McCammon, Harvey - Dynamics of Proteins and Nucleic Acids (522918), страница 37
Текст из файла (страница 37)
Опе арргоасЬ <о гедис(п<< сошри<ег Йпе 1в <о шсгеаве йе <нпе в<ер .$ <. ТЬе шахнпшп <нпе в<ер $з де<еггп(пед Ьу йе ге<!шгешеп< йа< $< Ье япаП Ьу сошрапвоп <о йе репой о< йе Ь)аЬев< $<е<$иепсу пюдоп <и йе вув<е<п Ье(па в(пнда<ед.
%псе йе Ь(аЬез< 1ге<р<епсу шо<юпз <и а гпасгопю!еси1аг пю<$е! аге йе Ьопд в<ге<сЬ!па ч(Ьга<!опв, сП$Тегеп< а1аодйшв йа< сап сопв<га<п 1Ье Ъопдз <о а Пхед )епц<Ь Ьаче Ъееп $пчев<$аа<ед. Неге и<е Ьпейу девспЬе <Ье шов< роро!аг о< йеве а!ао<$<Ьшв, ЗНАКЕ.
)Че Ье(рп <ч(й йе аввшпрдоп йа< аП сопв<га<п<в сап Ье гергевеп<е<$ Ьу Пхед ш<ега<ош<с д(з<апсез. (ТЬ(в <в оЬ<доиз1у <гие <ог сопз<га<пед Ьопд !епайз. Ча!енсе апа!е сопв<ганпв сап а!зо Ье ехргеввед ш й|в яау, в<псе а <по о< а<ошв х, у, апд з сап Ье Ье!д <и а г(а(д зеоше<гу Ьу йгее сопв<гаш<в, Пх(па (1) Ьопд ху, (2) Ьопд уг, апд (3) е(йег <Ье апа)е хуг ог Йе еПв<апсе хг.) 1< <Ье $<<" сопв<га(п< $з оп <Ье сПв<апсе Ъе<чгееп а<о<ив <' апд у, <Ьеп Ь сап Ье ехргевзед Ьу йе ге!а<юп г' — И'=О 9 н (А1.11) <чЬеге ге $з йе чес<ог 1гош а<ош «' о /: ге — — г< — г, 1п а пшпедса! яши1а<юп, е<$иа<$оп (А1.11) $з по< аепегаПу ехас<1у <гие, зо <че вау <Ьа< йе сопв<га<п< $в ваПвйед <чЬепечег йе ге!адче <$егдаПоп $в ви(Пс(еп<1у вшаП, (.е.
з„= (г«з — Ц)1дзз < з (А !. 12) ччЬеге в $в а зрес(йед <о!егапсе. КУНАКЕ $в ап Пега<(че ргоседиге йа< ад)ив<в йе а<опнс роя<юпв а$<ег еасЬ Йпе в<ер ш огдег <о япш1<апеоив!у за<!в<у аП йе сопв<га(п<в, $<ега<$па ип<П зз $в вшаПег йап з <ог аП ча1иев о< $<. Ь(о<с йа< й|в сои!д Ье допе ехас<!у, Ъи< йе ехас< арргоасЬ ч<очдд ге<$шге <Ье во!и<юп о< а <$иадга<$саПу попПпеаг ве< о< ша<пх е<$иа<юпв. 1< и<е в<аг< <ч(й а в<гас<иге и<Ьеге аП сопв<гаш<в аге рег(ее<!у ва<$вйед, Йеп, 1ог аП и сопв<ггдп<в (l< = 1, 2,..., п), <Ье и е<р<а<юпв (А1,11) аге вабвйед.
!< а поппа1, ипсопв<ггдпед Чег!е< в<ер <в <Ьеп <а$<еп, йе геви!дпа ров!1!сиз о< а<ошв < апд 1, $пгПса<ед Ьу йе чес<огв г~ч апд г<'„чдП зепегаПу Ье висЬ <Ьа< с<!на<!оп (А1.11) по 1опаег Ьо!дя %е пеед <о Ппд арргорда<е ад)из<шеи<в <о йе а<опнс роя<юпв, депо<ед дг, апд дг, во йа< йе ад)ив<ед ров!1!сиз, г,"=г, +дг, г<" —— г< + Бг< 178 Аррелд!х 1 аге висЬ СЬаС а!! и сопзгга!пгв аге а8а!и ваг!зйед. 1С сап Ье вЬои и йаС йе ад)ив!шеи!в аге ог" йе Сопи дг, = — ~доги/т, (А!. 13) зчЬеге т, !в йе шавв оС агош 1, д~ — — 80 1ог а!! сопзгга!пед ра!гв оС'агошв, апд ди — — 0 !г" СЬе д!вгапсе гц !в поС сопзггашед.
