Диссертация (1144820), страница 34
Текст из файла (страница 34)
Большое число вариантов в гене ACVR2A иих высокая представленность среди больных с гестозом не позволяетрассматривать данные варианты как «исключительные» маркеры этогозаболевания (Глотов и др., 2014).219220Рисунок29.Биоинформатическийфильтерингрезультатовсеквенирования гена ACVR2A с помощью ресурса «Gene-Talk».Таблица 27. Частоты аллелей и комбинаций аллелей наиболеезначимых вариантов гена ACVR2A у беременных с гестозом (по Глотов и др.,2014).Номер rsГеномнаякоординатаN*Частоты аллелей(%)РефереАльтерннснаяативнаяЧастотыкомбинацийаллелей (%)rs674779214861152829T86,2G13,8T/T75,9T/G20,7G/G3,4rs101406414861215432rs1303449414861553028rs1299872914861729228rs1774197814861738031rs136465714861826729rs758240314861875431rs189569414861974631rs211379414862297727A70,3C73,2G64,3C85,5T8,6A53,2T56,5TG29,7T26,8A35,7G14,5C91,4G46,8C43,5GA/A56,3C/C64,3G/G46,4C/C74,2T/T3,4A/A38,7T/T35,5T/TA/G28,1C/T17,9G/A35,7C/G22,6T/C10,3A/G29T/C41,9T/GG/G15,6T/T17,9A/A17,9G/G3,2C/C86,2G/G32,3C/C22,6G/G220221rs1774213414862739627rs92993914862752825rs142494314862816232rs671381114863153529rs142494114864311831rs1049702414864805930rs216198314864938634rs112891914865711734rs228819014865758934rs375454114865859533rs758153714866104327rs1049702514866220226rs1300849714866676125rs146921114866683525rs376868714867202025rs1302665014867420127rs376495514867479729rs760109814867661429rs382071614868026029rs23033921486804272955,6C88,9C70G0G51,7C82,3A70G70,6G70,6A41,2G62,1T96,3C44,4T11,1A30A100A48,3T17,7G30A29,4A29,4G58,8A37,9A3.7G40,7C/C85,2C/C56G/G0G/G31C/C67,7A/A53,3G/G58,8G/G55,9A/A23,5G/G24,2T/T96.3C/C29,6C/T7,4C/A28G/A0G/A41,4C/T29A/G33,3G/A23,5G/A29,4A/G35,5G/A75,8T/A0C/G29,6T/T7,4A/A16A/A100A/A27,6T/T3,2G/G13,3A/A17,6A/A14,7G/G41,2A/A0A/A3.7G/G84.6C70C88C74G70.4G69C8.6G50G15.4T30T12T26A29.6C31G91.4A50C73.1C/C52C/C80C/C56G/G55.6G/G51.7C/C0G/G34.5G/G23.1C/T36C/T16C/T36G/A29.6G/C34.5C/G17.2G/A31G/C3.8T/T12T/T4T/T8A/A14.8C/C13.8G/G82.8A/A34.5C/C221222rs1343008614868706133rs176926481486877313367.2A65.2A87.932.8T34.8C12.151.7A/A42.4A/A78.831A/T45.5A/C18.217.2T/T12.1C/C3ванализеN* -число изученных образцовДругойбиоинформатическийподходзаключалсяфункциональной значимости выявленных замен для оценки их возможноговлияния на функцию белка.
Однако алгоритмы PolyPhen и SIFT (Wang et al.,2010; Chang et al., 2012), которые были использованы для решения этойзадачи, не выявили ни одного маркера, значимо влияющего на активностьфермента ACVR2A (Глотов и др., 2014).3.2.1.2.2.2. Анализ корреляции комбинаций аллелей гена ACVR2A споказателями САД, ДАД, и концентрацией белка в моче беременных женщинс гестозом.Следующий этап работы был направлен на поиск дополнительнойдоказательной базы относительно группы ранее выявленных «значимых»вариантов в гене ACVR2A. С этой целью был использован метод корреляциипо Пирсону, позволяющий оценить влияние комбинаций аллелей по«медицински значимым» вариантам гена ACVR2A на изменения такихдиагностически значимых параметров при гестозе как «САД», «ДАД» и«наличие белка в моче».Статистически значимая корреляция была выявлена между rs1364657,rs7601098, rs3820716 гена ACVR2A и белком в моче, а также между rs7601098и диастолическим артериальным давлением (p<0,03) (табл. 28) (Глотов и др.,2014).222223Таблица 28.
