McCammon, Harvey - Dynamics of Proteins and Nucleic Acids (522918), страница 38
Текст из файла (страница 38)
ТЬе Го1!оьчсп8 1я а ЬпеГ с1еяспрСюп оГ СЬе ссаСа 61ев йаС аге гес!иссечь Гог тес)е!1п8 спо1есц1аг вггцсгцге апсС с)упат!св ьч1СЬ аСоппс гево!ц6оп. ТЬе геадег ьчЬо 1я цвсп8 а рас!са8е оГ рго8гатя вЬоц16 Ье аьчаге йас йе септпо!о8у Гог патсп8 йе 6!ея апсС йе ьчаув ш вЫсЬ йеу аге 8гоцрес! со8ейег е111 с)ерепд оп вЫсЬ раг6сц1аг рас1са8е ся Ъесп8 изей ьь Еьь гад яьь ьь ь ь ььь ь ' ьь то1есц1е.
ТЬе агота аге пцтЪегесС вес!цепс!а!1у, цаца!!у Го11овш8 йе вгапс!агсС пшпЬепп8 ясЬеспе оГ йе 1пСегпа6опа! оп!оп Гог Рцге апс! Аррбес! СЬепцяСгу. (Рог геГегепсев оп йе 1!ХРАС сопчеп6опв, зее йе Гаяггисг!оп Гог Аиг!согя оГ апу оГ сЬе рппсс ра! ЬсосЬепцса! !оцгпа!в.) ТЬсв 6!е сопсаспв йе пате оГ еасЬ асогп апсС, Гог ргосешя апс) пцс1есс асЫз, Ыеп66ев йе гезЫце ш ьчЫсЬ йе аСопс 1я !осасес1. 1с а!яо врес16ев сЬе раг6а1 сЬаг8е, таза апс! йе Суре оГ еасЬ аСогп. ТЬе ссея8пагюп оГ агопс суре гпассез Ь ровяЫе Со ргорег1у гергеяепс СЬе вСегеосЬеппса1 ргорег6ев оГ еасЬ а!от.
1с 1в песеявагу, Гог спзсапсе, со йв6прпяЬ Ьесьчееп сагЬоп асотв «Ай вр' апс1 зр' ЬуЬпйга6опя, во сЬас сагЪоп-сагЪоп яп81е апд ыььь ь ° ь. ььы ь;и.ьып ььь.~ьььь ЬСььяь Бр.,ь,ь ° ° ьь,ььг ~~-~ ~.,ьщьиьььь Е . %псе аЬоцС Ьа1Г СЬе аСотв сп а тасгопю1есц1е аге Ьус)го8епв, апсС япсе йе роз!6опз оГ Ьуссго8епв аге пос с)есегпппед ш сгуяа1!о8гарЫс всцйев, 1с ся сопппоп со гегйсе йе сотрцСа6опа! Ьцгссеп Ъу оппс6п8 сповс ог а11 оГ сЬе Ьус!го8еп асогпв Ггот йеве тос1е!з. ТЬеСсебесСя аге аррггохЬпаСегс Ьу цяп ап 'ехсепс!есС а!от' Гог еасЬ Ьеачу а!от р!цв йе Ьудго8епв Рги8гатя апт1 ргосетсигея 183 т~ кем ~ЫЬСпм Ю а~а Га га ° ып ю а~с ш Ь у~Г чд!! Ье сЬе соогйпасе яесз детептпет| Ьу Х-гау йбгассюп, очег 250 оГ «ЫсЬ аге сиггепт!у ача|!аЫе Ггот йе Вгоо1тЬачеп Ргосеш Рата Вап1с (Вегпвте|п ет а!., 1977; АЬо!а, Вегпвсе|п й Кое!к!е, 1985).
