McCammon, Harvey - Dynamics of Proteins and Nucleic Acids (522918), страница 17
Текст из файла (страница 17)
ЯисЫеппв 1пс!ис$е воше оГ |Ьове аввос|а|е|1 |ч!ГЬ попЫеа!1|у оГ |Ье во!и|юпв (е.8., йе япн!аг сопспЬи|юпв |о АА, ап6 АА, г!ие |о сЬаг8е всгеешп8 1Г Ь апд М саггу йе вап|е сЬаг8е), |ч)й йе шсегпа! дупаш!св оГ йе !щапов (е.8., йе япн!аг сон|6 Ьи6опв |о АА, апд АА, аввос|а|е6 |ч!|Ь а1|ега|юпв оГ гев|опп8 Гогсев ог |ч1|Ь сЬап8ев ш йе пшпЬег оГ агошв), ап6 |ч(й г!иапгиш дупапнса! ейесгв (е.8., йе йп11аг соп|пЬи6опв |о АА, апд АА, 6ие |о йе с!авяса! |геа|гпеп| оГ Ь!8Ь Ггег!пенсу ЫЬга6опв).
ТЬе гЬеггпобупаш)с сус!е — рег|игЬа|юп арргоасЬ Ьав Ьееп ивед виссеввГи!1у |о са!си!асе |Ье ге1а6че айп1|у оГ 661Гегеп| Ьа!Ые апюпв Гог а вупйе6с юпорЬоге (МсСапнпоп ег а!., 198бс; ЬуЬгапд ег а1., 198б); 61йегепг нй|Ь||огв Гог 1Ье епхуше, |гуряп (МсСапнпоп ег а!., 198ба; %оп8 Юг МсСашп|оп, 198ба, Ь); апд а 8!чеп !пЬ(Ь)гог Гог яге-врес!Г|с пш|ап|в оГ |гуряп (%оп8 ег МсСапнпоп, 198ба, Ь).
1| вЬои(д а!во Ье ивеГи! 1п са)си)а6опв оГ ге!абче Ггее епег81ев оГ аввешЬ!у Гог 61(Гегепг Ъ| оп|о!еси!аг в|гис|игев, евйпа|юп оГге(а6че гасе сопяап|в Ьу са!си!а|юп оГ ге1абче Ггее епег81ев оГ ас6ча|юп, апд о|Ьег ргоЫешв. ТЬе арргоасЬ 1в печгепои8Ь йа| виЬЯап6а! ге6пешеп| апд шог!!йса|!оп оГ йе врес!6с ргоседигев |1евспЬед аЬоче сап Ье ап|1с)рагей рог ехашр1е, И тау Ье аг!чапга8еоив !п воп|е савев |о иве а шейд са!1е|1 |Ьегшодупат!с ш|е8га6оп шв|еай оГ рег|игЬа6оп йеогу |о сон|риге Ггее епег8у сЬ аннаев висЬ ав йове !п61са|ед |и (4.27) апг! (4.28).
Неге, опе ч он!6 пве |Ье Ьав|с ег1иаг(оп 73 Асс!катей та!ееи!аг купат(ея А(2=1) — А(2=0)= ~ . В2 'о Сп р!асс оГ (4.23) (ВеппеСС, 1976; Вегепдвеп, 1985Ь; Вечепд8е ес Мегес, 1985). Ав !п СЬе саве оГ(4.23), СЬе Ггее епег8у оЬСашед !в а Не!пйо!Сг Ггее епег8у сТ Ас, Т, с аге сопвсапс апд а СВЬЬв Ггее епег8у сТ Ф, Т, р аге сопмапс. 1Г С ~ !в оГ СЬе Гопи (4.24), опе оЬса!пв гт А(2 = 1)-А(Л = О) = ~" < ) „- ) „>„дЛ о ТЫв шейод шау гессшге !евв сошрисег йие йап йе ре гсигЬадоп тесЬод сТ йе сЬап8е !и 1тее епег8у В ссшсе 1аг8е (13. ВечегЫ8е, М. Мегес, %.
чап Соипвсегеп, регвопа! сошпшпкасюпв). А!во, !с псау Ье адчапса8еоив со гер1асе (4.24) Ьу а Гипссюп йас гв попИпеаг сп 2 !и копке ясиасюпв (А. Стояк, М. Мегес, регвопа! сопитшпкасюпв). 4.9 Асссчасед шо!еси!аг дупаш!св Асдчасед ргосеввев аге оГ шЫевртеад иирогсапсе !и Ью!о8у. Ехашр1ев оГ висЬ ргосевкев гап8е Ггош !оса! сопГоппабопа1 сЬап8ев аввоссасед сч!сЬ йе Ь!пд)п8 оГ В8апдв (Е)еЬгиппег й РгаиепГе!дег, 1982) со СЬе геаггап8еспепс оГ соча!епс Ъопдв СЬас оссигв сп епгугиаск геассюпв (Ь)рвсошЬ, 1982).
