McCammon, Harvey - Dynamics of Proteins and Nucleic Acids (522918), страница 30
Текст из файла (страница 30)
А й|гд арргоасЬ, ~чЫсЬ Ьав поС Ьееп аррПед |о да|е, |чоц!д Ье |о са!сц1а!е йе ро|епда! оГ шеап !огсе пюге |48огоцв1у цяп8 йе шпЪгеПа зашрПп8 шейод (вес!!оп 4.8). То до 1Ыв ччоц!д ге|!шге йе зе1ес|юп оГ а зе! оГ гергезеп|а||че |шда! в|гис|игев а! ге8ц1аг |п|егча!в а!оп8 йе деГогшагюп ра0пчау; йеве соц!д Ье 8епега~ед Ьу йе агПаЪаПс шаррш8 шейод, Ьу |Ье шейод оГ Гогсед деГоггпаг!оп |ч!|Ь аппеаПп8 Ьу пю!есц! аг дупапцсв, ог Ьу сЬоовш8 йе !шда! соп68цгадоп Гог а 8!чеп шпЬгеПа япш!а|юп Ггош а ргечюцв япш!а1юп !Ьа! ехр1огед ап ад)асепг вес|юп оГ йе деГоггиагюп райччау. Рог!аг8е ашрПйде шо|юпв |чЬеге опе !в по| аЫе |о вресду йе рай !п адчапсе, !| шау Ье цвеГц! |о арр)у Вгоччп!ап дупаписв япш!а|юп |пейодв Гвес|юп 4.10).
ТЫв !в йе д!Пцв!опа! апа!о8це оГ п|о!есц!аг дупапцсв, саг|дед оц| Ьу йе пшпепса1 !п|е8га!юп оГ йе Ьап8еч!и е|!ца|юп. ТЬе ро!епда1 !шюдоп Ь випрПВед Ьу ачега8!п8 очег йе гарЫ шоПопв ш йе п|о!есц1е апд очег гПвр!асе|пеп|в оГ во1чеп| пю1есц!ез апд ойег 8гоцрв ччЬове де|аПед пюдопв аге по| оГ !пгегези ТЬе де8геев оГ Ггеедош йа| аге еПпипа|ед Ьу |Ыз ачега8!п8 ргосевв аге !пс1цдед ш а |Ьеггпа! Ьай |Ьа| соп|а!пв Ъой Г|дс|юпа! апд гапдош Гогсев. Рог ех|епв!че, ас|гча|ед ргосевзев |чЬеге йе пю|юп шчо!чев Ьагпег сговвш8, зрес!а! шейодв апа!о8оив |о йове цвед Гог шегда! зув|ешв аге цвеГц! (Ь!ог|Ьгцр ег МсСапппоп, 1980Ь).
7.2 Вези!гв Гог ргоге1пз Рго|еш п|о!есц1ев ехЬ!Ь!! а чапе!у оГ!аг8е вса!е п|обопв. Мо|юпв йа| сап Ье девспЬед ав соПесдче Пцс|ца|юпв чд|Ып а вш8!е 8!оЪц!аг дошаш Ьаче а!геаду Ьееп гПзсиввед !п весдоп 5,2.2. Рог йе япаП ргосеш ВРТ1, вцсЬ ~по|юпв !пчо1че овсП!а1юпз цд|Ь Гге9 цепс!ев ав !о|ч ав 0.1 рв ' апд 1гапя|юпв ашоп8 япи1аг з|гис|шев йа| Ьаче Пре|цпев ав 1оп8 ав 40 рв апд ргоЬаЫу пшсЬ!оп8ег.
1пд!ч!дца! а|оп|в |пау Ье д!вр!асад Ьу 0.2 ог 0.3 пп| ш зцсЬ гпо|юпв, Ьц| йе ге!аПче д!вр!асешеп!з оГ пеагЪу а|ошв аге цвцаПу з!8п!Псапс!у япаПег. 1п йе ге|пашдег оГ |Ыз весдоп, чче цдП сопвЫег |ччо ойег !урез оГ !аг8е вса1е п|одоп, паше!у Ып8е Ьеп|Пп8 пюдопз апд яп81е з1гапд пю|юпз. ТЬеве |урез оГ шодоп сап ргодцсе гайег 1аг8е ге!арче ГПвр1асеп|еп|в оГ а|ошв адй|п а рго|еш апд аге Ычойед ш Йе Ь|о!о8!са! асдч||у оГ а !аг8е пшпЬег оГ рго|ешв. Мапу епгу|пез апд П8апд Ь!пд!п8 рго1е!пв Ьаче ||чо ог п|оге 8!оЬц!аг 140 6!о6а! зтгистига! сЬап8ез доша!пз соппесгет! Ъу те)аи!че(у ЙехтЫе зггапдз оГ ро1урерйде (Рг!1вуп, 1978; К!сЬагт)воп, 1981; Лап(п ет %ода!с, 1983; Веппеи й НиЬег, 1984; ЗоЬпвоп, 1984; Рева(то ет К!п8е, 1984). ТЬе Ыптйп8 в(гев Гог зиЪввгаге ог 1!8апй аге вур(са!!у!оса!ей (п а с!еВ Ьегтчееп втчо висЬ доша!пв, во йа! йе те)айче шо!юп оГ йе доша!пв !в!Йсе!у го р!ау ап ппроггапг го!е тп Ь(пгйп8 апд виЬвет)иепв асг(ч!Гу.
