Диссертация (1174365), страница 9
Текст из файла (страница 9)
является источником новыхсведений о картографируемых признаках. В первом случае информация карты непревышала бы объем исходной информации. Картографический анализ отличаетсяболее высокой разрешающей способностью, чем известные нам статистическиепроцедуры, потому как картографируемые поверхности нелинейно связаны счастотой специфического порока.
Компьютерное картографирование частототдельных форм врожденных пороков развитияоригинальногопрограммногопакетапроведено с помощьюкартографо-статистическогоанализа«GGMAG» [2]. В расчетах каждого из многочисленных узлов равномерной сетки44карты принимали участие как все обследованные регионы, так и регионы,находящиеся за «пределами видимости» карты. Включение данных проведено накартируемую территорию с помощью ортогональных полиномов 0 степени.Интервалы окрашены так, что при возрастании значений частоты пороков растетинтенсивность окраски.
Компьютерное картографирование данных по частотамврожденных пороков осуществлялось в лаборатории популяционной генетикичеловекаФГБНУ«Медико-генетическийнаучныйцентр»(заведующаялаборатории д.б.н. Е.В. Балановская) [3].Молекулярно-генетические исследования. Молекулярно-генетическиеисследования проводили в лаборатории молекулярной генетики и клеточнойбиологии ФГАУ «Национальный медицинский исследовательский центр здоровьядетей» Минздрава России» (заведующий лабораторией к.б.н. Савостьянов К.В.).Идентификацию генотипов проводили в два этапа.
На первом этапе методом ПЦРв режиме реального времени осуществляли детекцию гомозиготных делеций. Длядетекции гомозиготных делеций в гене GSTT1 использовали олигонуклеотидыGSTT1-del-F5´-CCTTCAGAATGACCTCATG-3´иGGACAAGTTCCTCCAGAA-3´флуорофориитушительGSTT1-del-RолигонуклеотидныйфлуоресценцииCCTTCCTTACTGGTCCTCACATCTC-BHQ1.Длязонд,содержащийGSTT1-delдетекции5´FAM-гомозиготныхделеций в гене GSTM1 использовали олигонуклеотиды GSTM1-del-F 5´CAGGAAACAAGGTAAAGGA-3´иGSTM1-del-R5´-GCATCAAAGAGAAAGGAGG-3´ с олигонуклеотидным зондом GSTM1-del FAMCATCACCTCAAAGCGGGAGAT-BHQ1. В качестве контрольного фрагментаамплифицировалигенальбуминаALB.Амплификациюпроводилинатермоциклере “ABI StepOnePlus” («Applied Biosystems», США) в 10 мклреакционной смеси AmpliTaq Gold 360 («Applied Biosystems», США), 500 нмольпраймеров («Евроген», Россия), 250 нмоль флуоресцентных зондов («ДНКСинтез», Россия) и 50-100 нг геномной ДНК.
Условия ПЦР: 950C/2 мин. – 1-й цикл;940C, 10 с, 580C, 60–39 циклов. Отсутствие флуоресцирующего сигнала указывалана гомозиготную делецию генов («0/0»).45На втором этапе проводили выявление гетерозиготных генотипов с помощьюколичественнойПЦРврежимереальноговременисиспользованиеминтеркалирующего красителя SYBR Green и олигонуклеотидов GSTT1 gene-F-5ꞌACTAGGTGCCACGTCGTGAAAGTCTGACAA-3ꞌиGSTT1gene-R5ꞌ-GACCCCACCATAAAGCAGAA-3ꞌ для гена GSTT1 и GSTM1 gene-F 5ꞌTGCCACGTCGTGAAAGTCTGACAA-3ꞌиGSTM1gene-F5ꞌ-ACAGCCAGGAGTGAGAGGAA-3ꞌ для гена GSTM1Для сравнения частот генотипов и аллелей использовался критерий χ2 споправкой Йейтса. Статистически значимыми считались различия при p <0,05.Значение относительного риска (OR) развития АП при определенном генотиперассчитывали по формуле OR = (а/b): (c/d) где a и b – количество больных сконкретным генотипом в группе детей с АП и в группе детей контрольной группы;и c/d – количество детей без анализируемого генотипа в группе больных и вконтрольной группе.
