Диссертация (1174269), страница 15
Текст из файла (страница 15)
Взаимное расположение функциональных доменов белка LDB3 иаминокислотной последовательности с инсерцией ProGlyThr показано на рис.15.Нумерация аминокислот соответствует транскрипту NM_007078.Рисунок 14. Взаимное расположение функциональных доменов белка LDB3 иаминокислотной последовательности с инсерцией ProGlyThr.Расположение инсерции, не приводящей к сдвигу рамки считывания, внефункциональных доменов, отсутствие достаточных данных в пользу влияния насплайсинг и/или структуру и функцию белка позволяет отнести генетическийвариант c.407_408insAGGCACCCC (p.Ser129_Pro130insProGlyThr) ко II классу95патогенности (likely benign).Результаты оценки патогенности генетическоговарианта c.407_408insAGGCACCCC представлены в таблице 22.Генетический вариант c.407_408insAGGCACCCC оказался единственнымиз обнаруженных нами потенциально патогенных генетических вариантов, длякоторого в ходе оценки патогенности произошло понижение класса патогенностис III (вариант с неустановленным клиническим значением) до II (вероятнодоброкачественный).Таблица 22.
Результат биоинформатического анализа и класс патогенностигенетического варианта c.407_408insAGGCACCCC, обнаруженного в гене LDB3 упробанда с СНМЛЖ№ГенетическийвариантPROVEANMutation TasterКласспатогенности1c.407_408insAGGCACCCC(p.Ser129_Pro130insProGlyThr)ПотенциальнопатогенныйПолиморфизмIII → II (likelybenign)В базе данных GnomAD имеется описание генетического вариантаp.Gly134_Pro136dup с частотой в популяции 1,661e-4 (0,016%).
Учитывая наличиеповторов «пролин-глицин-треонин» в аминокислотной последовательности, мысчитаем, что может иметь место два опиания одного и того же варианта.3.3.7. Молекулярно-генетический анализ гена LMNA у пациентов с синдромомнекомпактного миокарда левого желудочкаУ пробанда DCM125 III-2 с НМЛЖ, сопровождавшийся дилатацией всехкамер сердца и умеренной гипертрофией ЛЖ, постоянной формой фибрилляциипредсердийиполиморфнойжелудочковойтахикардиибылобнаружен96генетический вариант c.3G>A в гетерозиготном состоянии, приводящий к заменеметиона на изолейцин в положении старт-кодона.Мутации в гене LMNA описаны при дилатационной кардиомиопатии [99],часто сопровождающейся нарушениями ритма и проводимости. Генетическийвариант p.M1I был классифицирован как патогенный (V класс патогенности).Результаты анализа клинического значения генетического варианта p.M1Iпредставлены в таблице 23.Ранеебылапатогенная/вероятноописаназаменапатогеннаяc.3G>T,(идентификаторклассифицированнаябазыданныхкакdbSNP-rs794728598).Таблица 23.
Результат биоинформатического анализа, ссылка на базуданных и класс патогенности генетического варианта p.M1I, обнаруженного вгене LMNA у пробанда с СНМЛЖГенетический№вариантРезультатСсылка на базу Классбиоинформатическогоданныхпатогенностианализа1Потенциальнопатогенныйc.3G>A (p.M1I)н/дVМы провели каскадный семейный скрининг семьи DCM125.
Генетическийвариант p.M1I был обнаружен у среднего сына пробанда (3,5 года), семьяинформирована о необходимости динамического наблюдения. Родословная семьиDCM125 представлена на рис.15.973.3.8. Результаты молекулярно-генетического анализа гена DES у пациентовс синдромом некомпактного миокарда левого желудочкаУ троих пробандов в гене DES были обнаружены потенциально патогенныегенетическиеварианты.Данныеобихлокализации,результатыбиоинформатического анализа и класс патогенности представлены в таблицах 24и 25.Анализ генетических вариантов в гене DES с помощью Cardio Classifier непроводился, т.к. анализ вариантов в гене DES в настоящее время не предусмотренресурсом.Рисунок 15. Родословная семьи DCM125. Пробанд DCM125 III-2 отмечен краснойстрелкой.Генетический вариант c.336_344del (p.Gln113_Leu115del) был обнаружен упациента с миопатией.
Учитывая результаты биоинформатического анализа,98сегрегацию генетического варианта p.Gln113_Leu115del с миопатией, отсутствиесведений о данном генетическом варианте в базах данных, мы считаемвозможнымохарактеризоватьделециюp.Gln113_Leu115delкаквероятнопатогенную (likely pathogenic, IV класс патогенности).Генетический вариант p.R212Q был обнаружен у пациента с неонатальнойформой кардиомиопатии. Наряду с некомпактным миокардом, у пациентанаблюдалась дилатационнная кардиомиопатия имножественные дефектымежжелудочковой перегородки. Согласно базе данных ExAC, частота аллеляp.R212Q составляет 0,0002 (0,02%), что сопоставимо с частотами ГКМП [85] иДКМП [86].Таблица 24.
Локализация в гене и наличие информации в базах данных длягенетического варианта, выявленного в гене DES у пациентов с СНМЛЖ.№НуклеотиднаязаменаИзменениебелка1c.336_344delp.Gln113_Leu1115delн/д2c.635G>Ap.R212Q22.192e-4rs1442611713c.1009G>Cp.A337P5н/дrs59962885ЭкзонЧастота (б\д СсылкиgnomAD)[100]В базе данных HGMD указано, что генетическому варианту p.R212Qсоответствует фенотип некомпактного миокарда ЛЖ, однако патогенностьданного генетического варианта не установлена (обозначение базы данныхHGMD – «disease causing mutation?»).