ТЬе ргоЫеш и СЬе десепшпагюп ог" д~. Еоппа!1у, йЫ !в а ргоЫеш !пчо!ч!п8 Ьо!опопнс сопвгга!пгв, апд йе ).а8гап8(ап Гогспи1апоп ог" с!аввсса! шесЬап!св (Оо!двге!и, 1980) !в а 1о8(са! арргоасЬ. рог чегу вша11 шо1еси!ев ог 1ог чегу внпр!е шо!еси!ев, Иге л-а!Ьапез, йе 1а8гап8е аРРгоасЬ сап Ъе изед, Сог 8о Ы внпР1У ге!агед Со йе 1,а8гап8е шифер!!ег Гог йе /ги' гевгга!пс. йусЬаегг еГ а1. (1977) рче а Си)1 Сгеагшепг ог" й!в ргоЫеш Сог ап ипЪгапсЬед веш!г!8(д сЬаш ог" агЪ!Сгагу!еп8й.
рог 1аг8е шо1еси1ез, Ьоиечег, Ь Св д!Сйси!С Со йпд йе соггесС веС оХ 8епега!!гед соогд!пагев, апд йе Ьа8гап8е арргоасЬ Ы шарргорпаге. 8НАКЕ гв ап а1СегпаС!че гпейод СЬас сопв!дега йе сопвгга!пгв !и ВиССЕЗВЮП, СГЕадн8 ЕаСЬ |и аз аП ин1СПОи П йаС СаП ЬЕ Са!Си1аСЕд. 11' ЮЕ сопв!дег оп1у йе И' сопвгга!пг, вгЫсЬ йхев йе д!вгапсе Ьеггчееп асошв т' апд /, йе ад)ивгшепгв Со йе роягюпв о(' еасЬ оГ йеве аСошв !в, Ьу ес!иаС!оп (А1.13), Рг$ И г /т4 д гу = явгц/тг (А1.14) (А1.15) иЬеге не Ьаче ивед йе вирегзспрг ав а !аЬе1 !ог СЫв сопвгга!пС. АС йе вгер иЬеге йе Ус'" сопвгга!пС !в Со Ье арр!!ед, йе роягюп оС' еасЬ агош Ьав а1геаду Ьееп ад)ивгед !ог йе ргегдоив (!С-1) сопвгга!пгв. !СешешЬедп8 СЬаС не Ьаче ъчПССеп г,' апд г~' !ог йе агопнс роагюпз аС)ег СЬе ипсопвСга!пед Чег! еС вгер, и е ноге СЬаС ав йе ргераге Со арр!у йе Уг'" сопвггашС, йе шгегагопнс чесгог !з йив 8/чеп Ьу г' = (гг + Х д"'гг) — (г4+ Х д"'г,) «<в .
В<В 1п СЫв !авС ес)иаС!оп, зче Ьаче дгорред а!! виЬзспргв оп йе 1е(С-Ьапд зЫе, Ьесаиве не аге ге(егг)п8 Со агошв ! апд/ апд сопвгга!пС /г !гош СЛЫ ро!пС оп. 8!ш!1аг1у, ие сап дгор зиЬзспргв апд изе СЬе чесгог г Со депо!с СЬе !пгегагопис чесгог г, Сог йе вгагдп8 вггисгиге, рпог Со Са!г!п8 СЬе ипсопвгга!пед Чег1ег вгер. (!Сеса11 СЬаС г дЫ ваС!вгу йе сопвгга!пС сопд!с!оп, 179 лЧигпег!са1 Ы!ехгаг!ои ес)иаГ!оп (А1.11).) %е а!зо !пвгодисе йе !о!1олч!па дейп!1!опв Го в!тр1!лу йе пола!!оп: дг = двгл — двг, К=во гл = Ии М = 1/глл,+ 1/лил ТЬе гег!и!гетепг йаЛ гЬе йпа! а!от!с ровЫопв аге висЬ 1Ьаг йе /г'" сопвлга!пл !в задвйед сап Ье ехргеззед Ъу (-) -д =О лчЬеге г" = г'+дг ТЬеве 1авг глчо есрладопв влче (г'+дг)' — дв = О 1пвегг!па ециал!опв (А1.!4) апд (А1.15) !пло гье дейп!1!оп !ог бг !счев СотЫшп~ йеве 1авл 1лчо ег)иал!опв, чче оЪГа!и М'у'г. г+ 2Муг . г'+ г'. г' — дз = О (А1.16) ТЫв г)иадгаг!с егрладоп Гог а сап Ье зо!чед !вега!!че!у Ьу по!!па йаг Мх << 1 (Ьесаиве дг << г !ог вийе!епГ!у вта!1 Чег!ев в1ерв), во йе Огвв леггп сап Ье дгорред Гог сотри1абопа1 ейс!епсу, а!ч!па (А1.
