Frenkel, Smit - Understanding molecular simulation - 2002 (523144), страница 20
Текст из файла (страница 20)
!п а юпи1абоп, П 1в вгга)ПЬЕЕоглчагс1 го теаялге д(г): П Ев випр1у ЕЬе га6о Ьеллчееп ЕЬе ачегаде пшпЬег слепя!у р(г) а! а сПвгапсе г Егот апу П(чеп а!от (Еог ялпрПсйу ше аввшпе йа! аП агота аге Ыеп6са!) апс1 йе с1епя!у а! а с1!вгапсе г Егот ап а!от 1и ап Ыеа1 Пав а! йе вате очегаП с1епвйу.
1п А!дог)ЕЬт 7 ап ипр1егиепла6оп Ео сотриле йе гасПа1 д)влг)Ьи6оп Еипс6оп 1в девспЪес1. Ву сопвлгисл!оп, д(л ) = 1 Еи ап Ыеа! Пав. Апу с!ен)а6оп оЕ д(г) Егот ип(лу гейесгв согге1агюпв Ьеллчееп ЕЬе рагбс1ев йле Ео ЕЬе тЕегто!еси!аг тгегас6опв. Вой йе ЕЬеппог1упаидс ргорег6ев апс1 ЕЬе в!гас!ига! ргорег6ев гпеп6опе6 ргечюив1у с(о по! дерепс1 оп ЕЬе Шпе ечо1ибоп оЕ ЕЬе вувгет: йеу аге вга6с ег)ш11Ъг)ит ачегадев. ЬисЬ ачегадев сап Ье оЬЕа(пе6 Ьу Мо!еси!аг Елупаиасв япш1абопв ог ег!иаПу лчеП Ьу Моиле Саг!о яиш!абопв, Нолненег, 1и агЫПюп Ео йе вгабс есрлЕПЬгпип ргорегбев, лне сап а1во теаялге с1упапис е<)ш11Ьпит ргорегбев )и а Ми!ей!аг Рупаписв япш1абоп (ЬШ по! ънПЬ а Мопле Саг1о в)тц1а6оп). А! Е)гвЕ в)ПЬЬ а с1упаиис егрлЕПЬишп ргореглу арреагв Ео Ъе а сопггабк6оп: 1и ес!иРПЪпшп аП ргорег6ев аге )иПерепбепг оЕ 6гпе; Ьепсе апу 6те с1ерепг(епсе 1и ЕЬе тасговсорк ргорегбев оЕ а вувгет веелпв Ео Ъе ге1алес1 Ео попес~ш11Ьг)ит ЪеЬачюг.
ТЬлв Ев Егие, Ъи! П Шгпв ооЕ ЕЬа! ЕЬе 6те-сЕерепс(еп! ЬеЬачюг оЕ а вувгет ЕЬа! !в оп1у тчеаИу регйгЬе6 1в сотр!еге!у с1евспЬе6 Ьу ЕЬе дуиаипс есриПЪ- пшп ргорегбев оЕ ЕЬе вувгет. 1,алег, тче вЬаП ргочЫе а ягпр1е 1пггосЬлс6оп Ео ЕЬе с!иаий1ев ЕЬа! р1ау а сепЛта! го1е )и ЕЬе йеогу оЕ 6те-с(ерепг(еп! СЫр!ег 4. Мо!еси1аг Е)упит!св 5!ти!а!!Опв А!поп!)ггп 7 (ТЬе Каг!!а! ЕИв!г!Ьп!!оп Рппс(!оп) гасйа! сйв(г)ЬО()оп !Опсйоп ачйссй = О )Пй)айтайсп, = 1 вагир), апг) = 2 гевцйв )ий)а(оеайоп впЬтоптйпе дт(вмйссп) (вчйтсй.ег!.О) тйеп пот=о с)е19=Ьох/(2*пп1в) с)о 1=0,пййв 9(1) =0 епс)до е1ве тй (внйтсЬ. ес).1) тпеп пят=пят+1 до 1=1,пратт-1 до 3=1+1,пратт.
хт=х(1) -х(3) хт=хт-Ьох*пйпт(хт/Ьох) т=вс)тт(хт**2) йй (т. 1Ь.Ьох/2) гйеп 19=1пс(тИе19) 9(1ч)=д(йч)+2 епс(йй епЫо епЫо е1ве 11 (выйтсп.ег).2) тйеп г)о 1=1,ппйв т=с(е19* (1+0 .3) чЬ=((1+1)**3-1**3)*бе19**3 Ь)п в)те пьйв (о!а! пигпЬег о! Ь)пв ватр)е (оор очаг ай ра)гв рог)о(йс Ьоипг(агу сопбй)опв оп)у агйи(и пай йе Ьох (епд(Ь соп(пЬО(юп !ог рагйс)е ! апб ) г)е(епп)пе й(г) сйв(апсе т чо)оспе Ье(вгееп Ь)п 1+1 апг) 1 Соттеп!и !о !)ав а)йог!!)гт: !.
