McCammon, Harvey - Dynamics of Proteins and Nucleic Acids (522918), страница 16
Текст из файла (страница 16)
1п а сопчепйопа! япш!айоп оГ тЬе Ыпй йевсНЬей ти весйоп 4.7, а 1ипЬей гап8е оГ с мчП! Ье ехр)отей Ьесапве оп1у сопЯ8игаиопв Ьач!п8 )т(~) ютЫп а Гев )си Т оГ тЬе )оса! пипипшп илП Ье затр!ей. 1п шиЬгеПа ватрйп8, ап ехрапйей гап8е оГ с В ехр!отей Ьу айтПп8 аихт!!агу теппв то ГЬе ротепйа1 Гппсйоп то вЫВ ГЬе 1оса! пипипшп )п а йев!гей й!тест!оп. Пипи!айопз аге ГЬеп сагпей оит ивш8 ГЬе тотПЯей ротепйа!, апй тЬе тЬепиойуиапис тези!тв аге поппаПхей то тетиоче тЬе еЯеств оГ ГЬе аптй!тату ротепйа!з.
ТЬе шиЬгеПа затр!ш8 арргоасЬ Ьав а!во Ьееп изей гесепт!у то втийу ГЬе тойоп оГ ап оху8еп то!еси!е !пяйе ГЬе рготеит, туо8!оЬтп; ш тЫв сазе с ы еззепйаПу а П8апй тПвр1асетепт соогтПпате (Сазе ет МсСапипоп, 1986). ТЬе ес!иайоп Гог шпЬгеПа ватрйп8 а1оп8 а сооггПпате с' ы Ьавей оп )Ье ГоПотч!п8 йеЯпЫоп оГ тЬе ргоЪаЬтрйу йепяту тптгойпсей тп (4.19): (4.20) Неге, Г" гергезептз а ратйсп!аг зет оГ ГЬе соогй)патев оГ аП тЬе а!оп1в 1и 69 егее епет8у еа!еи!аг!апл йе вувСеп| (!.е., а ро!п| ш сопГ|8игаг!оп зрасе), «Ы1е С' апсс 1'(Г") аге гевресВче!у |Ье ча1иез оГ йе соогйпасе С апс) оГ |Ье росепба! епег8у Гог сЬ!в соп08игасюп.
ТЬе ссе!са Гипссюп а(С' — С) ы ес!иа1 Со хего Гог ~' ч' с, во сЬас сЬе ргоЬаЬ!!!су |п (4.20) сап Ье |псегргесе|1 ав сЬе яип оГ Во!сгтапп ргоЬаЬ!1Шев ехр ( — фЕ'(Г'))7!с(Г" ехр ( — суЩ )) Гог!изс йове соп08игасюпв вссЬ с" = с'. ТЬе ес!иаВоп (4.20) |в Ггот сапошса! епзеп|Ые (сопзсапс !ч', Т, и) |Ьеогу, во йас йе соггевропйп8 росепс|а! оГ теап Гогсе 81чеп Ъу (4.19) В а Не!тЬо!Сх Ггее епег8у. 1Г опе посч гер!асев !'(Г') ш (4.20) Ьу йе тоййесс росепВа1 Гипссюп Р(1 )+(7(с'), счЬеге ГУ(~') В |Ье аих|1|агу (шпЪге11а) росепВа! |Ьас точев |Ье вувсе|п ш сЬе |сев!гед йгесВоп, СЬе гези16п8 ес)иаг!оп саи Ье геаггап8ес) Со ехргезв йе соггезропйп8 той6ес( с!епз!Су р'(С) ш Сеппв оГ СЬе оп81па1 с(епягу, (4.21) р'(С) = С ехр( —,9(7(С))р(С) ТЬиз, 1Г а йпи1ассоп Ы сагпе|1 оис ияп8 сЬе тоййед россика!, а ргоЬаЬ~!Ву с(епз!Су р'(С) «ч!1 Ье оЪ|аше|1 йаС й(Гегв Ггот р(С); !и рагски!аг, (7(с) сап Ье сЬовеп со усе!с( а р'(С) йас Ы 1аг8е аш1 всасьс|са!!у ге1|аЫе |п ге81опз оГ с «Ьеге йе ссепзссу р(с) оЫа|пе|1 Гго|п а ят«1аВоп оГ йе 'геа!' вувсет счои1|С Ье япа!! аис! ипсегсаси, 8!псе (7 (с) Ь а 1спо«и ГипсВоп, (4.21) сап Ье изей со с!есепп!пе р(с) со «чй|п а сопвсапс Гассог ш зисЬ ге81опз.
