McCammon, Harvey - Dynamics of Proteins and Nucleic Acids (522918), страница 27
Текст из файла (страница 27)
ТЬе !г)пеПсв оГ гугояпе апд рЬепу)а!атпе пп8 гогаПопз 1п а пшпЬег оГ ргоге(пз Ьаче Ьееп вгисИе<1 Ьу Ь)МЕ. Аг!очч гетрегагигев, йе пп8в тау гетып Гог а зи(Пс)епг1у!оп8 гипе !п 8(чеп опеп!аПопз йаг йе пчо д апд пчо в ргосопз сап Ье 1пг!1чк!иаПу гИвг!п8и(вЬед Ьу верагасе зресгга1 !шев Ьесаиве оГ ГЬе1г <ИГегепГ та8пеПс епч!гоптепвв. ТЬе пп8ь говаве 124 йоса! итастига( ттапзттГопт пюге гарЫ!у ав йе тешрегатиге 1в шстеазет), ргот!ис(п8 зрестга1 сЬап8ев гЬас !еат! ечепгиа! !у то соа!евсепсе оГ юше оГ тЬе 1шев реп тарЫ готабоп ргот!и сев ап ет!и!ча!епг ачега8е тпа8пебс епч!гопшепг Гог йе соттезропйп8 ргогопз.
Апа!уяв оГ йезе зресгга! сЬап8ев а1!овз т!есепп!па6оп оГ йе тате сопвтаптв, асВчаВоп епег8!ез апт! астпаВоп епггор(ев Гог йе пп8 гота!!опв. Рог йе гугов!пе 35 пп8 ш ВРТ1, тЬе ехрепшепта! Ггее епег8у Ъагг!ег то гога!!оп (%а8пег, РеМагсо ее %'йтЬ- псЬ, 1976) !в 30;; !аг8ег йап йе йеогеВса! тези!тв т!езсПЬег! аЬоче. ТЫз т!иапт(тат!че оВзсгерапсу арреагв то Ье аввос(атед чт!1Ь йе опивяоп оГ зо1чепс ччагег Ггопт йе ипВа1 са1си!атюпв (ХогтЬтир ет а!., 1982а). 1п йе аЬзепсе оГ Ьут)го8еп ЪопгВп8 апт$ отЬег !птегасВопз тч(гЬ йе во!чепЬ йе зигГасе оГ йе рготетп (аЫсЬ !пс!ислаев рагт оГ йе Пп8 епч4гопшепт) сЬап8ез зошечтЬат Ггош йе ехресгет! зо1иВоп аттис!иге; йе 488Ьт т)1втогт!опз йаг геяй ш йе ргоге(п шатт!х аге ви(Вс(епт то ассопш Гот йе Йвсгерапсу. 6.3 Вези)зв !ог иис!е!с асИв Мапу тпчев68атогв Ьаче т!опе зтаВс шот!еЬп8 зтит!!ез оп пис1ек асЫ зтгистигез, ивш8 е!йег рЬув!са! ог сошритег-Ьавег! шот!е!в, апт! воше оГ ГЬезе зтит!!ев Ьаче ви88езтет! ровяЫе райяаув Гог !оса! аттис!ига! сЬап8ев.
ТЬе !пгегезгет! геат!ег тч!11 йпт! гергевептаВче риЫ(саВопз Гготп шов! оГ йе гезеагсЬ 8гоирв тп йе Ьоо)св ег!1тет! Ъу Каппа (198!а, Ь), С!етпепВ ет Каппа (1983), апт$ Ве!и (1985), апт! тп чо1шпе 47 оГ йе Со!д БрПп8 НагЬог Яушровипп оп Яиапт!гаиче Вю1о8у (1983). %'е чч1!1 сопйпе оигве1чез го а ЬПеГ зитчеу. %е 6гзт т!евсг(Ье а Гечт оГ йе шапу згигВев сагг(ед оит Ъу Ко!Ьпап апт! Ыз соччог1сегв, ш ччЫсЬ епег8у ш(п(ш(запои шетЬот!в Ьаче Ьееп ивет! то ехапипе втгистигез апт! епег8еВсз оГ а чаПегу оГ !оса! сопГоппатюпа! сЬап8ев ш РЬ1А; а пюте сошр!ете тепечт оГ й(з тчог)с Ьаз Ьееп Грчеп Ьу Ко1!шап ет а(.