17) е = (дл — г'. г')/(2Мг. г') ЪЧе поле йаг х лв ргороггюпа1 го гЬе атоип1 Ъу лчЫсЬ гЬе сопвггыпг !з д!влоггед (гопл !!в !деа$1епай, ав лчои1д Ье ехреслед, апд ЛЬаГ е < О лчЬеп йе Ьопд у !в влгелсЬед. Егрладопв (А!.14) апд (А1Л 5) вЬолч йаг го гевгоге йе сопвлга!пГ !п 1Ыв саве, авотв л апд/ аге точед Солчагд опе апойег Ъу атоиплв йал аге лпчегзе! у ргорогл!опа! ло йелг геврес1Ые плавзев. ТЬе чесгог ге1апопвЫрв о(' гЫв ргоседиге аге вЬолчп !п йаиге А1.1.
ТЬе вадв(асдоп ог йе /с'" сопвлга!пг ад!1 аепега!1у девлгоу воте ог йе ргегдоив!у вал!вйед сопвлга!плв (/г' с /г). ТЬе ргоседиге Ы гереалед очаг а1 ! сопвлга!плв лч!ГЬ а вийе!епг пшпЬег ол"!1ега1!опв во йа! а!1 сопв1га!пвв аге адег)иаге1у ваОвйед, !.е. ипд1 з„< в Гог а1! ча1иев о!'/г (Ел!. А!.12).
ТЫз тейод випи1гапеоив!у аввигев йаг йе г!иадгал!с ег)иал!оп (А1.16) ы а1во 180 Арренд!х! г18. А1.1. Уессог ге!ас!опви!рв !и 8НАКЕ (все сехс Сог дСзсавв!оа). зо!чед чг!СЬ!п СЬе врес!йед Со!егапсе, Ъесанве васоева!че ча!нев ог" 8 (гот йе!!пеаг арргохнпасюп (ег!надои (А1.17)) аге япа!1ег апд япа11ег. ТЬе е)Тес!в ог" сЬе з!хе ог" йе со!егапсе в оп сотрнсадопа! ейс(енсу Ьаче Ьееп ехр!огед Ьу Вус!саегс ег а!. (1977) апд Ьу чап Сгнпвсегеп дг Каср!нв (1982а); сурка! ча1нев Гог внпн!адопв оп псасгото1есн!ез аге оп сЬе огдег оГ в = 10 '. 1С Ьав Ьееп гонпд СЬаС нвсп8 ЗНАКЕ со сопвсгаш Ъопс) !еп8йв шсгеавев сотртадопа1 ейс!енсу очег йе нпсопзСгашед Чег!ес теСЬод Ьу а гасзог ог" йгее, апд йаг ччЬеп Ьопдз аге сопвСгашед, сЬе дупаписа1 ргорегС!ез ог" гпасгото!есн1ев аге поС в!8п(йсапс!у а(сессед оп Впсе вса1ев!оп8ег сЬап аЬонс 0.05 рв.
Сопзсгашзв оп сЬе ча!енсе Ъопд ап8!ев аге пос гесопипепдед ехсерс рог йове !п счасег то!есн!ев (чап Сгнпззегеп й Вегепс1зеп, 1977; чап СгнпвСегеп й Кагр1нв, 1982а). КУНАКЕ сап Ье аррИед Со СЬе Сеаг а!8оддип ав чче11, апд йе дупапис геваров аге япи!аг со йове чдй йе Чег!ес/КУНАКЕ (чап Онпвзегеп дг Вегепдзеп, 1977). ТЬе Сгеаг/ЗНАКЕ а!8опс1ип !в гаге!у нвед Ьочгечег, Ьесанзе Й св сотрнсасюпа!!у тоге сотр1ех апд ехрепяче йап йе Чег!еС/КУНАКЕ а(8ог!СЬт. АРРЕХШХ 2 Ое1а11ед Оезспрйоп оГ сотрШег ргодгапь апд ргоседцгез Гог епегду гп1п1гшгайоп апд гпо1еси1аг дупатшсз ТЬ)в аррепсбх 1в 1п!епдед го зегче аз а гевоигсе го вЫсЬ опе сап мгп ччЬеп Ье8!пп)п8 го дея8п, иве ог гпогВГу а рас!га8е оГ согпрыег рго8гатв Гог гпо1еси1аг пюде!т8 взидбев ив!п8 епег8у т!шт!ха!!оп, поппа1 тоде апа!ув)в, апд/ог то!еси! аг дупаписв.