ТЬе ассиа! ргосес!иге Гог шпЪге1!а ватр1!п8 сур!са11у та1сев иве оГ сЬе росепВа! оГ |пеап Гогсе гайег йап сЬе ес!и!ча!епс ргоЬаЬ~!Ву с(епзссу. Опе пи8Ы яагс Ъу регГопшп8 а япи|!аВоп «чй йе иптоосйес) росепба1 Р; Ггот йе оЬвегчес( соп68игаВопз, р(с) апсс ИЯ) сап Ье с)егеппспес) ге1|аЫу «чй|п а сег|аш гап8е оГ с. Ап шпЬге!!а Сепи Г! Ы йеп асЫес( со |Ье росепВа! апс! апо|Ьег япш!аВоп В регГопиес! со с!есепшпе р*(Д ш а гап8е |Ьас рагс!у очег!арв сЬе ргечсоиз гап8е. Ву ияп8 (4.19) апсс (4.21), сЬе росепВа! оГ теап Гогсе |п |Ыв пе|ч гап8е Ы, «ч|Ып а сопяапс сегп|, — /си Т!прч© — (7(С).
ТЬе сопв|ап| Сепи Ь сЬовеп Со епвиге СЬа| йе расеи!|а!в оГ теап Гогсе а8гее |п |Ье ге81оп оГ очейар ш |Ье ссчо йпи1аиопз. Ву ияп8 песч шиЬгеИа росепВа!в |Ьас |псгеаып8!у вЬ|В |Ье ватр!е с!епз!Су а!оп8 С ш виссевяче внии!а|юпв, й|в ргосес!иге тау Ье гереасес) со оЬ|аш йе Ггее епег8у ИЯ) очес а сопзЫегаЫе гап8е. Ойег йеппо|1 упапис с!иапйсев, висЬ ав СЬе ш|егпа1 епег8у апс! еп|гору оГ СЬе вузсет аз ГипсВопз оГ с, сап а1во Ье Оесепи!пес! Ггот йезе ят«1аВопв (Хог|Ьгир е| а!., 1982а). А ь рр ьрь ~|ы гж~ааюаав«|ыл~~ оГ аррИсасюп ш 1!с!и!|С зсасе йеогу В всассвссса! тесЬашса! )мпиггЬассдп ~~г~у~~ч~~агпе, 1976; Роята, Вегеис)зеи ас Наа1с, 1982; Рг!ес)тап, 1985а), 1п СЬе сапои|са! еиветЫе Ггатесчог!с, йе Гип|!атеп|а! ес!«акоп 70 ТГзеогет(са! тает)тоз(в Гог й!з арргоасЬ !з т)епчео 1гош сЬе с(ейпсс!оп оГ йе Не!шЬо!ск Ггее епегау ) с!Г ехр ( — ф 1'(Г))) в С и зт~Азч (4.22) Неге, Ф гз сЬе пшпЬег оГ ратас!ез ш йе зузсеш, А !з а Гцпсс!оп оГ йе сешрегасцге, апс1 сье осьег ссцапйсез аге ссейпесс аз ш (4.20).
ьсочт зцррозе йас опе сч!зЬез со еча1цасе сЬе ййегепсе Ьепчееп йе Ггее епегау Аз оГ а зузсеш счЬозе росепс!а! епегау Гцпсс!оп гз !'з(Г) апс) йе Ггее епегау А оГ сЬе зузсеш зрес!Гтес) аЬоче. ()з!пу (4 22) со ехргезз сЬе счто Ггее епегасез, опе еая1у оЪсаспз А — А = — Г, ТЬс1)~Т'хр( Р~ (Г))~! С !с)Гехр( — ф1'(Г)) ) Г = — Гтв Т 1п )'с)Г ехр ( —,9 1') = — lсв Т !п (ехр ( — р(К» — !'))) г (4.23) 1п сЬе !азс 1тпе оГ (4,23), йе зушЬо1 О,, шйсасез ап ачегаае очег а Во1сгтпапп вашр!е оГ сопйацгас!опз аочегпес! Ьу йе росепсса! епегау Гцпс6оп 1'(Г). 1Г а зппп!ас!оп !з саггсес! оцс Ъазес) оп Щ), йсз ачетаае сап Ье с)егетшспес) яшр!у Ьу еча!цас!па йе Гцпс6оп ехр ( — сУ(Гз — !")) Гог СЬе гезц!Ппа сопйацгацопз апс) йч!с)!па йе зцш оГ йезе ча!цез Ьу йе пшпЬег оГ соп0ацгасюпз.
