 53,8/37,7/8,5 0,038 1,03-3,0134,1 47,8/36,3/15,9NSNS39,6 38,7/43,4/17,98,0 85,8/12,4/1,8NSNS11,8 78,3/19,8/1,914,2 73,5/24,8/1,8NSNS18,9 65,1/32,1/2,839,4 42,5/36,3/21,2NSNS37,3 39,6/46,2/14,234,1 46,0/39,8/14,2NSNS29,2 50,9/39,6/9,419,9 65,5/29,2/5,3NSNS20,8 61,3/35,8/2,831,4 49,6/38,1/12,4NSNS30,7 50,0/38,7/11,342,5 35,4/44,2/20,4NSNS39,6 36,8/47,2/16,010,2 80,5/18,6/0,9NSNS9,4 84,0/13,2/2,842,9 31,0/52,2/16,8NSNS42,9 31,4/51,4/17,1ni(д+м/д/м)330/217/113342/236/106330/217/113342/236/106330/217/113342/236/106330/217/113342/236/106330/217/113342/236/106330/217/113342/236/106330/217/113342/236/106330/217/113342/236/106330/217/113342/236/106330/217/113342/236/106330/217/113341/235/106330/217/113341/236/105Примечание – Здесь и далее: (1) – мажорный аллель, (2) – минорный аллель; (11) и (22) – генотипы, гомозиготные по мажорному и минорному аллелям соответственно; (12)– гетерозиготный генотип, д+м – девочки и мальчики; д – девочки, м – мальчики; Model – наиболее удачная модель наследования (регрессионный анализ): var – вид модели:dom – доминантная: (12)+(22) vs (11); co-dom – ко-доминантная: (12) vs (11) и (22) vs (11); rec – рецессивная: (22) vs (12)+(11); over-d – сверхдоминантная: (12) vs (11)+(22);log-ad – лог-аддитивная: (22)+(22)+(12) vs (11); NS – статистически незначимо (p>0,05); полужирным шрифтом выделены статистически значимые результаты.61Учитывая, что гены TNFА и LTA расположены в одном кластере нахромосоме 6, был проведен анализ неравновесия по сцеплению для полиморфныхлокусов TNFA rs1800629 и LTA rs909253, который показал наличие практическиполного неравновесия по сцеплению на уровне 99,94% (D=0,0807, D’=0,9994,r=0,5438, p=0,000).

При последующем сравнительном анализе было установлено,что гаплотип G-G локусов TNFA rs1800629 - LTA rs909253 встречался при ЮИАстатистически значимо чаще, чем в контрольной группе (22,27% против 16,23%соответственно, p=0,016, OR=1,41, 95% CI 1,07-1,85). После стратификациииндивидов по полу сходная ассоциация наблюдалась только у мальчиков (p=0,018,OR=1,79, 95% CI 1,11-2,89).При исследовании полиморфного локуса IL2-IL21 rs6822844 была отмеченатенденция к более редкой встречаемости генотипа IL2-IL21 rs6822844*TT упациентов с ЮИА, чем в контрольной группе (0,91% против 2,92% соответственно,pcor=0,088). Для девочек с ЮИА соответствующие различия достигли уровнястатистической значимости (0,46% против 3,39% соответственно, p=0,039,pcor=0,037, OR=0,132, 95% CI 0,012-0,861), а наиболее удачной модельюнаследования оказалась рецессивная (TT против GG+GT, p=0,017).При изучении полиморфного локуса PTPN22 rs2476601 было установлено,что в общей группе ЮИА генотип PTPN22 rs2476601*GA встречалсястатистически значимо чаще, а генотип PTPN22 rs2476601*GG ‒ статистическизначимо реже, чем в контрольной группе (*GA: 21,82% против 15,25%, p=0,029,pcor=0,029, OR=1,551, 95% CI 1,041-2,304; *GG: 76,36% против 82,99%, p=0,035,pcor=0,034, OR=0,662, 95% CI 0,450-0,960 соответственно).

Кроме того, наблюдаласьтенденция к повышению доли аллеля PTPN22 rs2476601*А при ЮИА (pcor=0,056).Наиболее удачной моделью наследования оказалась сверхдоминантная, при этоммаркером повышенного риска ЮИА являлся гетерозиготный генотип PTPN22rs2476601*GA (GA против GG+AA, p=0,028). После подразделения по полуналичие ассоциаций было установлено только для девочек с ЮИА, при этом аллельPTPN22 rs2476601*А встречался у них значительно чаще, а генотип PTPN22rs2476601*GG – значительно реже, чем у девушек в контрольной группе (*А:6214,06% против 9,36%, p=0,029, pcor=0,031, OR=1,583, 95% CI 1,048-2,392; *GG:74,19% против 82,55%, p=0,039, pcor=0,041, OR=0,608, 95% CI 0,391-0,952соответственно).

