McCammon, Harvey - Dynamics of Proteins and Nucleic Acids (522918), страница 18
Текст из файла (страница 18)
ТЬе ргоЬаЬ1!(гу оГ еясаре Ггош г = Ь 1з йеп 1 —,В . Хоп !ег йе Ь яи Гасе Ье епс!овей Ьу а !аг8ег врЬепса! зигГасе оГгаг!!ив д. ТЬе ргоЪаЬ!!(гу оГевсаре Ггош г = Ь сап Ье и г!пеп ав (4.35) чгЬеге 1-!У |в йе ргоЬаЬ(1Ьу гЬаг а геасгапг ягагг(п8 аг г = Ь ии!1 геасЬ г = д ЬеГоге геасг(п8, апд Р 1в йе ргоЬаЬ1!(гу гЬаг а геасгаиг вгап(п8 аг г = а ич!! евсаре гайег йап геаси А!йои8Ь еча!иаг)оп оГР Гоппа!1 у в011 гег!и1гез сопвЫегагюп оГ геасгаиг пюиоп ш йе 1ппег апг! оигег ге8(опв, И саи Ье вЬоюп гЬас йе сопгпЬииои оГ гЬе шпег ге8(оп г!упаппсв сап Ъе ехргевяег! (п геппз оГ Д ая (ХоггЬгир ег а1., 1984) Р = (1 — Г))[1 — (1 — Две! ' и Ьеге Яе = )го(Ь)/Ио(г7) СошЬиии8 ециаиопз (4.33)-(4.37), оие оЬгашз (4.36) (4.37) lс = lг (Ь)Д! — (1 — 11)а1 ' (4.38) ТЬив, го са!си!аге йе гаге соивгап! Гог а Ьиио!еси!аг г!1!Гив!оп сои!го!!ед геасг1оп 1и й!иге зо!иг)оп, оие пеей оп!у сошриге а !аг8е пшиЬег оГ Сга)ее!спев оГ опе геасГапГ й(Гив1 п8 1и йе ч(с(шГу оГ йе ойег, йхей геасгапи Тга)ее!спев аге ш(г(агег! аг г = Ь аиг! гепп(пагег) ирои геасгюп ог ирои геасЬ(п8 г = д.
ТЬе Ггасг(оп оГ гга)ее!спев гЬаг геасг 1я )3, апг! 1Ь!в грипйу у)е!йв йе гаге сопя!за! йгои8Ь ег!иагюп (4.38). Апа!ув(в оГ йе гга)ее!спев а!зо ргочЫез !иГоппагюп оп йе шесЬашз6с г!ега1!в оГ йе геасгюп, е.8., иЬегЬег геасгап!з гепг! го Ье вгеегег)1пго ргог)исг1че соП(яоп 8еошегпев г!ипп8 йе й(Гив(опа! епсоипгег. 80 5Ьогг Ите с(упатссь 5.2 Вевц)гз Гог ргоге!пв Бечега! с!огеп яши!аИопз оГ рго|еш с)упаш!сз Ьаче Ьееп сагпес! ои| |о с!аге. ТЬеве Ьаче 1пчо!чес! а пшиЬег оГрго|е|пв, пюв| оГччЫсЬ Ьаче Ьееп йе зиЪ)есс оГ вечега1 вгис)!ез Ъавес! оп сИ1Гегеп| сошри|ег шос(е!в.
А сопяв|еп| р!с|иге оГ йе па|иге оГ вЬог| |нпе зса)е п|оИопв Ьав ешег8ес( Ггоп| |Ь~в счог)с. 1п |Ыз ьессюп, |че Игв| с!езспЪе зоше оГ йе !шрогсаиг в|гис|ига1 Геа|игев оГ рго|е!п п|о|юпв. %е |Ьеп с)евспЪе Ьосч зцир!е рЬуяса! пюс)е!з сап Ье пьес! |о Ье!р апа!уге |Ьеве |по|юпв, апс) Ьочс йе ыши!аС!оп гевиИз ге!а|е |о ехрепп|еп|а! с!ага. ТЬе виггоипсИп8в оГ йе ргосеш шо!еси!ев Ьаче по| Ьееп ехрИсгИу 1пс!ис(ес( ш шоя яшц!аИоив |Ьа| Ьаче Ьееп герогсес) зо Гаг.
