McCammon, Harvey - Dynamics of Proteins and Nucleic Acids (522918), страница 15
Текст из файла (страница 15)
ТЫв ргоседиге, то!еси1аг дупаписв сч(СЬ в|осЬ- азбс Ьоипдагу сопд)Попа, |чав Ягв| Сев|ед оп а пюде! оГ 1щи)д аг8оп (Вег1сосч!Сг дс МсСапппоп, 1982), » Ьеге Ь»ав Гоип|1 Со 81че геви1|в Гог йе гасЯа1 гВв|пЬидоп Гипсдоп апд йе че)оспу согге)адоп Гипсдоп йа| »еге ш чегу 8оод а8гееп|еп| чч)СЬ СЬе геви!Св Ггоп| а Ги)1 пю!еси!аг дупаписз яти!адоп оп СЬе вате зуз|ет. ТЬ|в ргоседиге Ьо1дв сопв!дегаЫе ргопизе Гог СЬове я|иа|юпв |чЬеге сотри|ег Снпе Св Соо 1пп||ед Со а1!осч япш!адоп оГ йе Ги!1 вушет апд Гог яСиадопв ччЬеге рег)од!с Ьоипдагу сопсВЯопв сап Ье ехрес|е|1 Со ргодисе агС|Тасгв. 1| Ьав гесеп|! у Ьееп ехгепдед Со йе япт!адоп оГ рго|ешв, Спс!ид)п8 СЬе асдче зде ге81оп оГ СЬе епгуте, |ЯЬопис!еаве (Вгоо)св, Вп1п8ег Ь Кагр!ив, 1985; Вп1п8ег, Вгоо)св |Ь Кагр)ив, 1985).
1| В !спосчп йа| СЬе ргевепсе оГ сопЯтп8 Ьоипдапез сап а1|ег СЬе в|гас|иге оГ вувСетв висЬ ав счагег (!.ее е| а!., 1984; Ве!сЬ ~Ь Вег1сосч)Ск, !985), ап|1 СЬа| япа1! вувСет яхев сап а!Сег депв!|у Яис|иадопв (Ои(11ог ег Ои(ваап(, 1985). Моге счог)с Св пеедед Со дече!ор з|осЬаздс Ъоипдагу те|Ьодз ш»Ь~сЬ висЬ ейес|в аге ргорег!у соп|го!!ед.
Мо!еси!аг дупаписв а| 1о|ч Сеп|регатгев Ьав Ьееп вЬосчп Со Ье а ивеГи1 тейод Гог епег8у т!п(т(хаС)оп, оГ сотрагаЫе еГЯс|епсу Со о|Ьег тейодв (Вгоо1св ег а!., 1983). !с Ьав Ьееп ивед со аппеа! !оса! яепс сопЯ(сгв апв|п8 дипп8 1аг8е вса!е деГоппадоп оГ тасгото!еси!аг пюде1в (!.ечЬС, 1983с; РгаЬЬа1|агап й Нагчеу, 1985). Мо1еси1аг дупаписв |в а!во а ргопияп8 п|ейод Гог СЬе геЯпетеп| оГ яп|с|игев Ггот Х-гау с|уз|а!!о8гарЬу (ччевйоГ, Оа!1!оп„%ешег ГЬ !.ечу, 1986). О(чеп йе сч)де гап8е оГ ргоЫетв СЬа| сап Ье аССас!сед Ьу пю1еси1аг дупаписв, апд сопядепп8 йе 8госчш8 рори!а|5|у оГ йе тейод, Ь В счогСЬ|чЬ11е Со ехап|ше воте оГ СЬе!пп||аСюпв оГ й|в СесЬпщие.
МовС оГ йеве 8госч оиС оГ СЬе Гас| СЬа| СЬе то!еси1аг то|Се!в аге во де|а|1ед (Сур|са!!у шс!исВп8 а|!еав| а1! Ьеачу а|оп|в апд Ггес)иепС1у |папу ог а1! Ьудго8епв) апд йе Сапе в|ер В песеввасд! у во вЬог| (а !галоп оГСЬе репой оГ йе Ы8Ьев| Гге|1»епсу пюдоп, ап|1 Ьепсе оп йе оп)ег оГ 1 Гв) йа| оп1у гда||че1у япа1! вуяетз апд вЬогС Сипе вса!ез аге ассевяЫе Со япт!адопв. Тога! то!еси1аг сче18Ь|в (шс!исВп8 во1чеп|) аге Сур)са!!у оп СЬе оп)ег оГ 25000 ог 1евв, апд йе СоСа! репод сочегед ы Сур|са1!у а Ггас|юп оГ а паповесоп|1. С|ССССЬ СЬе ачадаЬ|!Ьу оГ вирегсотригегв, аггау ргосеввогв, апд ти! С)ргосеввогв, йезе ча1иев тау Ье рийед ир Ьу опе ог пюге огдегв оГ та8ш|иде, Ьи| йе ассевяЫе йпе вса1ев счЯ! в|111 Ье Гаг зЬог|ег СЬап |1юве оГ пювс Ью1о81са!!у Сп|егевдп8 ргосеввев.