OR указан с 95 %-м доверительным интервалом. ЗначенияOR>1 указывают на возможную положительную ассоциацию с заболеванием.46ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ СОБСТВЕННЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ3.1 Эпидемиологические характеристики атрезии пищеводаПопуляционные частоты. Региональные и временные особенности.Основной задачей эпидемиологического мониторинга врожденных пороковразвития является определение популяционных частот пороков развития, анализ ихдинамики во времени, определение региональных особенностей распространения.С этой целью был проведен статистический анализ базы данных мониторинга за 13лет с 2000 по 2012 годы в 30 регионах РФ, проводящих мониторинг пороков с 2000года. За анализируемый период времени общее число рождений, как было указаноранее, в изучаемых регионах составило 8124158, зарегистрированное суммарноечисло случаев атрезии пищевода составило 1588 случаев.
Данные по числу ичастотам атрезии пищевода представлены в таблицах 2 и 3. Из таблиц видно, чтоотмечаются как внутри-, так и межрегиональные вариации частот. В связи с малымчислом случаев порока в каждом регионе по отдельным годам невозможнопровести статистическую оценку получаемых результатов. Однако характердинамики частот порока в регионах указывает на их случайные колебания.За 13-летний период наблюдения во всех регионах получен достаточныйобъем данных для определения базовых или накопленных частот, оценки которыхпредставлены в таблице 2. Базовые частоты, как принято считать, являютсяистинными оценками частот в регионе, включающими возможные воздействиярегиональных тератогенных факторов и генетических характеристик популяции[89].Общая частота АП составила 1,96 (95% CI 1,87-2,06) на 10000 рождений или1 случай на 5102 рождений. На рисунке 1 представлены средние значения частот сдоверительными интервалами по регионам.47Таблица 2 Число случаев и частота атрезии пищеводаРегионыАрхангельская обл.Брянская обл.Волгоградская обл.Иркутская обл.Калужская обл.Кировская обл.Красноярский крайКурская обл.Липецкая обл.Московская обл.Нижегородская обл.Новосибирская обл.Омская обл.Оренбургская обл.Пермская обл.Рязанская обл.Самарская обл.Санкт-ПетербургСаратовская обл.Саха (Якутия)Сахалинская обл.Свердловская обл.СтавропольскийкрайТамбовская обл.Тюменская обл.Ярославская обл.РеспубликиБашкортостанРСО-АланияУдмуртскаяреспубликаЧувашскаяреспубликаВСЕГО00-02Q39.0114163345516697514411420010за 20002002 годыf0,250,300,911,871,191,220,471,491,471,170,691,571,350,721,481,631,320,360,390,000,000,84Q39.1838164231320979210019627311f2,020,911,811,871,590,810,360,300,881,461,041,221,730,291,060,002,270,540,391,911,660,93∑94123275768361516167244301047321F2,281,212,723,742,782,030,831,782,362,631,742,803,081,012,541,633,590,900,771,911,661,7741,8162,71104,521321,050,770,600410,001,020,301731,051,790,89700,530,001431,061,892131,591,8930,9141,2272,1382,1351,33133,451580,951901,143482,0948Продолжение таблицы 2РегионыАрхангельская обл.Брянская обл.Волгоградская обл.Иркутская обл.Калужская обл.Кировская обл.Красноярский крайКурская обл.Липецкая обл.Московская обл.Нижегородская обл.Новосибирская обл.Омская обл.Оренбургская обл.Пермская обл.Рязанская обл.Самарская обл.Санкт-ПетербургСаратовская обл.Саха (Якутия)Сахалинская обл.Свердловская обл.СтавропольскийкрайТамбовская обл.Тюменская обл.Ярославская обл.РеспубликиБашкортостанРСО-АланияУдмуртскаяреспубликаЧувашскаяреспубликаВСЕГО03-05Q39.0140812523114538141577004за 20032005 годыf0,241,080,001,210,480,470,810,950,940,680,740,940,591,201,520,390,520,561,410,000,000,32Q39.1616827111215856516391030026f1,440,272,381,210,961,651,780,470,620,931,480,941,180,751,731,170,930,800,600,000,002,07∑756163916352612109133041417100030F1,681,352,382,411,432,122,591,421,561,612,221,871,761,953,251,561,451,352,020,000,002,3951,7272,41124,140020,000,000,530350,000,951,310370,000,951,84200,420,00430,841,23631,261,2350,9381,49132,4240,5030,3870,881130,721831,162961,8849Продолжение таблицы 2РегионыАрхангельская обл.