То десепшпе йе дупасшса! деса!!в оГ асдчасед ргосеввев, Ь Св деягаые Со сапу осп япш)аСюпв оГ йе аСопис споСюпв !пчо1чед. Носчечег, ав девспЬед !и весдоп 4.1, йе сопчепдопа! пю!еси!аг дупаписв сесЬпщие !в пос ви(Вс!епс Гог висЬ яиш!адопв дие Со йе !иГгес!иепс оссиггепсе оГ йе сгапядопв. Весепс!у, а шод(Гсед шо!еси!аг дупашссв псесЬод Ьав Ьееп дече!оред Гог яиш1асюп всид(ев оГ висЬ ргосеввев (МсСаиииоп дс Катр!ив 1979, 1980Ь; ВовепЬег8, Вегпе ас СЬапд!ег, 1980; Хогйгир ег а!., 1982а). 1п СЬсв шейод, сЬе сасси!асюп св д)чсдед !псо ссчо рагсв.
1п сЬе Вгя рагс, опе са!си!асев СЬе ргоЬаЬ!!Иу оГ йпд!п8 йе зувсепс !п а ге81оп пеаг СЬе Сор оГ йе Ггее епег8у Ьагпег. 1п йе весопд рагс, сга)ессогу са!си!адопз аге !шдаСед !гаси йе ге8!оп оГ СЬе Ьагпег Сор, СЬегеЬу ачоЫ!п8 йе!оп8 асссчатюп втер. ТЪе арргоасЬ св псовС еая!у ипдегвсоод сп Сепия оГ йе Го1!очо!п8 ехргеввюп Гог СЬе гасе сопвсапс (Хогйгир ег а1., 1982а) = (о).<а>Гр(дс)/~ р(~)дИ (4.29) Неге, к !в а сгапяппввсоп соейс|еис (кее Ье!осч), д !в а геассюп соопИпасе йас тпеаясгев йе рго8гевв оГ а сгаиядои, д !в йе Вгпе с1епчаиче оГ д, 74 У7|еогет!еа! |иейо~й ст т)ея8па|ев |Ье ча!пе оГ с а| йе реа)т оГ йе Ъагпег (|Ье |гапя|юп з|а|е), ап|1 р(4)т)4 1з йе ргоЬаЬИ!|у оГ ИпгИп8 йе вув|еш 1и йе |п|егча! с' со с+|!с.
Ехсерт Гог к, аИ оГ йе Гассогв |Ьа| арреаг (и |Ыз ехргезяоп аге гипе-ачега8е ог ет!ш!1Ъ|1шп |!папИИев. ТЬе |гапяшвяоп соейс(епт к т(ерепт!в оп |Ье |!егаИед дупаш)св оГ |Ье !га!ее!от!ез равяп8 |ЬгоицЬ йе Ьагпег ге8!оп. ТЬе Игя з|ер оГ йе шот)16ет) |есЬи!т!пе сопяв|в оГ арейа(п8 а зп(!аЫе геас|юп сооггИпа|е Гог |Ье ргосевв апд са!сп!а|юп оГр(с); й|в ргочыХез а ча1пе Гог |Ье Гас|от |п вс~паге Ъгас)сегз !и (4.29). ТЬе геас|юп сооггИпа|е (в а Гппс|юп оГ йе вув|еп| сооггИпа|ев апд Ьаз йе ГоИо»пп8 1|)еа! ргорегИез: (а) йе геасИоп сооггИпа|е чат!ев |попо|ошсаИу ав йе вув|еп| тиочез Ггоп| йе 1шИа! в|а|е ге8!оп очет |Ье епег8у Ъагг!ег апд !п|о йе Ипа! в|а|е ге81оп, (Ъ) аИ сопй8ига|!опз ъч!|Ь С !евв йап (8геа!ег йап) йе Ъагг!ег Сор ча!пе Сз ехрепепсе а шеап Гогсе, ачега8ед»лй гезрес| |о сооггИпа|ев о|Ьет йап С, ш йе сИгесИоп оГ йе !шИа! (Ипа!) з|а|е ге8!оп. Ргош ргорег|у (Ъ), || |в |!еягаЫе йа| с 1пс!пде геппв соггевропгИп8 |о аИ !и|стас|!опв |Ьа| ша)те яхаЫе ап|! зув|е|па||с соп|пЬшюпв |о йе Ьагт(ег.
