Главная » Просмотр файлов » Диссертация

Диссертация (1145986), страница 33

Файл №1145986 Диссертация (Молекулярное моделирование механизма активации протеинкиназы А Ia) 33 страницаДиссертация (1145986) страница 332019-06-29СтудИзба
Просмтор этого файла доступен только зарегистрированным пользователям. Но у нас супер быстрая регистрация: достаточно только электронной почты!

Текст из файла (страница 33)

Communication between tandem cAMP binding domains in the regulatorysubunit of protein kinase A-Ialpha as revealed by domain-silencing mutations / E. T. McNicholl, R.Das, S. SilDas et al. // J. Biol. Chem. 2010. V. 285, N 20. P. 15523–15537.54. Berman, H. M. The cAMP binding domain: an ancient signaling module / H. M. Berman,L. F. Ten Eyck, D. S. Goodsell et al. // P. Natl. Acad. Sci. USA. 2005.

V. 102, N 1. P. 45–50.55. Bubis, J. Correlation of photolabeling with occupancy of cAMP binding sites in the regulatorysubunit of cAMP-dependent protein kinase I / J. Bubis, S. S. Taylor // Biochemistry-US. 1987. V.26.P. 3478–3486.13756. Das, R. Dynamically driven ligand selectivity in cyclic nucleotide binding domains / R.

Das,S. Chowdhury, M. T. Mazhab-Jafari et al. // J. Biol. Chem. 2009. V. 284, N 35. P. 23682–23696.57. Taylor, S. S. Dynamics of signaling by PKA / S. S. Taylor, C. Kim, D. Vigil et al. // Biochim.Biophys. Acta. 2005. V. 1754, N 1–2. P. 25–37.58. Abu-Abed, M. Definition of an electrostatic relay switch critical for the cAMP-dependentactivation of protein kinase A as revealed by the D170A mutant of RIalpha / M. Abu-Abed, R. Das,L. Wang et al. // Proteins. 2007. V.

69. P. 112–124.59. Kim, S. 6-Benzylaminopurine stimulates melanogenesis via cAMP-independent activation ofprotein kinase A / S. Kim, J. Lee, E. Jung et al. // Arch. Dermatol. Res. 2009. V. 301, N 3. P. 253–258.60. Corbin, J. D. Studies of cGMP analog specificity and function of the two intrasubunit bindingsites of cGMP-dependent protein kinase / J. D. Corbin, D. Ogreid, J. P. Miller et al.

// J. Biol. Chem.1986. V. 261, N 3. P. 1208–1214.61. Ogreid, D. Comparison of the two classes of binding sites (A and B) of type II cyclic-AMPdependent protein kinases by using cyclic nucleotide analogs / D. Ogreid, R. Ekanger, R. H. Suva et al.// Eur. J. Biochem. 1989. V. 181. P. 19–31.62. Ogreid, D. Activation of protein kinase isozymes by cyclic nucleotide analogs used singly or incombination.

Principles for optimizing the isozyme specificity of analog combinations / D. Ogreid,R. Ekanger, R. H. Suva et al. // Eur. J. Biochem. 1985. V. 150, N 1. P. 219–227.63. Saldanha, S. A. Assay principle for modulators of protein-protein interactions and itsapplication to non-ATP-competitive ligands targeting protein kinase A / S. A.

Saldanha, G. Kaler,H. B. Cottam et al.// Anal. Chem. 2006. V. 78, N 24. P. 8265–8272.64. Dostmann, W. R. G. Identifying the molecular switches that determine whether (Rp)-cAMPSfunctions as an antagonist or an agonist in the activation of cAMP-dependent protein kinase I /W. R. G. Dostmann, S. S. Taylor // Biochemistry-US. 1991. V. 30. P. 8710–8716.65. Anand, G.

S. Cyclic AMP- and (Rp)-cAMPS-induced conformational changes in a complex ofthe catalytic and regulatory (RIα) subunits of cyclic AMP-dependent protein kinase / G. S. Anand,S. Krishnamurthy, T. Bishnoi et al. // Mol. Cell. Proteomics. 2010. V 9, N 10. P. 2225–2237.66. Rehmann, H. Ligand-mediated activation of the cAMP-responsive guanine nucleotide exchangefactor EPAC / H.

Rehmann, F. Schwede, S. O. Doskeland et al. // J. Biol. Chem. 2003. V. 278, N 40.P. 38548–38556.67. Huang, L. J.-s. Dissecting cAMP binding domain A in the RIa subunit of cAMP-dependentprotein kinase / L. J.-s. Huang, S. S. Taylor // J. Biol. Chem. 1998. V. 273, N 41. P. 26739–26746.68. Ringheim, G. E. Dissecting the domain structure of the regulatory subunit of cAMP-dependentprotein kinase I and elucidating the role of MgATP / G. E. Ringheim, S. S. Taylor // J. Biol. Chem.1990.

