McCammon, Harvey - Dynamics of Proteins and Nucleic Acids (522918), страница 26
Текст из файла (страница 26)
%г11Ь ге8агд го йе )аяег, йеу оЬвегчед гЬаг йе та)ог 8гооче чгав деГоггпед гпоге гЬап йе пппог 8гооче. ТЬеу а1во Гоипд йаг йе Ъас!гЪопе тогюпв Гог судсИпе апд 8иаповше ччеге чегу внп!!аг Гог йе В Гогт а1гегпадп8 С-О Ьехатег, яЬегеав йе йуппгИпе апд адепояпе ЬасИЬопев Ьаче чегу дИГегепг тодопв ш йе В 115 !|!а|иге оГвГ|ог! !тте т(упаттсв |огяопа! вИПЬевв оГ В-РЯА тч!|Ь |Ьеве йеогеПса! ча!иез !з 8!чеп |п таЫе 5 2. Вой |Ье поппа! шог(е апа!ув!з (ТЫог е| а1., 1983) апт) |Ье |огвюпа! сО|ича!епт зрпп8 шойе! (Тип8 й Нагчеу, 19866) ргет)1ст йа| ЬеИх ттч!вт!п8 шоИопв оГ афасепт Ьавераиз тчП1 Ье апткогге!атей ЕхрепшептаПу, регЬарв йе шов| ехтепв(че апа!уяв оГ шоПопз ш РЫА |в йас оГ Но!Ьгоо1с ет К!ш (1984).
ТЬеу десепи!пет) йе гИгестюпв апт( атпрйидев оГ шо|юпв оГ рЬоврЬате, пЬове, аист Ьаве шоеЫев ияп8 а 'зе8шептед г!8Ы Ьот)у" апа!уяв оГ Х-гау сгуЯаПо8гарЬ~с т)ата. ТЬе |иоИопв йеу герогтет) 1пс!идей ргореПег ттч!вт)п8 апт) Ьавера!г го!Ип8, ЬисЫ!п8 апс! в!Ы!п8 оГ Ьавера(гв, соир!ест го|аИопв оГ ви8агв апд Ьавев аз а ип1|, соир!ед |гапв1аИопв оГ Ъавера(гв, ЬеИх Ьепйп8, апд ПистиаИопв |и йе чгЫ|Ьв оГ йе ша)ог апт) иипог 8гоочез. 5.4 Ь)аитге о1' вЬогт Йпе т)упаш1св ггош йе втит(!ев вшпшаг(хет) ш |ЬИз сЬартег, а Га|г1у сопявтепт р!сшге ешег8ев Гог а|опис шоИопв ш рго|е(пв апт) пис!е|с асЫя 1пгИчЫ- иа! а|ошв Ьаче ЫЬгатюпа! тпотюпв йат аге гарЫ апд оГ япаП ашрИтиг)е (Ьипт)гет)(Ьв оГ а пп|, Ьипг!гет!|Ьв оГ а рв), виреНшрозет) оп йе в!отчег, !аг8ег ашрИтит)е шотюпв оГ 8гоирв оГ атотпв (п|отюпв оп йе огт)ег оГ О.! шп и)й сЬагастеНвтк типев оГ аЪои| 1Орв).
ТЬе гП)Тегепсев ш ашрИтит)е оГ йе а|ошк гПвр!асеп|еп|з ш ОПГегепт рагтв оГ а рго|е!п ог пис!ек асЫ аге рпшап!у дие то |Ье в1отчег, соПесИче п|оИопв. жгет)иепт соП!в!опв гепдег йе атопис шотюп сЬаоИс, во 8гоир пюИопз оп йе зиЪр!совесопд вса!е аге т)ПГив!че, 1йе йове !п а 1щи)д. Очаг !оп8ег йпе зса!ев, ав 8гоирв оГ а|ошв тчапйег атчау Ггош йе|г ачега8е, сгувтаПоПгар)ИсаПу оЪвегчет! рояПопз, ва8п|йсапт гевтопп8 Гогсев сотпе што р!ау. ТЬе 8гоир тпоИоп !в йеп овс!Пасогу аЬоит |Ье ачега8е роя|юп, Ьи| тч(й з!8п!Псапт т)ашр!п8 Ггоп| соП!в)опа! ейес|я 8!псе |Ье ша8п)тит)е апг( |ИгесПоп оГ атопис тпотюпв аге дош!патей Ьу 8гоир ВИвр!асеп|еп|в аЬоит йе! г шеап роя|юпв оп йе типе вса1е оГ! О рв, а|опис тпотюп оп |!Ив Ише зса1е Ьав а во!Ы-!йе сЬагастег, рагИси1аг!у ш йе штепог оГ 8!оЪи!аг рготешв.
