McCammon, Harvey - Dynamics of Proteins and Nucleic Acids (522918), страница 20
Текст из файла (страница 20)
!п апо|Ьег вгиг!у, Ьавег! оп а гпо1еси1аг с!упит)сз з)ти!а|юп оГ ВРТ1, Ь ~чав вЬо«п йа| гВвВпс| ге8!опв оГ йе рго|еш сои!6 Ъе Ыепй8е|1 чч1|Ь(п |ч1псЬ 8гоирв оГ агота гВзр!ау чеху япи1аг гВзр!асетеп| йпе согге!а|юп Гипспопв (Бччапипа|Ьап ег а(., ! 982). ТЬ!в гези!| ви88ез|з йас со!1есВче п|о|юп г)от!пагез |Ье йзр!асетеп|з |ч!|Ь(п еасЬ висЬ ге8!оп.
ТЬеве ге8!опв 1пс!иг!е агота Ггот аз |папу ав зечеп ог пюге гезЫиев. ТЬе ппрог|апсе оГсо!1есВче пю|юп ш ВРТ! Ьаз а1зо Ьееп г)стопа|газе|! Ъу поппа! тог)е са!си!а|юпв оп йе рго|еш (Сго ег и!., 1983). 1п |Ь!з зги|!у, 1| |чав зЬо|чп йа| тоз| оГ йе !о|ч Ггег!иепсу тог!ев !пчо!че сопсегсег! гВзр!асе|пеп| оГ тапу а|оп|в. Рог тог!ев |ч!|Ь Ггег!иепс!ев |п йе гап8е ч = 3.6 — 6 рв ' (120-200 оп| '), йе то|юпв |ур|са!!у (пчо!че вечега! пе|8ЬЬопп8 гевЫиев |и йе йгее |!!тепзюпа1 в|гас|иге. Рог |по|!ев «ч|Ь Гге|р|епс|ез Ье!о|ч 3.6 рв ' (120 ст '), |Ье гпоВопв аге тоге 8)оЪа! ш сЬагас|ег. ТЬе ра||егпв оГ со!!есВче йвр!асетепг !п г|чо оГ йезе 1о|ч Гге|1иепсу то|!ев аге 11!ив|гагег! ш 68иге 5.5. ТЬе 1о|ч (ге|!иепсу то6опв та)се |Ье г!от!пап! соп|пЬиВоп |о йе пе| а|опис йвр!асетепгз.
1п йе са1си!аВопз г1евсг)Ъег! Ъу Со ег а!. (1983), оп!у йе гВЬедга1 ап8!ез «еге а!!о|чего |о чагу. Вгоо1|з ег Кагр!ив (1983) сагпе|! ои| а поппа! пюг!е апа!уз(з оГ ВРТ1 !п |Ье !«11 соп68ига|!оп врасе. ТЬе поппа! пюг!е зресспип В вЫйе|$ со !о|чег Ггег!иепс)ев, |ч!|Ь аЬои| 60 то|)ев Ье!о|ч ч = 1 рз ' (33 ст ') чегвиз йе 36 Гоипг! Ъу Сго ег а!. ТЬ!з с!о|чп|чагг! зЫВ В аз еврее|ей, Ьесаизе |Ье Ггеех(п8 оГ Ьоп|! ап8!ев (ччЫсЬ зз ге|!и!гег! Гог |Ье зппи1а|юп ш г!!Ьег!га! ап81е зрасе) |в )гпо|чп |о ргой|се а пю!еси!аг пюг!е! |Ьа| В воп|е«Ьас |оо п816 (чап С|ипзгегеп ег Кагр1из, 1982а). ТЬе ппрог|ап| сопс1изюпв аге, Ьо|чечег; ипсЬап8е|1, йе а|опис гВзр!асетеп|з аге 8епега1!у г!от)паге|! Ьу пю|1ез |ч!|Ь Гге|р|епс!ез Ье!очч 1 рз ' апг) йезе пю|!ев аге пюв|!у г)е!оса!!хе|! очег йе рго|е|п.