С4чеп йе геас|юп соогйпаге, |Ье са!сп(аИоп оГр(С) сап Ъе сагт(ет! ош Ьу ап шпЬгеИа вашрИп8 ргосе|!пге, ав т(евсг(Ьет) ш зесИоп 4.8 (Хог!Ьгпр е| а!., 1982а).!и й|з ргосет!пге, опе сагг!ев ош а ве|!пепсе оГ зппп!а|юпв ш ччЫсЬ йе зуз|еш 1з сопзтга!пег( |о гешаш»41Ь!п япаИ ш|егча1в оГ С, Ьп|»л|Ь ппгевгг!с!е|1 зашрИпц оГ аИ о|Ьег соог|)1па!ез. ТЬе шеап |еп|рега|пге зЬоиЫ Ье |Ье вап|е !и еасЬ йпп!а|!оп. Ву р(ес!п8 |о8ейег дата Ггош очег!арр(п8 ' чч(пт!о|чв * оГС, р(С) сап Ье сопв!гпс|ет! очег а гап8е ех!епт)(п8 Ггош |Ье геас|ап| ге81оп йго»8Ь йе Ъагпег ге8!оп. !и йе зесопд рагс оГ йе са!си!аИоп, а )аде пшпЪег оГ )пт!ерепт)епс сга3есгот(ев 1в са!сп!аге|! Ьу йе п|о!еси!аг т!упаш(сз |есЬпщпе, з|агИп8 Ггои| а гергевеп|а||че ве| оГ в|а|ев»4|Ь С = С!.
А сопчешеп| ргосет)пге Гог 8епегаИп8 йеве шгИа! в|а|ез 1з |о сапу оп| а т)упаппса! в)шп!ат)оп |ч!й йе шпЬгеИа |епп (У(С) = (Ус/2) (С вЂ” Сз)' а|Ыет) |о йе ро|епИа! епег8у Гипс|юп. 1И |в зцйс(епг!у!аг8е, й|в япш!а|юп тчИ! у)е16 п|апу в|а|ез (ве|в оГ а|оппс сооггИпа|ев апд че!ос!1(ез) 1п |Ье ге8!оп оГ йе Ьагпег реа)с.
антош йеве в|а|ев, опе ве!ее|в а япаИег пшпЬег |о Ье изет! ав 1п!!(а! сои|!1!юпз Гог сга3есгог!ез ргора8а|ет! ш йе аЬзепсе оГ йе шпЬгеИа ро|еп||а!. ТЬеве в|а|ев зЬоп!д Ьаче с = с) |о ачо1|! агИТасгз аввос(а|ет! чч1|Ь йе геп|оча! оГ |Ье шпЬгеИа ро|еп||а!. А!во, йеу зЬоп!т! Ье вайс(еп|1у зерагагед |п |пие |о Ье т!упаш(саИу ппсогге!а!е|1, во |Ьа| я|ссевяче тга!ес!от!ев |чИ! у(е!д пе|ч шГоппа|юп. ЕшаИу, епоп8Ь |шИа! з|а|ев зЬои!д Ье сЬовеп |о ргоч1|)е а тертезеп|а|1»е зашр!е оГ !Ье т)ИГегепг сопйаптаИопз йа| шау Ие |ч1!Ь|п йе Ъагпег ге81 оп. 1п ргасисе, йе! аз| |» о ге|1 штеп|си|в Вгогчшап г(уиатГсь 77 рагИс1ев тойе!ей ав Иех)Ые ог п8Ы авветЫ(ев оГ врЬеПса! виЬишгв (АИ)воп ег МсСапипоп, 1984а, Ь), апд врЬегев и4гЬ сгапв1аИопа! апд гогагюпа! пюгюп ехрИсИ! у соир!ег( Ъу Ьудгодупат)с (пгегасИоп (Р(сЫпзоп, А!Изоп Юг МсСапипоп, 1985).
ТЬе гИИияопа1 тоИопв оГяп8!е то!еси!ев сап Ье апа! угед Ъу Вгоишап дупаппсв, ав девсг(Ьед аЬоче, ог Ьу апа!уИс пюг(еИп8 т сегГа)п врес(а! савев. гог еИ(рвоЫа1 рапИс!ев, апа(уИса( ехргевяопв аге )гпоьчп Гог гЬе ГПсИоп апг) оИИияоп соеГИс)епгв (Регпп, 1934; Сап!ог ег ВсЬ!пипе1, 1980), ап6 йпи!агюпв оГ гЬе Вгои шап тогюп оГ йеве рагИс!ев ияп8 ег(иагюп (4.31) !в вгга18ЬгГогиагг) (Нагчеу ег СЬеип8, 1972). РагИс!ев ичгЬ тоге согпр!ех вЬарев аге 8епегаИу тог)е1ег) ав авветЬИев оГ врЬеПса! виЬцп)гв, оГгеп саИе6 'Ьеайв' (К)г)гчгоог) ег !(1ветап, 1948; В!оотйе!6, Ра!гоп ег ч'ап Но!де, 1967; МсСапипоп, РешсЬ ег Ге!дегЬоГ, 1975; МсСапипоп вг РеигсЬ, 1976; Рагс)а де!а Тогге ег В!оотйе!6, 1981; Акоп ег МсСапипоп, 1984а).