Ойег тпчевд8адопв чд!1 Ье8|п чдй тоде! соогйпатев, висЬ ав йове Гог чапоиз сопГоппадопв оГ пис!ек асЫя йас чтете депчед Ггопт 6Ьег йбгасдоп втийез (Агпотс ет а1., 1976), ог соогйпатев 8епегатед Ьу ойег птодеИп8 всийея. т3 Р ттт витттудт~ я й ~ ~ ~ с Г й~ то!еси1е т сеппв висЬ йас йе соптршег сап са!си1асе ча!иев оГ йе |псегпа! соогйпасев. Рог ехатр1е, а |ВС оГ тчЫсЬ ра|гв оГ атотпв аге соча|епду Ъопдед со опе апойег В песеввагу Гог сЬе десегтп|пас|оп оГ Ъопд 1еп8йз. ТЬе торо!о8у 61е 8|чез йе Сота! пшпЬег оГ Ьопдв апд, Гог еасЬ Ъопд, В.арсе|без йе стчо асотз |п сЬе Ьопд Ьу 8|ч|п8 йе|г Ыепдбсадоп пшпЬегз, е.8. (1, т), апд Ьу врестТу|п8 сЬе суре оГ Ьопд.
ТЬе Ъопд суре ь десеппшед Ъу йе асот сурев Гог асотз 1 апд 1, а1!очдп8 йвсппипадоп Ьетчееп сагЪоп-сагЬоп з|п8|е апд доиЫе Ъопдв, Гог ехатпр!е. 8!пи)аг!у, Ьопд ап81ев аге врестбед Ьу 1|вдп8 Спр!еСв оГ аСоптв (1, У, К), апд 8|ч|п8 йе суре оГ Ьопд ап8!е Гог еасЬ. ТЬе Ьопд ап8!е суре тч|!1, оГ соигве, дерепд оп йе атотп !урез сот йе СЬгее атотв Гопп|п8 СЬе ап8!е.
Тогяопа! готадопв аЬоит йе Ьопд Ьеттчееп а!опта У апд К тч|П Ье Ыепдйед Ъу йе т|иагсес (1, 1, К, Г), апд а Согзюпа! ап8!е суре «д!1 а!зо Ье 8|чеп Гог еасЬ согяоп. Ргет|иепс! у, 'ипргорег согвюпв' аге а1во 1Всед. ТЬеве аге ивед, Сот ехатпр! е, ч Ьегечег опе Ьаз сесгаЬедга! 8еотесгу аЬоис агота тчЬеге а виЬвйиепс асот Ьав Ьееп тпсогрогасед тпсо сЬе сепсга! ехсепдет| а!от, Ьесаияе тс В песеззагу со ргечепс ассЫепса! сЫга! Ычегяопв ас сЬеяе сепсегз. |тпргорег согзюпз тпау а!во Ье изед со та|пса|и сор1апапсу оГ 8гоирв оГ агота Ь(оппа!!у, сЬе росепда! Гипсдоп Гог ппргорег согзюпв В с!иадгадс, апд а 1аг8е Гогсе сопзсапс Ы изед.
1Г асот 1 ж йе сепсга! асопт апд Вз сесгаЬедга! зиЬвдсиепсз аге асотпв 2, 3, 4, апд а Ьудго8еп а!опт йас доев пот арреаг ехр!те|С!у, йе ипргорег согяоп ап8|е 1-2-3-4 чд!1 Ье аЬоис + 35.3', тч|сЬ сЬе сЬо|се оГ з|8п дерепйп8 оп сЬе Ьапдедпевв оГ сЬе сЫга! сепсег. ТЬе Гоге ' от опепСв оГСЬе Соро1о8у 61е аге еввепда!1у иптпитаЪ|е, Ьесаиве поппа1! у сЬе таЫп8 ог ЬгеаЫп8 оГ соча!епс Ьопдв |в ГогЬтддеп дипп8 е п во япт юпз еясп т йВ'СтосПС:ТйаИтттоп гойе Гоге8ош8 сори!о8|са! е!етпепсв, псов! а18опйтпв а!1очт йе дебтсюп оГ ехрйсИ Ьудго8еп Ьопдя Ьу врестГуш8 допог-ассертог ратгв, (1,.1). ТЬе суре оГ еасЬ Ьудго8еп Ьопд тиас а1во Ье врес|6ед, япсе д|СГегепс Ыпдв оГ Ьудго8еп Ъопдя тч|!! 8епега1!у Ьаче д|ГГегепс епег8едс апд 8еоптеспс ! 84 Аррелг!!х 2 сЬагасгепв6св.