Корреляция комбинаций аллелей гена ACVR2A ипоказателей САД, ДАД, концентрации белка в моче беременных женщин сгестозом (по Глотов и др., 2014).Номерrsrs6747792rs1014064rs13034494rs12998729rs17741978rs1364657rs7582403rs1895694rs2113794rs17742134rs929939rs1424943rs6713811rs1424941rs10497024rs2161983rs1128919rs2288190rs3754541rs7581537rs10497025rs13008497rs1469211rs3768687rs13026650rs3764955rs7601098rs3820716rs2303392rs13430086СистолическоедавлениеДиастолическоедавлениеБелоккоэффициенткорреляции-0,130,02p-value0,500,91коэффициенткорреляции-0,070,09p-value0,710,63коэффициенткорреляции-0,14-0,23p-value0,470,200,110,600,020,91-0,220,26-0,100,61-0,040,85-0,280,15-0,23-0,090,000,070,150,220,650,990,700,47-0,13-0,28-0,16-0,17-0,190,480,160,400,370,34-0,13-0,400,040,12-0,130,90,03**0,820,520,53-0,170,06NA*-0,05-0,280,410,78NA0,810,13-0,160,07NA-0,23-0,190,430,76NA0,250,31-0,15-0,27NA0,13-0,210,470,20NA0,500,260,100,050,05-0,13-0,21-0,070,600,800,790,480,260,750,150,090,12-0,26-0,14-0,030,440,630,490,140,440,90-0,25-0,23-0,25-0,04-0,200,030,200,200,170,820,260,900,280,170,260,21-0,080,700,11-0,190,070,610,360,730,13-0,170,110,540,420,62-0,25-0,08-0,290,230,700,17-0,070,02-0,19-0,14-0,070,750,940,320,460,740,010,06-0,42-0,120,030,970,750,020,550,88-0,22-0,04-0,52-0,41-0,300,270,85<0,010,030,12-0,020,91-0,210,250,060,74223224rs17692648-0,220,22-0,200,27-0,130,48*NA – анализ не возможен, так как во всех подгруппах выявлен одинаковый генотип**- статистически значимые отличия3.2.1.2.2.3.
Анализ ассоциации комбинаций аллелей гена ACVR2A с наличиемотеков, сопутствующих патологий и тяжестью манифестации заболевания убеременных женщин с гестозом.С помощью точного теста Фишера, была выявлена достовернаяассоциация между вариантом rs3764955 тяжестью гестоза и образованиемотеков (p<0,05).Необходимо отметить, что эти результаты противоречат данныманалогичногосравнения,выполненногоотечественнымиавторами(Ворожищева и др., 2013), но соответствует таковым в работе норвежскихисследователей (Roten et al., 2009).3.2.1.2.2.4. Сравнительный анализ результатов секвенирования гена ACVR2Aу женщин с гестозом и в контрольной группе.Учитывая небольшой объем выборки, для сравнения групп былиспользован разработанный ранее алгоритм, который позволяет применятьдве аддитивные модели (Glotov et al., 2015б). Одна из них, предполагает, чтоклинический(«доминантнаяэффектзависитмодель»),отдругаяналичия–отальтернативнойальтернативногоаллелигенотипа(«рецессивная модель»).В доминантной модели идентифицировано 246 вариантов.