1| |в по| сопчетепс Со иве а тоде! йа| ечо)чев Ггее!у ипдег п|о1еси!аг дупаписв Со ехапипе пю|юпз ог!пГге|1иеп| ргосеввев |чЛове сЬагас|епв|1с Сипев аге !оп8ег СЬап 100 рв 66 ТЬеогегГса! тегбодз ог во, Ьесаизе ГЬеве аге ипИ!ге!у го оссиг вропсапеоив!у дипп8 висЬ а зЬогг зппп!агюп. 1п воте савах, гйз ргоЫет сап Ье очегсоте Ьу сЬоояп8 а ви)гаЫе геасдоп сооггИпаге апй Гогсш8 ГЬе вувгет го точе а!оп8 гЬаг сооггИпаге йипп8 а пю!еси! аг дупапнсв зппп!агюп. ТЬеве ргосейигез аге гИзсиввей ш пюге дева!1 ш весдоп 4.9. АпогЬег вЬоггсот!п8 оГ то!еси!аг йупаписз В ГЬаг гЬе а!от!с гга!есгог)ез аге Ьавей оп с!авяса! ег!иайопв оГ тодоп, во гЬаг г1иапгит йупаписа! ейесгв аге !8погей.
Роггипаге!у, гЫв !в изиа1!у по! а вспоив 1пп1гагюп, апй г!иапгит йупаписа! випи1адоп тегЬойз сап Ье изей!п врес)а! сазез (сГ. весдоп 4.1). ОГ соигве, г!иапгит ейес!в аге ппрИсЬйу !пс1идед ш гЬе рогепда1 епег8у Гипсйоп ччЫсЬ, аз гИвсивзей )п вес!)оп 4.2, 1в дея8пей со тоде! гЬе Вогп-ОррепЬеппег вигГасе Гог гЬе вузгет. 8!псе тапу оГ ГЬе вггисвига! сЬап8ев ассотрапуш8 геасдопз висЬ ав епгуте сага!уяв оссиг оп ГЬе Ите вса)е оГ то!еси!аг йупаписз, Ь ччои1й Ье ровяЫе го 8аш ча!иаЫе тГоппабоп оп ГЬе дега!!в оГ гЬезе геасдопз 1Г пю!еси1аг дупаписв япт1абопв сап Ъе соир)ед го аЬ !пШо са1си1абопв оп зи)гаЫе р)есез оГ ГЬе епгуте-зиЬягаге сотр!ех. 1троггапг рго8гевз 1п гЫз й1геспоп 1в Ьеш8 тайе (СЬапйгаве)сЬаг, БпигЬ й Лог8епзеп, 1985; %ешег, 81п8Ь ег Ко!!тап, 19856; Зог8епзеп, СЬапйгаве1гЬаг, Вис1гпег дг Майига, 1986; Майига дг вог8епвеп, 1986).
4.8 Ргее епег8у са1си1ав!опв Яппи!акоп те!Иода ГЬаг ватр1е ГЬе розяЫе азот)с сооггИпаге ча1иез ог 'соп68игагюпз' оГ а вуяет оГ агота сап Ье изей го са!си!аге гЬегтойупапис ргорегдев оГ гЬе вуяет. Рог ехатр!е, ГЬе епггору оГ а зувгет 1в гИгесг1у ге!а!ей го гЬе пшпЬег оГйИГегепг соп68игагюпз ГЬаг аге гЬеппа!!у ассевяЫе го Ь (МсЯиагг)е, 1976; Ег)ейтап, 1985а). РегЬарз ГЬе тозГ ппроггапГ оГ ГЬе ГЬеппойупат!с ргорегбев аге Ггее епег81ез, вч)исЬ ргоч1де ГЬе Гипдапгепга! гпеавигев оГ ГЬе згаЬ)Игу оГ а зувгет.