ЕоппаИяпв Ьаче Ьееп Иече(прей го ггеаг Иех)Ые то1еси!ев сопв)вг)п8 оГ г18Ы виЬишгв соппесгед Ьу Ь)п8ев ог ыч(че1ь (Нагчеу, 1979; ч(ге8епег, РогчЬеп 6г Коевгег, 1980), апд йе Ьеад тейо<Ь Ьаче Ьееп ехгепдег( го ггеаг висЬ тоде!в ц Ьеп йе виЬишгзЬаче )гге8и!аг ьЬарев (%ге8епег, 1982; Нагчеу, МеИаг)о ег Рагс(а де )а Тогге, 1983). То оЬга)п гаге сопвгапгв Гог Ь!ото!еси!аг г)1ИЬяоп сопггоИе6 геасгюпв Ьу Вгоччшап гга)есгогу са!си!аИопв, опе Игв! гИчЫев гЬе гИИцяоп врасе агоипд опе оГгЬе геасгапгв (е.8., ап епгуте) !пго гьчо ге8юпв. ТЬе '(ппег' ге8(оп 1в Ишге аиста сотрг(вев гЬа! чо!шпе агЦасеп! го 1Ье епхуте т и ЫсЬ йе тгегасИопв аге сотрИсагед аист Ьевг деа!г и41Ь Ьу пшпеПса! [есЬпщиев.
ТЬе 'оцгег' ге81оп ж оГ тйшге чо!шпе Ьиг 1в ечегучгЬеге Гаг споиВЬ Ггот йе епхуте гЬаг гИИцяопа! ЬеЬачюг сап Ье девсг(Ьег! апа!уИсаИу. Тга)есгоПев йеп пеед Ье сотриге6 оп! у т йе тпег ге8)оп. Апу сга)ессогу гЬа! геасЬев йе отег ге81оп (в ггипсаге6; йе сопяИЪиИоп оГ висЬ Гга)есгоПев Го йе гасе гв 8(чеп Ьу ап апа!уИс соггесгюп Гасгог. ТЬе Гасгогв пеейеи 1п йе гаге сопвгапг са!си!агюп сап Ье !пггодисед ьиссевяче!у ав ГоИои в (ХоггЬгир, АИгвоп ег МсСапипоп, 1984; АИ(воп, Ь(оггЬгцр ег МсСапипоп, 19856; ХоггЬгир, Сигч)п, АИ(воп ег МсСапипоп, 1986; ХоггЬгир, опий, Во!ев ег Кеупо!Ив, !986).
Г.ег йе !аг8ег то!еси!е (е.8., ап епгуте) Ье виггоигЫед Ьу а врЬепса1 вцгГасе оГ гагИив Ь, чгЬеге 6 )в!аг8е епоц8Ь йаг гЬе вигГасе Иез )цвг оигвЫе оГ гЬе 1ппег ге8юп. ТЬеп йе гаге сопвгапг сап Ье ът(ггеп ав (4.33) Ус = lг~(6)8 Неге, !г (Ь) (в гЬе вгеаду в!ага гаге аг иЫсЬ гпоЬИе геасгапгв ъ)гЬ г > Ь иоц16 ИгвГ вГгИсе йе вигГасе. %псе гИйив)оп ир Го ГЬе гИввапсе Ь сап Ье ИевспЬе6 апа!уИсаИу, lгп(6) вИ! Ье 81чеп Ьу а )спогчп ехргевяоп; е.8., 1Г 78 ТЬеогегГеа! тегЬой йе епгуше-виЬзггаге 1пгегасг(опв аге пе8!18)Ые Гог г > Ь, опе Ьав гЬе Гапп!(аг 8шо!исЬои вЫ геви!г (го(Ь) = 4зРЬ (4.34) ТЬе Гасгог Р' 1в йе ргоЬаЪ1!(гу гЬаг а геасгапг згагг1п8 аг г = Ь, апг! Ггее го г!1(Гиве (и йе 1ипег апг! оигег ге81опз, М11 геас! гайег йап евсаре.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