Япш!аг Ып8е Ьепт!1п8 пюгюпв аге !шрогвапг ш йе ГипсГюп оГ апйЪоГЙев апй ш шуов)п, а пшзс1е ргоге!и. ТЬе Йгв! ргоге(п Гог ччЫсЬ а дупаписа1 апа!увгз оГ Ып8е ЬепГЙп8 пюйопв ччаз а!Гетпргет! 1в !увогуше, а япа!1 епхуше»л!Ь гччо 8!оЬи!аг дошыпв верагавед Ьу ап асйче зЬе с!ей (МсСапипоп ег а!., 1976). Ап арргохппаге ро!епйа1 Гог йе Ь!п8е ЬепГЙп8» аз са!си!а!ей Ьу ап аГЙаЪайс шаррш8 ргосет!иге, А ЬепгВп8 ах!в тчав Йгвг (т(епг(Йед Ьу ехаш!пагюп оГ 1Ье сгувга! в!гас!иге оГ ГЬе ргове(п. Опе!оЬе оГйе ргове!и ччаз йеп П810! у го1а1ет! йгои8Ь чаПоив ап8!ев аЬоиГ 1Ь!з ах!в. АЙег еасЬ гогавюп, йе оигег раггв оГ йе гччо 1оЬев ччеге Ье!д Йхед апд йе геша!пйег оГ йе ргоге)п ччав ге!ахи Ьу иве оГ ап епег8у пиппшкайоп ргоседиге.
ТЫв ге!ахайоп ргосевв ге1!ечед !оса1 вггашв (е.8., с!ове сопвасвв ЬеГтчееп попЬопт)е0 а!ошв апй Ьопй ап81е т!еГогшаг!опз). Весаиве гЬе сЬагас!ег1вйс 1!ше вса!е Гог йеве!оса! шойопв (1евв йап 0.1 рв) 1в тписЬ вЬоггег гЬап йе гипе вса1е Гог йе Ып8е ЬепГЙп8 шот!оп Йве)Г(8геагег йап 10 рв, зее Ье!очч), ГЬе тези!гш8 аГЙаЬайс ровепйа1 зЬои!д Ье а геавопаЫе арргохппайоп Го йе е(Тес!!че рогепйа! 1ог йе Ып8е Ьепйп8.
ТЬе ейесйче роГепйа! тз арргохипаСе!у т(иадгайс ш вЬаре. Ап апа!ув(в оГ йе са!си!а!ест втгевв — зггаш газ!о ш геппв оГ йе еииагюпв Гог йе деГоппагюп оГ а !Ыс(т, 1!пеаг Ьеаш вЬотчв йаг 1Ье Уоип8'в шойи11 аге оГ йе огдег оГ 10 и Йуп сш ', ш !Ье гап8е ехрес!ет! Гог ргогешв (Кагр1из ет МсСапмпоп, 198!а), апд айаг Ьепйп8 дош(пагез вЬеаг Ъу аЪоиг ап огт!ег оГ ша8п)гийе !и Йе1епи(п(п8 йе з!1Йпевв оГ !Ье рготе!и. ТЬе са!си!а!ей Гогсе сопв!ап! ы висЬ !Ьаг гур(са! Йисвиайопв оГ йе Ып8е ап8!е оГ йе огдег оГ 3' аге ехресгед а! гоотп 1ешрегагиге; 1Ье соггезропГЙп8 сЬап8ев (п ъчЫй оГ йе орешп8 оГ1Ье с!ей аге оГ!Ье опадет оГ0.1 шп. Яи!Ге гесеп11у, пеаг!у Ыепйса! Гогсе сопзгапгз Ьаче Ьееп оЬгашет( Ьу шеапв оГ поппа! шоде са!си!а!!опв (Вгоо(тв ет Кагр1ив, 1985) апЙ Ьу ипргочет) агйаЬайс шаррш8 са(си1айопв (Вгиссо1еп', Катр!ив й МсСапипоп, 1986).