Рог ефс!епсу геаеопв !йе ватр!!п)г раг! о/ Нг!я а1еог!!)гт !в ияиа!!у сотЬ!пег! ш!!)г йе/отсе са)си1аггоп !/Ог етатр1е, А!дог!!)гт 51. 2. Тйе~ас!Ог рй = 3.!4!59,... 4.4 Сотригет ЕхрептепЕв 87 ргосеввев пеаг ел(ш11Ьпшп, 1п рагг(сп1аг йе во-саПес1 гппе-согге1абоп Еппс- 6опв. Бои ечег, ие вЬа11 по! ЯагГ лч)ГЬ а еепега! девсг)р6оп оЕ попег(ш- 11Ьпшп ргосеввев. Кайег ие вгагГ лч(!Ь а д)всовяоп оЕ а ягпр1е вресНс ехалпр1е ГЬаГ а!1ои в пв го 1плгосЬлсе гповГ оЕ йе песеввагу сопсерлв. 4.4.1 л.лИ6лвюп РНояоп гв ЕЬе ргосевв и ЬегеЬу ап лпНа11у попып1(огпл сопсепгга6оп рго61е (е.е., ап 1п1с дгор 1п и аГег) 1в вгпооГЬед Ы йе аЬвепсе оЕ йолч (по в6ггйд).
Р1(Еыв!оп !в сапвед Ьу йе гпо1есп1аг пюбоп оЕ 6ле раг6с1ев 1п йе ЯллЫ. ТЬе пласговсор(с 1алч ГЬаг с1евспЬев дНпяоп Ев )сполчп ав Р(с(с'в 1аи; лчЫсЬ в!алев ЕЬа! ЕЬе йпх ! оЕ йе дНыяпд врес(ев !в ргорог6опа1 го ГЬе педа6че ассад(еп! лп йе сопсепггаГ!оп оЕ ГЬаг врес)ев: ! = — Р!7с, (4.4.4) дс(т, г) д! + л7.!(т,г) = О.
(4.4.5) СоплЪ|п)щ елрла6оп (4.4.5) идй егрлаГ!оп (4,4.4), ъче оЪга(п де(т, г) дг — Р л7 с(т,г) = О. (4.4.6) 1'те сап во!че е<(па6оп (4.4.6) идй ЕЬе Ьошк1агу сопд16оп с(т, О) = б(т) (б(т) 1в йе Рлгас с1ейа Еллпс6оп) го уле1д (4лтР!)агл Р ( 4РГ7) лчЬеге Р, ЕЬе сопв!ап! оЕ ргорог6опа16у, гв геЕеггед го ав йе дфив(оп соеЕ- Е(с(епЕ 1п иЬаГ Ео11ои в, лче вЬа!! Ье д(всовяпд а раг6слл1аг1у вппр1е Еопп оЕ с1Нпяоп, пагпе1у, !Ье саве иЬеге йе гпо1есо1ев оЕ йе д(ЕЕпвйд вреслев аге Ыеп6са1 го ЕЬе ойег пю1есп1ев Ьиг Еог а 1аЬе1 ЕЬа! доев по! аЕЕесг ЕЬе !пгегас6оп оЕ !Ье 1аЬе!ес( пло1еслл!ев лч!ЕЬ йе огЬегв. рог 1пв!апсе, 6пв 1аЬе! солл1д Ье а раг6си1аг ро1апха6оп оЕ ЕЬе ппс1еаг вр1п оЕ ЕЬе дНпв(щ врес)ев ог а гподНес1 (во!ор1с согпров16оп.