1п зоше савев, а 6хед 6вг оГ Ьудго8еи Ьопг)в ил1! Ье ивед йгои8Ьоиг а випи!а1юп (а сопипоп ехашр!е ччои16 Ье йе %а!вол-Спас Ьуйго8еп Ьопдв Гог Ьаве ра)ппц 1и пис!е1с асЫв). 1п огЬег савев, 1Ье Ьудго8еп Ъопдв аге а1!оччед го Гопп апд Ьгеа1с вропзапеоив!у, ш и ЫсЬ сазе а ргоч)яоп 1в шаде го репосбса1!у ехаиипе йе пю!еси!аг соп68ига1юп Го вес вЫсЬ рогеп6а! г$опог-ассерзог ра)гв ва6вГу арргорпаге сп[епа 1ог Ьудгоцеп Ьопсби8, ТЫв 1в а в!апра«о ргоседиге 1и япш!а6опв 1Ьа1 !пс!иде юа1ег. ТЬе еле«8у ра«а«лесе«6!е соп1а!пз 1Ье рагаше1егв аввос!а1ед «лй еасЬ оГ 1Ье 1еппв 1п 1Ье рогеп6а! Гипсзюп.
ЕасЬ Ьопс$, Гог ехашр!е, 1в сЬагасгепгед Ъу а Гогсе сопвгапг Гсь апд ап Ыеа!!еп81Ь Ь,. %Ьеп 1Ье Ьопд Ьав а 1еи81Ь Ь, 1Ье епег8у 1в Еь = (Ь Ьо) ТЬе ча!иез оГ )с апд Ь, персид оп 1Ье 1уре оГ Ьопд, во 1Ыв 6!е сои!а)ив, Гог еасЬ Ьопд 1уре, йе ча1иез оГ йеве рагаше1егв. Биш!аг!у, 1Ье рагашезегв Гог 1Ье чапоив !урез оГ Ъопд ап8!ев, 1огзюпв, апд Ьудго8еп Ьопдв шив1 Ье 81чеп.
Рог йе попЬопдес) шгегас6опв, арргорпа1е чап бег "ьЧаа!в рагашегегв (А апд С 1и ег)иаг)оп 4.1) аге а1во песезвагу, во 1Ыв 6!е чч6! сопгаш ГЬе ча1ие оГ 1Ьозе рагашегегв Гог а11 рагв оГ а!ого 1урев. ТЬе лолЬолсс~с!ра!«!!зг 1в еввеп6а! Гог йе са1си!агюп оГйе попЪопоео епег8у. ТЫв 6в1 1в 8епегагед Ьавед оп а ги1е Гог лолЬолг!еа! ехс!из!олз р1ив а сигоЯ" г!!згалсе спгепоп. Хоппа!1у, йе шгегас6опв Ьепчееп ра)гв оГ агошв айаг аге соча1еп1!у Ьопоес 1о опе апойег (1-2 ш1егас6опз) ог 1Ьаг аге верагазед Ьу оп! у гччо соча! еп1 Ьопдв 11-3 1и1егас6опз) аге сопв)г)егер 1о Ье риге!у соча!епГ 1и сЬагасСег, во 1-2 апд 1 — 3 попЬопс$ед шеегас6опв (чаи бег %аа1в апд е!есгговза6с )пзегасгюпз) аге ехс!щ$ед Ггош 1Ье са1си!азюп оГ йе пю1еси1аг розеп6а! епег8у. Сопвес)сепг!у, сйппц йе 8епега6оп оГ 1Ье горо!о8у 61е, а!1вГ оГ йеве попЪопдед ехс1ияопв 1в 8епега1ед.