ТЬе Ге|в ехсер|юпз !пс!ис)е яши1а|юпв оГ йе япаИ рго|ешв Ъоч(пе рапсгеаИс |гуряп !пЬ~Ы|ог апс) а|Иап рапсгеаИс ро!урер|Ые (ВРТ1 апс! АРР) ш Ьус!гагес! сгуз|а1з (чап Оипяегеп е| а!., 1983; Кгц8ег ег а!., !986; Вегепс!веп, чап Оипвгегеп, Х~ч!пс!епиап ас Оеигсзеп, 1986), ВРТ1 ш ап аро!аг во!чеп| (чап Оипз|егеп ес Кагр!из, 1982Ь), ВРТ1 апс! АРР !и счагег (чап Оциыегеп ес Вегепс)зеп, 1984; Кгц8ег е| а1., 1985) апс) |Ье епгуше и уряп 1и счасег (%оп8 й МсСапииоп, 1986а,Ь). 1п ччЬас ГоИосчв, сче Госив ннИаИу оп гевцЬв оЪ|а!пес( сч!|Ьоц! ехрИсИ виггоцпс)!п8з япсе йезе Ьаче Ьееп апа)угес1 ш йе 8геа|ев| с)егаИ. %е |Ьеп Ьпейу сопя!с(ег йе гези1|в оЪ|а!пес) чч!|Ь ехрИс!г вцггоипйп8з; !и 8епега!, йеье аге сопяв|еп| сч!|Ь йе Гоппег гевц!!в ехсер| а| йе рго|еш вш Гасе, счЬеге йеге аге шос(егасе ййегепсев 1и ге!аха|юп сипев с)ие |о зо(чепс с)ап|рш8 апс! 1и сИвр!асе|пеп| ап|рйис)ез оГ зоше а|оп|в сйе |о рго|еш — рго|е|п соп|ас|ып йе сгув|а! внии)аИопв. 5.2.! Г.оса! авресгя Асошв пеаг йе вигГасе оГ а рго|еш 8епегаИу ехЫЬ~| 1аг8ег |Ьеппа! Йвр!асешепгв |Ьап с)о йове ш |Ье 1п|епог оГ йе |по!еси!е.
ТЫв ЪеЬачюг гейес|в |Ье гоиВЫоро8гарЬу оГ рго|е|п вигГасев (сГ. 68цге 2.5); ехровес) зе8шепсв оГ йе ию!еси!е аге виЪ)есг |о ге!аИче(у |чеа1с в|епс сопв|гаш|в. Рог су|осЬгоп|е с а| 300 К, йе ачега8е гоо|-п|еап-вс(иаге (ппв) рояИоп Иисгиаг!оп оГ йе а|оп|в В оп йе огс!ег оГ 0.05 пш !и |Ье рго|е(п |п|епог (Хог|Ьгцр е| а!., 1981). ТЫв ачега8е ге|па|ив пеаг)у сопяап| сч!|Ь ~псгеаяп8 сИв|апсе Ггош |Ье рго|е|п сеп|ег ипГИ йе ге8!ои оГ йе гои8Ь |по)есц!аг зцгГасе В геасЬей. 1п |Ыв ехсепог ге8!оп оГ йе рго|е!п, йе ачега8е ппз рояИоп Ицс|иа|юп оГ йе а|оп|в 8госчз гарЫ!у |о ча!иез оп йе оп)ег оГ 0.1 шп.
