Frenkel, Smit - Understanding molecular simulation - 2002 (523144), страница 17
Текст из файла (страница 17)
Опе, Ьоъчеь ег, сап с1епче 1Ье че1осИу Егозп )споъч1едде оЕ ЕЬе 1га)ес1огу, ив!щ т(1+ Л1) — т(1 — Л1) = 2ч(1)А1+ б(А14) ог т(1+Л1) — т(1 — Л1) + .)(А г) (4.2.4) 261 ТЫв ехргевяоп Еог ЕЬе че1ос!1у !в оп1у ассигаге 1о огдег А1~. Ноъчечег, И !в рова!Ые 1о оЬ1а!п гпоге ассига1е евгипа1ев оЕ ЕЬе че1осИу (апд 1ЬегеЬу оЕ ЕЬе )с ле6с епегеу) иящ а ъгег1е1-1йе а1догИЬш (!.е., ап а1доп6пп 1Ьа1 у1е1дв 1га)ес1опев Едеп6са1 1о 1Ьа1 е!чеп Ьу ес)иа6оп (4.2.3)). 1п оиг ргодгат, ъче иве ЕЬе ъ е1ос66ев оп1у 1о сотри1е 1Ье )дпедс епегду апс1, 1ЬегеЬу, 1Ье иъв1ап1апеоив 1етрегатиге.
!ъ)оьч 1Ьа1 ъче Ьаъ е сотритес1 1Ье пеъч роя6опв, ъче гпау 61всагд ЕЬе роя6опв а1 1ипе 1 — Л1. ТЬе сиггеп1 роя1юпв Ьесоте 1Ье о1д ровгбопв апс1 1Ье пеъч роябопв Ьесоте 6ъе сиггеп1 роя6опв. Айег еасЬ 6спе егер, ъче сотри1е 1Ье сштеп1 1етрега1иге (гетр), 1Ье сиггеп1 ро1еп6а! епегцу (еп) са1си1агес1 ш 1Ье Еогсе 1оор, апс1 6ъе 1ота1 епегду (есос).
!ъ)оге 1Ьа1 ЕЬе 1о1а1 спетому вЬои!д Ье сопвегчес1. ТЫв соспр1етев 6ъе 1п1годисгюп 1о 1Ье Мо1еси1аг Оупаш!св гпе1Ьод. ТЬе геадег вЬои1с1 поъч Ье аЫе 1о ъчгИе а Ьаяс Мо1еси1аг Эупаш!св ргоцгат Еог 1крг1дв ог во!1дв сопв(вбщ оЕ врЬепса1 раг11с1ев. 1п ъчЬа1 Ео11оьчв, ъче вЬаП с1о Еъчо ЕЬ!пав. Р!гв1 оЕ а11, ъче д!всивв, !п а ЬИ пюге с1е1а6, ЕЬе гпе6юдв ача(1- аЫе 1о 1п1еега1е 1Ье ес!иа6опв оЕ пюбоп. 1ъ)ех1, ъче д!всивв псеавигегпеп1в ш Мо!еси1аг Эупаш!св япш1а6опв. !трог1ап1 ех1епяопв оЕ 1Ье Мо1еси1аг Эупаш!св 1есЬп(с)ие аге д(всиввед Иъ СЬаргег 6. 4.3 Ес~иаИОПВ ОЕ МОИОП 11 !в оЬч1оив 1Ьа1 а диод Мо1еси!аг Эупаш!св ргодгат гес)шгев а диод а!- догИЬгп 1о 1п1едгате )ъ)еъч1оп'в ес!иа6опв оЕ пю6оп.
