Диссертация (1174269), страница 12
Текст из файла (страница 12)
Втаблице 11 приведены сведения о типах мутаций в нашем исследовании и всоответствии с литературными данными.Из числа всех обнаруженных генетических вариантов 13 относились к IV-Vклассу патогенности, 20 – к III классу патогенности. Соотношение «сигнал-шум»составило 13:20 ~ 0,65:1. Для сравнения, соотношение «сигнал-шум» длягипетрофической кардиомиопатии по состоянию на 2011 год составляло 12:1, дляаритмогенной дисплазии правого желудочка – 4:1 [36]74Соотношение различных типов генетическихвариантов в группе пациентов с НМЛЖ423МиссенсНонсенс24Делеции/инсерцииМутации сайтов сплайсингаРисунок 8. Соотношение различных типов генетических вариантов в группепациентов с НМЛЖ.Необходимо отметить, что указанные значения соотношения «сигнал-шум» длякардиомиопатий опубликованы в 2011 году, т.е. до разработки критериевинтерпретациидлягенетическихвариантов,выявленныхвходевысокопроизводительного секвенирования.
По состоянию на 2011 год требованияк интерпретации генетических вариантов могли отличаться. Насколько намизвестно, повторный анализ соотношения «сигнал-шум», с учетом новыхтребований к интерпретации, для кардиомиопатий не проводился.Нам не удалось выявить особенности, характерные для обнаруженногоспектра генетических вариантов. Однако необходимо отметить преобладаниемиссенс-вариантов в нашем исследовании и в нескольких других (Таблица 11).Доля миссенс-вариантов в приведенных исследованиях (кроме Li et al. [78]),составляла 68-90%.
В работе Li et al. [78] ген TTN был включен в спетрисследуемых генов и половина генетических вариантов, приводящих к сдвигурамки считывая (7/14), находилась именно в нем, а доля миссенс-вариантовсоставила 38%. Результаты Li et al. [78] достоверно отличаются (точный тест75Фишера, p < 0,05) от результатов других исследовательских групп, приведенных втаблице 11. Можно предположить, что значительное преобладание миссенсвариантов в генах белков саркомерных генов не является характернойособенностью генетического спектра СНМЛЖ, но отражает особенности дизайнаи ограничений исследований.Таблица 11 Сравнение числа генетических вариантов различных типов вProbstal.,Авторывариантовгенетическихданном исследовании и с литературными даннымиet Wang2011 al.,et Li et al., Richard et Данное2017 2018 [78] al.,2018 исследование[40]Миссенс1339163524Нонсенс01863Мутациисайтов 32402Делеции/инсерции 2114104Всего43425133Типы[31][79]сплайсинга18Кластеризациигенетическихвариантоввотдельныхчастяхгеновобнаружено не было.
Распределение генетических вариантов внутри каждого генаи вопросы генетическогФо спектра и интерпретации генетических вариантовбудут представлены в соответствующих разделах.763.3.2. Результаты молекулярно-генетического анализа гена MYH7 упациентов с синдромом некомпактного миокарда левого желудочкаВ гене MYH7 было обнаружено 15 потенциально патогенных генетическихвариантов в 15 неродственных семьях. Пациентов-носителей двух потенциальнопатогенных генетических вариантов в гене MYH7 в нашей выборке обнаружено небыло.
Также не было выявлено генетических вариантов, встречающихся болеечем в одной семье. Выявленные генетические варианты, их локализация и, приналичии, ссылка на информацию в базе данных представлены в таблице 12.Таблица 12. Локализация в гене и наличие информации в базах данных длягенетических вариантов, выявленных в гене MYH7 у пациентов с СНМЛЖСсылкиЭкзонЧастота(Б/ДgnomAD)p.P151L5н/дrs730880837c.541G>Ap.G181R77.953e-6rs7601872153c.709C>Tp.R237W81.193e-5rs455160914c.1189A>Gp.K397E13н/дновый5c.1255C>Ap.Q419K13н/дновый6c.2510A>Tp.K837M22н/дrs10605014397c.2563_2565delGAGp.E855del22н/дrs7308808878c.3086A>Cp.Q1029P24н/дновый9c.3286G>Tp.D1096Y261.414e-4rs4547869910c.4045G>Ap.E1349K30н/дновый11c.4894G>Ap.A1632T343.181e-5rs56566341212c.5189T>Cp.M1730I36н/дrs867004523№НуклеотиднаязаменаИзменениебелка1c.452C>T277Таблица 12.
Локализация в гене и наличие информации в базах данныхдля генетических вариантов, выявленных в гене MYH7 у пациентов с СНМЛЖ(продолжение)СсылкиЭкзонЧастота(Б/ДgnomAD)37н/дrs730880816c.5655+5G>CМутация сайта38сплайсинган/дновыйc.5754_5756delCAAp.N1918delн/дновый№НуклеотиднаязаменаИзменениебелка13c.5395G>Ap.E1799K1415Всеперечисленные39генетическиевариантыбыливыявленывгетерозиготном состоянии.