Р(ЕЕлляоп оЕ а 1аЬе!ед врес)ев апюпд огЬеглч(ве Ыепбса! во1чеп! пю1есп1ев лв са11ес1 ве!~-ЙЯияоп. Ее! пв полч согпрше йе сопсеп!галоп рго6!е оЕ ЕЬе гаееед врес)ев, ллпдег ЕЬе аввшпрбоп йаЬ а! 6гпе 1 = О, !Ье Гаецед врес!ев лчав сопсепГга!ед а! йе опе(п оЕ опт соогд(пале Егагпе. То согпрШе йе 6лпе ечо1Ш(оп оЕ ЕЬе сопсепГгабоп ргоЕОе, и е пшв! соплЪ)пе Р)с)с'в 1аъч и ИЬ ап ес(ллаг)оп ЕЬа1 ехргеввев сопвегча6оп оЕ ГЬе Гола! апюопл оЕ (аЬе!ед лпагепаЬ 4.4 Сотри лег РлсрептепЕь ТЬ)а р1о1 лчоц!6 1оо)с 11)се йе опе йа1 лч!11 Ье аЬолчп 1агег ил р(сиге 4.6. ЪЧе аЬои1с( Ъе пюге прес(Е(с аЬоп1 лчЬа1 ъче гпеап Ьу йе 6!ар!асегпеп1 оЕ а раг6с!е лп а ауагеш лч(й репо6!с Ьоыпбагу соп66юпа, ТЬе с11ар1асешеп1 1Ьа1 лче аге йгегеа1ес1 1п !а а!шр1у Мле 6ше !плеега! оЕ йе че1осбу оЕ йе Еадаес1 раг6с1е: г' Лг(1) = ~ с11' ч(1').
о 1п Еасл, 1Ьеге 1а а ге1абоп йа1 ехргеааеь 1Ье с16Еца!оп соеЕ6слеп1 с(1гес11у ш Ееппа оЕ 6ле раг6с1е че1ос6!еа. Юе а1агг лч)й йе ге!а6оп 2Р= Бш д (хл(1)) л — ки д1 (4.4.9) лчЬеге, Еог сопчеплепсе, ъче сопв(с)ег оп1у опе Саг1еяап сошропеп1 оЕ йе лпеап-асрлагес1 с(1ар1асегпеп1. 1Е и е итбе х(1) ав 1Ье 6лпе (пгедга! оЕ йе х согпропеп1 оЕ 1Ье Еаддес$-раг6с1е че1ос(су, и'е де1 (хл(1)) = 61' ч„(1') с11'с11" (ч„(1')ч (1")) ло ло гс гл 2 ~ ~ 61'61" (ч„(1')ч„(1")) . о о (4.4.10) (ч,(1')ч„(1а)) = (ч (1' — 1")ч„(0)) . 1паеггшд ес!па6оп (4.4.10) 1п есрла6оп (4.4.9), лче оЬ1а1п 2Р = 1пп 2 ~ с11" (ч„(1 — 1а)ч„(0)) Р = ~ с1т (ч„(т)ч„(0)) .
ло (4.4.11) Еп йе !аа1 Ьпе оЕ ес)па6оп (4.4.11) ъче !п1гос(кеес! 1Ье соог6!па1е т г— а 1 — 1". Непсе, ъче аее йа1 лче сап ге1але 1Ье с(1ЕЕпяоп соеЕЕ(с1еп1 Р 1о 6ле !плуга! ТЬе с)иап61у (ч„(1')ч,(1")) 1а са11ес! 1Ье че1ос(гу аилосогге1а6оп Еипсбоп. 11 лпеаапгеа йе согге!а6оп Ъепчееп 1Ье че1ос11у оЕ а раг6с!е а1 1ппеа 1' апс1 1". ТЬе че1ос(гу аигосогге1а6оп Еипс6оп (ЧАСР) !а ап ес)п!11Ьпшп ргореггу оЕ йе ауагеш, Ьесапае 6 беасг!Ъеа согге1а6опа Ье1и ееп че1ос16еа аг с(1ЕЕегеп1 6шеа а!опт ап ес)ш!лЬпшп 1га)ес1огу.
Аа ес!и!1!Ьг(шп ргорегбеа аге !пчапап1 ппйег а сЬапде оЕ йе 6ше опаш, 1Ье ЧАСР с(ереп6а оп1у оп 1Ье с(1ЕЕегепсе оЕ1' апс( 1". Непсе, 5агпр)е г)е!еггп)пе гезийз 4.4 Сотри!ее Ехрег(тех!в А)цог1!Ьзп 8 (Р1Нив(оп) пг злее (1) = 0 часй (з.) =0 г2с (1) =0 епг)йо е1ве 11 (вювтсп. егз. 1) г Ьеп пге1=псе1а1 11 (азот)(пге1,1СО).ес~.О) С)зеп СО = ГО в 1 ОГО=азой(00-1, ГОвах) +1 ГввеО (ГОО) =псе1 бо в=,пратс хО(1,стО)=х(1) чхО(1,ССО)=чх(1) ЕПГЫО епйвй г)о 0=1,ввп(тс,Оспах) йе1с=псе1-сввзеО(с)+1 (бе1С. 10. свах) СЬеп птвае Ие1С) =стеве (бе1С) +1 с(о з.=з.,пратт. част (йе1С) =часй (Г)е10) + чх (з.) *чхО (3., С) т20 (с(е10) =г2С (бе1С ) + (х (1) -хО (1, С) ) **2 ЕПГЫО епб11 епг(г)о е1ве вт (вивссп.ец.2) гпеп бо 1=1,свах Сипе=г)толпе*(1-~0.5) часй(1)=часй(1) Г'(пратс*пеЛлпе(1)) г2С(1)=г2С(1) погпЬег о1 загпр)ев 1ог Огпе ! г)ес)г)е !о !а(ге а пезч ! = О Орг)а!е пОГОЬеГ 01 ! = О зее по1е 1 з!оге !Ье !)Гпе о( ! = О в!оге роз(!)Оп 1ог д!чеп1 = О 5!Оге че)осйу1ог д)чеп ! = О Орг(а!е час( апг) г2, 1ог ! = О ас(оа! Огпе пз(поз ! = О ар!)а!е че(осйу аи!Осогг.