8!пи1аг гевцИв Ьаче Ьееп оЬсашес1 !и шо!еси!аг с)упаш!сз вгийев оГ ойег рго|ешв. Рог ехашр!е, |Ье !аг8ез| пюИопь !и йе япаИ ргосе!п ВРТ! оссиг 1и йе !оорв аис( епс!в оГ йе ро!урер|Ые сЬаш а| |Ье вигГасе оГ йе рго|е!п (МсСапциоп ес а!., ! 972; чап Оипяегеп 8с Каср!цз, 1982Ь; Вччаш(паСЬап, 1сЫуе, чап Оииьгегеп Лего!тг Гог рготетг ,х Катр!из, 1982; Ьеч1тт, 1983Ь). Ттчо ойег согге!а|юпз Ъеттчееп в|гистиге ап0 шир!Виде Ьаче Ъееп чгЫе!у оЪвегчей Атошв |Ьа| Ье!оп8 со е!ешептз оГ зесопЯагу в|гас|иге зисЬ аз а!рЬа Ье!|сев ог Ъета зЬеетв тепд то ехЬ|Ь|| ге)аиче)у яиа!1 йзр!асешепвв. !и рагт, |Ь|з согге!аЯоп шау геЯест йе тест!епс!ез Гог йеве в|гистига1 е1етпептз |о Ье Ъиг)ет) апд Гог |Ье 1оорз йат соипес1 йезе е!е|иептв то Ье пеаг йе вигГасе.
Ат а тпоге !оса! 1ече!, |Ье ров1тюп Яистиатюпв аге изиа!!у !аг8ег 1ог атошв ш зЫесЬашз йап Гог йоге |п йе ро!урер|Ые Ьас)сЪопе. Могеочег, тч!|Ь)п а тур|са1 зЫесЬаЫ, йе Яистиа|юпз Ьесоше 1аг8ег аз опе шочез атчау Гготп йе Ьас1сЪопе. ТЬе пюЯоп оГ а тур|са! атотп |п а рготеш 1в с!ште ашвотгор|с (Хогйгир ет а1., 1981; Мог8ап, МсСапииоп ет Хог|Ьгир, 1983).
ТЬат 1в, |Ье йяр1асетпеп|в аге в18п1Ясапс!у !аг8ег ш гоше йгес|юпз йап ш ойегв. ТЬе ап1вотгору сап Ье т1евспЪе0 т!иапита|1че!у ш теииз оГ тЬе шеап зт!иаге йзр!асешепт шатих оГ еасЬ а1отп. ТЬе шеап зт!иаге йзр1асетпепт ша|их Гог а рагЯси!аг атотп !в (ЖЯ11в 8т Ргуог, 1975) (АхАх) (АхАУ) (АхАг) т~ (АуАх) (АуАу) (АуАг) ~ (АгАх) (АгАУ) (АгАг) / тчЬеге Ах, Ау апт! Аг аге йе йзр!асетпептз оГ йе атотп Ггош Ьв шеап ров)иоп а!оп8 йе х, у апд г ахез, гезресЯче1у, апЯ йе аи8и!аг ЪгасЕетз 1ийсате типе ачега8ев. ТЬе вши оГ йе йа8опа! е1ешептв 1в е|1иа1 |о йе шеап зт)иаге ров)тюп ЯистиаЯоп оГ йе атотп.
Рог еасЬ атотп, а го!атей яет оГСагтев)ап ахея сап Ье ЯеЯпе0 |п тч!ЯсЬ йе шеап зт)иаге йвр!асеп|епт та|их 1в йа8опа!; йеве ахея аге |Ье риис)ра! ахея оГ|Ье шаспх. ТЬе йгее иоигего е!ешеп|з оГ |Ье йа8опа!1гег) ша|пх аге |Ье тиатих е18епча!иез. ЕасЬ е18епча!ие 1в ет)иа! то йе шеап вт)иаге Яис|иа|юп оГ |Ье а|отп а!оп8 опе оГ йе риис! ра! ахея, Рог сутосЬгоше с, йе гаЯо оГ йе шеап вс!иаге йяр1асеп|еп|в а!оп8 йе ахея оГ вша!1ез1 апд !аг8езт йвр!асеп|епт |з аЬоит 0.26 Гог а турка! а|оп|; йе гап8е оГ висЬ гаЯоз оЬзегчет) 1в 0.03 то 0.68 (Хог|Ьгир ет а!., 1981). Рог сегташ с1авзев оГ а|ошв, йе йгестюп оГ ргеГеггет! йзр!асешепт сап Ье согге!а|с|1 тч1|Ь йе !оса! рготе1п в|гас|иге (Мог8ап ет а!., 1983).