Из 15 генетических вариантов 6 (40%) были выявленывпервые.Частота генетического варианта c.3286G>T (p.D1096Y) была нескольковыше принятого нами порога отсечки в 0,01%. Этот вариант был неоднократноописан у пациентов с ГКМП и ДКМП [80], [81], [82], [83] и классифицирован каквариант с неустановленным клиническим значением панелью экспертов,одобренной FDA [84]. Однако частота генетического варианта c.3286G>T(p.D1096Y) ниже частоты ГКМП [85] и ДКМП [86] в популяции.Частота генетического варианта c.4894G>A (p.A1632T) в африканскойпопуляции так же выше порога отсечки в 0,01% и составляет 0,018%. Тем неменее, частота генетического варианта c.4894G>A (p.A1632T) ниже частотычастоты ГКМП [85] и ДКМП [86], а для африканской популяции нельзяисключить эффект основателя.Распределение генетических вариантов внутри гена представлено на рис.9.Генетические варианты, выявленные впервые, показаны красным цветом.78Рисунок 9.
Распределение генетических вариантов в гене MYH7.Былвыполненбиоинформатическийанализвсехмиссенс-заменсиспользованием ресурсов PolyPhen2, SIFT, MutationTaster. Также все миссенсзамены были проанализированы на предмет возможного влияния на сплайсинг спомощью ресурса NetGene2.В случае, если как минимум 2 из 3биоинформатических предикторов характеризовали замену как патогенную,генетический вариант считался потенциально патогенным по результатамбиоинформатического анализа.значениявсегенетическиеС целью оценки возможного клиническоговариантыбылиохарактеризованысогласнорекомендациям ACMG [87] и Руководства по интерпретации данных, полученныхметодами массового параллельного секвенирования MPS [74]. Результатыбиоинформатического анализа, анализа с помощью ресурсов CardioClassifier иInterVar и классы патогенности согласно рекомендациям ACMG (самостоятельнаяоценка) представлены в Таблице 13.Генетические варианты, отмеченные астериском, располагаются в регионе с181 по 937 аминокислотных остатков.
Этот регион был подробно описан висследовании Walsh et al. [47]. В ходе анализа неслучайных кластеров мутаций(nonrandom mutation cluster analysis) было показано, что генетические варианты,обнаруженные у пациентов с ГКМП, располагаются преимущественно в области с181 по 937 аминокислоту, в то время как генетические варианты, присутствующиев базе данных ExAC, располагаются в регионе с 1271 по 1903 аминокислотныйостаток.79Таблица 13. Результат биоинформатического анализа и класс патогенностигенетических вариантов, обнаруженных в гене MYH7 у пациентов с СНМЛЖ№123456789101112ГенетическийвариантCardio ClassifierInterVarКласспатогенностиp.P151LНеустановленноеклиническое значениеВероятнопатогенныйIIIp.G181R*Неустановленноеклиническое значениеВероятнопатогенныйIIIp.R237W*Неустановленноеклиническое значениеВероятнопатогенныйIIIВероятно патогенныйВероятнопатогенныйIVp.Q419K*Неустановленноеклиническое значениеВероятнопатогенныйIIIp.K837M*Неустановленноеклиническое значениеВероятнопатогенныйIIIp.E855del*Неустановленноеклиническое значениеН/ДIIIp.Q1029PНеустановленноеклиническое значениеВероятнопатогенныйIIIp.D1096YНеустановленноеклиническое значениеВероятнопатогенныйIIIp.E1349KВероятно патогенныйПатогенныйIVp.A1632TНеустановленноеклиническое значениеВероятнопатогенныйIIIНеустановленноеклиническое значениеНеустановленноеклиническоезначениеIIIp.K397E*p.M1730I80Таблица 13.
Результат биоинформатического анализа и класс патогенностигенетических вариантов, обнаруженных в гене MYH7 у пациентов с СНМЛЖ(продолжение)№ГенетическийвариантCardio ClassifierInterVarКласспатогенности13p.E1799KНеустановленноеклиническое значениеВероятнопатогенныйIII14c.5754_5756 del НеустановленноеCAAклиническое значениеН/ДIII15c.5655+5G>CН/ДН/ДVСхема расположения кластера мутаций в гене и один из генетическихвариантов, обнаруженных у пациентки нашей группы и попавший в кластер,показаны на рис.10.Описание мутантного кластера стало возможным благодаря обработкеданных о большом количестве генетических вариантов и благодаря доступностиклиническойинформацииихносителей.Однакоданныйкластербылохарактеризован только для генетических вариантов, обнаруженных у пациентовс гипетрофической кардиомиопатией.
В связи с этим мы считаем, чтоиспользовать данные о расположении генетического варианта в кластере дляинтерпретации клинического значения корректно только для пациентов сгипертрофией миокарда.Мы проанализировали варианты ремоделирования миокарда у пациентов сгенетическими вариантами, попавшими в кластер. Из 6 пациентов, у которыхгенетические варианты располагались в кластере гена MYH7, у троихнаблюдалась гипертрофия миокарда.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