1п 1Ыв вепве, 1Ье сЬснсе оЕ а1еогИЬгп !в сгис!а1. Ноъчечег, аИЬоицЬ И 1в еаву 1о гесодп1ге а бад а1цог!6ип, И 1в по1 шипед1а1е!у оЬчюив ъчЬа1 спгеда а аоод а1еогИЬт вЬои1с1 ва6вЕу. 1.е1 ив 1оо1с а1 1Ье д!ЕЕегеп1 ро!птв 1о сопяс(ег. АИЬощЬ, а16гвт в!дЬ1, вреес1 веетв ипроггап1, И !в ивиа11у по1 ъ егу ге1- ечап1 Ъесаиве 1Ье Егас6оп оЕ 1ипе вреп1 оп !птебга6пд 1Ье ес!иа6опв оЕ пю6оп (ав орровед 1о сотридпд 1Ье !птегас6опв) 1в вша!1, а1 1еав1 Еог а1опис апд ятр1е то1еси1аг вувгепъв. Ассигасу Еог !агре ба в1ерв 1в шоге ипроггап1, Ьесаиве 1Ье 1опдег 1Ье 1ипе в1ер 1Ьа1 ъче сап иве, 1Ье Ееъчег еча1иа6опв оЕ ЕЬе Еогсев аге пеедед рег ипИ оЕ яти1а6оп 1ипе.
Непсе, 6ив ъчои1д вибдев1 1Ьа1 И !в адчаптадеоив 1о иве а ворЫвбса1ес1 а1доп6ип 1Ьа1 а!1оъчв иве оЕ а 1ощ 6ше в1ер. 72 Отаргег 4. Л4о1еси!аг Рупаткв Яти1аЕ(оия А1догИЬтя Иъа! аИоъч ЕЬе ияе оЕ а !агее 6те ягер асЫеь е ЕЫя Ьу я!оппе т(огта!1оп оп 1псгеая!пд1у ЫдЬег-огдег бег)наг!нея оЕ ЕЬе раг6с!е соогсП- пагея.
Ая а сопвег)иепсе, ЕЬеу !епг( !о гег)и!ге пюге тепюгу вЕогаде. рог а !ур)са1 яппи!а!!оп, Иъ!я ияиаПу Ея по! а яег!оив ИгаъчЬас1с Ьесаияе, ип1еяя опе сопя)дега чегу !агре вуягетя, ЕЬе атоип! оЕ тепюгу пеедед !о я!оге ЕЬеяе с1епча!!нея 1я ятаП сотрагед !о Иъе Ео!а! атоипг ачаИаЫе еъ еп оп а поппа! ъчог1ъя!аг!оп. Епегду сопяегчабоп 1я ап ипрог!ап1 сг!Еег!оп, Ъиг асгиаИу ъче яЬоиЫ 61я!!пди!вЬ Ьчо )с!пбя оЕ епегеу сопяегь а6оп, пате1у, яЬогЕ 6гпе аист 1опе !ипе. ТЬе яорЬгя6са!ед 1щЬег-огс1ег а!еогИЬтв !еп6 Ео Ьаче негу доим епегду сопвегча!юп Еог вЬогг 6тея (!.е., 6иг!пе а Ееъч !!те я!еря).
Ноъчечег, ЕЬеу ойеп Ьане ЕЬе ипбея)гаЫе Ееагиге ЕЬа! ЕЬе очегаП епегеу 6пйя Еог 1опе Е!тея. 1п соп!гая6 Чег1ег-ягу1е а1еопИЬтя !еисми Ео Ьаъе оп1у тог(ега!е яЬогг!егт епегау сопвегна11оп ЬиЕ ИИ!е 1ощ-Еегт дпй. И ъчоиЫ веет !о Ье тов! !троггапг Ео Ьаче ап а1допйип ЕЬаг ассига!е1у ргейсгя ЕЬе Ега)есгогу оЕ аИ рагбс1ея Еог Ьо!Ь яЬог1 ап6 1опа 6тев.