ар!)а!е гпеап-5()оагег( г))вр!. Огпе чо)огпе че)ос)!у аы!Осогг пзеап-вг) оагег) с))вр)асегпеп! СЬар!ег 4. Мо1еси1аг Оупат!св Б!ти1а6опв Соттеп!в !о !п(в а18оййт: 1. гуе с(еЯпе а пеш г = О аТ!ег еасЬ з.со Итев !Ыв виЬгоибпе Ьав Ьееп сайес1. рог еасЬ ! = О, ше йоте йе сиггеп! роя! юпв апс( ое!ос!Иек ТЬе !егт согаах св йе таг!тит питЬег о) ! = О ше сап в!оге. У1 ше ватр1е тоге, !Ье(!гв! ! = О шП1 Ье гетооес1 ап6 герЬгсес( Ьу а пеш опе. ТЬ!в 1!т!!в йе тах!тит 6те ше соИес! с)а!а !о г. Овсах*з.
го; !Ь!в питЬег вйои(с( по! Ье вта!1ег йап ~лпах, Йе !о1а! питЬег оТ Ите Мерв ше шап! !о ватр!е. 2. Весаиве пвавр а!сев йеТгеуиепсу а! шйсЬ !Ь!в виЬгои6пе !в са1!ес1, йе Ите Ье~шееп !шо со!!в !в пватпр*с1е Т с, шЬете с1е Т с !в Йе 6те йер. 1.е! ив с1епо!е Ьу Лг гЬе 6гпе !и!егьа! Ьеги ееп виссевв!ое гпеавигетепгв о! 1Ье че1ос!гу о! !Ье рагбс1ев !и гЬе вув!ет. Хе сап с(е!те Ыос1с вита о! гЬе че1ос!гу о! а 8!реп раг6с1е ав 1оИом в: гп ч!и()) = ~ чи "(!) г=!! — Пп+! (4.4.18) ! о ! ( Ц ~ ( ! ) (4.4.19) и Ьеге ч(!) 1в гЬе че1ос!Гу о1 а рагбс1е а! 6те !. Ес)иа6оп (4.4.18) Рв а гесигв!че ге1абоп Ьегсчееп Ыос1с яипв о! 1ече1 ! апс) ! — 1. ТЬе иапаЫе и с1егегпипев гЬе пшпЬег о! Гегтв !и гЬе випипабоп. Рог ехатр1е, а!в' () ) сап тесИит, !Ье ге!ос!гу аи!осогге!абоп 1ипсбоп сЬап8ев гарп41у оп гуррсаИу писговсор!с 6те вса1ев.
1! !Ьеге!оге !в ипрог!ап! !о Ьаче ап ет еп вЬог!ег 6те !пгегиа1 Ьессгееп виссевв!т е ватр1ев о! !Ье ге!ос!Гу. 'гег, и Ьеп ргоЫп8 !Ье !оп8йппе с(есау о! 1Ье че1ос!Гу аигосогге1а6оп !ипс6оп, И !в по! песеввагу !о ватр1е ългЬ !Ье вате !гес)иепсу. ТЬе сопи епбопа1 всЬегпев !ог теавипп8 согге1а6оп !ипсггопв с)о по! аИож !ог висЬ ас)!ивгаЫе ватрИп8 !гес(иепс!ев. Неге, ив девспЪе ап а!8огИЬт ЬЬа! аИои в ив !о теавиге !ав! ап6 в(ои с(есау япшИапеоив1у а! питта1 пшпепса1 сом. ТЫв всЬете сап Ье ивес) го теавиге !Ье согге1абоп !ипсг!оп !гве11, Ьи! т гЬе ехатр1е !Ьа! и е сИвсивв, гое вЬои Ьоги И сап Ъе ивес1 го сотрше гЬе !тапврог! сое!Ис!еп!.