(1985). ЪУе тч1!! сопв(т)ег оп)у йове тези!тз вч(й ехр11с(т!у дупаш(с сопвег!иепсез. %е йеп Ьпе(!у т!евспЬе йе герис!тепп8 оГ ПЬове апт! деохупЬозе тш8в Ъазет! оп ехашр!ез оГ вроптапеоиз герис1сепп8 оЬвегчег( ш пю!еси1аг т!упаш(св з(ши1ат(опв. ТЫгт(, чче гВзсизв 1оса! сгапзйопв ассотпрапу(п8 йе ГогшаВоп оГ швегса!аВоп ятез. Р(па!1у, чче герогт оп йе соп68игатюпа! ептгору т!1йегепсе Ьетччееп В-РЬ1А апг! Х-РХА. Епег8у ш!ппп(хаиоп сап Ье изей то шчевВ8асе тЬе епег8еВсз апт! ровяЫе ратЬяаув оГ 1оса1 сопГоппатюпа1 сЬап8ез тТ йозе сЬап8ез сап Ье Гогсет! го оссиг ш а пют!е! пю!еси1е.
Яюг0у аГгег йе сгувга! аттис!иге оГ а В-РХА г!от!есашег (%!п8 ет а1., 1980) течеа1е6 а пшпЬег оГ т!ерагтигез 1готп йе Ыеа1 т!оиЫе ЬеИса1 8еоптетгу оГ гЬе с1азяса! шог(е1 оГ РЬ!А зтгисшге, йе т!иезВоп оГ йе ге!аВопзЫр Ъетччееп йе 1оса1 ЬеВх КеиЫгз Гог пис!еГс асЫз 125 гчг!в! ап8!е апд йе Ьас1сЬопе соп1оппадоп йаз ехапипед Ьу Ко!!тап, Кеерегз ег %ге!пег (1982). ТЬеу ЬЫ11 а вепев оГ тоде! оИ8отегв гЬаг зчеге креп!!са! !и ечегу гезресг ехсер! Гог йе ЬеИх гчдзг ап8!е Ьегчгееп виссезяче Ьаверапз, апд йеу гейпед йезе идй епег8у пипнтгадоп.
Весаиве оГ йе Ит!гед виисгига! сЬап8ев ргодисед Ьу йе т!и!ш!гадоп ргоседиге, йеу чеге аЫе го Ыепг(Гу а пшпЬег оГ!оса1 Геагигез ~чЬозе сЬап8ев веге соир!ед го ЬеИх гчдзг!п8 тогюпз. 1п рагдси!аг, йеу оЪзегчед гЬаг чдй а ЬеИх гереас оГ пше гезЫиев рег гигп, аИ ви8аг рис)сегз геташед ш йе С2'-еидо сопй8игадоп оп гейпетепс, иЬегеаз и41Ь ипдегччоипд ЬеИсев вдй а гереаг оГ! 3 гез(диев рег гигп, 1Ьеге чав а ргопоипсед гепдепсу оГ ви8агз го герис1сег Го йе О4'-епдо апд СЗ'-еиНо сопИ8игаг!опв. ТЬезе гевиИз аге, оГсоигве, сопзЬиепг чч!1Ь йе и е!1-1спочгп ге1адопз)др Ьепчееп зи8аг рис(гег апд ЬеИх ьч!вг оЬвегчед ш ЙЬег д!Игасг!оп (Агпои ег а!., 1976).
