McCammon, Harvey - Dynamics of Proteins and Nucleic Acids (522918), страница 33
Текст из файла (страница 33)
Рог гЬе нида! епггу ог" то!еси1аг оху8еп шго ргоге)пв висЬ ав туо8!оЬ!п ог Ьепю81оЬ)п, ге!адче1у згпа!1 гИзгогдопв ог" гЬе ргоге)п тапдх тау Ье вайс!епг го ореп йе песезвагу рагЬчгау (Егаиеп- |ватаге а(' то!ееи1аг аяяоетаттоп 155 ) ттв тт ЯРа(™) ар а ~ ар~ ат а.(, а.) (8. 2) а и|1 а гейесдп8 сча11 Ъоипссагу спид!с!оп ас г = тс. Неге, р(г,т) !в СЬе депвссу оГ 118апдв ас а гВзсапсе г Гготп йе гесерсог ас сиие т, Ю !в СЬе ге!асйе дсстиясоп сопвсапс о( 118апд апд гесерсог, lс, !в йе врес!Йс гасе сопвсапс 1и СЬе 8асе-ореп (геасдче) ясасе, Я |в СЬе И8апд — гесерсог сои|асс д!зсапсе, апд Ь(т) !я а сЬагассепвдс 8абп8 (ипсс!оп сЬас Виссиасев Ьесъчееп ча1иев оГ О (8асе с!овед) апд 1 (8асе орви).
ТЬе ачега8е Ъ|пеВп8 гасе йас твои!д Ье оЪзепед |п а сопчепсюпа1 ехрегииепс !з сЬагассепгед Ъу сЬе Ьиио!еси!аг гасе сопзсапс Сг = Г4д71 ц, цд р., т) у (8.3) тчЬеге СЬе Ъгасстесв! пгВсасе а йие ачега8е. ТЬе есуессв о1 8аВп8 оп 1т аге Ге!дег ет а1., 1979; Саве дс Катр!ив, 1979; Саве Ь МсСапииоп, 1986). А пшпЬег о( епгушев Ьаче шоЪ|1е заг(асс 1оорз йас пшвс адорс сегсап сопГоппатюпз Со а1!осч 1!8апд еп|гу апд СЬеп о|Ьег сопГоппадопв Со зесцге сЬе 1|8апд ш р1асе.
Ехашр!ев !пс!цде йе 'Вар' ге81опз ас йе арче я!сев оГ репк11!орерв|п (Юашев ас 81е!ес!|1, 1983) ап|1 споверЬоврЬасе ьошегаяе (Ваппег ет а1., 1975) апд йе ассп асог Ъ|псВп8!оорв ш сгур|дп (Воде, 1979; ВеппеСС й НиЬег, 1984). 1п уе| ойег саяез, Ып8е ЬепгВп8 шосюпз Спчо!чсп8 сЬе ге!адче дсвр!асетпепс оу 1аг8е 81оЬи1аг ге8!опз аге тес(и!гед со ореп Ь~птВп8 я!сев (МсСаиипоп ет а1., 1976; Апдегвоп, е,ис)сег й Бсессг, 1979; Хеччсошег ет а!., 1981; Ваши ос %года!с, !983; Веппеш ес НиЬег, 1984). 1п а!1 оГ сЬе ехашр1ев шепдопед аЪоче, сЬе гесерсог Виссиасев аиюп8 и чапеСу о(сопГоппатюпв, оп1у воп|е о( вЫсЬ а!1очч 118апд Ь!ад! п8. ТЬив, йе гесерсог асса ав а Ыпд оГ 8асе СЬас ге8и!асев ассевз со йе Ь|пгВп8 яссе. 1п СЬе саяе оГ епхутпез, зисЬ 8абп8 |з ойеп а песеззагу сопзетсиепсе оГ йе Гипсс!опа! дея8п оГ йе тпо!еси1е. ТЬе епхутпе ишвс Ье аЫе со ореп йе Ьспдсп8 |Все еав!!у со а!!отч виЪзсгасе епсгу апд ргодисс ге!еаяе, апд уе| Ье айе Сешрогап!у Со Стар СЬе виЬв|га|е апд Ьпп8 СЬе песеввагу сага!удс 8гоирз шсо сЬе соггесс ро|дсюпя агоипд !с.