1п рппс)р1е, ГЬе сопИ8игайопа1 затрИп8 песеввагу Го девеппше 1Ьепподупапис циапйг1ез сап Ье регГоппей Ьу поппа1 тоде апа1ув1в (зесдоп 4.6), пю1еси1аг дупаписз (зесдоп 4.7), ог Ьу Мопсе Саг!о те!Иода. 1п ргасдсе, сопчепдопа! Мопге Саг!о теГЬодв аге гагЬег ше!Ис1еп! 1п ехр1опп8 гЬе сопИ8игадоп врасе оГ чегу 1аг8е то!еси!ез ччЬеп сотрагей го то!еси!аг йупаписв (Ь!оггЬгир й МсСатпюп, !980а). Хоггпа! тоде арргоасЬез Ьаче огЬег !ипВадопз ав йезспЬед Ье!овч, во гЬаг то!еси)аг йупаппсв арреагв го Ье гЬе оргппа! затрИп8 гесЬпщие ргезепг!у ача11аЫе.
1п вчЬаг Го1!опз, Ь вч)!! Ье изе1и! го девспЬе Ггее епег81ев ав Гипсдопв оГ ичо дИГегепг вега оГ !пдерепйепг чапаЫев ог сопзггашгз ГР)ррагй, 1964). ТЬе Игзг веЬ йеповед Ьу г, 1в ГЬе изиа! вез оГ чапаЫев изей Го йеИпа ГЬе ГЬеппойупапис агаве оГ а вузгет (е.8., гетрегагиге Т, чо1ите е, егее епег8у еа!еи!аг!аие пшпЬег оГ рагбс!ев А1, ргеввиге р, его.). ТЬе рагВси!аг Ггее епег8у 1ипсВоп йаг сЬагасвепхев 1Ье в1аЪ1111у оГ а вув1еш йерепг!в оп ~ЫсЬ йеппопупаш(с сопвгга(пгв аге ивег!. ТЬе Не!гпЬо11г апд О(ЬЬв Ггее епег81ев аге арргорпа1е Гог сопв1апг Ю, Т, и, апг! сопвгапг Ж, Т, р, гевресВче!у.
ТЬе весопд зег оГ чапаЫев, г!епо1ей Ьу «, В ивег! 1о 61вг(привЬ ойег Геагигев оГ 1Ье вуяеш, висЬ ав г!1(Гегепг ге8(опв оГ соп68ига11оп врасе. ТЬе чапаЫев «шау Ье ГВзсгеге ог сопВпиоив. Ав а випр!е ехашр!е, сопвЫег а вув1еш сошрпяп8 а гесер1ог ргогеш, а 118апд пю!еси!е, апд а 1аг8е пшиЬег оГ во!чепг ию1еси1ев. ТЬеп опе ии81И иве « = О го 1аЬе! а!1 соп68ига11опв 1п ччЫсЬ йе 118ап6 апг! гесер1ог аге по1 Ьоипй, апд « = 1 со !аЬе1 йе Ьоипй соп68ига11опв. 1п огЬег савев В 1в Ье!рГи! го иве а сопгииюиз «„Гог ехашр1е го 1аЬе! сопй8ига11опв соггевроп«Вп8 1о Й(Гегепг ча!иев оГ а геасг(оп соогг!1паге.
%Ьеп «!в сопйпиоив ап6 гергевепгв рагВс1е соогйпагев, В В сопипоп го геГег го йе Ггее епег8у И'(«) ав а ро1епба1 оГ шеап Гогсе. 1Г 1Ье ро1еп11а! оГ шеап 1огсе г!ерепбв оп а яп8!е чапаЫе «, 1Ье соппесбоп Ьеичееп И'(«) апс$ йе вгаЬ!1!1у оГ йе зуяеш сап Ье вгагег! ехрйсп1у йгои8Ь 1Ье ес)иаВоп И'(«) = — !ги Т 1п р(«) (4.19) юЬеге р(«)с1«ы йе ге(аВче ргоЬаЪ|!11у 1Ьа1 1Ье йис1иаВп8 вуз1еп1 и(11 Ье Гоипг! ш йе ипегча1 «со «+ 6«. Опе поппайгаВоп сопчепВоп ивег! !агег (!п весгюп 6.2) В йа1 р(«*) = 1 Гог йе иювг ргоЬаЫе ча!ие «» оГ «; соггевропйп8!у, йе ро1еп0а! оГ шеап Гогсе 1з шеавигег! ге!аВче го 1Ье ча!ие И'(«») = О. Хог оп!у сап ро1еп11а!в оГ шеап 1огсе Ье йегепп(пег( Ггош дега!!ей дупаписа! шоде!в, аз г!евспЬег! Ье1овч; йеу сап а1во Ье ивег! 1о деГепп(пе йе еГГесг(че 1огсев асйп8 а!оп8 «ш в!шр!16е6 Йупаш(са! пюре!в (сГ.