Из них былиотобраны главные маркеры, согласно следующим критериям: score>10 и/илиp<0,01 и мутация «покрыта» более, чем в 90% образцах (см. табл. 29).Семнадцать вариантов, из которых только 6 имели свой rs номер (этоварианты rs145399059, rs115418286, rs41468049, rs111430637, rs373204686,rs148618849), характеризовали наличие риска заболевания, а один вариант протекцию против него (rs17742573).224225Необходимо отметить, что согласно SNPSIFT тесту (p<0,05), наиболеесущественными заменами были инсерция insAA в позиции 148642724,связанная с риском болезни, и протективная замена A на G в позиции148643956 (rs17742573).
Можно предполагать, что наличие инсерции insAAхотя бы на одной из хромосом стимулирует развитие гестоза, тогда какналичие варианта G в rs17742573 – наоборот, оказывает протективныйэффект.В рецессивной модели (табл. 30) идентифицировано 57 вариантов, изкоторых только четыре соответствовали выбранным критериям (см. выше).Для замен rs145399059, rs62169479, rs62169480, rs17692648 показанаассоциация с заболеванием.
Важно отметить, что вариант rs145399059выявлен как маркер гестоза в двух моделях, а вариант rs17692648 являетсяклинически значимым маркером гестоза согласно порталу «Gene-Talk». Этирезультаты позволяют рассматривать варианты rs145399059 и rs17692648 каквозможные маркеры риска развития гестоза.225226Таблица 29.
ACVR2A-маркеры гестоза («доминантная модель»).Стартовая позицияИсходнаяпоследовательностьНуклеотиднаязаменаТипзаменыНомер rsБолезнь/здоровьев%ScoreScore2148642724148606243148613074148609077148646876148652327148686453148643432148645421148651206148652167148654065148655053148657857148659844148680419148687457148643956TGGTGTTATTCAAGGGAATAACTCCCCGCCGGGAAAGGindelSNPSNPSNPSNPSNPSNPSNPSNPSNPSNPSNPSNPSNPSNPSNPSNPSNP.rs145399059rs115418286rs41468049..rs111430637...rs373204686..rs148618849...rs1774257318/013/08/05/05/05/05/03/03/03/03/03/03/03/03/03/03/00/237050302020202010101010101010101010-250-350-250-150-100-100-100-100-50-50-50-50-50-50-50-50-50-5050p-value(CC_DOMмодель,snpSift)0,02320,08710,20800,38110,38920,37780,38110,60710,62070,63930,64410,63160,63790,63790,62710,61400,63930,0069226227Таблица 30. ACVR2A-маркеры гестоза («рецессивная модель»).Стартовая позицияИсходнаяпоследовательностьGAGНуклеотиднаязаменаCCTТипзаменыНомер rsБолезнь/здоровьев%148606243SNPrs1453990593/0148606674SNPrs621694793/0148607210SNPrs621694803/0*rs1769264148687731ACSNP3/08* - клинически значимый маркер согласно порталу «Gene-Talk».ScoreScore2101010-50-50-50p-value(CC_RECмодель, snpSift)0,62710,62710,620710-500,63332272283.2.1.2.3.
Сравнительный анализ уровня микроРНК в плаценте у больныхгестозом и при нормальной беременности.Для поиска и комплексного изучения маркеров гестоза на уровнетранскриптомов использован метод полногеномного секвенирования. Былиизучены спектр и уровень микроРНК в ворсинчатом хорионе плаценты урожениц с нормальной беременностью и с беременностью, осложненнойразличными формами гестоза.Всего секвенировано14 библиотек кДНК.
В результате секвенированияполучено 2241561, 2527969 и 1502484 «ридов» (просеквенированныхфрагментов ДНК), соответствующих контролю, гестозу (в целом) и гестозу,осложненномугипертонией,соответственно,выровненныхнагеномчеловека, со средней длиной «рида» от 19 до 24 нуклеотидов.Для раздельного анализа малых РНК каждого типа библиотек созданыфайлы, содержащие данные «риды».
Общее количество «ридов», числотриммированных «ридов» (не содержащих последовательность адаптера,соответствующего какому-либо образцу), количество уникальных «ридов»,соответствующих предшественникам микроРНК, общее число «ридов»,соответствующих микроРНК, и количество известных микроРНК с ≥ 5xпокрытием приведены в табл. 31.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