1п Еасб по висЬ а1допИип ех!я!в. рог еяяеп6аИу аП яувгетя ЕЬа! ъче яЕибу Ьу МР япш1аг!опя, ъче аге 1п ЕЬе гее!те ъчЬеге ЕЬе Ега)ес!огу оЕ ЕЬе вуягет !ЬгоиеЬ рЬаяе ярасе (1.е., ЕЬе бМ-йтепя!опа) ярасе яраппед Ьу аП раг6с1е соогйпагея аист тотепга) с1ерепбя яепя!Е!че1у оп ЕЬе 1п(6а1 сопг1!6опя. ТЬ!в теапя ЕЬаЕ Еъчо Ега!есгопея ЕЬа! аге гп(6аПу чегу с1ове ъчИ! 6!негее ехропепбаИу ая !ипе ргодгеяяея.
ЪЧе сап сопя(6ег ЕЬе !и!едгаг!оп еггог саияед Ьу ЕЬе а1еог!ЕЬт ав !Ье яоигсе Еог ЕЬе ЕпИ(а! ятаП 6!ЕЕегепсе Ьегънееп !Ье Игие" !га)есгогу оЕ ЕЬе яувгет апд !Ье Ега!есгогу еепегагед!п оиг в1ти!аЕ!оп. ЪЧе яЬои16 ехрес! ЕЬа! апу Итпедга!!оп еггог, по табег Ьоъч ятаП, ъч1П а1ъчауя саияе оиг ялш1а!е6 Ега)есгогу Ео 6!негде ехропеп6аИу Егот ЕЬе Егие Ега)есЕогу сотра!1Ые ъчИЬ ЕЬе вате тИ!а1 сопс1Июпя. ТЫя яо-саПед 1.уарипоч 1пяЕаЫП!у (вее весбоп 4.3.4) ънои16 веет Ео Ье а Иечавгабпе Ыоъч го ЕЬе ъчЬо1е !Иеа оЕ Мо!еси!аг РупапИсв 44пш1абопя ЫИ ъче Ьаче доим геавопв !о аяяшпе ЕЬаг енеп Иив ргоЫет пеев по! Ъе яепоив.
С1еаг1у, ЕЬ!в в!агетеп! гег!и!гея воте с1аг!Е(саг)оп. р!гв! оЕ аП, опе вЬои1г! геаПке !Ьа1 ЕЬе аип оЕ ап МР я!ти1а6оп 1я по! !о рге6!с! ргес!яе1у ъчЬа! М11 Ьарреп !о а яуя!ет ЕЬа! Ьая Ьееп ргерагед т а ргес!яе1у Еспоънп Еп!6а! соп- ЙИ!оп: ъче аге аЬчаув !пгегеяЕес1 1п я!а!!я6са1 ргед!сбопя. Ч~е ъч!яЬ !о ргег(!с! ЕЬе ачегаде ЬеЬачюг оЕ а вув!ет ЕЬа! ъчая ргерагед т ап 1пИ1а! я!а!е аЬои! ънЫсЬ ъче Еспоъч яоте!Ьтд (е.д., !Ье !о!а! епегду) Ьи! Ьу по теапв ечегу!Ьте. 1п ЕЫв геврес6 МР я!ти!а!!опя г(ИЕег Еипг(атеп!аИу Егот пшпепса1 всЬегпев Еог рге6!сгтд ЕЬе гга)ес!огу оЕ ва!еПИев !ЬгоиаЬ ярасе: т !Ье 1абег саяе, ъче геаИу ън!яЬ !о рге6!с! ЕЬе !гие Ега)есгогу.