вес1юпз 4.5, 4.9, 4.10). Егее епег81ев апг$ ойег йеппопупаш1с ГипсЕопв сап Ье ехггасгег$ Ггош соп1 ригег яши1аВопв Ьу а чапе!у оГшейобв (Мс()иап(е, 1976; Веппегг, 1976; Ча!!еаи Ь Тогпе, 1977; Вегепг!веп, 19856; Вечег(г!8е й Мехе(, 1985; Епейпап, 1985а). Епггор(ев, шгегпа! епег81ев, апй Ггее епег81ев сап Ье еая!у са! си!а!ей Ггош 1Ь геви)гв оГ поппа! пюйе апа!увез (МсОиагпе, 1976) Ьиг, оГсоигве, вЬаге 1Ье ВпигаВопв 1пгппв(с го висЬ апа1увев. ТЬеве 1ишгаВопв 1пс1иг(е йе пе81есг оГапЬаппошс сопгпЬигюпв апй 1Ье пе8!есг оГ апу во1чаВоп ейесгв йаг дерепг! оп ехр1!с11 сопви)ега11оп оГ йе во1чеп1 пю1еси!ев.
1шргоче6 ев11шагев оГ шасгошо!еси!аг епггору сап Ье оЫашед Ьу ияп8 1Ье поппа1 пнн)е Ггашейог1с го апа1уке г!ага 1гош шо!еси!аг г!упаш(св япш!аВопв (Кагр1ив й КивЬ(с1г, 1981; Р(Хо!а, Вегепйвеп й Ег!Ьо!ш, 1984; Ег!Ьо!ш ег Вегепдвеп, 1984; 1.ечу ег а!., 1984а). Неге опе вгаггв ичгЬ йе гпеап вг1иаге рояли Оисгиагюпв оГ1Ье агошв оЪвегчег! (п йе Ги11 вппи1аг1оп, апг! сопвггисгв а випр1ег циавр 68 ТЬеотет)са) тетЬос)я Ьапиоптс тойе) яч!)Ь Ьапиошс ротепйа!з сЬовеп то ргойисе яии1аг Яистиатюпз. ТЬе поппа! пюс1ев апй соггевроптПп8 тЬеппойупапис ргорегйев оГГЬе т)пав)Ьапиошс тойе! аге )Ьеп йесепшпей.
ТЫз арргоасЬ ратху соггеств Гог ГЬе апЬаппои!с)ту оГ тЬе тгие тио!еси!аг вувтет, Ьит вЯП пе81еств соптНЬш!опв йие то товт иш!йр!е ииптта оп ГЬе ротепйа! епег8у зигГасе ог то йетаПей зо!чатюп еЯеств. Ти о оГЬег арргоасЬезЬаче гесепт! у Ьееп изей то еча1иате Ггее епег8)ез апй отЬег тЬеппойупаиис ргорегйев оГ Ьтото1еси1ев. ТЬезе арргоасЬез аге ге!айче!у йетаптПп8 оГсотршайопа! гезопгсев, Ьит сап ш рйпстр!е ргочЫе чету ассигате тези!тв.
1п еасЬ оГ тЬеве те0юйз, ГЬе ротепйа! епег8у Гппстюп ы той!Яей !и тЬе соигзе оГ а зет оГ япш1айопз. ТЬе тогПЯсайопв аге йея8пей то томе тЬе вувтет Ггот опе зтате то апотЬег, соттевроптПп8 то гПЯегепт ча!иез оГ тЬе чаг)аЪ|е с !итгойнсей ат ГЬе Ье8)пп!п8 оГ тЫв зесйоп. Рата соПестей т)ипп8 тЬеве зппп! айопв аге изей то са!си!ате тЬе Ггее епег8у апй оГЬег тЬеппойупат)с т!иапттйев ав Гипстюпз оГ с. ТЬе Ягвт а гоасЬ Ьав Ьееп саПей шпЬгеПа ватрИп8. АЩдщЬ 1Ыз арргоасЬ Г чапеку оГ аррПсайопв ш яий)ез оГ Пт)и!йв апй воПйв(рап8аП, Вас ет Вегпе, 1979; Вач)зЬай)сег,М~ке)~ет Вечегй8е, )982; Зог8епзеп, 1983; Вег)готта, Капт, МсСапипоп й Возя)су, 1984; СЬапйгазе)гЬаг ет а!., 1985), Ь Ьав Ьееп аррйей )и Ъ1ото1еси!аг яптПев ргииап1у то йе)егтше.1Ьсте)а ! в!атея оГ Ьюро1утиегв ()м)огтЬгпр ет а1., 1982а; МегеЬ МеЬготга Ь ) ттег арр!Ыайопв, С ы сЬовеп то Ье ап арргорпате соп!оппайопа! соогй!пате.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