V. 265, N 9. P. 4800–4808.13869. Herberg, F. W. Active site mutations define the pathway for the cooperative activation ofcAMP-dependent protein kinase / F. W. Herberg, S. S. Taylor, W. R. G. Dostmann // Biochemistry-US.1996. V. 35. P. 2934–2942.70. Cheng, C. Y. Sensing domain dynamics in PKA-Ialpha complexes by solution X-Ray scattering/ C. Y. Cheng, J.

Yang, S. S. Taylor et al. // J. Biol. Chem. 2009. V. 284, N 51.P. 35916–35925.71. Zhang, P. Structure and allostery of the PKA RIIβ tetrameric holoenzyme / P. Zhang,E. V. Smith-Nguyen, M. M. Keshwani1 et al. // Science. 2012. V. 335, N 6069. P. 712–716.72. Dao, K. K. Epac1 and cAMP-dependent protein kinase holoenzyme have similar cAMPaffinity, but their cAMP domains have distinct structural features and cyclic nucleotide recognition /K.

K. Dao, K. Teigen, R. Kopperud et al. // J. Biol. Chem. 2006.- V. 281, N 30. P. 21500–21511.73. Moll, D. Comparative thermodynamic analysis of cyclic nucleotide binding to protein kinase A/ D. Moll, S. Schweinsberg, C. Hammann et al. // Biol. Chem. 2007. V. 388. P. 163–172.74.

Ringheim, G. E. Effects of cAMP-binding site mutations on intradomain cross-communicationin the regulatory subunit of cAMP-dependent protein kinase I / G. E. Ringheim, S. S. Taylor //J Biol. Chem. 1990. V. 265, N 32. P. 19472–19478.75. Yang, J. Allosteric network of cAMP-dependent protein kinase revealed by mutation of Tyr204in the PC1 Loop / J. Yang, S. M. Garrod, M.

S. Deal et al. // J. Mol. Biol. 2005. V. 346. P. 191–201.76. Gibson, R. M. Dissecting the cooperative reassociation of the regulatory and catalytic subunitsof cAMP-dependent protein kinase. Role of Trp-196 in the catalytic subunit / R. M. Gibson,S. S.

Taylor // J. Biol. Chem. 1997. V. 272, N 51. P. 31998–32005.77. Heller, W. T. C Subunits binding to the protein kinase A RIα dimer induce a largeconformational change / W. T. Heller, D. Vigil, S. Brown et al. // J. Biol. Chem. 2004. V. 279, N 18.P. 19084–19090.78. Vigil, D. Differential effects of substrate on type I and type II PKA holoenzyme dissociation /D. Vigil, D. K. Blumenthal, S. Brown et al. // Biochemistry-US. 2004. V. 43. P. 5629–5636.79. Herberg, F. W. Crosstalk between domains in the regulatory subunit of cAMP-dependentprotein kinase: influence of amino terminus on cAMP binding and holoenzyme formation / F.

W. Herberg, W. R. G. Dostmann, M. Zorn et al. // Biochemistry-US. 1994. V. 33. P. 7485–7494.80. Quantum 3.3.0. Moscow: Quantum Pharmaceuticals, 2007.81. Frisch, M. J. Gaussian 03, Revision B.05. / M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel et al.Pittsburgh PA: Gaussian Inc., 2003.82. Roothan, C.

C. J. New developments in molecular orbital theory / C. C. J. Roothan // Rev.Mod. Phys. 1951. V. 23. P. 69–83.83. Hehre, W. J. Self-consistent molecular orbital methods. XII. Further extensions of gaussiantype basis sets for use in molecular orbital studies of organic molecules / W. J. Hehre, R. Ditchfield,139J. A. Pople // J. Chem. Phys. 1972. V. 56. P. 2257–2261.84.

Francl, M. M. Self-consistent molecular orbital methods. XXIII. A polarization-type basis setfor second-row element / M. M. Francl, W. J. Petro, W. J. Hehre et al. // J. Chem. Phys. 1982. V. 77.P. 3654–3665.85. Hariharan, P. C. The influence of polarization functions on molecular orbital hydrogenationenergies / P. C. Hariharan, J. A.

Pople // Theor. Chim. Acta. 1973. V. 28. P. 213–222.86. Clark, T. Efficient diffuse function-augmented basis sets for anion calculations. III. The 3-21+Gset for first-row elements, Li-F / T. Clark, J. Chandrasechar, G. W. Spitznagel et al. // J. Comput. Chem.1983. V. 4. P. 294–301.87. Phillips, J. C. Scalable molecular dynamic with NAMD / J. C. Phillips, R. Braun, W. Wanget al. // J.

Comput. Chem. 2005. V. 26. P. 1781–1802.88. Jorgensen, W. L. Comparison of simple potential functions for simulating liquid water /W. L. Jorgensen, J. Chandrasekhar, J. D. Madura et al. // J. Chem. Phys. 1983. V.79. P. 926–935.89. MacKerell, A. D. Jr. All-atom empirical potential for molecular modeling and dynamics studiesof proteins / A. D. MacKerell Jr., D. Bashford, M. Bellott et al. // J. Phys. Chem. B. 1998.