Рог о|Ьег гесерсогв, 8асш8 |пау Ье а сопзес!цепсе оГ йе пеед со гВясппш|асе Ьес|чееп дсйегепс 118апдв ог со асдчасе сЬе гесерсог Гог а зиЬвес!иепс Гцпсс!опа! втер. ТЬе Ыпес|с есуессз о1 8асе Вис|иадопз сап Ье езсииасед Ьу сопвЫепп8 йе рагда!1у дсйвюп сопсгоПед геасдоп оГ рагдс1ев ччЬове !псппгдс геасйдСу С)истиатез тч1СЬ Сипе (МсСапииоп ас Хогйгир, 1981; Хогйп|р, е.атпп й МсСапипоп, 19826; БгаЪо, БЬопр, ХогсЬгир дс МсСапииоп, ! 982).
1п йе виир1езс сгеасшепс, сЬе геасс|оп |в деяспЬе|1 Ьу сЬе дсйыюп ессиасюп чч!СЬ а 8асед вси!с сепп Кесеп1 дече1оргпепгв апс1 ГШпге Йгесйопз 9.1 1пзгобисВ оп Мозг оГ йе погас йезспЬей !п |Ье ргесейп0 сЬаргегв Ьаз г!еа!с зч!1Ь гЬе г!ече!ортеп! оГ йеогеВса1 тегЬвЬ Гог з1иг!у!па гЬе йупат!сз оГ ргогешв апй пис1ек асЫв ог илгЬ гЬе арр1|сагюп оГ гЬезе тегЬог|в го сЬагасгег|ке |Ье аепега! ргорегг|ев оГ висЬ пю!еси|ез. А питЬег оГ гевеагсЬ агоирз Ьаче а1во згаггед го арр1у гЬеогеВса1 тегЬойв го зЬочч Ьов г!упаписв аге шчо!чег! 1п |Ье ГипсВоп оГ зрес|йс Ью!оа|са! пю!еси1ев.
1п йе сот|па уеагв, йеогеВса1 тегЬог!в чч!11 аззшпе тсгеав|па |трог1- апсе ав гоо!в Гог апвиеппа ргасгка! г!иезг|опв |п Ъ|осЬепивггу апг! рЬаппасо!оау. ТЬезе гоо!в чл!1 Ье изей ш йе вувгетаВс |пгегргегаВоп оГ ехрег|тепга! дага апг! ш йе ргег!!сг|оп оГ ргорегВез оГ пю1еси1ев рпог го |Ье вупйеяв ог ехрегппепга! з1иг!у оГ зисЬ пю!еси!ев. ТЬеогеВса! тегЬодв ил!1 а!зо сопВпие го Ье изег! го апвгчег пюге Гипйатепса| ииевг!опз сопсегп!па гЬе йупат|с па!иге оГ йеве то!еси!ез. ТЬ!з сЬаргег г!езсг|Ьев воте оГ гЬе мог)с гЬаг |в ипг!егиау а!опц |Ьезе Ипев, апг! во1пе оГ йе г!1гесг!опв !п вЫсЬ гЫз ~чогЬ |з 11Ье1у го!еаза.