%!й йе!г товг сагери!!у гейпед тоде!, а)дсЬ Ьав ап ачега8е ЬеИх гереаг оГгеп гезЫиев рег гиги, Ко!Ьпап ег а!. (1982) Гоипд гЬаг руппигИпев веге тоге !Исе!у го герис1сег йап риг!пев, т а8геетеп! адй йе сгузга!1о8гар)дс гевиИв (Ргеч ег а!., 1981). 1п ойег зтд!ез, Кеерегз, Ко1!тап, Ъ'е!пег ев витез (1982) апд Кеерегв, КоПтап ег витез (1984) ехапипед йе Ыпдз оГ !оса! сопГоппадопа1 сЬап8ез ГЬаС ш!8ЬГ Ье ехресгед Со ассотрапу Ьавера!г шеИ!п8. АГгег гейтп8 поппа! доиЫе ЬеИса! пюде1з оГ РХА, йеу !пггодисед ап агЫИюпа! сопввга!пв гепп )пго йе!г розепг!а! Гипс!!оп, ап шгегасв!оп Ьепчееп руппйИпе Ь!3 апд раппе Ь!! асотв айаг чоиЫ Гогов йе Ьудго8еп Ъопд Го ззгегсЬ Ггот !Гв поппа!!еп8й (аЬоив 0.3 тп) Со а 1еп8й оГ 0.6 пт, ейесдче!у гиргипп8 йе Ьопд.
Рипп8 аг)ддюпа) епег8у т!и!т!гапоп, йе пюде!з и ои!д точе ш гевропзе го й!в Гогсед Ьудго8еп Ьопд теИ!п8, ргевитаЫу а!оп8 ра!Ьзчаув ГЬаг сои!д ргоч(де !пГоппадоп оп йе тесЬатяп оГ ргогоп ехсЬап8е. %Ьеп йе сопзгга!и! пав 1агег геточед апд адсИИопа1 епег8у тшптгадоп чгав допе, воте оГ йе вггисгигев гечеггед !о йе оп8!па! %агзоп-Спс)г 1опп, и!И!е ойегз ге1ахед го 1оса! 1оч~ епег8у сопГоппадопв ш мЫсЬ йе птпо ргогоп иои!д Ье асеева!Ые !о йе во!чепи Боте оГ йеве зггисшгев тчо1чед йе Гопиадоп оГ а пев Ьудго8еп Ьопд Ьепчееп йе йуттпе 02 апд йе адетпе апипо ргогоп аг Хб. 1п огЬег з!гисгигез, йе пчо Ьазев Ьад в!Ы раз! опе апойег чгИЬ йе руппигИпе рго!есг!п8 ш!о йе та)ог 8гооче апд 1Ье риппе рго)есдп8 !псо йе пипог 8гооче.
А1йоиВЬ арргорпасе!у сап!!оив аЪои! очег-пиегргедп8 йе епег8!ез са1си1агед Ьу йе!г ргоседиге, Кеерегв ег а!. (1982) д!д по1е йаг йе епег8)ев зчеге сопв!вгепв идГЬ йе епГЬа1ру сЬап8ев оЬвегчед ш 1Ье Ьудго8еп ехсЬап8е ехрег!тепвв оГ Мапда1, Ка1!епЬасЬ ев Еп81апдег (1979), зи88ездп8 !Ьаг йе тоде!з оГ те11ед Ьавера1гв ъчеге 8оод саид!дазев Гог йе вгие виис1игев. Ав ехресвед, 126 йоса! в|гас|ига! ггатМопл йе рппс!ра1 епег8ег(с сов|в оГ й|в пюг)е! ше16п8 |чеге йозе аззос)аге|$ мл|Ь йе гир|иге оГ йе %а|воп-СПс)г Ьу|)го8еп Ъои|$з апг$ чч!ГЬ йе !озз оГ Ьаве згас)сш8. 1п |Ье|г 1асег вгиг)у (Кеерегз е| а!., 1984), йе ейесгв оГ зег)иепсе ап|$ сопГогшаиоп |веге ехапипе|$ ш |$е|а!1, ргог)исш8 а ишпЬег оГ геви1|в йа| а8гее|$ |Ый ехреПшеп|а1 в|и|$1ев оп рго|оп ехсЬап8е, ап|$ ргочЫш8 !пГоппа6оп оп йе зев)иепсе |$ереп|$епсе оГ йе Ьас)|Ьопе пю0опв ап|$ з|щаг рис$|епп8 сЬап8ез йа| ассоп|рапу Ьазера!г орепш8.