4.4 Сотри!ет Егрег(теага 93 Р!бриге 4.2: Соагае ага1п!па 1Ье че!ос!Г(еа. Ье м г)йеп аь 1п ч' 1(1! ) 1,=6-11 1п 1~п !гп Е Е Е 11 ~ =11 — 11п 1.11 11! =1! 1 — 1 )п1.11 113 =1!2 — 11п 1-11 пз 3 ч(Ц 1=й-!1и!Г! ! !"" ! г)г ч(г) = г(пЗ1) — г(п (! — 1) + 1) ~-Г ~1=11-11п!11 Аг ч 1()) С1еаг!у, 1Ье Ыос)с ашп о1 1Ье че1осйу !а ге!а!ей го 1Ье сйар1асетепг о1 1Ье рагйс1е т а йте тгегча1 п1ЛЕ 1п Р!сиге 4.2 1Ье Ыос)опа орегайоп !а !11иаггагед. ггот йае ргесей!пд Ыос)с ашпв, И !а аГгафЬНоги агд го сотри!е 1Ье че1осйу аи1осогге1айоп 1ипсйоп 1ч!1Ь а геао1и6оп 1ЬаГ оесгеааеа !чйЬ )псгеаящ 6те. Аг еасЬ 1ече1 о1 ЫосЫпд, и е пеев го вгоге и х )Ч Ыос)1 яппа, !чЬеге 1Ч !а !Ье пшпйег о1 рагйс!еа (т ргасйсе, й !ч111 Ье тоге сопчеп!епг го вгоге ГЬе Ыос)г-агега~еИ1 е1ос!1!еь). ТЬе !о!а! агогаае рег раг6с1е 1ог а ейпш1айоп о1 1епагЬ ! = и!ЛС !а 1 х и.
ТЫа аЬои1с1 Ье сотрагед !о 1Ье сопчепйопа! арргоасЬ и Ьеге, го ап!оу согге1айопа о1 ег 1Ье аате 6те т!егча1, 1Ье агогаде рег рагйс1е 1чои16 Ъе и'. 1п 1Ье сопчепйопа1 са1си!айоп о! согге!айоп 1ипсйопа, ГЬе пшпЬег о1 йоайпд-рот! орегайопа аса!еа аг !г (ог ! 1п Г, !1 ГЬе 1ааг Роиг!ег !есЬшс)ие !а иаей). 1п соп1гаай !п йге ргеаеп1 асЬеп1е 1Ье пшпйег о! орегаг!опа аса!ев аа й С(сарЕег 4. Мо!еси(аг Рупаос(св й(ти(айова Ми~(]] = ~чги(!]А! =- г(ис) — г(0). (4.4.20) ТЪе вс(иаге оЕ Ейе айвр!асетепЕ оЕ Ейе рагйс!е т а 6те Епгегча1 иссъь сап Ье шпйеп ав (Лг~)00(!) = [г(ис) — г(0)~ = Лг!'(]) ЛЕ!0(!). (44.21) То сотриЕе Ейе с(Нияоп соеЕйс(епй ъче вйои1с1 Ео11оъч Ейе Еппе с1ерепс1епсе оЕ Ейе гпеап-вс(иагес1 д(вр1асетепй Ав а йгвг вгер, ъче тивг де!ест!пе ЛЕ61()] Еог а11 ъ апд а11 Ь 1п Еасй Ео ппргоче ЕЬе вЕаЕ!вйсв, ъче ъч!вЬ Ео иве ечегу ватр1е ропп ав а пеъч 6те ог(й!п.
То асЬ(ече йив, ъче ада(п сгеаге аггаув оЕ !епйЕЬ и. Ноъчечег, Ейеве аггаув с1о по! сопга1п Ейе вате Ыос1с випъв ав ЬеЕоге, ЬШ рагйа1 Ыос1с вита (вее А!дог!ЕЬт 9). 1. АЕ ечегу йте пйегча! АЕ, ЕЬе 1оъчевпогдег Ыос(с(пп орегайоп (в регЕоппед ЕЬгоийЬ ЕЬе Ео!1оьч!пц вгеря (а) ('че йгвг сопвЫег Ейе вйиайоп ЕЬаг а!1 1оъчевпогдег ассити1аЕогв Ьаче а!геас(у Ьееп Е!11ес1 аг 1еавг опсе (йив (в Егие 1Е Е > иА!).
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
