McCammon, Harvey - Dynamics of Proteins and Nucleic Acids (522918), страница 36
Текст из файла (страница 36)
1п рппс!р!е, Йезе ше|Ьо|!з сои!|! Ье иве|! |о рго|!исе пюо!йей епгушев |ч!|Ь асг!ч!г!ев ап|! вгаЪ!!!Вев га!1огег! Гог зрес!йс арр!1саг!опз (!5!шег, 1983; ТЬошав, Киззе!1 й ГегзЫ, !985; %Ь!Геы|!ев й %оп8, 1985). 1| 1в Нсе1у йа| йпи1апоп ше|Ьо|!в чч!!! Ье ивеуи! ш |Ье апа1уяв ап|! рге|!!сг(оп оГ Йе ейесгз оГ висЬ в!гас!ига! пюо!йсаг)опв. 1п випр1е савев, йе асг!ч!гу оГ ап епгутпе сап Ье чбеи е|! ав йе рго|!исс оГ|ччо Гас|огз, паше!у йе геп|!епсу оГ йе епгуше |о Ь!пг! а 81чеп виЬз|га|е апг! йе гаге оГ сопчеггбоп оГ |Ье Ьоипг! виЪв|га|е |о ргог!исгз. Рог га| |гуряп, гер1асешеп| оГ О!у 216 Ьу А!а гег!исев йе асг!ч!|у оГ йе епгугпе го|чагг! аг8!и!пе соп|а!шп8 виЬз|га|ев рпшап!у Ьесаизе оГ а 30-Го!г! |!есгеаве |и йе виЬвггаге Ь(пйп8 айшгу (Сгай е| а!., 1985), чч'оп8 Вс МсСашшоп (198ба, Ь) Ьаче сагг!е|! ои| пю!еси1аг с)упаш!сз в!ши!аг!опв оГ Ьо|бпе |гуряп ш |ча|ег и !й ап|! |ч!|Ьоиг а Ьепяапийпе (пЫЬ~|ог !п |Ье врес!йсЬу рос)сеп (Лз!п8 Йе |Ьеппо|!упаш(с сус1е — рег|игЬа|юп ше|Ьос$ (сГ.
весбоп 4.8), йеу Гоипг! йа| гер(ас|п8 О1у 216 Ьу А1а геви1|е|! ш аЬои| а сепГо!г! с$есгеазе |и а!Г|п!|у Гог |Ыв !пЫЬ~|ог. Весаиве оГ |Ье в|гис|ига1 виш!апбев Ьег|чееп йе га| апг( Ьоч!пе епзушев, апг$ Ьег|чееп йе 8иап1- |!!и!иш 8гоир оГ аг8!и!пе ап|! Йе апиб)п!иш 8гоир оГ йе !пЫЪ||ог, йе япи1ап|у оГ йе йеоге|!са1 ап|! ехрег!шепса! геви!|в |в епсоига8!п8.
Апа!уяв оГ йе сошропеп!в оГ йе !Ьегшодупаш!с сус!е ви88евгв йа| з|епс е!Гас!в аге гевропв)Ъ|е Гог йе гег!исег! а!Г|п!гу оГ |Ье пш|ап| епгуше (68иге 9.1). ТЬе |Ьеппобупаш!с сус!е-рег|игЬабоп ше!Ьоб сои!6 а1зо Ье иве|1 |о рге|!!с! Йе ейесгв оГ пш|а|юпз оп |Ье гаге оГ геас|юп оГ Ъоипг) виЪв|га|е Ъу са!си!а|юп оГ йе ге1а|пе Ггее епег8!ев оГ асбчабоп. БисЬ |Ьеогебса1 вгийев аге ю а чегу еаг1у в|а8е. МисЬ ччог)г |ч111 Ьаче |о Ье г!опе со еча1иа|е йе ро|епба1 апг! 1пш|абопв оГ|Ьеве ше|Ьог!з. Опе Гассог йа| сег|а!п1у пшв| Ье сопя!беге|! !в йе ейесг оГ а пш|абоп оп йе очега!1 в|аЪ|8|у оГ |Ье Го!бес) рго|е!и (Сга!!г е| а!., 1985).
