McCammon, Harvey - Dynamics of Proteins and Nucleic Acids (522918), страница 39
Текст из файла (страница 39)
(1984) 8(чев 1Ьеве азот !урез, р!ы 1Ье агопис ро!адгаЫ!1!(ев, е1Гесдче птпЬегв оГ оигег вЬе11 е1есегопв, апд а!опас чап дег 'ч(Гаа1в гадй, Ггогп ччЫсЬ йе чапоив вега оГ попЬопдед (п1егас1юп рагатесегв (А апд С т ес)цадоп (4.1)) веге са!си!агед Гог а!1 ра)гв оГ а!от !урез. ТЬеве рагатесегв цеге Ьавед оп 1Ьове 8(чеп Ьу Ое!ш (1976) апд МсСапцпоп ег а!. (1979). ТЬе раг6а1 сЬаг8ев оп еасЬ аСот дерепд по! оп1у оп а!от суре, Ьиг а1во оп йе !оса! сЬет)са1 в1гисгиге.
ТЬе ча1цев Гог йеве сЬаг8ев, ТаЫе ч оГТип8 ег а!. (1984), ччеге Ъавед оп 1Ьове оГ М11!ег (1979), идй пюд66садоп оГ1Ье сЬаг8ев оп 1Ье а1отз оГ1Ье рЬоврЬасе 8гоир висЬ йаг йе пе1 сЬаг8е гчав — 0.2 рег гев(дие, 1п ип(гв оГ йе сЬаг8е оп 1Ье ргосоп.
Мапу рго1еш япш!адопв аге допе чд!Ь арго пег сЬаг8е оп йе то!еси1е, Ье. аз 1Ье 1вое!есзг(с ро(п1, Ьи1 пис1е(с ас!дв Ьеаг опе Ги!1у ютхед рЬоврЬаге 8гоир рег гев(дие а1 гур(са! ехредтеп!а1 рНв, ргодис(п8 а пе! сЬаг8е ччЫсЬ 1в оп1у рагда11у обве! Ъу соцпгепоп сопдепзадоп аг геавопаЫе юп(с зггеп8ГЬ. ТЬе е(Гесг)че пег сЬаг8е чге сЬове 1в гур)са! оГ ! 8б Аррепттттх 2 йове ивед Гог пис1еж асЫ випи!атюпв апд |в с!озе то |Ьас шеавигед ехрегппепта!1у ат рЬув!о!о81са! юшс зтгеп8|Ь (ОВоп ет а!., ! 97б). рог йе соогеИпате 61е, «те изед сгуз|а1!о8гар1ис соогеИпа|ев Ггоп| |Ье рго|е|п Раеа Вап1с, сЬоояп8 йове Гог тКХАг"' «т1|Ь тЬе Ы8Ьез| попипа! гезо1и|юп, 0.25 пп| (Нш8ег|у ет а!., 1978).
Бечега! втерв аге гет)ц)гед Со 8епегате йе торо!о8у 6!е. ТЬе випр1ез| ргоседиге Гог шасгопю)еси1ез 1в Со аввешЫе а торо!о8у 6!е Гог еасЬ Суре оГ гевЫие (пЪопис!ео|Ыев Гог КХАв), йеп |о в|пп8 йеве то8е|Ьег |и йе огдег гИс|а|ед Ьу йе рпшагу в|гас|иге, апд ИпаИу |о регГопп апу егИИп8 йат 1в песеввагу. ТЬ(в Ипа! етИ|1п8 соггес|в йе |оро1о8у ат йе епдв оГ йе пю1еси1е (а| |Ье 5' апд 3' епдв оГпис!е)с асЫв; а| йе апипо апд сагЬоху |епп|ш оГ рготе)пв). 1| а!1о«тв |Ье врес16с пюе66са|юп оГ тЬе торо!о8у 6!е тчЬегечег врес|а! Геа|игев оссиг (висЬ ав еИви!рЫде Ьпд8ев |и рготе|пв).
1ГехрИсИ Ьудго8еп Ьопдв аге |о Ье 1пс!идед ш |Ье тподе!, |Ье Ивт оГ |Ьеве Ъопдв |в а1во ешаЬИвЬед а| й|з ед111п8 зта8е. ТЬе гевЫие торо!о8у 61ез аге от!8!па!1у 8епегатед шапиаПу, Ьит опсе а ИЪгагу оГ йеве !в 8епегасед — 20 апипо асЫ 6!ез Гог ргосе)п в|цгИез апд Гоиг деохупЬопис1ео|Ые 61ев Гог РХА — йеу сап Ье цвед со тподе! апу рготе)п ог РХА. 1п йе саве оГ тКХАг"', йеге аге 15 гИвдпс| |урез оГ гев(диев, Ьесаиве оГ сЬеписа1 пюг66садопв (рппс|ра!!у п|ейу!а|юп) |о Ьо|Ь йе Ьавев апд йе пЬозев.