Брянская обл.Волгоградская обл.Иркутская обл.Калужская обл.Кировская обл.Красноярский крайКурская обл.Липецкая обл.Московская обл.Нижегородская обл.Новосибирская обл.Омская обл.Оренбургская обл.Пермская обл.Рязанская обл.Самарская обл.Санкт-ПетербургСаратовская обл.Саха (Якутия)Сахалинская обл.Свердловская обл.СтавропольскийкрайТамбовская обл.Тюменская обл.Ярославская обл.РеспубликиБашкортостанРСО-АланияУдмуртскаяреспубликаЧувашскаяреспубликаВСЕГО06-08Q39.00548033221161782102399106за 20062008 годыf0,001,251,801,100,000,680,310,600,570,650,672,181,270,861,220,660,290,651,350,390,000,41Q39.1111157516211717201469413326f2,660,250,450,692,351,141,680,600,291,000,110,900,320,001,701,980,870,290,151,161,631,76∑116513781943287241022481213104332F2,661,502,251,792,351,821,991,190,861,640,783,081,590,862,922,641,160,941,501,551,632,1730,6830,6861,352231,010,480,772551,011,211,284782,011,692,052021,390,701010,700,353032,091,0550,8630,5281,3851,1420,4571,591530,821730,933261,7450Окончание таблицы 2РегионыАрхангельская обл.Брянская обл.Волгоградская обл.Иркутская обл.Калужская обл.Кировская обл.Красноярский крайКурская обл.Липецкая обл.Московская обл.Нижегородская обл.Новосибирская обл.Омская обл.Оренбургская обл.Пермская обл.Рязанская обл.Самарская обл.Санкт-ПетербургСаратовская обл.Саха (Якутия)Сахалинская обл.Свердловская обл.СтавропольскийкрайТамбовская обл.Тюменская обл.Ярославская обл.РеспубликиБашкортостанРСО-АланияУдмуртскаяреспубликаЧувашскаяреспубликаВСЕГО09-12Q39.0181272114432197892816346626за 20092012 годыf0,181,421,060,620,460,160,940,780,610,770,950,500,950,801,910,290,401,531,100,910,820,26Q39.119012165102588222812121271913106244f3,360,001,061,421,141,561,681,571,620,800,210,571,431,070,822,051,260,591,830,910,821,94∑2082423711391211431115202140825471612450F3,541,422,122,041,601,722,612,352,231,571,161,072,381,872,732,341,652,122,921,821,642,2150,7281,15131,862550,500,510,9071621,751,630,3692172,252,141,272431,060,723241,420,955672,481,67101,13161,80262,9350,7771,08121,852540,843641,216182,0551Таблица 3 Базовые частоты атрезии пищевода в исследуемых регионахРегионыВсегоQ39.0318203969261313592538262466825542472261751012f Q39.1 f0,17442,461,0850,300,98271,321,16451,330,50181,510,51241,370,67551,410,93120,860,87140,930,79741,000,77200,621,16270,821,04291,160,89190,701,59521,250,70161,390,58561,290,91330,551,08160,720,50161,150,2781,100,42 107 1,731,03241,450,7291,290,47281,330,72130,78∑4723478424338125271334565554311824818740231013341143825F2,621,382,302,492,011,892,071,791,801,791,391,982,201,592,842,091,861,461,791,651,372,152,482,011,801,51CI (95%)1,96-3,510,91-2,091,72-3,072,05-3,161,34-3,011,33-2,671,66-2,591,21-2,671,23-2,631,51-2,131,03-1,871,55-2,541,68-2,881,17-2,152,36-3,411,39-3,141,49-2,331,18-1,811,31-2,461,09-2,490,74-2,561,81-2,561,82-3,381,19-3,421,31-2,491,01-2,24Архангельская обл.Брянская обл.Волгоградская обл.Иркутская обл.Калужская обл.Кировская обл.Красноярский крайКурская обл.Липецкая обл.Московская обл.Нижегородская обл.Новосибирская обл.Омская обл.Оренбургская обл.Пермская обл.Рязанская обл.Самарская обл.Санкт-ПетербургСаратовская обл.Саха (Якутия)Сахалинская обл.Свердловская обл.Ставропольский крайТамбовская обл.Тюменская обл.Ярославская обл.РеспубликиБашкортостан530,97601,09 113 2,061,71-2,49РСО-Алания50,45110,99 16 1,440,88-2,37Удмуртская республика230,99311,33 54 2,311,99-3,32Чувашская республика220,97170,75 39 1,731,25-2,37ВСЕГО678 0,83 910 1,12 1588 1,961,87-2,06Обозначения: f –частота отдельных форм АП, F – суммарная частота АПОтмечаются статистически значимые отличия (р=0,03) в частоте порокамежду отдельными регионами.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