ТЬ!в ср|аИ|а||че рк|иге оГ |Ье ЬуЬгЫ воИ|1/!щи)т) сЬагас|ег оГ тасгошо!еси!аг в|гас!иге, чг!|Ь йе во! Ы сЬагастег шов| ргопоипсед |п |Ье !и|епог, !в сопв!втеп| и(й а яшр1е йеогеПса! шот)е! оГ рготе!п втпктиге т)ече!орет) зоше типе а8о Ъу Г.|Ыитх (1969). Ечеп йои8Ь тпапу оГ йе |пот)еИп8 вйгИев йат ргот(исед й|з р|стиге тчеге допе ит иасио, йе !пс1ивюп оГ ехрИс!| во!чепт доев пот Гип|)атпеп|аПу сЬап8е й|в ч!етч. ТЬе па|иге оГ |Ье соПес|)че п|оИопв йа| т)опипате йе а|опис йвр!асетпеп|в |п рго|е|пв ап|1 пис!ек асЫв !в втП)а виЬ)ес| оГаст|че !пчевт!8ат!оп. Весаизе погша! пют!е са!си!аПопз ассоипс Гог а яхаЬ)е ГгасИоп оГ йе гота! атопис т!!зр!асешеит оЪвегчед |и шо!еси)аг т)упаписв апт( Х-гау 116 о!гогг гоие |Гусанос| г!!Огас|!оп зги6!ез, !Ьегта!!у ехсИед е1авбс 6!згогбопв аЪои| а теап соп1оппабоп п|ив| Ье ап ипрог|ап| сотропеп| оГ йе со!1есбче то6оп, Гп сисис, йезе гпо6опз |чои)6 Ьаче реподв ир |о 10 рз ог во.
ТЬе ас|иа1 п|о|юп |ч!!! Ьаче а тоге сотр!ех сЬагас|ег 6ие |о йе зирегро|66оп оГ Ййегеп! тог!ев, апЬаппотс соирИп8 апд, Гог то!еси!ев |и зо!Шюп, во!чепг 6атр!п8, !и асЫ!Иоп |о йеве е!авбс то|юпв, |Ьеге аге а!во сопГоппа|юпа! |гапвЬюпз соггевропсИп8 |о то6опв оГ йе п|о1еси!е ап|оп8 6!йегепг 1оса! пшшпа 1п йе пе!8ЬЪогЬоо6 оГ |Ье ачега8е в|гис|иге оп йе ро|епба! епег8у вигГасе.
БисЫгап|66опв аге сопппоп!у оЬзегчед 1п то!еси1аг дупаписз йпи)абопв. А! ю, )апе6с зги6!ев оГ И8ап6 Ь~псИп8 |о Ьеп|е рго|е|пв вЬо|ч |Ьа| йеве рго|е|пв сап Ье Ггохеп |п|о дИГегепс виЬв|а|ев а| вийе!еп|1у !о|ч |е|прега|игев (Аивбп е| аУ., 1975; Апзап' е| а!., 1985). 8)псе |Ьеве |гапя6опз !пчо!че йе сговгИп8 оГ епег8у Ьагпегв, йе |ипев гег!и!ге6 |о вап|р!е а Ги!!у гергевеп|а||че ве| оГ виЪв|а|ев а| гооп| |е|прега|иге |пау Ье оГ |Ье ог6ег оГ 10 ' в (Апзаг! е| а!., 1985). 8исЬ виЬв|а|ев |пау Ье апа!о8оиз |о йе деГесбче !а|||се соп68ига|юпз ог ' ЬкЫеп в|гис|игев ' |Ьа| аге оЪ|а!пей Ьу ив)п8 епег8у т!и!т!айаг!оп |о ге)ах соп68ига|юпв оГ 1п)ш|1з |о йе пеагев|!оса! епег8у пшшпа (86!Ип8ег 8| 9!ГеЬег, ! 984).
