McCammon, Harvey - Dynamics of Proteins and Nucleic Acids (522918), страница 21
Текст из файла (страница 21)
Ап апепгрг Ьав Ьееп шаде, Ьочгечег, Го ехГепд йе аЬоче апа!уз)в го !опдег Гипез Ьу ехапипа1юп оГ агош)с Гдзр!асегпеп1 1ипе согге1аИоп Гппсдопз очег репог!в оГ ир 1о 10 рв ГдчгапипагЬап ег а!., 1982). А пшпЬег оГ шгегевВпд г)иадга11че сопс!ивюпв ешегдед Ггогп й)в вог1с. Г)упаш)са! яппи!агюпв оГ ВРТ! 1и йе ргезепсе апд аЬвепсе оГ а гдпгр)е попро1аг во!чепг епч)гопшеп! юеге Гошм$ го у)е10 вип)!аг ппв агош)с г)1вр!асешеигз. Типе согге1адоп Гипсгюпв Гог йе агопис гИвр!асешеп1з г)есау вошегчЬа! пюге з!ою)у ш йе ргевепсе оГ зо1чепд рагдсп!аг!у Гог аГошв пеаг йе вигГасе оГ йе ргоге)п. 1п йе часшип са!сп1а1юп, йе гапде оГ согге!агюи Гппев чгав 0.2-5 рв ччЬегеая йе во1чепг са!сп!аИои геви1гв гапдег) Ггош 0.4!о 10 рв.
Рог йе ргоге!п )п зо!чепЬ йе согге!агюп гипса Гог аГошз 1и йе ехгепог Гепг)го Ье виЬз1апг)а1!у 1агдег йап !тюзе Гог агошв )п йе )пГепог оГ йе ргоге!п. Ейес1!че Гг)с1юп сопвГап1в !ог йе агошв веге евг)шасси ив!ад а з)шр!е Ьаппошс овс11!агог Ьаидеч1и ег)иаГюп арргоасЬ. Ргош йеяе Гпс1юп сопвГапвв, Ь мчав ев11ша1ег! йаг йе со!!есИче июВопз айаг сирош)па1е 1Ье агопис йзр!асешепГв очег !опд г)шев гур)са!!у )пчо!че в!гас!ига! ишгв сои!а)шпд оГйе огг)ег оГ!00 Ьеаъу агогпв.
Аррдса1юпв оГ 1Ье 1аидеч)п ег)па!!оп а1!ою опе го ЫепИГу воше оГ йе иироггап! сопгпЬи1юпв го ГЬе г!упаш)св оГ раггки1аг пюдопв гп рго1е)п шо!еси)ев. 1п рппс)р!е, а пюге де1а11ег) Йесошроз)гюп оГ йе г)уиаш)св )в рова)Ые Ьу писговсор)с шоде!в оГ1Ье суре ешр!суем !п ЫпеИс 1Ьеогу. 1п йезе, опе аггешргв го гер!асс йе Гг)сг)опа! апи галош Гогсе оГ !.апдеч)п-гуре шоде1в Ъу вреЫИс шесЬап1са! шог!е!з гЬаг гесодпйе, е,д,, гЬе шаваев апй со!Игдоп деошеидев оГ йе агошз 1и гЬе яувгегп.
ЯисЬ а 95 Яеяи!гя /ог ргогевяя пдсговсорк апа1ув!в Ьав Ьееп апегпргед Гог йе виЪр(совесопд ппц ПЬгадопз гЬаг чгеге дезспЬед аЬоче (МсСапипоп ег а1., 1979). Весаиве йе г)па епч)гоптепг Ьеагв зоте геяегпЫапсе го ап огаашс во1чепг, йе пдсгозсорк пюде1 етр1оуед 1з оГ гЬе Епв)сои гуре йа! Ьаз Ьееп ияед зиссеяяГиПу!п гЬе зшду оГ вппр1е!щи)дв (Нупев, 1977). 1п гЫз пюде1, гЬе гсопепгагюп оГ а пю1еси!е 1п а 1щшд 1в аввшпед го оссиг ав а геви11 оГ виссевгдче Ыпагу соП)вопя Ьегячееп йе гери!в)че чап дег !чаа!в согев оГ пе19ЬЪоппа то!еси!ев.