ЪЧе саппо! аЕЕогд !о!аипсЬ ап епяегпЫе оЕ яаге1ИИея апд та!ъе ягабя6са1 ргед1с!!опв аЬоиг ЕЬе!г с)евг!па6оп. Ноънеь ег, т МР я!пш1аЕ!опв, в!аЕ!яг!са1 ргесИс!юпя аге доись епоиаЬ. ИЕИ1, Иия ънои!6 по! )ив!1(у ЕЬе ияе оЕ 1пассигаЕе Ега)есгог!ев игбеяя ЕЬе !га)ес!ог!ея оЫа1пес1 пшпепсаИу, т яоте яепяе, аге с1ояе !о Егие Ега)есЕог!ея. ТЫя 1абег ягагетеп! гя ИепегаПу Ье!!ечег1 Ео Ье Егие, аИЬоиеЬ, Ео оиг 4.3 Е|)иат(от оЕЛ4от(оп 73 )иъоъч1ебде, И Ьаа пот Ъееп ргочеп Еог апу с!ай оЕ вуяета ЕЬа! Еа оЕ 1пЕегея Еог МР япш1а6опя Нон|ечег, сопябегаЫе пшпепса1 ен)6епсе (аее, е.е., [66]) аиедеЯа ЕЬа! ЕЬеге ехИИ ао-саПес1 вЬабоъч огЬтгя А аЬас1оъч огЬИ !а а Егие Ега]естогу оЕ а тпапу-Ьоду ауЯегп ЕЬат с!иве!у ЕоПоъчв йе пшпепса1 !та]естогу Еог а 6тпе ЕЬат 1а 1опе сотпрагед Ео Пъе Е!гпе И Еа)сеа йе 1.уаршъоч 1па!аЫ1Иу Ео дече1ор.
Непсе, йе геви1та оЕ оиг япш1а6оп аге гергевептаИче оЕ а !гие !та]естогу 1п рЬаае ярасе, ечеп ЕЬощЬ ъче саппот ЕеП а риол МисЬ. 5игрг!япд1у (апс1 !от!ипате!у), И арреага ЕЬа! ьЬас1оъч огЫЕа аге ЪетЕег ЬеЬачед (т.е., !гас)с ЕЬе пшпепса1 !та)ее!опт ЬеИег) Еог вуЯепып ъчЫсЬ япаП сПЕЕегепсеа ю ЕЬе 1и!Е!а! спись!Е!опт 1еас1 Ео ап ехропеп6а1 6!чегеепсе оЕ !та)ее!опек йап Еог ЕЬе, аеетп!пе!у, ятпр1ег ьуяепь ЕЬа! аЬоъч по ьисЬ д!чегеепсе [66]. Ребр!Ее ЕЬ(а геаааиппц еч(6епсе (аее а!во аест!оп 4.3.5 апд йе аг6с1е Ьу СПП!ап ап6 Хлоп [67]), И аЬои16 Ье етрЬаягес1 ЕЬа! И 1ь ]иЯ еч)6епсе ап6 по! ргооЕ.
Непсе, оиг Етиь! 1п Мо1еси1аг Рупатп!са ягпи1а6оп аа а Еоо! Ео апт6у йе Е!тпе еъ о!ит!оп оЕ гпапу-Ьот(у ьуЯеть 1в Ьавеб !атее!у оп ЬеПеЕ. То сопс1иде ЕЬ(а 6!асиаа!оп, 1е! иа вау ЕЬат ЕЬеге Еа с1еаг1у ЯП1 а сограе!п ЕЬе с1оае6 'чче Ье1тече ЕЫа согрье ъчП! по! Ьаип! ия апд ъче с(и!с)с!у с1оье йе с1оаеп Рог тпоге с1е!аПя йе геас1ег !а ге(егге6 Ео [27, 67, 68]. 1Меъчтоп'в ет!иат!опт оЕ гпобоп аге Е!ше гечегяЫе, апс1 во аЬои16 Ье оиг а1еогИЬтпя 1п Еаст, гпапу а!дог!ЕЬшь (Еог !патапсе йе ргесПстог-соггестог асЬетпея аее Аррепд1х Е, апд тпапу оЕ ЕЬе всЬетпеа ивет Ео 6еа1 ъч!й сопягайта) аге по! Е!гпе гечегв1Ые. ТЬа! (я ЬИиге апс1 раат рЬаве юрасе сооггПпатеа до пот р1ау а вугппъетг!с го1е 1п аисЬ а!дог!ЕЬтпя Аа а сопае~[иепсе, П опе ъъ'еге Ео гечегае !Ье гпогпепта оЕ аП рагЕ(с1еа ат а е(чеп 1пЯапЬ ЕЬе вуяегп ъчои16 пот !гасе Ьас1с Иа !та]естогу !и рЬаае ьрасе, ечеп П ЕЬе а!ти)а6оп ъчои!6 Ье сагг!е6 оит ъчИЬ юйп!Ее пшпег!са1 ргес!яоп.