В отсутствие данных каскадного семейногоскрининга и данных функциональных исследований генетический вариантp.R212Q может быть охарактеризованкакклиническим значением (III класс патогенности).вариант с неустановленным99Таблица 25. Результат биоинформатического анализа и класс патогенностигенетических вариантов, обнаруженных в гене DES у пробандов с СНМЛЖ№ГенетическийвариантCardioClassifierInterVarКласспатогенности1p.Gln113_Leu115delН/ДН/ДIVН/ДНеустановленноеклиническоезначениеIII2p.R212QНеустановленноеклиническоезначение/вероятнопатогенная3p.A337PН/ДIII→IV(автоматическийанализ/результатсучетомданныхсегрегационногоанализа)Генетический вариант p.A337P был обнаружен у пациентки LVNC49 37 летс сочетанием симптомов поражения сердца и миопатии.
У пациентки наблюдалсяНМЛЖ, дилатация полости ЛЖ и выраженная слабость в мышцах ног.Генетический вариант p.A337P был ранее описан как патогенный, приводящий кразвитию миофибриллярной миопатии с вовлечением сердца [101]. Был проведенкаскадный семейный скрининг – поиск генетического варианта p.A337P вобразцах ДНК двух сыновей пробанда LVNC49 17 и 11 лет. Родословная семьиLVNC49 и результаты каскадного семейного скрининга показаны на рисунке16.В статье L.
G. Goldfarb et al. [92] генетический вариант p.A337P такжеописан как сегрегирующий с миопатией. С учетом данных биоинформатическогоанализа и сегрегации генетического варианта с миопатией в двух неродственныхсемьях считаем возможным охарактеризовать его как вероятно патогенный (likely100pathogenic, IV класс патогенности). Роль генетического варианта p.A337P впатогенезе некомпактного миокарда ЛЖ, тем не менее, не установлена.У старшего сына пробанда (LVNC49 II-1) на момент выполненияисследования наблюдались признаки миопатии – слабость в мышках ног. Порезультатам семейного исследования у сына пробанда LVNC49 II-1 былобнаружен генетический вариант p.A337P в гетерозиготном состоянии.
Такимобразом, генетический вариант p.A337P сегрегирует с миопатией в семьеLVNC49. На момент выполнения исследования эхокардиографические параметрыу сына пробанда LVNC49 II-1 были в пределах нормальных значений.Рисунок 16. Родословная семьи LVNC49. Римскими цифрами обозначеныномера поколения, арабскими – порядковый номер человека в поколении,пробанд указан стрелкой; отец LVNC49 I-1 не обследован.Обращает на себя внимание тот факт, что два генетических варианта из трехбылиобнаруженыупациентовсмиопатией.Сочетаниемиопатииинекомпактного миокарда ЛЖ может являться показанием для проведения поискагенетических вариантов в гене DES.1013.3.9.
Результаты молекулярно-генетического анализа генов TNNT2, TPM1,TAZ, MYL3, MYL2, у пациентов с синдромом некомпактного миокардалевого желудочкаУ пробанда DCM108 I-1 в гене TNNT2 был обнаружен генетический вариантp.R173Q (rs397516471) в гетерозиготном состоянии. Данный генетическийвариант был неоднократно описан как патогенный или вероятно патогенный[102],[103]. Более подробно родословная семьи DCM108 будет рассмотрена вследующем разделе.В генах TPM1, TAZ, MYL3, MYL2, патогенных или потенциальнопатогенных генетических вариантов обнаружено не было.Несколько неожиданным оказалось отсутствие потенциально патогенныхгенетических вариантов в гене TAZ в нашей группе пациентов.
Возможно, этосвязано с редкостью (1:200000 – 1:400000 новорожденных по разным оценкам)синдрома Барта, а также с тем, что тяжелые клинические проявления развиваютсяуже в раннем детстве. Наша выборка пациентов состояла преимущественно извзрослых пациентов.3.3.10. Результаты молекулярно-генетического анализа генов, не вошедших восновную исследовательскую панельПациентам с подозрением на синдромальную патологию, помимо основнойисследовательской панели генов, был выполнен таргетный поиск мутаций всоответствующих генах или секвенирование экзома.У пациента LVNC32 был диагностирован синдром Альпорта, Х-сцепленнаядоминантная форма.
Был проведен поиск мутаций в гене COL4A5, выявленаописанная ранее мутация c.1032+3_1032+6delAAGT в гемизиготном состоянии.В семье DCM108 с анамнезом, отягощенным по повторным детскимсмертям, было проведено секвенирование экзома для обоих родителей и четверыхдетей, двое из которых умерли в первый месяц жизни.DCM108 представлена на рисунке17.Родословная семьи102У отца пробанда DCM108 I-1 в возрасте 24 лет была диагностированадилатационная кардиомиопатия, отмечено снижение ФВ до 39-45%. На фонепроводимой терапии ФВ колеблется в пределах 38-41% в течение 13 лет. Устаршегоребенка(DCM108II-1)быладиагностированаповышеннаятрабекулярность ЛЖ, не соответствующая диагностическим критериям дляСНМЛЖ. У двоих детей (DCM108 II-2, DCM108 II-3) пренатально/перинатальнобыла диагностирована ДКМП и нарушения ритма сердца.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