ТЬе виссезз)че соП)вюпв аге аввшпед го Ье ипсогге)агед апд оГ(пягапгапеоия дигагюп апд го гапдопихе гЬе апаи!аг чс!осЬу оГ йе геопепг)па пю!еси!е; й(в пю1еси1е точев Ггее1у Ьепчееп соП(в)опв. Рог йе гуговте ппа 1п гЬе ргоге1п, йе тоде! йав пюд!дед го ийе 1пго ассоипг йе Гас! йаг, Ьепчееп соП)вюпв, йе ппа пючев 1п а Ьвппотс таппег дие го гЬе гогвюпа1 гезгог)пц Гогсе.
1п йе аЬзепсе оГ со!Пяюпз, гЬе г)па геог)епгагюп 1в девспЬед Ьу а зипр1е Ьаппотс овс(Пагог ег!иагюп оГ пюгюп 1ф = — /сф (5.4) вЬеге П 1в авзитед йаг (ф) = О. ТЬе ипреггигЬед озсП)агог ехЫЫгв ипдатред ПЬгагюпв аг а Ггег)иепсу т, = (/г/У)и'. ТЬе поппаПхед гппе согге!адоп Гипсгюп Гог йе гогвюпа1 апц!е 1з вппр1у (5.5) С~(г) = соз т,г ! Г йе овсП!агог )в виЬ)есг го (пвгапгапеоив, ипсогге!агед соП)з)опв, апд 1Г еасЬ соП(вюп гапдот(гез йе апаи!аг гпотепгшп оГ йе овс)Пагог, йеп йе гПзр1асетепг гипе согге1адоп Гипсгюп оГ йе рег1игЬед оясП!агог 1в (МсСапипоп ег а1., 1979) СЗ(г) = ехр ( — чг/2)[сов аг+(ч/2а) гдп аг~ (5.6) юЬеге ч (в йе гес)ргоса! оГ йе теап гппе Ьегччееп соПЬдопв апд а'= АД вЂ” (ч'/4). чч'11Ь геавопаЫе рагатегегв, гЫв пюде! виссевзГЬПу гергодисев йе яппи!агюп гипе согге!адоп Гипсдоп Гог реподв оГ вечегй гепгЬв оГ а р)совесопд.
ТЬе випр!е ппсговсорк тоде! !з, Ьогчечег, 1падес)иаге т вечега! гезресгв. Ав сап Ье вееп Ггот Паиге 5.7, пювг оГ йе со1Игдопа! гогг!иев аге пог ви(Пс)епг1у зггопа го гапдоппхе йе апаи!аг че)осду оГ йе г)па. А!зо, вечега! иприЬев 1п гар(д виссеввюп аге яогпегипев оЬвегчед Гог рагдси)аг ппа — а!от, тагпх-а!от рапв (пювг сопппоп! у гчЬеп йе тапдх а!от 1з рагг оГ йе !оса! ЬасЬЬопе). 11 и'ои1д Ье дев)гаЫе го тсогрогаге гЬеве Геагигев 1пго а пюге ваг!зГасгогу ппсговсор1с пюде1. 96 убог! Пте ИупатГсз 5.2.4 Ехрептепга! согтесгюпл А чаг!егу оГ сошрапвопв Ьегччееп япш!адоп апд ехрегппепга! вгигПев оГ ргоге)п дупаписв Ьаче Ьееп шаде, 1п 8епега!, йе ркгигев йа! гази!! Ггош йе г«о !урез оГ в!иду аге !и а8геешепг.
Весаиве гЬе зппп!адопз апд йе апа1увев оГ ехрегппепга! згид!ев ЬогЬ шчо1че арргох!шаг!опв, гППегепсев ш сегга!и дегаПед геви!гв аге !печПаЪ|у Гоипд, Арргохппадопв ш гЬе в!ши)аг!опв !пс!иде йове ш йе ипдег1у!п8 рогепда1 Гипсгюпв (е.8., пе81есг ог вппрППед девспргюп оГ йе зо1чепг виггоипд!п8в, ав ччеП ав арргох!ша!!опв !и йе рогепда! Гипсгюпв изед Гог йе ргоГе!пв ГЬешве!чев), йове апяп8 Ггош йе изе оГ с)аввка! гайег йап с)иапгиш дупаш!св, апд йове аввос!агед «)й гЬе йп!ге !еп8йз оГ йе зппп!аг!опв. Арргох!шаг!опв !и гЬе ехрег)шеи!а! «ог)г!аг8е!у гевгде !п йе гподе! в йаг аге ивед го !пгегргег йе гагч дага !п гегшв оГ пю!еси!аг шог!оп, а1йои8Ь ипсеггвпдев а! во егдвг !и йе дага дие го Пп!ге ваш рПп8, гепгаг!че авв18пшепгв оГ вресгга! Ппез, его.
