Диссертация (1174269), страница 11
Текст из файла (страница 11)
Это, а такжеблизкое к 1:1 соотношение по полу, может отражать естественный исход вдилатацию имеющегося заболевания сердца.Статистически значимой разницы между соотношением по полу в трехгруппах получено не было. В группе пациентов с изолированной формойнекомпактного миокарда преобладали пациенты женского пола, в то время как вгруппе пациентов с гипертрофией– пациенты мужского пола.Длягипертрофической кардиомиопатии различия между пациентами мужского иженского пола в возрасте манифестации, пенетрантности и течении заболеваниябыли описаны ранее [72], [73]. Согласно литературным данным, ГКМПманифестирует раньше у пациентов мужского пола, пенетрантность также вышесреди мужчин, однако клинические проявления заболевания более выражены у68женщин, в т.ч. у женщин наблюдался более высокий класс сердечнойнедостаточности (NYHA III/IV).
Это может объяснять преобладание пациентовмужского пола с более ранним возрастом манифестации в группе пациентов сгипертрофией. В таком случае пациенты женского пола с первично возникшейгипертрофией миокарда могут оказаться в группе с дилатацией.Преобладание женщин в группе пациентов с изолированной формойнекомпактного миокарда в рамках настоящего исследования объяснено не было.Соответствующих исследований также обнаружено не было. Возможно,преобладаниеженщинвгруппепациентовсизолированнойформойнекомпактного миокарда является особенностью нашей группы пациентов.Выводы по разделу: Было обследовано 67 пробандов и 29 родственников I степениродства. Соотношение по полу среди пробандов было близко к 1 (34пробанда мужского пола, 33 – женского). Были проанализированы анатомические варианты ремоделированиямиокардаупациентовсНМЛЖ.ИзолированныйНМЛЖприсутствовал в 23% случаев; у большинства пробандов (52,2%)наблюдалась дилатация камер сердца; в 22,4% случаев наблюдаласьгипертрофия миокарда. Возраст манифестации заболевания различался в зависимости от типаремоделирования миокарда.
Наиболее ранний возраст манифестациизаболевания наблюдался в группе пациентов с гипертрофиеймиокарда (28 лет), наиболее поздний – в группе пациентов сдилатацией (36,2 лет). В группе пациентов с НМЛЖ, где средний возраст манифестациизаболеваниясоставил36лет,наблюдалосьпреобладание пациентов женского пола (73%).значительное693.3. Результаты молекулярно-генетического анализа генов, входящих впанель «Синдром некомпактного миокарда левого желудочка»3.3.1. Общие результаты молекулярно-генетического анализа у пациентов ссиндромом некомпактного миокарда левого желудочкаСеквенирование панели генов «Синдром некомпактного миокарда ЛЖ»было выполнено для 67 пробандов, которым был выставлен диагноз «синдромнекомпактного миокарда ЛЖ».Генетические варианты не рассматривали как потенциально патогенные,если они отвечали следующим критериям:1.
если генетический вариант ранее был описан в литературе как неимеющий клинического значения;2. если генетический вариант внесен в базы данных и является частым –частота аллеля > 5%, согласно базам данных ESP, 1KP или ExAC [74].3. Частота генетического варианта превышает частоту заболевания (сучетом типа наследования). Поскольку частота НМЛЖ не определена, абольшинство литературных источников сообщают преимущественно обаутосомно-доминантном типе наследования, нами был выбран пороготсечки частоты аллеля 0,01% [74];Наличие генетических вариантов, не отвечающих данным критериям, атакже наличие впервые выявленных генетических вариантов подтверждалосьпрямымавтоматическимдвунаправленнымсеквенированиемпоСенгеру.Потенциальная патогенность обнаруженных генетических вариантов оцениваласьс помощью указанных биоинформатических ресурсов.Клиническое значение выявленных генетических вариантов оценивалось,согласно Руководству Российского общества медицинских генетиков поинтерпретацииданных,полученныхметодамимассовогопараллельного70секвенирования (MPS) [74], по критериям интерпретации генетических вариантовACMG (2015), а также с привлечением ресурсов Cardio Classifier и InterVar.КритерииинтерпретациигенетическихвариантовACMGбылиопубликованы в 2015 году и сразу оказались интегрированы в клиническую иисследовательскую практику, что говорит об их безусловной актуальности.
Помере накопления данных о работе с критериями ACMG стали появлятьсяпубликации о недостатках этих критериев: так, некоторые авторы отмечают, чтоотдельные пункты рекомендаций не специфичны, могут быть интерпретированынеоднозначно и не учитывают значимые аспекты молекулярной генетики [75].Результаты оценки применения критериев ACMG различными лабораториямибыли приведены в исследованиях Harrison et al.