1п раг|!си1аг, йе(г гези!|в аге сопв!з|еп| |ч1 й ргосоп ехсЬап8е ехреПшеп|в |Ьа| !пйсаге йас йе гасе оГ ехсЬап8е Гог А-Т Ьаверапз |з ге!апче!у !пг)ерепг)еп| оГ йе зиггоипйп8 Ьазе вес)иепсе (М|гаи сг Кеагпз, 1983). 1| !в а!зо чгог|Ь по0п8 йа| Ь(МК ге!аха0оп зги|!!ев ви88ез| |Ьас йе lгин(з оГпю6опз вгийе|$ Ьу Кеерегз ег а(. (1982, 1984) г)о р!ау а го!е ш ргосоп ехсЬап8е чгЬеп зпсЬ |по0опз оссиг оп йе паповесоп|$ йпе вса1е (М(гаи е| а1., 1985).
ТЬе г)упаш)св оГ ящаг рис$|епи8 Ьаче Ьееп вгийе|$ ш |$ега!! ав а сопвег)иеисе оГ йе зроп|апеоиз герис)сеПп8 о1'вечега1 зи8агв ш пю!еси!аг г)упаш)св япш1а6опз оГ $)Ь(А (8!п8Ь ег а(., 1985) ап|$ оГ |КЬ)А (Нагчеу ег а(., 1985а; Нагчеу ег РгаЬЬа)сагап, 1986).
1п а!1 сазев, разза8е Ьег|чееп йе погйегп апг$ зоийегп |$иаг)гапгз ().е., СЗ'-ел|(о ап|$ С2'-ее(о сопГщигаг!опв) !в иа йе еав|егп (04'-еп|(о) рай|чау, аз ехресзед. Керис)геПп8 !в апойег ехашр!е оГ а гаге Ьи| шгг)пв!саПу гарЫ ечеп|, и4|Ь вроп|апеоиз герис)гепп8 Гог Ьой пЬовез ап|$ г)еохуг)Ьозез ш з(п8$е в|гапг)е|$ ог !оор ге8!опз ог а| |Ье епг)в оГ а г)оиЫе Ьейх оссигг!п8 |ч)ГЬ ап ачег|ще гаге оГ аЬои| 1 па ' (Нагчеу сг РгаЬЬа)сагап, 1986). Нерио)гегш8 !з гарЫ, гег)и(пп8 оп1у а Ге|ч рз, аз $в вееп ш 68иге 6.5. ТЬе Ыие0сз оГ |Ье герис)сепп8 оГ г)еохупЪозез аге чегу впш!аг (БпщЬ ег а1., 1985).
Рщиге 6.6 (з а всаиег г$1а8гаш оГ 4800 гергевеп|а0че пЬозе соп68ига0опз Ггош йе |КЬ(А япш!а0оп, ргезепге|$ оп йе сгайпопа! ро!аг р!о|. ТЫз йа8гаш вЬо|чз йа| рис)сег!п8 !з |че11 |$езспЪе|$ Ъу йе рвеидого|а6оп ра0пчау, |ч!й а Ъап|$ оГ пеаг1у сопв|апс рис)сепп8 ап|рЬ|иде (А!|опа ег Яип<)ага1ш8аш, 1972; Сгешег ег Рор!е, 1975). ТЬе ачега8е ашр8|иде !з 0.040 пп| Гог пЬовез ш йе |КЬ)А япш!а|юп (Нагчеу 8| РгаЬЬа$|агап, 1986) ап|$0.035 пш Гог г(еохуг!Ьовев |п йе $3Ь(А вппи1а|юп (8!п8Ь ег а(., 1985). 1| !в по| с1еаг |Т й|з ййегепсе гейесгв а сгие 0!йегепсе ш рис1|еПп8 ЬеЬащог ш пЬозез ап|$ г)еохуг!Ьозез ог |Т И 1в випр1у ап агйуас| оГ |$$$Гегепсев ш |Ье ро|еп0а! Гипс|юпв.