8!ши!а|1опв аге а!во 1!)ге!у со р1ау ап шсгеазш8 го!е |и г!езсг!рг!опв оГ йе г!ега!е|! шесЬашзшз оГ епкуше Гипс|юп. Ои!|е гесеп|!у, СЬапдгазе!|Ьаг е| а!. (1985), Юог8епвеп е| аб (1986) ап|! Маг!ига ез Яог8епзеп (1986) Ьаче вЬо|чп Ьочг Ь18Ь 1ече! г!иапгиш сЬеписа1 са1си1абопв Гог геасбп8 зо!и!е гпо!еси!ев ап|! еп|р!пса! ро|епба1 Гипсбопв Гог зо)и|е-зо1чеп| ап|! зо!чеп|-во!чеп| 1п|егасбопв сап Ье сошЬ|пе|1 |ч!ГЬ шпЬге1!а вашр!!п8 1б8 Яесет тГеее!ортиеагв аитГ Гйтиге «Гтгесгтоив Ба.
9.1. 8!па!е вие пштаиоп ш йе ттурв)п врес16с!ту рос!тет, ч1е»'ет! Ггпу тЬе вигГасе оГ йе епгуте. ТЬе тпейу! втоир (яо!1т! врЬеге) атЫет! ш тЬе т«!у 2!б -«А!а 2! б ппиа6оп рго)еств сотчатт! йе Ьепгапит!1пе шЫЬттот !ЬатсЬет! врЬегея), Зтег1с сопй1ст тч!тЬ тЫв тетЬу! цтоир гв ргеЖстет! то гет!исе 6те а!Гттиту оГ тЬе епгупте Гог тЬе шЬтЬттот. ТЬе соогбипатев аге Ггот опе!пятаптапеоив сопГтаткабоп аепегатет! тп а пто!еси!аг т!упасется втит!у оГ тЬе Ггее епегау оГ тпЫЬттог Ыптбпа (%оса 8т МсСапипоп, 198ба, б). тесЬпщиев !вест)оп 4.8) то сотприте йе Ггее епег8у ав а Гипсбоп оГгеасбоп соог6)пасе Гог пис!еорЫ11с яиЪв6титюп апд абг!16оп геасбопв оГ вша!1 пю!еси1ев 1п !щи!6 тчатег. ТЬе грече!оршепт оГ йеве апд рагаПе1 тесЬ- пщиев !ог епкуше — виЬвтгате вуятешя (Же!пег, Бе!Ъе! ет Ко!!шап„!98б) тч111 ореп йе тчау Гог гаге сопвтапс са!си1абопя Гог епхушев Ъавед оп тгапябоп ятате тЬеогу (сГ.
вестюп 6.4). БисЬ е!Готта вЬои!6 ечептиа1!у регш)т йе шо616сат)оп оГ ешр!пса! ротеп6а! Гипс!топя то а!1отч гарЫ са1си1абоп оГ тЬе епег8у апд Гогсев аввос)асей»лй соча!епт геаггап8ептепгв ш епхутпев. ТЬеяе Гипстюпя сои!6 Ье ивед тп аст!чатет! тга)естогу са!си1абопв то ргоч1г!е йеты!в сопсеппп8 попет!»111Ьгипп соптпЬи6опв то гаге сопятаптя, шесЬашяпв оГ ассшпи!абоп апд 6!ярова! оГ епег8у Ьеттчееп геасбоп втерв, апд во оп.
Ехр!огатоту втит)1ев оГ тЫв Ыпд ив!пц а вппр1е шоде! ротеп6а! Гипстюп Ьаче Ьееп бевспЪед Ьу ЪчтагвЬе! (1984). 9.4.3 Масготио!еси!аг аввостайол ТЬе !!ех)Ъ|!!ту оГ Ъторо1ушегв р1ауя ап ппрогсапт го1е тп йе Гоппабоп оГ сошр1екев оГ тЬеве шо!еси!ев. Неге, тче шеп6оп йгее гергевептабче ехатпр)ев ш тчЫсЬ йеогебса! втиббев аге 11)ге!у 1о Ье ивеГи! ш тЬе Гшиге. 170 Яееепт деое1ортептя апт( Гитиге д|геедоаг 1очч а!Пи!ту Гог йе орегаСог Ьесаиве П Ы 1ос1сед 1пто СЬе П8апдед сопГоппадоп.