ТЬе 1агвег са!си!айопв а!во !пйсаге йаЬ ироп Ь!пгйп8 оГ гЬе шЫЬВог гг1-Х-асс!у!-8!исоваш(пе, йе Ып8е с!овез Ьу 10' апд йе Гогсе сопввапв !псгеавев Ъу а Гас!от оГ Гтчо. Весаиве йе Ь!п8е Ьепйп8 пюйоп оГ 1увохуше шчо1чез а виЬвгапйа1 шочешепг оГ йе рго1е(п вигГасе, Й 1в еввепйа! 1о сопв(Йег йе во!чеп! ш а ЙевсПрйоп оГ йе Ь!п8е Ьепйш8 дупаш(св (МсСапппоп ег а!., 1976; МсСапипоп ет 'чч'о1упез, 1977).
ТЫз ччав допе»лтЫп тЬе Ггашеччог1с оГ 1Ье Ьаппоп)с овс(!!а!от 1.ап8еч1п ег(иа!1оп Ьу са!си!айп8 тЬе ейесйче 142 б!оЬа! в|гас|ига! с)|аа8ев аге 1евв |че11 дейпед йап йе Ып8е ЬепгИп8 шо|юпв девспЬед аЬоче. Опе ехашр!е ы йе |гапяеп| ипГо!гИп8 оГ а ге81оп оГ ро!урер|Ые сЬаш а| |Ье рго|е|п вигГасе, БисЬ!оса! депа|ига|юпв шау а!1о|ч сошр!е|е го|айопв оГ йе ЬасЬЬопе гИЬедга! ап8!ев 1п йе гИвр!асед ро!урер|Ые в|гапд. Арргохипа|е япш!а|юпв оГ висЬ гпо|юпв аге ровяЫе ивш8 йе Вгоччп)ап дупаписв ше|Ьод (зесйоп 4.10). ТЬе Вго|чшап дупаписз апа1уяв оГ!аг8е вса!е шо|юпв сап Ье 1Иив|га|ед Ьу в|игИев оГ |Ье 8го|ч|Ь оГ а1рЬа ЬеИсев |и аг)иеоиз во!ийоп (МсСапппоп, !ч!ог|Ьгир, Кагр!ив ег Вечу, 1980; Реаг е| а1., 1981).
ТЬеве са!си!айопв шаде иве оГ а вппрИЙед в|гис|ига! п|оде! Гог |Ье ро!урер|Ые сЬа)п. ЕасЬ гевЫие ш |Ье сЬа(п |чав гергевеп|ед Ьу а яп81е 1п|егасдоп в!Ге, апд йе я|ез |чеге ИпЬед Ьу иг|иа! Ьопдв (Р1огу, 1969). А ве| оГ епег8у рагаше|егв Гог |Ье вппрИЙед шоде1 |чав дече1оред Ьу гесо8п(г)п8 йа|!оса1 шойопв висЬ ав ядесЬа!п го|адопв аге Гаяег йап 1аг8е зса!е сЬап8ез ш |Ье сЬа|п сопГоппайоп (Г.еч(11, 1976; МсСапипоп е| а1., 1980). ТЬ|в верагайоп оГ Йше вса1ев |чав ехр!оИед |о сопв|гис| ап арргохипаге ро|епйа! оГ п|еап Гогсе Гог йе Ыг|иа! Ьопд го|а|юпв. ТЬе рогепйз|)~оГ шеап Гогсе шс!идев йе ачега8е ейес|в оГ йе !оса! шо|юпв апд во1чеп )п|егасйопв.
ТЬе !аг8е вса!е шойопв йе ро!урер|Ые сЬа)п аге виЬ)ес| |о 1аг8е Гпсдопа! Гогсез дие |о йе Ь~8Ь 'всоя|у оГ |Ье зо!чеп|. 1пег|1а1 ейес|в аге пе8И81Ь!е, во йа| |Ье Вго|чп)а дупаписз ыпш!адоп арргоасЬ В арргорпа|е (МсСапипоп е| а!., 1980 . То в|иду йе дупаписв оГ ЬеИх-соИ !гааз)1(опв ш ро!учаИпе, а зепев оГ ' и!айопз |чав ргодисед, еасЬ в|агйп8 а| |Ье а11-ЬеИх сопй8игайоп. ТЬе 'Йияопа! |пойоп оГ геядиез ош оГ апд ЬасЬ |п|о йе ЛеИса1 сопй8игайоп |чав пюпдогед. А ргопоипсед епд ейес| |чав оЬвегчед; |Ье гаге сопз|ап|в Гог ЬеИх-соИ |гапяйоп оГ йе |еппша! гевЫие ччеге аЬои| г|чо огдегз оГ ша8ш|иде!аг8ег йап |Ьове Гог гезЫиев с!овег |о йе пидд1е оГ йе сЬа)п.