Оп!у тп йе 1ипИ оЕ ап й(гп!Ее!у вЬог! типе Яер ъч61 аисЬ а1допИЬтв Ьесогпе гечегяЫе. Ноъчечег, ъчЬат !а тпоге !тпрог!апт, тпапу ьеегп!пе1у геавопаЫе а!- еопйша с$!ЕЕег 1п апойег стис1а1 геарес! Еготп Напи11оп'в ет(иат!оп оЕ тпо6оп: тгие НатЕИогбап 6упагп!св 1еачев ЕЬе птах!гиде оЕ апу ъ о1шпе е1етеп! 1п рЬаае арасе ипсЬащед, Ьит тпапу пшпепса1 асЬетпея 1п рагбси!аг ЕЬоае ЕЬа! аге пот Е!гпе гечегяЫе, 6о пот гергодисе ЕЬ(а агеа-ргевегч!пд ргорег1у.
ТЫа тпау апик 16се а ъ егу еаотег!с оЬ)ес6оп Ео ап а!еогИЬтп, Ьи! И !а поЬ Аеаю, ъчИЬоит аИепъртйц Ео асЬтече а щогоиа Еогпш1а6оп оЕ 6ъе ргоЫет, 1ет ив а!пър1у поте ЕЬа! аП !га]естопеа ЕЬа! согтеаропс1 Ео а раг6си1аг епегеу Е аге сои!а(пей тп а (Ьурег) чо1шпе ЕТ тп рЬаье арасе. П ъче 1е! НапиИоп'а ет!иат!оп оЕ пю6оп ас! оп аП рою!в 1п ЕЬ(а чоЬипе (т.е., ъче 1е! ЕЬе чо1шпе ечоЬ е 1п Е!тпе), йеп ъче епс1 ир ъчИЬ ехас11у 6ъе аатпе чо1- шпе. Ноъчечег, а поп-агеа-ргеветчшц а1еог!оп ъчЕП тпар ЕЬе чо!шпе Е2 оп апоЕЬег (иаиаПу 1агеег) ъ"о1шпе Е1'.
Айег аиЕЕ!с1епт!у 1опе !ипею ъче ехрест !Ьа! ЕЬе поп-агеа-ргевегчйе а)еопйтп ъч61 Ьаче дгеа11у ехрапбе6 ЕЬе чо1шпе оЕ оиг аувтетп 1п рЬаае арасе. ТЬ!а 1а пот собира!!Ые ъчИЬ епегеу сопаегча!!оп. Непсе, И 1в р1аияЪ)е йат попгеь егяЫе а!дог!ЕЬпъа ъчП! Ьаъ е вепоиа 1ощ-гетто епегду с1пй ргоЫепъя Иечега!Ые, агеа-ртевегч!пе а1ео- С)гар)ег 4. Мо!еси!аг Р аиг)св 3!пги!аЕ(оив пйипв М11 по! сЬапВе ЕЬе таВп)илде оЕ ЕЬе чо1шпе гп рЬаве врасе. ТЫв ргорег!у )в по! виЕЕ)с)епг Ео Виагапгее ЕЬе аЬвепсе оЕ )опВ-!ест епегВу йпй, Ьи! И )в а! )еавг сотра6Ые сч!ЕЬ И, И Ев рова)Ые !о сЬес1с гчЬеЕЬег ап а1- Вопйип )в агеа ргевегчтВ Ъу сотрийпВ !Ье !асоЫап аввос)а!ей гчИЬ ЕЬе ЕгапвЕогтайоп оЕ о)д !о пего рЬаве врасе соогсйпагев.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