Ап ехашр!е |з зЬотчп 1и Я8иге 5.1. ТЬе а|ошз СГ)1 ап|1 СЭ2 ат йе епт! оГ йе вЫесЬаш Ьаче тпа!ог ахея йа! аге гои8Ыу сопязтепт тч1|Ь готаЯопа! овсЯ!атюпз аЬоит йе яп8!е Ъоп|1 Ьеттчееп йе СВ апд СС а|огиз. 1п 8еиега!, Ьотчечег, йе йгестюпв оГ ргеГеггет! йвр!асешепт аге детепи1пей Ъу со!1есЯче пю|юпя йат аге ипге!ате|1 |о !оса! Ьопйп8; |ЬЯв ейест |з йвсиявед Ье!отч. Ав тпеитюпет1 ЬеГоге, |Ье а|ого!с и|оЯои 1и рготешв |в виЪв|апЯа1!у 82 Я)гогг ггте г(упит 1сз сл сА оз! озг спг з спг зг р18. 5.1.
ТЬеппа! е!11рвоЫв гергевеибп8 гЬе роя6оп йисгиабопз оГ гЬе агошв (п йе !еис(пе 32 гезЫие оГ сугосЬгоше с, Ьазеб оп а сво!еси1аг 6упаписв япш!абоп (Могаап ег а!., 1983). ТЬе 1епзгЬв оГ гЬе рппс)ра1 вепиахев соггезропд со (а) гЬе ппз 8исшабопв оЬвегчес1 дипп8 а репой оГ 32 рв, (с) пч1се гЬе ппв йисша6опв оЬвегче6 диг1п8 рег)обв оГ 0.2 рв. ТЬе ипроггапсе оГ со!!есбче шобоп 6иг)п8 гЬе!оизег 6ше репо6 1в ечЫепг (п гЬе виш1аг опепга6опв оГ гЬе !опаезг ахев оГ а пшпЬег оГ авошв. (Соругг8Ы © 1983, зоЬп %11еу й Бопв, !пс. Керг!пге6 Ьу регпияаоп.) апЬаппошс аг гоогп гешрега!иге.
ТЫз сап Ье зееп 6)гесг!у Ьу са!си!абп8 пюшепгз оГ гЬе агопнс роя6оп 61згг(Ьигюп Гипс!(опв. Рог Ьаппошс пю6опз, йезе 61згпЬигюп Гипсгюпв М!1 Ье Оаивз(ап. 1п 1Ыв сазе, йе Йгзг Гечч шошепгз оГ йе роягюп 61з66Ьигюп Гипс6опз а!оп8 а 8(чеп 61 гес6оп забзГу йе Го!!оибп8 ециа!11(ез (5.1) ((Ах)в) = О ((Ах)') = 3((Ах)в)в Са1си!а6опв Ьавей оп гпо!еси!аг дупаписз япш1агюпз оГ сугосЬгоше с вЬочч йаг опе ог Ьой оГ йеве ег)па!11(ев аге виЬвгапба!1у Мо!агент Гог аг 1еазг Ьа!ГоГГЬе авошв гп йе ргоге(п (Мао, Реаг, МсСашшоп ег Ь!огГЬгир, 1982а).