Бсийев оГ ойег гергевяог тпо!еси!ев вЬоч йас Ып8е Ьепйп8 тодопв аге а1во шчо1чед |п Ъ|пйп8 оГ йеве то!еси!ев Со РХА (!.1сс!е 8| НП1, 1985). ТЪе Пех)Ь~Рду оГ РХА р!аув а спдса! го!е ш 8епе ге8и!а6оп апд ш рас)са81п8 йе 8епеПс тпасепа! |и чсгивев апд ойег аяетпЫ!ев. Ап ехсеПепс, ЬпеГ ассоипс оГ й|в виЪсесс Ьав Ъееп 8(чеп гесепс1у Ъу чч'Ыот (1985).
Опе вуяет оГшсегевйпчо1чев йе сасаЪорде Пепе асдчасог ргосет (САР) оГ Е. со(т'. реп сусИс АМР ы апасЬед со йВ ргосе|п, САР Ь|пдв Со йе РХА ат а пшпЬег оГ ятея, чгЬеге П вдпш!аСев Ъ|пйп8 оГ КЫА ро!утегаве апд депе сгапвспрдоп. Рог а чапе|у оГ геавопв„вшшпапхед Ъу %Ыот (1985), В арреагв йас САР доев пос !псегасс йгесс!у ччссЬ КХА ро!утегаве, Ьис гасЬег йвсогсв йе РХА ю ая со ГасППасе йе Ъспйп8 оГ йе ро!утпегаве. СопсейаЫу, йпи!ассоп всийев тчои!д Ье Ье!рри! |и сЬагасСеп|дп8 СЬе гсеСаПед паСиге оГ СЬе РЬСА йвСоПюп йаС Ь 1пчо!чед.
Яппи)ассоп сап а1ю Ье ехрессед со р!ау ап шсгеаяп8 го!е ш вшйев оГ СЬе ййивюпа! вта8е оГтасгото!еси!аг аввос|адоп. РЫЫпюп 4С Нопагу (1986) Ьаче, Гог ехапр!е, ивед Вгоччпсап дупаппсв со сЬагассепхе йе сипе апд врасе йвспЬисюи оГ 1оса! геасдопв сага!угед оп йе югГасе оГ а соПоЫа! рагдс!е Ьу а й(Гияп8 епхуте.
ТЬесг геяйв Ье!р Со ехр!асп йе Ыпедсв оГ а88ге8аСюп оГ сегтшп Ь)осоПоЫв висЬ ав пвПс рготешв. ТЬеге аге а1во тапу аввоссаПопв 1еайп8 со сотр!ех Гоппасюп Ьестчееп Ьюро!утпегв !и чгЬ~сЬ е!ессговсадс всеепп8, 8атед Ь(пйп8, ог ойег сотрИ- садп8 ГасСогв р!ау а го!е (весдопя 2.4, 3.4 ап|1 8.3).
Вготчпсап тсупапнсв всид!ев аге Исе!у со Ье Ье1руа! |п |Ье деты!ед девспрдоп оГ юсЬ авяоссадопв. 9.5 Оитявапд!п8 ргоЫетя 1п сЫв Ппа1 весдоп„ае Ъпейу тпепИоп а Гете агеав ш ччЫсЬ йе дече!ортепс ог аррИсасюп оГ |Ьеогедса! п|ейодв арреагв со ргеяепс еврессаПу ГоппЫаЫе йСПси!дев. ТЬе епег8у Гипсдопв йас Гопп сЬе Ъаяв Гог всппйасюп вшйев оГ Ъ|оро!утегв сои|а|и а пшпЬег оГ арргохппадопв, тчЬове сопвет(иепсев дерепд оп йе ярессйс аррИсасюп оГ !псегевт (сГ. вессюп 4.2).