ТЬе вггепайв оГ йе тегЬог!з дезспЬег! !п гЫв ЪооЬ аге а сопзег!иепсе оГ 1Ье Гас| гЬаг |Ье пюг!е1в аге во йега!!ей — ечегу азот сап Ье ггеагег|, апд |Ье розена! ГипсВопз сап гергезепс а1! Гоппв оГ !пгегасот|с !пгегасг!опв. Ас йе кате 1!те, Ь 1в |Ыв чегу г!еса1!ег! гергезепгагюп гЬас ргойисев йе тозг вспоив!|ппгагюпв оп гЬе тегЬосЬ. Ву гойау'в згапдагг!в, а !00 рв то!еси|аг Йупаппсв з|ти1аг!оп оГ а тасгото!еси!е чч!1Ь а пю!еси1аг ве|аЬ| оГ 30000 !п во!иВоп |з сотригаВопаПу чету ехрепвйе. Аз а сопзег|иепсе, |троггапг Ъю1оа|са! ргоЫегпв 1пчо!ч!па !агре то1еси!ев апг! тоВопв оп Вте зса!ез 1оп||ег йап 1 пв саппоГ уез Ье еав|1у ггеазег|, 'чче аге, Ьочгечег, орзпп!в11с йа| аг!чапсев 1п йеогу апг| ппргочег! со|пригабопа| гоо!з, Ьой ЬаггЬчаге апд воГгччаге, ил!1 гепйег гпапу оГ йеве ргоЪ|егпз ггасгаЫе йиг|па |Ье пехг Гечч уеагз.
|57 158 Яееет гсеое!ортепя апг73игиге йгесг!оаз 1п сЬе Гойоюшй зесйоп, чче оисйпе а Гечг оГ йе тесЬодо1о81са! дече!ортепсв йаС айИ гпа1се йеогейса! яигйев оГ ргосеспв апс1 пис!есс ассдв еаяег, пюге ассигасе, апд тоге ровегГи1. !п сЬе виЪвессиепс зессюпз, сче сопзЫег Ьочч сЬеогейса! соо1з сап Ье аррйед со гейпе ехрегипепса! геви!сз ог ига!се ргегйссюпз сопсепипй Ьюпю1еси!аг вспсссиге апд Гипсйоп. !п йе йпа! вессюп, сче гпепсюп а Гечг оисвсапдспй ргоЫетпв си йе сЬеогейса1 всиду оГ Ьюто1еси!аг дупаписв.
9.2 Согирийпй тейодв ТЬеге аге Ъавссайу счго арргоасЬев со ехсепсйп8 йе сипе вса!ез апс1 сЬе в!ге оГгпасгопсо!еси!аг зувсегпв йас сап Ье тоде!ед оп а дсйсса! сотрисег. Рсгзс, сЬеге сопйпие со Ье всеаду спсгеавев си сЬе вреед апд тетогу оГ сотртегв апд соггезропдсп8 десгеавез си сЬе совс оГ регГоппсий а 81чеи са!си1асюп, ТЬеве ипргочетепсз ш сотршег ЬапЬчаге аге Ьпейу сопвсдегед си весйоп 9.2.1.
Бесопд, зресса! сесЬшс)иев сап Ье изед со ехсепд зоте оГ сЬе тейодв ссезспЬед си сЫз Ъоосс. Рог ехапср1е, гпо!еси1аг ссупаиисз ГчгЫсЬ поппайу сочегв ргосевзев СЬас оссиг оп сЬе виЪпапозесопд сапе зса!е) сап Ье ехсепдед со ехапипе в!очг ог гаге ргосевзез чгЬове сЬагасгепвйс йпез тау Ье паповесопдз, писговесопдв, ог ечеп! опйег. Бессюп 9.2.2 сопсапв а ЬпеГ ясгчеу оГгесепс дече1оргпепсв ш гпейодо!оду. 9.2.! Утргооететв и еотригег Ьаггйеаге Сопйпшп8 дече1ортепсз си сотрисег агсЫсессиге аге ппргогдп8 оиг сараЬсИсу со пюде! Ъсопю1еси!аг вузсетз си вечега! чгауз.