ТЬе |$е|лабопз (гош йе сопввапг ашр1!|иг)е оГ |гие рвеидого|а0оп, чг$|Ь а 1аг8ег ап|рИ||Ые а| йе 04'-ел|(о соп68игаиоп (68иге 6.6), |чеге йгв| рге0$с|е|$ Ъу Ьеч!и ег %агвЬе! (1978). Ке8агйп8 йе ге!а6че еазе |Ый |чЫсЬ риппев ап|$ рупш)йпев сап герис)сег, !$ |з ш|егев0п8 йа| йе оп!у гччо зи8агв |Лас рава Ггош С2'-еаза(о 127 Кехи!гв Гог пие!ек аеи(г го 25 ю 15 Топе (ря Иа. 6.5. Типе соигве оГ гЛе рисхег ап81е Гог пЬове 46 оГ г)11 !А~~' Ггопг а пго1еси)вг дупвгп!св випи1вПоп (Нвгчеу ег а1. 1985а). ТЛеге 1в в вропгвпеоив герис1сеппа Ггот С2'-еЫо-18ге сопйаигагюив (Р > 90') го СЗ'-епИо-Все соп88игаг!опв (Р < 90') Жвг оссигв !и вЬоиг 5 рв.
(Сорупай ©!985, ХоЛп%11еу 8г Зопв, 1пс. Керппгед Ьу репи| ввюп.) аП йе ччау со СЗ'-епг)о !п йе ГЗЛ!А внии!агюп аге руппигПпев (8ищЬ ег а!., 1985), ав ргейсге<$ Ггогп епег8у пипипыаПоп вгиеПев (КоПтап ег а!., 1982) апг) Гго1п йе сгувгаПо8гарЫс геви)гв (ГЗге» ег а!., 1981). Оп йе ойег Лай, йе вропгапеоив герис1сепп8 !и г)вХА Ьаррепв со пчо риппев, пввО46 апг( А76 (Нагчеу ег а!., 1985а). 1п йе Х-ГЗ!ч(А гио1еси!аг дупаиисв вЛпи)аг!оп (%евгЬоГ ег а!., 1985) йе раппе ви8агв вЬочг а пгисЬ Ьгоаг(ег галКе оГЙисгиаПопв !п рис)гег йап до гЬе руппигПпев.
11 !в пог с!еаг» Ьаг иироггапсе, 1Т апу, вЬои16 Ье аггасЬед го йеве геви!гв, вйсе йе пипгЬег оГ вропгапеоив герис1гепп8в !в пгисЛ 1оо яиаП го ргочЫе апу вгаПвПса1 в!8п!Псапсе. Мо!еси!аг пгесЬашсв вгийев оп а!гегпаПп8 г!(А-Т) вег(иепсев Ьаче йогчп йаг СЗ'-еиг(о сопГоппаПопв аге Гачогеб Гог г)еохупЬовев оп йе 5' вЫе оГ йупипев (Као й КоПпгап, 1985). ТЬеге аге а пшпЬег оГ рагапгегегв оГ ви8аг сопГоппагюп йаг аге Ы8Ыу Яези)гв Гаг пие!е!е асЫв 129 согге1асес)»ч!|Ь зи8аг рис1сег. ТЬе ог!8!па! с!ейтИоп оГ рис1сепп8 рЬазе ап81е (А!сопа дс Бипс$агаИп8ат, 1972) !в учел т сеппз оГ пп8 согяопв: (6.2) Ог — — О,„соз (Р+4пД5) »чЬеге О| !в |Ье у»" Согвюп ап8!е (! = О, 4), О„, |з йе рис1сепп8 а|пр!Ниде, апс( Р !в йе рис)сег!п8 рЬаве ап8!е. ТЫз ге!а|юпвЫр !з в|Нес!у ча!Ы оп!у Гог Ыеа1 пп8 Иео|песпез, апс( 1.ейя й %агвЬе! (1978) Гоипс! япаИ с)еч!ас!опз Ггот |Ыв ЬеЬайог ш йе!г апа!уыв оГ пЪове Пех!ЬП!су. А тоге ехсепяче апа!уяз, Ьазес! оп 4800 пЬове соп68игаИопз 8епегасес! зроп|апеоиз!у с(ипп8 йе СКХА то1еси1аг с!упаппсв япш1аИоп, Ьаз Ьееп герогсед (Нагчеу й РгаЪЬа1сагап, 1986).
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