вагит |Ь)в рош| оГ ие|ч, а рго|е|п, Гог ехатр!е, 6!йегв Ггоп| а !щи!д ргппа61у аз а гехи!| оГ йе сопз|гаш|в !тровед Ьу йе соча!еп| соппесби|у оГ йе ро1урерг!6е сЬа|п. ТЬеве сопв|га|п|в Ьгоа6еп йе врес|гшп оГ в|гас|ига! ге!аха|юп |ппев Гог йе ргосеш Ьу !псгеавш8 |Ле епег8у Ъагпегв 1ог1аг8ег соп1оппа|юпа1 |гапвИюпз, ап6 !пггог!исе в|гоп8 сопрИп8в Ье||чееп 1оса! ап6 со!!есбче гИвр1асетеп|в (МсСапппоп, 1984; Апвап' е| а!., !985; Зге!и, 1985).
ТЬе!аг8е соп|6Ъ|пюп оГ со!1есбче пю6опв |о йе пес а|опис 6!зр!асетеп|в ви88ев|в |Ьа| висЬ |по|юпв аге оГ ипрог|апсе ш тасгото1еси!аг Гипсбоп. ТЬ!в зиррог86оп |в виррог1е6 Ьу в|игИев оГ асг!чагеб ргосевзев, ш чгЬ!сЬ со1!ее||хе п|обопз аге Гоип|1 |о р1ау ап еззеп6а! го!е, ап6 Ьу в|игИев оГ йе!аг8е вса1е тобопв йа| аге !пчо!чей ш И8ап|1 Ъ|псИп8 ап6 тасгото!еси1аг ш|егасбопв. ТЬове тобопз аге сИвсиввеб т пюге дега!1 |и |Ье пех| 1|чо сЬар|егз. 120 йоса( зггисгпга! ггалвИот 40 зо ве! 2о !о о -80 -40 0 40 80 120 160 Ф (дезгвев) г18.
6.2. ТЬе рогеппа! оГ 1иеап Гогсе А(с) ( — ) впб пгеап рогепиа1 епегау (!'(4)) ( — — ) вв Гипсгюпв оГ гЬе гугов1пе 35 пп8 гогабопа! Ьогпепгаг!оп геасс!оп соогббпаге Г (!иоггЬгир ег а!., 19824). с1ебгеез оГ Ггеедотп. ггош ГЬе вЬаре оГ 1168 ро(еп6а! вигГасе (6аиге 6.1) гЬе геасгюп сооггбпаге !з вееп !о ргоч!с$е а 6оод с$евспрг!оп оГ йе тповг !Йе!у рай оГшог!оп Ггош гЬе ш)6а! в!ага !о йе 6па! вгаге оГйе вувге1п. ТЬе шпЬгеПа вашрбпа са!си!агюпв сагпег) оиг игбп6 (Ь(з геас6оп сооггбпа(е у!е!д йе гехи!(в вЬочгп ш 66иге 6.2. ТЬе рогеп681 оГгпеап Гогсе А(4) 1в ге!а!ей го йе ргоЬаЬ111(у р(с) оГ оссиггепсе оГ а 6ис!иа6оп чч1!Ь йе ча1ие с Ьу йе еоиаг!оп (6.1) А(4) = — lг Т!пр(4) Неге, А девспЪев йе гчог1с Гипс6оп ог Не!шЬ01(г Ггее епегау (азвиппп8 гешрегагиге апг) чо1шпе аге 6хе6) оГ гЬе вувгегп ав а Гипс6оп оГ йе геас6оп соого(па!е.
ТЬе весопд сигче 1п гЬе р(с(иге г)езсг)Ьев йе чапа6оп оГ гЬе ачега8е рогепг(а! епегбу оГ йе зувге1п ав а Гипсгюп оГ йе геасгюп соого(па(е. рготп ГЬе ге1а6оп АА =АЕ-ТАЯ, апд ГЬе Гас! ГЬаГ Яеви!!з 1ог ргоге(пв 12! 5,0 0.75 0.5 в 0.25 0 О.! 0.2 0.3 0.4 0.5 Тйпе (рв) ИК.