Рсгзс, зирепшшсотрисегз висЬ аз сЬе РЕС ЧАХ 11/780 чдсЬ сЬе вреед апсс тетогу песеввагу со регГопп дупатсса! зсиш!айопв оГ тодегасе!у!агйе вувсетв Ьаче Ьесоте виСИссепс!у айогдаЫе со Ье асссшгед Ъу спдсчсдиа1 гевеагсЬ Бгоирв. Бесопд, ассасЬед ргосеввогв висЬ аз сЬе РРБ 364 СЬас аге деяйиед со ретГопп апсЬтейс орегасюиз ас гасев яцшйсапйу йгеасег сЬап сЬе зирепишкотрисегз Ьаче Ьесоте ачас!аЫе ас созга япй1аг со сЬе 1апег. ТЫгд, еГГогсв аге ипдегсчау со дече1ор врессайхед ргосеззогз девс8пед врессйсайу со са!си!асс попЬопдед спсегасйопз ог со до йй! тасгото1еси1аг япш!асюпв (НИЬогвс ег а!., 1984; Ваггу еС СгосчсЬег, 1985; Вегепдвеп, 1985с; !.ечспсЬа1, Гйпе й Рстт!ег, 1985; Озс!иид дс %Ьссевсде, 1985).
ТЬе росепйайу 1осч созс оГ аИ оГ сЬеве гпасЫпез теапв йас сЬеу сои!д Ье дедссасед со рагйси!аг ргоЫетв Гог ясЪвсапйа1 реподв оГ сипе. Ечеп 8геасег ассепсюп Ьав Госизесс оп сЬе шсгеазшй росчег апсс ачайаЪс!йу оГ вирегсотрисегз. ТЬезе псасЬспев сап Ье дейпед вппр!у ав сЬе псовс роччегри1 сопсрисегз ачы1аЫе аС а 81чеп сапе. ТЬе ЬщЬ созс оГ сЬеве тасЫпез гессшгев сЬас сЬеу Ье вЬагед аспоп8 а 1агйе пшиЬет оГивегв, Сотригша тегаодг 159 Ьиг гЬе чегу 8геаг зреедз апд 1аг8е тетог)ев оГ $Ьеве сотригегв тау тоге йап сотрепва(е Гог $Ье 1пшГадопв оп асеева.
С!еаг!у, йе дече!ортепгв в)сегсЬед аЬоче ргоч)де а зресггит оГ орроггишгу. Аг опе еш1 оГгЬ(в зрес$гит, опе сап регГоггп а 1аг8ег птпЬег оГ япш!адопв оГ а 8$чеп сотр!ех)гу $п а 8$чеп атоипс оГ геа! $$те. Аг йе осЛег епд, опе сап вппи1аге пшсЬ гпоге сотр!$сасед вувгетз йап опе сои!д )ив! а Гей уеагв а8о.
Опе гехи!г $в гЬаг гЬе тоде! зувгетв ивед $п з(ти!аг(оп згид)ев аге Ьесопип8 пюге дега!!ед апд геа!$вг(с. Рог ехатр!е, то!еси1аг дупапмсв япш!адопз оГ ргоге(пз апд пис!ек асЫз чг$(Ь ехр1$аг Ьудго8еп агота т ехрйаг во!чепг виггоипгПп8з аге гер!асш8 йе ргеч)оив з(пш!аг(опз т вЫсЬ гЬе Ьудго8еп агота апд во!чепг ччеге ггеагед ппр1кП! у. А!йои8Ь висЬ согпрадвопв гарЫ1у Ьесогпе оЬво!еге, $$ тау Ье ивера! го ргочдде ездтагез оГ гЬе йпев гег(тгед го саггу оиг а дупаписа! япш!адоп оп зечега1 д$$Гегепг тасЫпев. ТЬе геГегепсе зузгет $в $Ье епгуте !гура(п, р!из гЬе япаП $пЫЬ)гог Ьепхат(д(пе, р!ив епои8Ь йагег то1еси1ев (4785) со арргох(тасе аг)иеоив во!идоп сопд)г(опз; аП Ьудго8еп агота гЬаг сап рагг(с(рагс $п Ьудго8еп Ьопдв аге ехр!$с(г)у гергезепгед (Чч'оп8 ег МсСапипоп, 1986).
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