ТЬе шо1еси1аг торо!о8у 6!е Гог |КЬ!Ач"' «тав 8епега|ед Ьу сошЬ|гдп8 йе шоИчЫиа! гев)дие торо!о8у 6!ев ш |Ье огдег врес16ед Ъу |Ье рпшагу в|гас|иге. 8!псе й|в |чав опе оГ йе Игвт тпо!еси!аг дупапнсз япш!адопв оп а пцс!ек асЫ, «те «таптед втгоп8 Ьу|1го8еп Ьопдв ш огдег то втаЪ16хе йе пю1еси!аг в|гис|иге. Сопвет!цепс!у, а Ихед Ивт оГехрИс1| Ьудго8еп Ьопдз |чав ивед, апд врес)а! Ьудго8еп ЪопеИп8 рагашетегз «еге штгодисед.
г от |Ье Ьудго8еп Ьопд Ивт, а тпа! вет оГ 123 Ьудго8еп Ьопдз «тав 8епегатед аи|отпадса1!у; И сопташед а!1 допог — ассертог ра)гв тч1|Ь)п ап агЬ||гагу д!втапсе (0325 шп). ТЫз Ивт |чав йеп п|апиа!1 у ед)тед |о сопта1п оп1 у |Ье 91 пювт сошпюп!у ассер|ед сгувта!1о8гарЫс Ьудго8еп Ьопдв. ТЬе рагап|е|егв Гог йе Ьудго8еп ЬопоИп8 ро|епда! Гипс|юп |чете десеппшед Ьу ехапишп8 йе вЬаре оГ тЬе тога! допог-ассертог росепт(а! епег8у сигче Гог йе вшп оГ йе чап дег %аа!в, е1естговтадс, апд Ьу|1го8еп Ъопдбп8 сеппв апд гетрлпп8 йе пипипшп епег8у со Ьаче а ча!це пеаг — 12 )сЛ/шо! апд то оссцг ат а допог-ассертог еИв|апсе пеаг 0.3 пш. ТЬе ве| оГ 91 Ьудго8еп Ьопдв апд |Ье рагаше|егв оГ йе Ьудго8еп Ъопд)п8 штегасдопв аге 81чеп е!ве«тЬеге (Нагчеу ет а!., !985). тттт1|Ь |Ье ехсердоп оГ йе Ьудго8еп Ъопд)п8 рагаше|егв девсПЬед 1п йе ргечоиз рага8гарЫЬе тКЬ!Аг"' епег8у рагашетегв (ет!иадоп (4.1)) аге Ргодгать апд ргоседигез 187 !ур)са! оГ йове изед 1п тов! рго!е)п апд пис!е)с асЫ пюде!ш8 з!ид1ез.
ТЬеу аге 81чеп ш йе аррепгИх оГ Тцп8 ег а!. (1984). Ечеп ъчЬеп йе згаг!1п в!гис!иге Гог йе япш!абоп 1з !ЬаС де!епп1пед у ч~1 ъ чЪаиг, Ъ ' ГИ ~ Ю * й а~ щ~.ъъ~ъь пиппп' ' ' г Ье 1 п'п йе пю1еси!аг д паткв япш!абоп. ТЫв !з Ьесаиве йе сгув!а!1о8гарЬ)с з!гцспше ь Ьзе1Г а тоде!, ИепегаГед Ьу Ъа!апсш8 !Ье деяге Гог а!опис ровйопз !Ьа! гергодисе гЬе оЬзегчед д)Игас!юп ра!!егп а8а)пв! !Ье дев)ге Гог а пюде! ъч!!Ь сгагИ6опа1 ча!иез Гог Ьопд!еп8йв, Ьопд ап8!ев, апд зо оп.
ТЬе ш16а! гоцпд оГ епег8у т1п)т1ха6оп и песевзагу Ьесаиве гЬе рагате!егв Гог гев!га)п)п8 !и!егпа! сооггИпагев <1ипп8 сгуз!а!1о8гарЫс гейпетеп! аге 8епега!!у по! к1еп6са1 !о !Иове.ивед ш йе гпо!еси!аг дупаписз ятц!а!юп, апд Ьесаиве йе сгув1а! з!гис!иге тау соп!а)п попЬопдед сопгас! д!з!апсез !Ьа! аге с!озег йап йозе репи)яед Ьу !Ье рагате!егв оГ !Ье яти1а6оп. 1п йе саве оГ йе !КХАч"' зипи!а6оп, 100 сус!ез оГ в!еерев! дезсепс пипппйа6оп гедисед ГЬе ро!еп6а1 епег8у оГ йе то!еси1е Ггот очег 13000 1гХ/то! !о аЬои! 2500 )сХ/то!, ъч1!Ь йе 1аг8ев! сопспЬи!юп сопип8 Ггогп 1тргочед попЪопдед 8еоте!пев апд а зиЬвгап6а! соппдЬи!юп апяп8 1гот ппргочед р!апап6ез оГ !Ье Ьавез.