Ьеч!|г ег а8 (1985) Ьаче г!егепп)пег) ап|! ехгелв(че)у апа!ухе|! йе поппа! тог!ез оГ зечега! рго|е(пз, а8а|п |аЫп8 йе д1Ье|!га! ап81ев ав чапаЫез. РгезитаЬ!у Ьесаиве йеу Кехи!гз ~от ртоге(пз 91 тодез. Рог а1! оГ йе ргоге!пв, йе гпеап вг(иаге а1оппс дгзр!асетепгв оЬга!пед Ьу зирегров!!юп оГ йе поппа! тодев аге !п геавопаЫе а8геетепг адй йове дегегпипед Ггот йе Х-гау д!ГГгасг!оп гетрегагиге Гасгогв (сГ. яесдоп 5.2.4). Р!па!!у, внт1аг поппа! тодев ччеге Гоипд Гог ьчо я1гисгигез оГ ВРТ1, пате!у 1Ье Х-гау вггис1иге апд опе оЫашед айег а !оп8 то1еси)аг дупаписз зппп!а1юп, деврде йе Гас1 1Ьа! йе ппз д!ГГегепсе ш а1от ровдюпз Гог 1Ьеяе в1гис1игев гчав 0.25 тп.
А!йои8Ь йе поппа! тоде арргоасЬ ргоч(дез а ияеГи! сЬагассепгадоп оГ воте ппрог1апг со1!есдче пюдопв, !1 !в 1!т!гед Ъу йе Ьаппоп!с арргохппа1юп. Мо!еси1аг дупаппсв зппп!а1юпв вЬочг йа1 со1!ес1пе гпогюпв аге 8епега1!у гайег апЬаппотс !и сЬагасгег (сГ. вес1юп 5.2.1).
ОГ 8геа1ев1 !п1егевг !п 1Ыв ге8ап1 аге ггапваюпв йаг !пчо!че 1Ье сопсеггед вЫГ1!п8 оГ 8гоирв оГ агогпв ав 1Ье ргоге!и сговвев Ггее епег8у Ьагпегв 1о гпоче агпоп8 в1!8Ы!у д!Йегепг вгаЫе сопГоппа1юпв. ЯисЬ !гааз!1!опв аге геяропв!Ые Гог йе пш!1ппода! ров!1!оп сВзгпЬи1юпз оЪвегчед Гог !пддчЫиа! а1отв, ав девспЬед аЬоче. ТЬеу аге а!во !йе!у го та1се а з!8п!Всап1 сопгпЬидоп го йе йепподупапис ргорегбев оГ рго1е!пз (Кагр!ив дг МсСапипоп, 198!а). БисЬ !гааз!1!опв Ьаче Ьееп оЪзегчед со оссиг гечеггдЫу ш дупаписа! знпи1а1юпв оГ су1осЬготе с (Мао ег а!., !982а) апд ВРТ! (Ьеч!18 1983Ь). !и йе сугосЬготе с саве, вечега1 !гааз!1!опв !пчо!ч!п8 с!ив1егв оГ гез(диев !п йе падче вггистге иеге оЬяегчед дипп8 а 32 рв зппп!акоп.
ТЬе ггапв!1!опв оссиггед !и 1евв йап а р(совесопд, апд йе рго1еш оссир!ед еасЬ соп1оппа1юпа! зиЬв1а1е Гог зечега1 р(сояесопдв. !и йе ВР'П саве, вечега1 !гааз!1!опв !пчо!чдп8 пюге идде!у яерага1ед гевгдиев юеге оЬвегчед дипп8 а 132 рв випи1а1юп. Опе рагВси!аг!у !пгегевдп8 1гапв!1!оп тчо!чед а геаггап8етеп1 оГ Ьудго8еп Ьопдз ас Ьой епдв оГ а з1гапд оГ Ьега вЬее1; оп!у япа!1 агопис вЫВз оссиггед дипп8 1Ыв сгапвдюп, юЫсЬ пав гечегзед айег а репод оГ40 рв.
Кечегв!Ые, со!!емче ггапв(Вопя апюп8 па1!че-1!!ге сопГоппагюпв аге ргоЬаЫу а 8епега! Геагиге оГ ргоге!и дупаписв.?.оп8ег вопи(агюпв сап Ье ехресгед 1о гечеа1 тоге !гааз!1!опз оГ 1Ыв Рдпд, Ьесаиве 1аг8ег Ггее епег8у Ьагпегз сап Ье сговвед апд 1аг8ег ге8!опв оГ соп68игаг!оп врасе сап Ье ехр1огед. 5.2.3 !)упаоис гподе(я Аз тепг!опед !п весяюп 3.1, а ивеГЫ Йгзг вгер ш йе г)пап!Ванче апа1ув!в оГ пюдопз !п ргоге!пв В 1Ье аррИса1юп оГ рЬепотепо!о8(са! пюде1в.