Могеочег, йе апЬаппошс ейесгв аге ге!а!ей го ап(во!гору; Гог а Сургса1 агош, ГЬе апЬаппошс ейесгз аге !аг8евГ Гог гпогюп (п ГЬе 61гес6оп оГ !аг8евг 6(зр!асешепс ТЬе азогпв ичГЬ !аг8евГ апЬаппошсггу ГаП !пго пчо с1авзев. 1п гЬе Гггвг с!авв аге йозе агошз и Ьове ейесг(че рогепба!з (рогепба!з оГ гпеап Гогсе) аге геавопаЫу зупппегпс аЪоиг гЬе Кеяи!тя Гог рготетпя 83 ачета8е а|опис ров(тюпа, Ьн| йе ро|епВа!в аге те(аттче)у (Гат пеаг йе септег (вт)иаге чче1! |Взтог|юп) от Ьаче япи! аг иннина оп еВЬег вЫе оГ йе сеп|ег. АпЬаппошсВу оГ й|з туре ы еврее(а!!у сопнпоп Гог атошя пеаг йе рготе(п зигГасе апт) ат |Ье епт)з оГ вЫесЬашз.
БнсЬ а|огиз аге виЬ)ест |о ге1аВче!у тчеа)т в|гас|ига! сопвтгаш|з; зшГасе 8гонрз сап ойеп шоче йгои8Ь зоше т!1зтапсе ЬеГоге епсоип|елп8 з|еПс гери!яоп, апт) зЫесЬып |епшш тур(са1!у Ьаче епЬапсе|1 сопГоппа|юпа! пюЬ111|у Ьесаизе |Ьеу аге яерагатет! Ггоп| йе сошрагаВче!у пВЫ ЬасЬЬопе Ьу готатюпа1!у регпивяче Ьопт!з. ТЬе весопт! с!авз оГ апЬаппошс атошз сотпрпзез йояе ччЬозе еГГест!че ро|епт|а!з |урка!!у Ьаче а т(опипапт пнпипшп тч(тЬ зесопт)агу папина оп опе вЫе; знсЬ ро|епВа!в !еаза то з)теччет) роятюп т!1втг(Ьнт(опв. ТЬе еивтепсе оГ пш!Вр!е пнпииа 1п йе ротепВа!з оГ и|еап !отсе Гог т)!яр!асешепт оГ шапу атошв |птВса|ев йат рготе|пв затпр1е т)1!Гегепт з|аЫе сопГоппатюпз, а11 о! чгЬ(сЬ ате в)ш11аг |о йе паВче в|гас|иге, |п |Ье соигяе оГ йе|г дупаш(сз а| поппа! |ешрегатнгез.
Аз тч11! Ье т(!вонзает! Ье!отч, йе |тапя|юпв Ьетччееп йезе соп1оппаВопа! виЪвтатез сур|са1!у Ьаче со!1есбче сЬагас|ег, апт) йе еивтепсе оГ |Ьезе виЪзтатев (в в!8п(йсапт ш йе 1птегрге|а|юп оГ сег|аш ехреПшеп|а! тези!|в. ТЬе ипрог|апсе оГ апЬаппошс ейеств ш рготе(п т!упаписз Ьав а1зо Ьееп яЬотчп ш а в!иду оГ йе вЬаре оГ йе росепВа! янГасе оГ ВРТ! пеаг ап спег8у пипппшп ш йе ч(с(шту оГ йе паче в|а|е (Оо ет а!., 1983). 1п й|з втит(у, а поппа! пю|1е са!си!атюп |чав Гтгзт сагпе|1 он| |п йе |$1Ьет)га! ап8!е красе оГ йе рго|е(п.
ТЬе а|опис рояиопв |чете йеп т(1вр!асед ш ассогт)апсе тч(тЬ еасЬ попиа1 шоде; йе ас|иа! ро|епВа! епег8у оГ |Ье т)1втогтет) рготеш ччаз са!си!атет( апт( сошраге|1 тч(тЬ йа| оЬ|ашет) Ъу а |!наг(тат(с йт со йе знгГасе пеаг Ьв пипшипп. Рог |Вар!асетпеп|з оГ |урка! йеппа! ша8п!тит(е, в18п(йсапс т(1йегепсев ш йе тччо епег8(ез чтете Гонит( Гог йе зойезт т(!тест(опв. ОГ йе 36 пют(ез чг(тЬ Ггет)иенс(ев Ье1очч ч = 1 рв-', оп!у опе ы с1ове |о Ьеш8 Ьапиопк.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