6.3. ТЬе поппа!!хес геасиче Яих птпе согге1аиоп Гипспоп к(г) Гог йе гугов!пе 35 ппз гогагюпа! Ьотепхагюп (Ь)оггЬгир е! а!., 1982а). АЕ = Л((г) !зЬеп Т 15 сопв!апг, 11 !з зееп ГЬа! йе ш!ппяс еп!гору чапа!!оп г!ипп8 !Ье го!аЯоп !з япаП. ТЬе са1си1аЯоп оГ сга)ессопез з!аг!ш8 Ггош йе Ьагпег ге8!Оп вЬО!зег! !Ьаг а виЪв!апЯа1 Ггасг!оп оГ гЬезе г!!с$ пос сговв йе Ьагпег !и йе япоой, ип!и!епиргей пгаппег авзишед 1п йе 'Ыеа1 !гапв(Яоп в!а!е йеогу' (все зес!юп 6.4). Рпсгюпа! еЯес!з, рагЯси!аг!у соПввюпз Ьегяееп гЬе пп8 апг$ йе !оса! Ьас1сЬопе, згеге Гопак го ш!егпвр! а я8шЯсапг пшпЬег оГ йе сгозяп8 аггешр!в. ТЬе !гапвппззюп соеГЯсьеп! к Гог гЬе ргосевв (сГ. зесЯоп 4.9) яав Гоипг! Со Ье аЬои! 0.2 (Я8иге 6.3). ЭеваПед апа!уз!з оГ йе ш- Я(х!Яиа) !га)есгопев Ьаз Ье1реЯ сопзЫегаЫу со с!алГу йе шесЬашяп Гог йь !вошепхаЯоп ргосевв (МсСапипоп 3г Кагр1ив, !980Ь; МсСашпюп ег а1., !983).
ТЬе пп8 го!авюп 3зав Гоипг! го Ье ргесейед Ьу ппрог!ап! в!гас!ига! ЯисгиаЯопв ш йе пва!пх агоипд !Ье пп8. РагЯси)аг!у я8п!Я- сап! вз а зропгапеоив гПвр1асешеп! оГ а вес!!Оп оГ Ъас1сЪопе йас Пез ОЪоче опе Гасе оГ йе пп8. ТГПв г!1вр1асешепг вузгешаг(саПу ргесес$ез йе пп8 го!аЯоп апг! арреагв !о шаЬе ьчо ппроггап! сопгпЪиг!Опз. ТЬе Ягвг ейесс оГ йе Ъас1сЬопе Яисгиаг!оп !з !о гПвр1асе асошз зП8Ь!1у Ггош йе рай оГ гЬе пп8, гехи!!ш8 вп а зиЬв!апЯа! гег$исгюп оГ гЬе Ъагпег со Ье сговвей ТЬиз, йе пп8 го!агюп арреагз го Ье 8агед Ьу а соПесЯче гпоЯоп ш !Ье виггоипгПО8 !па!ах. Гуипп8 йе го!аЯоп, ЪООЯ ап81е деГоппаиопв оссиг ъчгЬ!п гЬе зЫесЬашв апг! аг!)асеп! Ъас1сЬоие; йе еЯес! оГ йезе !з го !псгеаве гЬе гПзгапсе оГ с!овев! арргоасЛ Ьегиееп КезиПз Гог ртогети 123 гЬе гш8 апг) Ь)я, геви!Пп8 ш а Гигйег гейисГ(оп оГ йе ейесПче епегПУ Ьагг)ег.