ТЬиз, Ьой йе йеогедса! апд ехрег!шеи!а! «ог1с вгапд го Ьепейг Ггош спдса1 сошрапзопз оГ йе!г геви!гв. %Ьеге гЬе гази!гв а8гее, опе оЪга!пв 8геасег сопйдепсе пог оп!у !п гЬе сошЬ!пед р!с!иге оГ пю1еси!аг пюгюп Ьш а1во !и ркгигев оГ апа!о8оиз шог!опв йаг шау Ьаче Ьееп оЬга!пед Ьу оп1у опе гуре оГ арргоасЬ. Оп йе ойег Ьапд, гПза8геегпепгв сап !еад го !шргочед шейодв Гог зппп!адоп апд/ог ехрепшепга! апа!уяв, ав «лП Ье девспЬед !и сЬаргег 9.
Ап ехсеПепг ассоипг оГ воше оГ гЬезе сор!св Ьав Ьееп ргевепгед гесепИу Ьу ! ечу й Кеерегз (1986). Х-гау гП!Тгасгюп вгигПев ргоч)де !пГогшаг!оп оп йе арада! гПвггдЬигюп оГ е!ее!гоп депвду ш ргоге!и сгувга!и. ТЬе шейод Ьав Ьееп ехгепв!че!у аррПед го дегепшпе йе ачега8е ровйопв оГ гЬе агошв !и ргоге!и пю1еси!ев Ггош йе соггезропгПп8 реа)св ш йе е!ее!гоп депв!гу. Ав девсг!Ьед !п сЬаргег 4, йеве роя!!опв аге 8епегаПу ивед го Ье8!и дупаписа1 з!ши1аг!опв оГ ргоге!пв. ТЬе гези!гв оГ сопчепдопа1 Х-гау в!ад!ев аге ачега8ед Ьой очег гЬе гипе гег)и!гед го соПесг йе гППгасдоп дага (ивиаПу аг 1еавг вечега! Ьоигв) апд очег йе шо!еси1ев ш опе ог пюге сгувга1з Ггош вЫсЬ !Ье дага аге соПесгед.
А!гЬои8Ь гЫв ачега8!п8 оггПпап!у еПпипагез йе рова!Ь)Игу оГ оЬгаиип8 г!ше-дерепдепг !пГогшаг!оп, а чапе!у оГ ипроггапг соппесгюпв сап Ье дгагчп Ьег«ееп йе ехрегипепга! апд гЬеогегка1 геви!гз (Ь!оггЬгир ег а!., 1980; Регв1со ег В)п8е, 1984; 1.ечу ег Кеерегв, 1986; Юп8е й Регв!го, 1985). ТЬе шеап роягюпв оЫа!пед 1п а япш1агюп сап Ье согпрагед «4гЬ йове Ггош йе Х-гау вгид!ез, ав сап вечега1 ачега8е гпеавигев оГ гЬе гЬеппа1 д!вр!асешепзв оГ йе аГошв.
Ав поГед ргеч!оив!у, пюз! пю!еси!аг дупаписв в!ши!аг!опв оГ ргогешв го даге Паче Ьееп саггкд ош «чгЬоиг апешрдп8 го шс!иде гЬе сгувгап!пе епч!гопшепг оГ гье ргоге!и. ТЬе ргоге! и рогеппа! 97 Йеяи(гя )ог ргогетя Гипс доп Ьав ивиа1!у Ьееп пюд!6ед го ассоипг гои8Ыу Гог Ие!есгпс еГГесгв ;и йе !аг8е!у аг!иеоия виггоипд!п8з, Ьиг 1Ыз !в пог вийе!епг го гергезепг йе дега!!ед !пгегасдопз чч!й пе)8ЬЪопп8 и агег апд ргоге!и то!еси!ев !и в сгуя1а!. Ревр!Ге йеве 1птнгадопз, йе гипе ачега8е вггисгигев оИа!пед ~п тозг юпш!адопв аге япп!!аг 1о 1Ье Х-гау вггис1иге.