АГ!ег йе еъ1ц1ИЬга6оп ргоседиге (дезспЬед Ье1оъч), !Ье !оса! пю1есц1аг рогеп6а! епег8у Ьад Га1!еп го а ча1ие оГ аЬои! — 5000 !г3/то1. 1! вЬои1д Ье по!ед !ЬаЬ 1п сопппоп ъч1!Ь а!1 ро!еп!1а! епег81ез, !Ье пъо1еси!аг ро!еп6а! епег8у Ы теавигед ге!абие Го ап агЬЬгагу хего роъпЬ зо !Ье я8п оГ !Ье йоса! епег8у доев по! Ьаче апу я8тйсапсе. Оп1у епег8у д/фегеисез аге ге!ечапп Ров)бче епег81ев до по! теап !Ье з!гис!иге 1в цпв!аЫе. Сопчегзе!у, а пе8абче ча1ие Гог йе ро!еаза! епег8у доев по! песевзап!у шгИса!е а в!аЫе в!гцс!иге. АГ!ег пши' де! агее иа!1 ъче!1 геИпед, апд !Ыв )гге8и!аг гИз!6Ьи6оп оГ 1си619! е ег тия Ьегеточед дипп йе ъчаппир апд еуш1~Ьгасюд.,рс!Зад ТЬе !КХАч"' тоде! ъчаз Ьеасед Г.' ГЪЪЪ~ЗЪЪ~Ъ . р '~ Г~1 р,Г Ъ ~Ъуур Г ' Ъ ЬаЪ гапдот йеппа! че!ос16ев соггезропгИп8 !о а Махъче1Иап гИв!6Ьи!юп ъч1!Ь а теап !етрега!цге оГ 300 К веге гереа!ед!у геавв18пед а! 1пгегча!в оГ 0.2 рз.
Гцг!Ьег еъ!ц)ИЬга!1оп !ос)с р!асс очег а регюд оГ 4 рз, дипп8 ъчЫсЬ !Ье зппп!а6оп ъчаз гип ъч1!Ьои! Гигйег геавв18птеп! оГ че1ос1!1ев. «~ ~ цамь а~щвъ,ъ,ч й ъ го Ье сеггаш !Ьа! ап еъри1ъЬптп в1!иа6оп Ьав Ъееп адег!ца!е1у рр ' м;а~ ьрютиу-~ау~ ъаа1ьл'Б Ги 6 юь г~,~~ъ~ .. ъъВамш ° ъъю~ыъь ью- ь з!гисГцге оГ йе тоде1 дипп8 йе Ггее гип. АРРЕХГ)1Х 3 Мо1есп1аг дупаписз а1 сопйап1 1егпрегаЫге апд ргеяяиге (Апдегзеп, 1980; ВегепсЬеп ег а1.
1984) Мо!еси!аг дупаписв Ьаз ап ипроггап! адчапва8е очег Мопге Саг!о гпейогЬ, ш !Ьаг Ь ргоч(дев 1пГоппагюп аЪоиг йе !ппе-дерепдепсе апд та8п11иде оГ йисгиабопз ш Ьой роз11юпв апд че!ос!г!ез, гчЫ!е Мопге Саг!о ргоч(дев оп1у ров(гюпа! 1пГоппаг!оп апд 81чев по 1пГоппаг!оп оп 11тпе-дерепдепсе. ТЬе оп81па! Гоппи!а!!сиз оГ шо!еси!аг дупаписв Ьад гччо яЬоггсопип8з, Ьо«ечег. Е!гвЬ з!ши!аг!опв оп йшдв ог во!игюпз веге сагпед оив аг сопзгап! чо!шпе, а!йои8Ь чо1шпе 8исгиагюпв аге спТ)са! го а пшпЬег оГ рЬепошепа.
Яесопд, йе пшпепса! !пге8га!!оп оГ йе ециавюпз оГтпоГюп ргодисез а Сга!есвогу 1п «ЫсЬ ГЬе йоСа! епег8у оГ йе вузгет 1в сопзегчед, «Ы!е геа1 вузгешв 8епега!1у ехсЬап8е епег8у «дй гЬе!г зиггоипд(п8з. А поппа! то!еси!аг дупаписв Ггее гип соггезропдз го а з)ши!аг!оп оп !Ье писгосапошса! епзетЫе, апд 1! 1з оГгеи песезвагу !о з!ши!аге гЬе ЬеЬач!ог оГ огЬег епвешЫез. МегЬодз Гог з)ши!аг!п8 ойег епвешЫез из)п8 Мопге Саг!о Ьад Ьееп ача!1аЫе Гог зечега1 уеагв (%сод, 1968; ч'а!!еаи 8Г %Ыи)п8гоп, 1977; ч'а1!еаи ев Тогпе, 1977), апд Ь ~чав Апдегзеп (1980) «Ьо йгяг деч1вед пгейодв Гог то!еси!аг дупаписз яппи!адопв оп гЬе ойег епяегпЫев Иягед 1п саЫе А3.1. ТЬеге аге а пшпЬег оГ з!Гиаг!опз ччЬеге Ггее то!еси!аг дупаписв тау Ье 1парргорпаге апд йе гпегЬодв девспЬед Ье1о«аге ивеГи!.