Ойег попЬоидег) ехс!ияоп ги!ев аге сопипои. Рог ехашр!е, йе попЬопг$ег$ шгегас6опв Ьеичееи Пчо агошв юЫсЬ аге Ьой рагг оГ ап агогиа6с ппц вувгегп (!пс!ийп8 а1ошв Ьопоей гбгес11у го ГЬе ппц) аге поппа!1 у пег са!си1агед. ТЬе 1оса! пшпЬег оГ 1еппв ш 1Ье росеп6а! епе«8у Гиис6оп 1в дош)иа1ед Ъу 1Ье пшиЬег оГ попЬопией ш1егас6опз, во ап епоппоив гедис11ои ш сошригег 11ше сап Ье ойа)пес! Ъу щпоппц поиЪопдед шСегас11опв Гог ра!гз оГ а1ошв 1Ьа1 аге верагазед Ьу а сбвгапсе дгеа1ег 1Ьап зоше геавопаЫе сиги!Г сбвгапсе. Рог а шо1еси1е илй 1000 азошв, Гог ехагир!е, йеге ил!1 Ье оп 1Ье о«бег оГ 1000 Ьопс)в, 1000 Ьопг) аи8!ев, апд 1000 гога!сиз, ЬЫ йеге аге аЪоиз 500000 ра)гв оГ азошв.
ТЬе сошЪ|иагюп оГ Рго8гать апг( ргосеиигеи попЬопдед ехс!ияопв апд а си1о6' гадтв оГ 0.5-1.0 пт идП гедисе йе пшпЬег оГ попЬопдед ра)гв Ьу аЬоц1 ап огдег оГ та8пдиде. ТЫв сЬо)се оГ сшо6 Гбвзапсе тау Ье арргорпаее, Ъесаизе йе е1есггоз1адс епег8у чапез в!огч!у идй сбвгапсе Ьеуопд йаг гад(ив, апд Ьесаые йе чап дег 'ччаа!в 1псегас1юп гв чегу япа11 Ьеуопд йа! Гдзгапсе (сГ. вес!юп 4.2). 8!псе йе ш1егагот(с Гбв1апсев ид!1 сЬап8е ав 1Ье сИГегепс раг1з оГ йе гпо1еси!е точе ге!адче 1о опе апо1Ьег, й(з 6вг тцв! Ье црдагед репод(са11у. А2.2 Ехатр1ез пю1ееи1аг дуиат!ев в1пцдабоп оГ рЬепу!а1ап!пе %ХА 1п й|в вес1юп чче ид!1 дезспЬе 1Ье ге агагюп оГ дага 61ев апд йе (тдадоп ргоседиге Гог саггу)п8 оц1 а пю!еси1аг дупаписв вппц1адоп оп а гпасгопю1еси!е, ив(п8 1КЫАг"' ав ап ехагпр!е.
Весаиве оГ врасе 6т11а11опв, апд Ьесаиве 6 1в сопсергв гайег йап врес16с рагате1ег ча!иев йа! це аге ггу)п8 1о сопчеу, чче ъч(1! по! гереа! йе ргезепга1юп оГ ехгепз!че 1аЫев оГ йе рагате1егв оГ 1Ье юпи1абоп. чЧе гч(11, 1пвзеад, Ыге оп1у а Геи сур(са1 ча)иев, геГегпп8 гЬе шгегевгед геадег !о йе гаЫев 1п 1Ье аррепдбх оГ 1Ье оп81па! те!Ьодв рарег (Тип8 ег а!., 1984) Гог де1а11в. ч(ге Ье81п Ьу сопядепп8 йе тГоппа1юп 1п йе а!от да!а 6!е. ТЬеге цеге й(г1ееп Гдвдпсг а!от !урез ыед ш 1Ье в(тц!аг)оп, шс!идбп8 рЬозрЬогив, 1Ьгее 866егеп1 !урез оГоху8еп агота (вр' оху8еп Гог сагЪопу! апд попев!ег рЬоврЬа1е оху8епв; зр' оху8еп ав 1п С-О-С апд Р-О-С в1гис1игев; апд ап ех!епдед оху8еп агогп Гог Ьудгоху! 8гоирв), Гоиг д)ГГегеп! !урез оГ п(гго8епв, апд бче !урез оГ сагЬопв. ТаЫе г оГ Тип8 ег а!.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