V.102.P. 3586–3616.90. MacKerell, A. D. Jr. All-atom empirical force field for nucleic acids: 2) Application tomolecular dynamics simulations of DNA and RNA in solution / A. D. MacKerell Jr., N. Banavali, //J. Comput. Chem. 2000. V. 21. P. 105–120.91. Essmann, U. A smooth particle mesh Ewald method / U.

Essmann, L. Perera, M. L. Berkowitzet al. // J. Chem. Phys. 1995. V. 103. P. 8577–8593.92. Keller, B. Comparing geometric and kinetic cluster algorithms for molecular simulation data /B. Keller, X. Daura, W. F. van Gunsteren // J. Chem. Phys. 2010. V. 132, N 7. 074110.93. Noe, F. Hierarchical analysis of conformational dynamics in biomolecules: transition networksof metastable states / F. Noe, I. Horenko, C. Schutte et al.

Характеристики

Тип файла
PDF-файл
Размер
4,07 Mb
Предмет
Высшее учебное заведение

Список файлов диссертации

Молекулярное моделирование механизма активации протеинкиназы А Ia
Свежие статьи
Популярно сейчас
Зачем заказывать выполнение своего задания, если оно уже было выполнено много много раз? Его можно просто купить или даже скачать бесплатно на СтудИзбе. Найдите нужный учебный материал у нас!
Ответы на популярные вопросы
Да! Наши авторы собирают и выкладывают те работы, которые сдаются в Вашем учебном заведении ежегодно и уже проверены преподавателями.
Да! У нас любой человек может выложить любую учебную работу и зарабатывать на её продажах! Но каждый учебный материал публикуется только после тщательной проверки администрацией.
Вернём деньги! А если быть более точными, то автору даётся немного времени на исправление, а если не исправит или выйдет время, то вернём деньги в полном объёме!
Да! На равне с готовыми студенческими работами у нас продаются услуги. Цены на услуги видны сразу, то есть Вам нужно только указать параметры и сразу можно оплачивать.
Отзывы студентов
Ставлю 10/10
Все нравится, очень удобный сайт, помогает в учебе. Кроме этого, можно заработать самому, выставляя готовые учебные материалы на продажу здесь. Рейтинги и отзывы на преподавателей очень помогают сориентироваться в начале нового семестра. Спасибо за такую функцию. Ставлю максимальную оценку.
Лучшая платформа для успешной сдачи сессии
Познакомился со СтудИзбой благодаря своему другу, очень нравится интерфейс, количество доступных файлов, цена, в общем, все прекрасно. Даже сам продаю какие-то свои работы.
Студизба ван лав ❤
Очень офигенный сайт для студентов. Много полезных учебных материалов. Пользуюсь студизбой с октября 2021 года. Серьёзных нареканий нет. Хотелось бы, что бы ввели подписочную модель и сделали материалы дешевле 300 рублей в рамках подписки бесплатными.
Отличный сайт
Лично меня всё устраивает - и покупка, и продажа; и цены, и возможность предпросмотра куска файла, и обилие бесплатных файлов (в подборках по авторам, читай, ВУЗам и факультетам). Есть определённые баги, но всё решаемо, да и администраторы реагируют в течение суток.
Маленький отзыв о большом помощнике!
Студизба спасает в те моменты, когда сроки горят, а работ накопилось достаточно. Довольно удобный сайт с простой навигацией и огромным количеством материалов.
Студ. Изба как крупнейший сборник работ для студентов
Тут дофига бывает всего полезного. Печально, что бывают предметы по которым даже одного бесплатного решения нет, но это скорее вопрос к студентам. В остальном всё здорово.
Спасательный островок
Если уже не успеваешь разобраться или застрял на каком-то задание поможет тебе быстро и недорого решить твою проблему.
Всё и так отлично
Всё очень удобно. Особенно круто, что есть система бонусов и можно выводить остатки денег. Очень много качественных бесплатных файлов.
Отзыв о системе "Студизба"
Отличная платформа для распространения работ, востребованных студентами. Хорошо налаженная и качественная работа сайта, огромная база заданий и аудитория.
Отличный помощник
Отличный сайт с кучей полезных файлов, позволяющий найти много методичек / учебников / отзывов о вузах и преподователях.
Отлично помогает студентам в любой момент для решения трудных и незамедлительных задач
Хотелось бы больше конкретной информации о преподавателях. А так в принципе хороший сайт, всегда им пользуюсь и ни разу не было желания прекратить. Хороший сайт для помощи студентам, удобный и приятный интерфейс. Из недостатков можно выделить только отсутствия небольшого количества файлов.
Спасибо за шикарный сайт
Великолепный сайт на котором студент за не большие деньги может найти помощь с дз, проектами курсовыми, лабораторными, а также узнать отзывы на преподавателей и бесплатно скачать пособия.
Популярные преподаватели
Добавляйте материалы
и зарабатывайте!
Продажи идут автоматически
6489
Авторов
на СтудИзбе
303
Средний доход
с одного платного файла
Обучение Подробнее