Наиболее удачной моделью наследования у девочек оказаласьдоминантная, а повышение риска развития заболевания было ассоциировано сналичием аллеля PTPN22 rs2476601*А (GA+AA против GG, p=0,030). Различия погенотипу PTPN22 rs2476601*GA достигли у девочек лишь уровня тенденции(pcor=0,058).Среди полиморфных вариантов локусов IL1B rs16944, IL2RA rs2104286, IL6rs1800795, IL10 rs1800872, MIF rs755622, CTLA4 rs3087243, NFKB1 rs28362491,PADI4 rs2240336 маркеров риска развития ЮИА обнаружено не было (p>0,1).Наблюдалась лишь тенденция к более редкой встречаемости генотипа IL6rs1800795*GG у девочек с ЮИА, в сравнении с девушками контрольной группы(35,02% против 43,22% соответственно, pcor=0,083).Исследование роли межгенных взаимодействий в формированиипредрасположенности к ЮИАРольмежгенныхвзаимодействийвформированиинаследственнойпредрасположенности к ЮИА была изучена в программе MDR и визуализированана графе, отражающем сложное взаимодействие всех изученных локусов(Рисунок 6-А).Приисследованииотдельныхполиморфизмовнаибольшийинформационный прирост был отмечен для TNFA rs1800629 (0,81%) и PTPN22rs2476601 (0,51%), что согласуется с полученными выше результатами,свидетельствующими о наличии ассоциаций вариантов указанных локусов сриском развития ЮИА.

Тем не менее наиболее удачной моделью взаимодействияоказалась четырехлокусная комбинация IL1B rs16944 - IL10 rs1800872 - NFKB1rs28362491 - PADI4 rs2240336 (поиск методом «Forced»: скорректированнаясбалансированная точность тестирования – 0,57, воспроизводимость – 100%,pcor=0,001) (Рисунок 6-Б).63(A)(Б)Примечание ‒ Здесь и далее на графах (и дендограмме) приведены только наименованиягенов изученных полиморфных локусов; цвет линий обозначает характер взаимодействиялокусов: красный и оранжевый – синергизм, коричневый – независимость, синий и зеленый –избыточность или корреляцию; длина линий на дендограмме обратно пропорциональна силевзаимосвязи локусов; процентные значения на графах соответствуют величинеинформационного прироста.Рисунок 6 ‒ Межгенные взаимодействия при формированиипредрасположенности к ЮИА: (А) общий граф; (Б) граф и дендограмма наиболееудачной модели взаимодействия.64Следует отметить, что исследование отдельных локусов модели IL1B rs16944-IL10rs1800872-NFKB1rs28362491-PADI4rs2240336оказалосьмалоинформативным (снижение уровня энтропии не более чем на 0,06%), тогда какпри их попарном анализе отмечался существенный информационный прирост (до0,59%).

Наличие синергизма наблюдалось между локусами IL10 rs1800872, NFKB1rs28362491 и PADI4 rs2240336, в то время как для локуса IL1B rs16944 оказалосьхарактерно независимое действие. В рамках рассматриваемой модели быливыявлены сочетания генотипов, ассоциированные как с повышенным рискомразвития ЮИА (CC-CC-DD-GG, p=0,010, pcor=0,010, OR=9,505, 95% CI 1,569104,682), так и со сниженным (CC-CA-DD-GG, p=0,021, pcor=0,019, OR=0,112, 95%CI 0,010-0,677 и CT-CA-ID-GG, p=0,0044, pcor=0,0037, OR=0,299, 95% CI 0,1210,674). В то же время выше было показано, что распределение частот отдельныхвариантов локусов IL1B rs16944, IL10 rs1800872, NFKB1 rs28362491, PADI4rs2240336 между пациентами с ЮИА и индивидами контрольной группысущественно не различалось. Приведенные данные свидетельствуют о важной ролимежгенныхвзаимодействийвпроявленииэффектовсоответствующихполиморфных вариантов при формировании предрасположенности к заболеванию.У девочек наилучшие результаты были получены при исследованиикомбинацииполиморфныхлокусовIL6rs1800795-PADI4rs2240336,взаимодействие которых оказалось синергичным (поиск методом «Forced»:скорректированнаясбалансированнаяточностьтестирования–0,57,воспроизводимость – 100%, pcor=0,009) (Рисунок 7-А).

В рамках данной моделибыла установлена ассоциация сочетания генотипов GC-GA с повышением, асочетания GG-GA – со снижением риска развития ЮИА у девочек (p=0,018,pcor=0,018, OR=1,696, 95% CI 1,113-2,626 и p=0,028, pcor=0,027, OR=0,565, 95% CI0,341-0,921 соответственно). На предыдущем этапе исследования нами былаотмечена лишь тенденция к более редкой встречаемости генотипа IL6rs1800795*GG у девочек с ЮИА.