Апюп8 ГЬе пюге сопипоп рас1са8ев (апд 1Ье рппс)ра1 геГегепсез оп еасЬ) аге АМВЕК, дече1оред аг йе 1ЛпЫегяГу оГ СаЬТогша аС Кап Ргапс)все (%е)пег ег Ко!1тап, !981); СЕГУАК, дече!оред аГ йе !)шчегв11у оГ )ч1огГЬ Саго!)па (Сагвоп ег Неппапв, 1985); СНАКММ, дече)оред а! Нагчагд !)шчегв11у ГВгоо)св ег а1, 1983); апд ОБЛОМОК, дече!оред аг йе Уп!чегвду оГ Огошп8еп (чап Оипвгегеп ег а!., 1983, апд геГегепсез йеге)п).
Тор!св го Ье гбвсизвед Ьеге тс1иде йе дага 61ев ген!гед Гог ят и1агюпз апд йе вег!иепсе оГ орегадопв песеввагу го ргорег1у трда1е а то1еси1аг дупаппсв яти1а!юп. Ав ап ехатр!е, ее дезспЬе опе рагдси!аг рас)са8е оГ рго8гатв, йове дече1оред Гог оиг вгигбев оп 1Ье вггисгиге апд дупаписв оГ рЬепу!а1апте ггапвГег ВХА ГНагчеу дг МсСапппоп, 1981; Тип8 ег а!., 1984; Нагчеу ег а!., 1984, 1985; РгаЬЬа!гагап ег а!., 1983, 1985а). %е Ьоре йаг а гбвсывюп оГ й)з ехагпр1е ми!1 с!апГу тапу оГгЬе де!а1!в оГ йе сотривег а18одйтз апд апвйег товз оГ 1Ье с!иев!юпв сопппоп1 у ровед Ьу пеи сотегв го йе бе1д. %е до по! ГВзсыв йе чапоы пшпепса! тегЬодв 1Ьаг аге ивед, япсе йеу аге девсПЬед е!веччЬеге Гзее зес!юп 4.4 оп епег8у т)ппп!ха!)оп апд аррепд1х 1 оп гпо!еси1аг дуп аписа).
А2.1 Раза 61ев ТЬе сопипоп Геатге оГ рго8гагпз Гог епег8у ппппп)гагюп апд гпо!еси1агдупаписз !в йе огепда! ег Гипс!юп г!иадоп !4.1)). !)в!п8 гЬа! ехргезяоп, йе согпригег са!си1агев йе ро!епда! епег8у оГ апу 8!чеп сопГоппаг1оп оГйе шо!еси!е. 1Тйе Гогсев оп йе аГотв аге гес)и!гед, йеу !8! ! 82 Арреиьссх 2 Ф ь ь Ф ь ь ььь ь,еь.ь.ь.Ыйь,ЪЗБьт,ьгьп ь Иььь спс!цде сЬе ебессв оГйе Ьус)го8еп асора Рог ехапьр1е, йе чап бег ьягаа!в гадсцв оГ йе ехсепс!есС а!от суре СЬас гергеяепся а тесЬу1 8гоцр а611 Ье вцЬзгапСса!!у !аг8ег СЬап йаС оГ йе агогп Суре Гог а сагЬоп аСот ьчЬове яцЬв6СцепСя с)о поС 1пс!цс)е апу Ьус)го8епв. 1п тапу вСцйев, йе оп!у ьь ььь ь ~ь *ью~ ьь 'ььйуьь 'ь ° Ьус)го8еп Ъопс) с)опогв.
ТЬсв а!1оьчв СЬе ебесгз оГ йе Ьус)го8еп Ъопс) 8еотесгу, зцсЬ ав сЬе с)опог-Ьус!го8еп-ассерСог ап8!е, со Ье ргорег!у сгеа сей сап Ье са!сц!аСес! Ггот йе с)епчассчев оГсЬе росеп6а! епег8у Гцпссюп ъчссЬ гевресс со сЬе арргорпасе соогйпасея. 1п йас сопсехс, сс 1в цяеуц! со йя6прпяЬ ЪеСьчееп йе Саггеяап еоогьсспагея апс1 сЬе тяесааКоаг4щцея. ТЬе Гоппег гергеяепс йе роя6опв оГ йе агота т геа! врасе апс! аге поппа!1у рчеп ав а Спр!еС оГ пшпЬегя Гог еасЬ асогп Гх, у, я). ТЬе !аяег сопя!в! оГ пцтЬегя с!евспЫп8 СЬе пю!есц!аг яСгцссцге ш Сеппв сЬас аге цвеГц! Гог са1сц1а6п8 епегрев ог татра!а6п8 йе пю!есц!е ш ьчаув йас щ6!ев апс! зо оп.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