Ап апа1ув!в оГ 1Ыз )дпд Ьав Ьееп сагпед оиг 1ог йе гогв!опа1 1!Ъга1юпв оГ Ьидес1 1угоз!пе гевЫиев оЪвегчед !и а то1еси!аг дупаписз зппп!аг!оп оГ ВРТ! (МсСаттоп ег а!., !979). ТЬе ИЬгагюпз ехапипед аге 1Ьове аЪоиг йе ах(з равз!п8 йгои8Ь йе 8апипа апд ге1а сагЬоп аСотв 92 оотг г(те йупат!ся Ъо о.я 0.6 ~ 0.4 о 0.2 -0.2 Бд. 5.6.
ТЪе поппадгед йпе согге1вдоп Гипсс!оп, Св(г) = ( яф(г) щО))/( яф(0) гф(0)), Гог гопдопа! Иисгиадопв яф оГ гЪе гугов(пе 21 ппд Ы а шо1есс)аг дупвписв вптш!адоп оГ гЪе рапсгеадс ггурв)п гоЫЫгог (МсСвпипоп ег а1., 1979). (СорупдЫ © 1979, Ашепсап СЪеписа! Яос1егу. Керппгед ъчгЪ репа)вв)оп.) оГ еасЬ ппд (сГ. Идпге 2.3). ТЬе шогюп (в апа!одопа го гогагюп оГ а Ьепхепе шо!еси)е аЬои! ап ах(в раввшд йгопдЬ 1гчо агошв аг орров(ге чегдсев оГгЬе ппд. чг)гЫп гЬе ргогеш, гЬе ашрИгиде оГИЬгагюп (в Ипигес$ Ьу вгепс Ыпйгапсе Ьеггчееп агошв ш йе ппд апд йове ш йе саде яиггоппг!!пд йе ппд.
А гур!са) ашрдгпйе оЬяегчег) аг 300 К !в 12'. ТЬе гипе согге!агюп Гппсгюпв Гог йе гогзюпа! Иисгиагюпв йесау го яша!! ча!иев !п а зЬогг йпе (арргохппаге1у 0.2 ря); виЬвес)иепг г)есау оссигв оп а Гппе яса!е оГ яечега! р!совесопг!в. ТЫя геви!Ь 11!иввгаГег1 (п Идиге 5.6, !пгдсагез гЬаг йе гоггдопа! пюг!оп 1в ргейопипапг!у !оса! 1п сЬагасгег, ъч11Ь гЬе ппд гапдпд !п Ьв саде.
Оп йе !опдег 11ше вса1е, со!!есдче сдвгоггюпв оГ йе ргогеш ргойпсе япа!1 сЬапдев ш гЬе очега!1 вЬаре оГ йе саде вч!ГЬ а сопсопи(апГ а!ГегаГюп оГ йе ппд опепваИоп. Ггогп йе ргоЬаЫИгу гдвгпЬпгюп оГ оЬяегчег) гогзюпа1 ИЬгагюпв р(ф), опе сап са1си!аге йе рогепда1 оГ шеап гогг!ие И'(ф) Гог йе ппд ИЬгагюпв: (5.2) ТЬе рогепда! !4'(ф) 1в гоидЫу 41иаг!гаг(с, вЫсЬ яиддевгв гЬаг йе ппд ИЬгагюп сап Ье апа!ухег) ш геппв оГ гЬе Ьапдеч!п ег)пагюп Гог а Ьаппопгс овс!11аяог. ТЫв ег)иаГюп !я Уф = — lгф — Гф+ Аг(г) (5.3) юьеге ф(г) (в йе гогвюпа1 йвр!асешепг, Г (я йе пюшепс оГ шегиа оГ йе ппд аЬоиг йе гога!опа! ах)я, Г !в а Гпсгюп сопзгапС Гг 1з а Ьаппошс гев1оппд Гогсе сопвгапг оЬга(пей Ггош йе рогепба! оГ гпеап гогг)ие, апг! Яеии1гз!ог ртогегпв 93 120 60 90 45 $ (ззХзз 1 | зз 30 0 — 30 Сзз | 60 г — 30 Озз -90 — 45 — ! 20 -60 Нд.