ТЬе весопг! ейесг оГ йе Ьас$сЪопе Пистагюп 1з го сгеаге а ггапяепг рас1ап8 г$еГесг гЬа! Ье!рз го !и!г!аге йе ггапягюп. ТЬе деГесг 1а)сев йе Гопп оГ а япаП чо1шпе (арргохипасе!у 0.01 пт') шсо юЫсЬ йе пп8 сап го!аге ш гевропве !о соП)з)опз зч!1Ь йе гетыпищ тагПх агота ТЬе гези!Пп8 соП(яопа! Ъ!ав аПочгв йе пп8 со ассити)аге йе госагюпа! !опег(с епег8у песеввагу го виппоипг йе гевЫиа1 Ьагпег апг! гв гет)п)зсепс оГ гЬе тесЬайяп оГ гИзр!асегпепг оГ агота т зппр!е Ис!шг)з (ЕаЬтап, 1966).
ТЬе соирИп8 оГ йе соПесПче Писгиайоп т 1Ье ргоге)п тагпх аш1 йе !оса1 1зотег!ха!(оп геасг!оп 1з аррагепг !п а зег!иепсе оГ в!гас!ига! зпарвЬовв, 68иге 6.4. А тппЬег оГ ехрептепга! Пат аге ачаПаЫе Гог сотрапзоп иПй гЬеогеПса1 гехи!гз зисЬ аз йове дезсг)Ьед аЬоче. Ав 1п йе сазе оГ1Ье вЬогг йпе вса!е тоПопв, йеге 1з г)иаИгаг)че а8геетепг ечеп чгЬеге гЬеге аге йКегепсез оГ девы!. ТЬе геЪ!пгИп8 оГ И8апдв со туо81оЬ!и апд ге!агег) ргогешз ГоПовпщ ПавЬ рЬого1уз(з Ьав Ьееп згигИед ипг)ег а вЫе чапе!у оГ сопП!гюпв Ьу РгаиепГе!бег апг) сои ог1сегз (АизПп ег а1., 1975; Вессс ег а1., 1980; ОеЬгиппег св РгаиепГе!Пег, ! 982; Апвап' ег а!., 1985). ТЬезе ьгигИез зи88евг йаг а !щапов пшвг сговв епег8у Ьагг)егз !п йе соигве оГ точ(п8 Ггот во!чепг !о гЬе Ьете Ь!пгИп8 з!ге.
%Ы!е йе ог181п оГ йе Ьагпегв 1з вПП поГ !гпояп 1п деваП, зоте арреаг Го Ье азвос!авеП аИй звег)с сопвггашвв ргезепвед Ъу йе ро!урерГЫе сЬаш. ТЬе Ье!8ЬГв оГ йезе Ьагпегз аррагепг1у Писгиаге гариПу аг рЬузю1о8(с гепгрегагиге (вес зесгюп 6.4), Ьш аге сегва!п!у тисЛ япаПег йап йе 400 )с)/то1 евПтагеП Гог п8)г) ргогешз.
Могеочег, гЬе геЬ!пгИгщ Ьше!1св дерепг$ оп во!чепг ч!всояву; ГЫз ви88езвз ГЬа! ГЬе ргоге)п Пис!иа!1опв !Ьаг Гас(ИГаге И8апг1 сИвр!асетпепв аге раг11у соПесиче т сЬагасвег. Ап Х-гау ййгасПоп ввиду оГ пгуо81оЬ!и мл!Ь а рЬепу! 8гоир Иоппии со йе Ьете !гоп Ьаз гесепг1у Ьееп дезспЬед Ьу йище, Ре1в1со, Кегг св Ог!1х де МопгеПапо (1984). ТЫв сотрагаПче!у!аг8е И8апд еГГесп!чту Ьо!йз ореп а сЬаппе! Ьеги ееп йе (гоп апд йе ргоге)п зигГасе. А1ГЬои8Ь ГЬе сЬап8ев !п ргогеш в!гас!иге гпау Ье тоге дгатаПс гЬап йозе гег!и)гесс Гог епггу оГ а япаП 1щапг) (е.8., сЬап8ез оГ 100' 1п йе у' ЙЬедга! ап81ез оГ Н!ь Е7 апг) Ча! Е11, апг) йе ьЬиП)1п8 оГ юп рыг ш!егасг(опз 1пчо!чИп8 вечега1 зЫесЬа!пз), йе геви1гв По !пгИсаге ГЬас воте соПесггче сЬагасгег )в !йе1у со Ье !пчо)чеП т йе орешп8 оГ 8авез ечеп Гог япаП И8апсЬ.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