А!сЬоцаЬ йе с)егсчас!оп шйсасес) аЬоче !з Гог йе сапошса1 епзешЬ(е, йе !азс 1спе оГ (4.23) шау Ье цвет) со са)сц1асе ййегепсез оГ О!ЬЬз Ггее епега!ез (гер1асе А апс( Аз Ьу 0 апс! Оз) !Г йе геГегепсе йпц)аС!оп Ьаз сопзгапС Гзт, Т, р шзтеас! оГ сопзСапС Ю, Т, к 1п а Сур!са! аррс!сацоп, опе ш!аЬС сошрШе йе с)!СГегепсе ш Ггее епега!ез оГ сзчо зузсетпз, опе оГ счЫсЬ сошрпзез сЬе зо1цсе спо!есц1е Ь р1цз зо!чепс, счЬ!1е йе осЬег сошрпзез а сс!СТегепс зо1цсе пю1есц1е М ш йе васпе зо1чепс.
Бцррозе Гог зцприсьу йас ь апсс м сопсаш йе заспе пшпьег оГ а!оспа. Репосе йе росепс!а! епегау Гцпссюпз Гог йе сзчо зузсешз (зо1цсе р!цз зо1чепс) Ьу 1ь апс) Рщ, гезресс!че!у, Рейпе а 'пцхесс' росепс!а! епегау Гцпс акоп зс = "ззт+(! 2))ь (4.24) зчЬеге 2 шау чату Ггош 0 со 1.
1Г сЬе 1гее епегау оГ сЬе зузсеш аочегпес) Ьу %г !з подач с)епосес) Ьу А(Л), сЬеп йе Ггее епега!ез оГ сЬе 1,/зо!чепс апс! М/зо!чепС зуЯешз аге А(0) апс! А(1), гезресбче1у. То са1сц1ате СЬе т)ез!тес) с!!Йегепсе А(1) — А(0), опе соц!6 Ьеасп Ьу регГоттппщ а япш! асюп оГ СЬе 71 Где епег8у си!си!а! Гопл 1./зо!чепт зувтет. ТЬе сопИ8игадопв 8епегатед (п тЫв япш1адоп сои!д тЬеп Ье изед то сотприте А(2) — А(0) йгои8Ь (4.23). ТЬат (з, опе еча!насев Гог еасЬ сопй8игатюп йе сЬап8е Ы епег8у ргодисед Ьу гер!аап8 йе 1./зо!чепт ротепда! Гипстюп Ъу тЬе пнхед ротепда1 Гипстюп, апд йеп регГотшв йе ачета8е (пд(сатед Ьу (4.23). 1п ргасдсе, втадздсаПу геПаЫе ча!иев «ИИ оп!у Ье оЪта!пед Гог а гап8е оГ 2 соггезропд!п8 то Ггее епег8у дИГегепсез ир то регЬарз 5 ог !О йпев И Т, Ои!в(де оГ йь гап8е, геЪаслчеЪу Гетч сопИ8игадопз 8епегатед чдй Во!тхтпапп ргоЬаЬ(И1(ев ргороттюпа1 то ехр( — ф$~с) «АП оссиг апд соптгдЬи!е то йе ачега8е !и (4.23).
1Г йе гап8е оГ геИаЫИту )в тоо япаИ то детегтп!пе А(1)-А(0), опе сап оЬта!и йгз с(иапгКу Ьу тпайп8 изе оГ Ьпд8(п8 япш!адопз. Рог ехатпр!е, 1Г А(2)-А(0) (в тчеИ детегпнпед ир со 2 = 0.5, опе сап саггу оит а ятпи!атюп 8очегпед Ьу тЬе пнхед ротепда) (4.24) !ог 2 = 0.5 апд оЬта(п тЬе дев!гед сИИегепсе ав йе янп оГА(1)-А(0.5) Гготп йе весопд япш(а!юп апд А(0 5)-А(0) Ггош йе Игзн 1п йе сазе оГ1аг8е дПГегепсез 1п !гее епег8у, К гпау Ье песеззагу Со та!те изе оГ,вечега! Ьт(д81п8 в)пш!атюпв.