Мапу т(иевсюпв гетасп сопсегтп8 |Ье ехасс дота!пв оГ ча1ЫЬу оГ йе ехпйп8 6шсссопв апд Ьочг йеве Гипсдопв сап Ье ппргочед. СопвЫепп8 йе сурев оГ Гипссюпв ивед ш десаПед епег8у тспспыассоп апд тпо!еси1аг дупаппсв са1си1адопв Гог ехатр!е, йе пеед со ехр1кП!у |пс1иде тоге йап сччо Ьоду |псегассюпв (е.8., е1ессгошс ро!апкаЪ|1|ту) Ьав ойеп Ьееп дВсиввед. Ехрепепсе чгссЬ вс|иИея оГ ат)иеоия яо!одопа оГ япаП то!еси!ея яи88евся Ошзгапд1пд ргоЫетз 171 йа1 Пчо Ъоду ейесбче розена!в аге ви(Ис)еп1 1о апвччег тапу вггисзига! апд 1Ьепподупат)с г)иевдопв, ечеп опев айаг т'чо!че 1Ье (пзгодисдоп оГ юпв 1пго ~чагег (Лог8епвеп ег а1., 1986; ЬуЬгапд ег а1., 1986).
!г тау, Ьо«ечег, Ье песеввагу Го 1пс1иде ехрИсВ ро1аг)ха!!оп е(Гас!в !п взиеИев оГ йе тесЬап)вт оГ юпк аввос)адоп ог ойег ргосеввев чгЬеге во!чепг пю!еси1ев «411 Ье виЪ1есг го рагдси!аг!у!аг8е чапагюпв 1п е!есзг(с Ие1д. 8ечега! 8гоирз Ьаче дече!оред рогепда! Гипсзюпв Фаз 1пс!иде ро!аг)гагюп еГГес1в (ЬуЬгапд й Ко!!тап, 1985, апд геГегепсев йеге)п), Ьиз 1Ьеве Ьаче пог Ьееп ехгепяче1у аррИед, Рог в)ши!агюпз оГ ргосеввев 1п «ЛкЬ 1аг8ег е1есггопк геаггап8етепгв оссиг (е.8., Гоппаз)оп ог ЬгеаЫп8 оГ Ьопдз, е!ее!гоп ггапзГег), оиг 1спо«дед8е оГ1Ье розепда! зшГасев песеввагу 1ог Ъю!о81са! взиоИев Ь а!пюзг попех(з1епз (ЕгаиепГе!дег й 'чЧо!упез, 1985; Уог8епвеп ег а1., 1986).
Ав гИвсиввед !и сЬарСегв 7 апд 8, Ь )в ойеп дев)гаЫе го ачоЫ 1Ье ехр1кЬ згеазтепг оГ во!чепг Ьу пьаЫп8 иве оГ ап арргорпазе рогепба! оГ гпеап Гогсе. Гуевр(зе пшсЬ «огас )п гйз агеа (сГ. зесгюп 4.2), йеге 1в ав уев по 8епега11у ргас11са! 1есЬпщие Гог согпридп8 висЬ рогепда!в йас 1пс!идев а!1 йе 1трог1апз Гасгогз оГ Ь(оро!угпег вЬаре, Ь!оро!утег апд зо!чепг оИе!есгпс сЬагасзепздсв, апд сИвзпЬ«акоп оГ тоЬ!!е ваИ юпв.
Апюп8 йе пюге ргопияп8 арргоасЬев очег йе!оп8 1епп аге 1Ьозе йаг вее1г го ехгепд 1о Ь(оро!утег зо!идопв пйе8га! ециа11оп гесЬпщиев 1Ьаг Ьаче ргочеп ивеГи! т вгид)ев оГ вппр1ег во1идопв (СЬапд)ег, 1982; Рпейпап, 1985а). БисЬ тегЬодв чгеге ивед воте 1!те а8о го оЪСа)п ап ейесдче розепда! Гипсдоп Гог Вго«п)ап дупаписв вгид)ев оГ а тоде! ргоге)п ядесЬа(п 1п ччагег (1.ечу ег а1., 1979), Кесепг йеогедса! дече!ортепгв Ьаче 1псгеазед йе ро«~ег оГ йезе 1есЬшциев; йеу Ьаче почг Ьееп ивед виссезвГи!1у го дегеггп(пе йе рогепда!з оГ теап 1огсе Гог сопГоппаг)опа! сЬап8ев оГ а оИрерзЫе гп «азег (Резв!11 ес Кагр!из, 1985) апд 1ог а ятр!е пис!еорЬ(Ис виЬвйигюп геасдоп 1п «азег (СГИ!ев дз гсовв1су, 1984).