А п|оге дега|!ед апа!уяв оГ|Ье зппи!айопв гечеа!ед |Ьа| ад)асепг геядиев ойеп шоче Ггоп| |Ье ЬеИх |о йе со|! ог исе гегза |и пеаг! у сопсег|ед ГавЫоп (Реаг е| а1., 1981). БисЫгапв)Йопв аге по| сопяяеп| чдй йе сопчепдопа! Ыеа |Ьа| виссевяче |гапяйопз оссиг 1пдерепдеп|! у (БсЬа ага ег Еп8е!, 1972). ТЬе Ггег)иепг оссиггепсе оГ йе согге1а|ед |гапяйопв гевиИз Ггош |Ье ге!а|гче1у япаИ Гпсйопа! Гогсев аввос)а|ед и)й |Ьеве рагг)си)аг шо|юпв, |чЫсЛ ачоЫ!аг8е еИзр)асешеп|в оГ |Ье епд оГ йе сЬаш |ЬгоиВЬ йе во!чеп| (Реаг, Ь!ог|Ьгир ег МсСаш|поп, 1980; Реаг ег а!., 1981).
ТЬе гга)есгопев оГ г|чо висЫгапяйопз аге вЬо|чп ш 68иге 7.2. Г.аг8е вса1е |п|егпа! п|о|юпв оГ рго|еш |по!еси!ев Ьаче Ьееп з|игИед Ъу а чапе|у оГ ехрепп|еп|а! ше|Ьодв. 1п сгуяа1в оГ рго|е)пз йа| Ьаче 81оЬи1аг!оЬев соппес|ед Ъу Ып8ез, |Ье раяегп оГ сгув|а!Игайоп |пау Ье висЬ ав |о ргодисе гпесЬапка! апВо|гору. ТЫв Ьав Ьееп дешопв|га|ед 144 Сг!оЬа( втгистига! с)талИев Гог |пс!|шс 1увохутпе сгув|а!в, тчЬ|сЬ аге ге(аттчйу еая!у 6еГогтпе6 Ьу сошргевв(че Гогсев йа| ас| ш йе 61гес6оп соггевропт)108 |о Ып8е Ьепб(п8 оГйе п|о1еси!ев ш 1Ье сгуша! (Моговоча аг Могогоч, 1982). ТЬе аррагеп1 Вех(Ь!!!ту оГ 1Ье !п61ч16иа1 шо!еси1ев 1в гои8Ыу сопяв|еп1 чт(й |Ье йеогебса! рге61сбоп (МсСапипоп ет а!., 1976).
Н(п8е Ьепб(п8 Вех(Ь(!!|у (в а!во аррагеп| ш соп|рапвопв оГ Ы8Ь гево!ибоп Х-гау в|гис1игев оГ сег1а!и рго1е(пв (Лап(п а|%ода)т, 1983; Веппетт й НиЬег, ! 984; 3оЬпвоп, 1984; Рета)го й Ып8е, 1984). А1|Ьои8Ь висЬ соп|рапвопв 8епега1!у 6о по| ргоч(6е циап61абче п|есЬашса! ог дупаписа! шеавигев оГ йе п|о1еси!аг Вех|Ь|!Ву, йеу 6о ргоч(6е г!иа111а6че ш6(сабопв оГ йе турев оГ 6еГогша6опв тчоЪе6 апд ипрог1ап| ви88ев6опв ав 1о 1Ье Ь|о!о8(са! Гипс6оп оГяюЬ тпобопв. ТЬе йгвт бешопягабоп опип8е Ьепб!п8 Вех(Ъ(1!ту |чав ш Гас| ргочЫед Ъу а соп|рапвоп оГ 1увохуше в|гис|игев тч!1Ь апд вбйои| ап |пЫЪ||ог Ъоипд |и 1Ье ас6че я1е (!шо|о ет а!., 1972); йе 1|чо 1оЬев оГ йе епкуше шоче 1отчаг6 еасЬ о1Ьег |Лгои8Ь а ге!а6че 61в1апсе оГ аЪои1 О.! шп ччЬеп йе |пЬ|Ъ|1ог |в Ьоипй МисЬ!аг8ег шо6опв Ьаче Ьееп оЪвегчед |и ойег рго|е|пв. 81и61ев оГ рго1е|пв |и во!итюп ргочЫе 6а1а оп Ып8е Ьепб(пц |Ьа1 аге пот сошр1!сате6 Ьу йе (пйиепсе оГ сгув|а1 рас)г(п8 Гогсев, Ъит Ьеге опе !овев йе дега!!ед ягис|ига! |пГоппа|юп ргоч(дед Ьу Ь18Ь гево!и6оп Х-гау апа!уяв.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