5.7. Тог9иев ехеггед оп |Ье |угояпе 35 ппд дие |о попЬопдед 1п|егвсдопв зч1|ЫЬе виггоипгдпд а|ошв |п в пю!еси!аг бупвписз япш!вдоп оГ йе рапсгеадс |гурв1п 1ОЬ(Ь~|ог (МсСапшюп й Кагр!Пв, 1980Ь). (СорупдЫ © 1980, ЗОЬп %11еу 6| Яопв, 1пс. Керппгег( Ьу РЕПП1ВВ! ОП.) Ж(г) гергевеп|в йе гааз)ош |огс)иев асдпд оп йе ппд |)ие Го 6исгиадопв |и Ьв епч(гошпепг. ТЬе Ьапдеч(п ег)иагюп 15 арргор|даге 1Т )ч(г) чапев гпоге гарЫ!у йап ф(г); ш й|в 1пш|, Ф(г) шау Ье шог)е)ег! ав а Сгаивв)ап гапг(ош ргосезв ап|5 Ь гз по| песевзагу |о арсе|Ту |Ье шесЬашвп| Ьу |чЬ(сЬ йе |оп!ие 6исгиа6опв апве. ТЬ(в сопсд|юп |в арргохппа|е!у задвбей Гог йе |уговше ппдв; |Ье з!ига|юп оГ ап|1 ш|егча! Ьегизееп |ур)са1 со!11яопв |пчо!чшд йе ппд агошв апй йе виггоипйпд саде а|ошв аге оГ йе огйег оГ 0.1 рв, изЬ)сЬ 1з вошеизЬаг вЬоггег йап йе ппд!1Ьгадоп согге!адоп |ипе (сГ.
6диге 5.7). ТЬе п|ошеп| оГ 1пегда 15 геай!у са!си)агег) Ггоп| йе !споизп а|ош(с гпаввез ап|! деогпе|гу оГ йе ппд, апд |Ье Гогсе сопв|апг д 15 1споизп 1го|п |Ье вЬаре оГ йе ро|еп|!а1 оГ п|еап гогг)ие. ТЬе Гг!сгюп сопз|ап| Г сап Ье са)си!аге|$ Ггош |Ье |!есау йпе т оГ йе |огзюпа1 6ис|иагюп согге!абоп Гипсдоп Ьу |Ье ге1адоп г = Г/lг. ТЬе пшпепса! ча! Пез оГ йезе йгее соеГ6с|епгв 1пг!!саге йа| йе го|а|юпа! пюдоп оГ йе ппд идйш ||в саде 1з пеаг1у спдсаПу йашре|5; й|в |в сопаз|еп| илгЬ йе вЬаре оГ йе |ппе согге1а|юп Гипсдоп ш 6диге 5.6. ТЬе Гпсдоп сопв|ап| шау Ье ге!агент |о ап апди!аг Ййиз(оп сопв|ап| Ьу иве оГ йе Ешв|е)п Гогпш(а 23 = даТ(~ ТЬе са1си!а|е|1 ча!Пе, Р = 2 х!О" в ', 15 оГйе зап|е 94 оотг гзше гГупаткв огдег оГ шадшгиде ав йе ехрег1шепГа! ЙГГивюп сопв1апГз Гог 1Ье соггевропддпд го1авюпа! пюГюпв оГ япа11 агошаг)с шо1еси!ев 1п огдашс во!чеп1з (е.д., 0 = 7,9 х 10" в ' Гог Ьепхепе ш 1яореи1апе). РЬуз)са11у, 1Ь!в гевп11 шалея вепзе Ьесаизе 1Ье ргоГе)п пидв ехапипед аге 1осаГе0 1п ЬуйгорЬоЫс гед1опв гч)ГЫп йе ргоге)п.
ТЬаГ йе го1а1юпа! й)Гивюп сопвгап! 1и йе рго1е)п 1в вошеччЬаГ !агдег йап йа! 1п а 1ур)са! огдап)с во)чепг шау Ье Иие Го йе соча!епг соппесг)ч)1у оГ йе виггоипгдпд саде агошв ю11Ып 1Ье ргоге)п. ТЫз соппес11ч)гу 1пвегГегев вошетчЬа! и4ГЬ ейс)епг расЫпд, во гЬаг йеге шау Ье Геччег шагпх а1ошв ш ровддопв йаг 1еаг) 1о еГГесг)че со!Игдопв адй 1Ье г)пд йап воиЫ Ье Гоипг))и 1ур)са! зо!чеп1 виггоипгИпдз. Бпш!аг ейесгв Ьаче Ьееп оЬяегчед !и вресгговсор1с згшИез оГ вша!! пю!еси1ев 1п 1агде пю1есп!е во!чеп1в (Моод, Ейдег, Вохег й Рауег, 1982). ТЬе аЬоче апа!уз!в 1з гевгг)егере Го пюИои оп а Гипе вса!е оГ а Геи геиГЬя оГ а рв. 11 )в оп!у Гог йеве вЬогГ 1игегча!в йа! йе са!си1аГе0 Гппе согге!аг!оп Гппсгюпв аге ассигаге ассоггдпд го в!пег спвепа (Хюаплд,Ь А1!авагИ, 1969).
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