А!йои8Ь птсЬ дече!ортепза! чогИ (з песеввагу ЬеГоге йеве 1есЬшг)иев «л!1 у!е!д де!а!!ед гевиЪ Гог тасгото1еси)аг вузгетз, йе Гас! йа! йеу гег)и)ге оп)егв оГ та8ш1иде!евз сотригадоп йап до Ги1! вшш!адопв ппЬиев 1Ыв арргоасЬ «дгЬ 8геаз ргопиве. Сдчеп йе песеввагу розеп11а! Гипсиопз, йеге вИИ геташ дашгдп8 ргоЫегпв 1п йе в!иду оГ сегга(п !урез оГ рЬепотепа. ТЬе тесЬапшп оГ во!чадоп сЬап8ев азвос)а1ед «дй И8апд Ь)пеИп8 ог сопГоппазюпа! 1гапзЬИопз тау Ье 1пзг(паса!!у дИИси!1 1о де1епшпе т воте савев. ЯисЬ во!чадоп сЬап8ев тау 1пчо!че а!аг8е пшпЬег оГ в1ерв соггезропд)п8 1о геаггап8етепзв оГ йе Ьудго8еп Ьопдв оГ 1пд)ч(диа1 во1чеп1 гпо!еси1ез (Капт й МсСапипоп, 1986).
ГГ йе во!чепс пю!еси1ез аге Ъоипд со сЬаг8ед 8гоирз ог зиЪ3есг го ззепс сопз1га(пзв, йе (поИчЫиа1 в1ерз тау АРРЕМШХ ! Хшпепса! 1п1едгайоп оГ Йе ЕС~иайОПЯ О1 ПЮТ1ОП %е ргезепГ Ьеге йгее тейодз Гог пшпепса1!у арргохппаГ(п8 йе Тау!ог вепев (ог 1Ье ровйоп, ег!иагюпв (4-18). Тгчо ог" йеве аге весопд огдег гпейодв (йе Чег1ег апд Веетпап а!8опйтв) апд опе 1в йгй огдег (йе Оеаг а18опГЬгп). !п адд111оп, а е дезспЬе а тоййсаг(оп го ГЬе Чег!ег гпейод йаг 1в (гег(иепг!у изед го гедисе сотригег гппе Ьу йх!п8 воте ог аИ ог" ГЬе соча1епв Ьопд!еп8ГЬв (йе БНАКЕ а!8оп0пп). А1.1 ТЬе Чег!ев тейод (Чег1ев, 1967) 1г" о гв йе ачега8е че!ос(Гу дипп8 йе гипе шгегча1 Ьегччееп г апд г+ й, йеп йе роз(гюп аг гЬе епд ог" йе (пвегча! 1в ехасг1у (А1.1) х(г+А!) = х(г)+оАг %е пою азвшпе ГЬаГ ч (в чегу пеаг! у ег)иа! Го ГЬе (пввапвапеоив че1оагу аг йе ппдро(пг ог" йе шгеп а), (А1.2) о = х(г+,й/2) ТЫв оиап!11у сап Ъе са(си!агед (гот йе че!ос(гу х (г — Аг/2) 1г чге 1гпо~ч а, йе ачега8е ассе!егаг(оп дипп8 йе 1пгегча1 (гот г — Аг/2 го г+ й/2, Ьу йе ехасг ге!агюпвЫр х(г+Аг/2)=х(г — Аг/2)+а й (А1.
3) Азвипип8 ГЬаГ а !в чегу пеаг! у ес!иа1 Го йе шзгапвапеоив ассе!егавюп аГ гЬе т(дро(пг ог" гЫв шгегча!, а = х(г) (А1.4) ее оЬГа(п Гог йе пеи че!ос!Гу х(г+Аг/2) = х(г — Аг/2)+х(г)Аг (А1. 5) 173 177 )Читепса! <п<езга<!оп ехрепяче. Сопве<(иеп<1у, ше<Ьодз <Ьа< сап гедисе йе ге<!и(гед СР17 <нпе аге пшсЬ <о Ье деягед.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