Рог ехатр!е, ехрепшепШ оп 8шдв апд во1«допв аге ивиа11у шаде а! е)йег йхед гешрегагиге апд ргеввиге ог а! Йхед гетрегагиге апд депвЬу, апд арргорг)аге епзешЫез вЬои!д Ье изед Гог випи1адопз оп йеве вувгетв. Бропгапеоив йисвиадопв !п ЪогЬ епег8у апд чо1шпе шивГ Ье а!1оччед гТ опе !з !оо!дп8 аг рЬепогпепа 1!!ге пис!еав!оп ог рЬаяе яерагадоп. 1Г йеге аге геасг!опв ГЬа! га1се ир ог ге!еаве епег8у, ехсЬап8е оГ Ьеав «дгЬ йе виггоипд1п8з !в песеввагу 1Г 1аг8е Гетрегагиге сЬап8ея аге го Ье ачо)дед «дГЫп йе чо!шпе Ьеш8 яппи!агед.
г!па!1у, йеге шау Ье саяев «Ьеге 11 188 189 Мо1еси1аг |1упаписз ТаЪ!е АЗ.!. Ма!еси1аг Иупат1сз л!ти1адопл оГсаг1оиз епзетйез Соия|ап|з диппв зипи!а|юи ч ЕпзетЫе пате Сопд!г! ои М!сгосапои!са! Саиотса! 1зоЬапс — 1яоеп|Ьа!р!с 1зойеипа! — 1зоЬаис Л|,Е,Р Л|, Р, Н 1ч', Т, Р Ргее шп Сопя|во| |етрега|иге Сои|лап| ргеззиге Соиз|зи| |етрегашге апд ргезяиге ' Ф = птпЬег оГ раскас!ез; Е = еиегву; Т= |етрегапие; Р = ргеззиге; и=- чо1итае; Н = еп|Ьа!ру Ы дез!гед |о Ьеа| ог соо! йе аул|ели, ог |о сошргевв ог ехрапд 11; йеяе виии!алоиз ччои1д а1!очч йе дегепшпа|юп оГ ргорегдев 11Ье |Ье ЫоЬапс Ьеа| сарасду ог |Ье со|иргевяЬ|Б1у (е!|Ьег ад!аЬаг!с ог !войеппа1).
ТЫв арреид!х деяспЬев |Ье пнкИсаг!оив 1о йе поппа! Ггее пю1еси1аг дупаписв а!8опй|и |Ьа| а1!о|ч опе |о йпи!аге йезе ойег епветЫев. ТЬе Ги!1 йеогег!са! !ив!!Г|саг!оп Гог йеяе ргоседигев 1в 8!чеп !п йе оп8!па1 рарег Ьу Апдегяеп (1980), апд оп!у 1Ье ргоседигев йе|изе!чез аге дезспЬед Ьеге. АЗЛ Мо!еси!аг дуитп!св ая соавяаия ГетрегаШге А в|па!1 чо!шпе оГ |пассег !и |Ьеппа! е|!и!1!Ьг)иш идгЬ а зиггоипд!п8 соиз1аиг 1е|ирега|иге Ъай ехсЬап8ез епег8у вИЬ йе Ьа|Ь. То япш1а|е |!ив ехсЬап8е оГ епег8у, з|осЬавдс ипри1зев аге 81чеп |о еасЬ рап!с!е ш йе вув|еш Ьеш8 сгеасед. ЕасЬ ипри1ве 1пв|ап|апеоив1у сЬап8ев йе п|оп|еп|шп оГ йе рагдс!е; |Ье Гге|р|епсу оГ йеве со!1Ыюпв, апд йе гели!дп8 |поп|еп|шп ргоЬаЬ!!!1у д!вгпЬи|!оп Гипсдоп, ишв| Ье сЬовеп впсЬ |Ьая 1Ье ачега8е ча!ие оГ апу ргорег|у, са!си1а|ед очег а чегу !оп8 |га!ес|огу, ип!1 Ье |Ье е|р|а1 |о йе сапошса! епяешЫе ачега8е оГ |Ьа! залпе ргорег|у.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