ТЬе тпейод сап а!во Ье ивед то ехтгаро!атеуготп !аг8ег со япаИег ча!иев оГ 2. 1п йе аЪоче ехашр1е, опе сои!д оЪта)п А(1)-А(0) Ьу ехтгаро!адп8 (п Ьой сИгесИопв Ггош йе япш!атюп регГоппед «КЬ 2 = 0.5. ТЬе рег!игЬатюп гпейод Ьав Ьееп ивед то дететш)пе тЬе Ггее епег8у гецн(гед со сгеате зрЬепса! са«К)ев 1п «асег (Ровнпа ет а!., 1982) апд йе ге!а!1че Ггее епег81ев оГ Ьудгат)оп оГ япаИ тпо!еси!ев апд юпз (Уог8епвеп ес КачнпоЬап, 1985; 1.уЬтапд, С ЬозЬ й МсСапипоп, 1985; МсСапипоп, ЬуЪгапд, АИ)зоп ет ХогтЬгир, 1986с). Рог тпапу аррИсат(опз, Ьочтечег, К Ы Ьенег то иве ап ехтепдед арргоасЬ саПед йе тЬегтподупапис сус1е— регтигЪат(оп тейод (ТетЬе Ют МсСапнпоп, 1984; МсСаннпоп ет а!., 1986с; ЬуЪгапд, МсСашгпоп Ь'ч(т1 р(Г, 1986; МсСапнпоп, Кат(т, ЬуЬгапд сс %оп8, 1986а; Чтоп8 Ют МсСатгпоп, 1986а, 6).
ТЫв арргоасЬ сап Ье П)изтгатед Ьу сопядепп8 йе Ыпд(п8 оГ !что сППегепт И8апдз, Ь апд М, то а гесертог гпо!еси!е К. ТЬе ге!адче Ъ(псИп8 а(Ип1!у ы дететш(пед Ьу йе 1гее епег8у гИПегепсе ААА = АА, — АА, Гог 1Ье ГоИо«дп8 ргосезвев (4.25) Ь+К ЬК АА, М+К МК АА, (4.26) 1п рппс(р)е, АА, апд АА, сои!д Ье десегш(пед Ьу шпЬгеПа ватпрИп8 япш!адопв (п «ЫсЬ йе 1г8апдв апд йе гесертог аге 8гадиаПу Ьгои8Ьт то8ейег Ггот а!аг8е верагатюп.
1п ргасдсе, й!в арргоасЬ тчП! ойеп Ье Ггизтгатед Ъу в!о«дево!чатюп ргосевзев (еврее)аИу ш йе саве оГ гесевзед Ь!псИп8 ятез, «Ьете йе ептет!п8 И8апд тау Ыпдег воЫепт езсаре) ог 72 77|еогейса1 |пегбо|(в сопГоппа6опа! сЬап8ев ш 88ап6 ог гесер|ог аввос(а|ей |ч(|Ь Ь!п6!п8. Ечеп чгЬеге висЬ сошр11са6опв аге по| ргевеп|, еасЬ АА 6егепп!па|!оп чгои!д гес!шге а вег!пенсе оГ !оп8 йпи!а6опв, соггевроп61п8 |о йе 66вр!асеп|еп| оГ |Ье 118апд ге1а||че |о |Ье гесерсог. 1п йе |Ьепподупаш)с сус!е — рег|игЬа6оп арргоасЬ, опе |чои!д швгеад сопвЫег йе Ьуройе6са! геас6опв (4.27) Ь+К М+К АА, (.К МР. АА, (4.28) 8!псе геас6опв (4.25) йгои8Ь (4.28) Гопп а с(овей йеггподупаш)с сус!е, ААА = АА,— АА, = АА,— АА,. ТЬе Ггее епег8у сЬап8ев АА, апд АА, сап Ъе са(си(агент Ьу йе рег|игЬабоп ше|Ьод бевспЬед аЬоче.
ТЬе |Ьепподупаш)с сус!е — рег|игЬа6оп арргоасЬ Ьав а пшпЬег оГ нпрог|ап| абчапга8ев. Е!гвЬ Ь ргочЫев ассига|е геен!|в Ьесаиве г)ега!!ед во!ча6оп ейесгв ап6 то!еси!аг апЬаппоп(с!|у аге ргорег)у ассоипгег( Гог, а| (еав| чч!!Ь!и йе Ггаше|чог)с оГ с!авяса! дупапнсв. Яесопг), йе соп|ршабопа! гег!и)гешепгв Гог де|епп)п(п8 АА, апд АА, аге Сур(са(!у шисЬ япа!!ег йап йове Гог са(си!а6п8 АА, ап6 АА,. Т!нг6, Ьу Госияп8 оп ге!а||не Ггее епег8у сЬап8ев, |Ье арргоасЬ ЬепеГ|гв Ггоп| сансе!!а|юп оГ геппв |Ьа| п|ау Ье 61(г|си!1 |о еча!иа|е.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