Турка! ппв дМегепсея Ьегччееп ачега8е агопис ровЫопв !и зппп!абопв апд Х-гау Пгистгев аге !п йе гап8е 0.2-0.3 пт; д!Йегепсев !п йе !пгегдог 1епд го Ье вша!!ег 1Ьап 1Ьове оп 1Ье вигГасе оГ йе рго1е!и. 1и рагС, 1Ыв а8геетепг гсяи!гя !гот 1Ье зЬогг !еп8й оГ йе в!пш!агюпв; йеге !з пог вийе!епг гппе Гог йе пю!еси!е го депагиге т гевропяе го йе аЬзепсе оГ ЬудгорЬоЪ!с а ад ойег е)Тес!в. ТЫв !в с!еаг Ггот йе сепдепсу оГ пюзг ргогетв со пюче рго8гезз!че!у !Г в!очду аъчау Ггот йе Х-гау вггисгиге дипп8 1оп8 я!ти!аг!опв (!.еч)11, ! 983а, Ь; Ьечу ег а!., ! 985). 5)гЫ!е йе цепега! впш!апгу Ьеги ееп йе сотригед апд ехрегппепга! вггисгигез тау 1Ьив гергевепг а Гог1шгоив теяавгаЫИу !и пювг внпи!агюпв, !1 доев гпеап 1Ьаг йе авотв т йе ргоге!и !пгепог точе !и геа!!вгк епч!гоптепгз.
!п 1Ье вппр!евг саве оГ !зо1гор!с, Ьаппошс агопис д!вр!асетепгв, йе к!дгЬя оГ е!ее!гоп депв!гу реа)гв аге сЬагасгег!гед ехрептепга!!у Ьу а я! п8!е РеЬуе-%а!!ег Гасгог (ог 1етрегатге Гасгог), В, Гог еасЬ а1от. ТЫв Гасгог !в ге1агед го йе аррагепС теап вг!иаге асоппс Ивр1асетепс Ъу (%!!!!в й Ргуог, !975) (5.7) В = (8п'Уз) ((Лг)'> ТЬе аррагепг теап вг)иаге а1опис Ивр!асетеп1 сап Ье десотровед !п1о а гепп ((Аг)'), Ггот 1аидсе Ивогдег !п йе сгувга! апд ойег ейесгв, р!ив а гепп ((яг)я)„Гог йеппа! пюгюп (сопГоппагюпа! апд чдЪга1юпа! дисгиаг!опв) идгЫп а вищ)е пю!еси1е. То Ивдп8швЬ Ьеичееп йеяе соп1пЬиг!опв, РеЪуе — %а!!ег Гас1огв сап Ье гпеавигед аг Пчо ог пюге сИГегеп1 гетрегагигез, в!псе !а11!се Ивоп!ег вЬои!д Ье ге!адче!у !пвепв!Ьче 1о гетрегатге, юЫ!е ((дг)') „зЬои!д дерепд оп гетрегагиге.
!и ргасдсе, а чапе!у оГсотр!!сагюпв та)ге Ь ййси!1 го п8огоив!у зерагаге йеяе гччо 1егтз. Ав а ргоее!и сгувга! !в соо!ед, ггапгИюпв Ьегчгееп !пгегпа! в!гас!ига! виЬв1агев ич!! Ье в!оюед зо йаг, ге1адче 1о а 8)чеп гппе вса1е, воте сопГопиагюпа! (!исгиаг!опв тау Ггееяе !пго в!аде Ивогдег. !и агЫШоп, йе гедисдоп оГ теап атрИидев оГ агопис пюгюп илй десгеав!п8 !етрегагиге тау ге))есг Ьой йе гедисед атр!!гиде оГ !огч Ггег)иепсу ч!Ъгаг!опв апд йе дерори!агюп оГ сегга!и виЬз1агез Ьу ггапвйопв го зиЬягагев оГ !очгег епег8у. ТЬе ИвгпЬигюп Ьегччееп Ггогеп-!п Ивогдег апд аппеайп8 с!еаг!у дерепдв оп ГЬе гаге оГ соо!!п8. г!па!!у, 1Ьеге !в йе ровиЬИгу йаг йе д!яогдег гепп тау геЯесг гегпрегагиге вепвИче ч!Ъгадопв !пчо!ч!п8 йе сопсег1ед тодопв оГ тоге йап опе ргоге(п пю1еси!е 98 фогт тиие дупат?сз еле Е я я о.ое Е йв о о.ое еле Х-йау (пт) Р!8.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