[76] (2017) и Whiffin et al. [77](2018).Авторы отмечают, что дискордантность между лабораториями винтерпретации генетических вариантов может достигать 10%.Имеющиеся разночтения не делают применение критериев ACMGневозможным, однако указывают на необходимость подходить к интерпретациигенетических вариантов максимально объективно. С этой целю было созданонесколькобиоинформатическихресурсов,позволяющихавтоматизироватьинтерпретацию генетических вариантов в соответствии с критериями ACMG.Среди них – ресурсы CardioClassifier (Whiffin et al.
2017 BioRxiv) и InterVar. Обаресурса позволяют учитывать критерии, содержащие клиническую информацию(происхождение генетического варианта de novo, данные каскадного семейногоскрининга и т.д.). Результаты интерпретации генетических вариантов в генахисследовательской панели будут рассмотрены в соответствующих разделах.Результатысобственнойинтерпретациивыявленныхгенетическихвариантов. Генетические варианты с неустановленным клиническим значением,а также патогенные/вероятно патогенные генетические варианты были выявленыв 30 семьях (45%).Всего было обнаружено 33 генетических варианта III-Vклассов патогенности. Количество генетических вариантов каждого класса71патогенности (ACMG 2015, классы III-V) представлено в Таблице 10.Соотношения доли пациентов с генетическими вариантами различных классовпредставлено на рисунке 7.Таблица 10. Генетические варианты, выявленные в группе пациентов сСНМЛЖКлассы патогенностиIII (неустановленное IV(вероятно V (патогенный)патогенный)клиническоезначение)Количествогенетических 20вариантовБольшаячасть6обнаруженных7генетическихвариантовбылаклассифицирована как варианты с неустановленным клиническим значением.Доля пробандов-носителей VUCS составила 30% от общего числа семей; отобщего числа пробандов с выявленными генетическими вариантами доляпробандов-носителей VUCS составила 60,6%, т.е.
большая часть выявленныхгенетических вариантов была охарактеризована как варианты с неустановленнымклиническим значением.Обращает на себя внимание обнаружение большого количества вариантов снеустановленным клиническим значением в генах саркомерных белков, т.е. вхорошо изученных генах. Это явление может быть рассмотрено с несколькихточек зрения.72Доля пациентов с генетическими вариантамиразличных классов патогенностиДоля пациентов без потенциальнопатогенных генетических вариантов или сгенетическими вариантами I-II классов7 (10,4%)6 (9,1%)38 (57,6%)Генетические варианты с неустановленнымклиническим значением21 (31,8%)Вероятно патогенные генетическиевариантыПатогенные генетические вариантыРисунок 7.
Доля генетических вариантов различных классов в группепациентов с СНМЛЖ.С одной стороны, обнаружение большого количества вариантов снеустановленным клиническим значением у пациентов с НМЛЖ может говоритьоб особом генетическом спектре НМЛЖ. В таком случае можно ожидать наличиенеких общих свойств обнаруженных генетических вариантов, характеризующихгенетические особенности НМЛЖ.К таким свойствам могли бы относитьсяопределенный тип мутаций (миссенс, нонсенс, делеции/инсерции и т.д.),кластеризация мутаций в определенных участках генов и т.д.С другой стороны, по мере внедрения в исследовательскую практикуметодоввысокопроизводительногосеквенирования,числообнаруженныхгенетических вариантов растет, и в таком случае обнаружение большогоколичества VUCS отражает этап накопления информации о генетическом спектреотдельных генов.
Этот аспект рассматривается в исследовании R.Walsh et al. [47](2017).Парадоксвысокопроизводительногосеквенированиявтом,чтогенетические варианты, каждый из которых индивидуально редок, вместе73составляют большую долю от числа всех обнаруженных вариантов. Аналогиюможно провести с орфанными заболеваниями – каждое заболевание поотдельности встречается в популяции с низкой частотой, однако в целом онисоставляют значительную долю в структуре заболеваемости. По данным Walsh etal.[47], в среднем в экзоме можно обнаружить 7,6 редких несинонимичныхвариантов с частотой минорного аллеля (MAF) <0.1%, располагающихся вхорошо изученных генах, ответственных за те или иные доминантныезаболевания.
В популяции такие генетические варианты будут встречаться оченьредко или же будут «частными», т.е. обнаруженными в единственной семье.В нашей группе пациентов большая часть генетических вариантов былаобнаружена в генах MYH7 и MYBPC3. Из числа обнаруженных генетическихвариантов 24 вариантов (72,7%) приводили к замене одной аминокислоты надругую (миссенс-варианты), один из миссенс-вариантов затрагивал старт-кодон, 3варианта (9,1%) приводили к замене аминокислоты на стоп-кодон (нонсенсварианты), 4 варианта (12,1%)– к делеции/инсерции одной или несколькихаминокислот и, следовательно, к образованию транскрипта аномальной длины, 2варианта (6,1%) затрагивали сайты сплайсинга.Мы не проводили анализвариаций числа копий генов и детекцию крупных (сопоставимых с размеромэкзона)делеций/инсерций.Соотношениеразличныхтиповгенетическихвариантов представлено на рисунке 8.Преобладание миссенс-вариантов согласуется с данными других авторов.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
