McCammon, Harvey - Dynamics of Proteins and Nucleic Acids (522918), страница 19
Текст из файла (страница 19)
ТЬеве !очг Ггет)пенсу апЬаппошс шо|1ез |чете Гонит( со допипате йе атопнс т)(вр!асетпепт ша8п(тнт)ез. Знрегипрозед оп йезе 1очч Ггет)иепсу тпоВопз аге !оса!1хед пюВопв чч1|Ь Ь18Ьег Ггес)пенсу апт! япа11ег ашр11тнт!е; |Ьезе !оса!(тет( пю|юпв аге нюте Ьаппошс |п сЬагас|ег.
БнЪзет)непт погтпа! тподе з|итВев оГ ВРТ1 (Вгоо1сз ет Кагр1из, 1983) апд оГ ВРТ1, сгап|Ь|п, пЪопнс!еаве, апт) 1увогуше (!.еч(т1 ет а!., 1985), Ьаче сопйттпет! йе 8епега! тези!|в дезсг(Ье|5 аЬоче; вее вестон 5.2.2. А1зо оГ 1птегез| ы а з|ш(у оГ йе т(еса8(усше а!рЬа Ье!(х (Г.ечу, РегаЫа 8т Катр!из, 1982). Неге, йе а|опис ровВюп Пас|наг(опв 1гош а пю1есн! аг т(упаписз япш!аВоп (ге!!ест(п8 пю|юп оп йе |гие ро|епВа! вигГасе) |чете сои|рагс|1 тч(тЬ йозе Ггош а поппа! шот)е са!сн1аВоп. ВиЬз|апВа! апЬалпопкЬу |чав аррагеп| ечеп |и |Ь1в соп|рагаВче!у п81|$ е1ешепт оГ Яеитт!тв Гог рготеии 85 Вопв, соггевропгВп8 то Гоиг тВвбпст!очч епег8у ге81опв оп йе ротепба! епег8у вигГасе.
ТЬе ппв атопис т)1ГГегепсев Ьетччееп йеве шеап втгистигев (0,16-0.21 шп) чтете япи1аг то йе т!!йегепсев оГ еасЬ Гготп йе Х-гау ягисшге. ТЬ!в гевиВ сопйгшв йе сопс1ивюп Ггош ргеиоив япш!атюпв апт! Ггопт ехрегппепта1 втит!1ев (весбоп 5.2.4) тЬат рготе)пв, ш атЫЫоп то тЬе!г гарЫ ЫЬгатюпв, ипдег8о тгапв1 тюпа апюп8 т!1йегепт втаЬ)е виЬвтатев йас аге япи!аг то йе Х-гау аттис!иге. ТЬе тпа8п!тит!ев оГ тЬе атопнс Оистиатюпв тп еасЬ тпо!еси!е, апт! йе в!гас!ига! чапатюпв оГ йеве ша8п!тийев (е.8., вЫесЬай чегвив Ьас1сЬопе, ехровет! 1оорв чегвив Ьипет! ф вЬеет), аге в(ш!!аг то йоте Гоипт! еагйег.
%Ьеге во!чепт пто!еси!ев аге оЪвегчет) то Ъе соотг!!патет! чч)й вигГасе атотпв оГ йе рготе!и ш тЬе Х-гау втптстиге, япп1аг соогтВпабоп тв вееп тп йе япит!абоп. ТЬе тпоЬтйу оГ йе во!чепт тпо1еси!ев тпсгеавев чч)тЬ т(1втапсе Ггопт йе рготетп. Яиа))тат1че!у япп1аг геви!тв Ьаче Ьееп оЪташет! ш а 40 рв япш)атюп Ьавет! оп а т!!Йегепт сгувта1 Гопп оГ ВРТ1 (Вегепт)веп ет а!., 1986). ТЬе Вгвт вппи!абоп оГ а рготе)п (ВРТ1) !п ап ехр1!сЬ во!чепт епчгоптпепт ипат!е иве оГ а вппр!е аро1аг во!чепт сопвтгистет! то Ьаче а т!епяту ятш1аг со ччатег (чап Оипвтегеп ет Катр!ив, 19826; БтчапнпатЬап ет а!., 1982). Неге, тЬе пювт я8шйсапт т)!йегепсе Гготп йе яши1атюпв тп еасио чгав а в!очг)п8 оГ йе а!опас т)1вр!асешептв, еврее)а1!у ат тЬе рготеш ятгГасе тчЬеге йе согге!атюп йпев тчеге 1псгеавет1 Ъу а Гас!от оГ аЬоит тчго т)ие то во!чепт Гпстюп.
ТЬе ашр!!тит!ев оГ атоппс тВвр!асешепт тчеге пот в18п16сапс!у сЬап8ед. ВиЬвет(иепс1у, вечега1 япш!атюпв ш ехр1!с(т атртеоив епчгопшептв Ьаче Ъееп регГоппей Рог ВРТ1, чап Оипвтегеп ат Вегепт!веп (1984) !ошЫ тЬат йе ачега8е во!ибоп втптстиге !в япп!аг то йе сгувта1 втгисшге. ТЬе ргппагу тИГегепсев аге Йвр!асешептв оГ вечега! вЫесЬашв дие то йе гепточа! оГ соптаств тч)тЬ пегВЬЪопп8 рготешв !п йе сгувта!, апт! йе гер!асетпепс оГпювт оГтЬе 1птгатпо!еси!аг Ьут) го8еп Ьопт)в шчо!чш8 вЫесЬашв Ъу Ьут!го8еп Ьопт!в со во!чепт шо!еси1ев. Рог апойег япа!1 рготе)п, АРР, а Гатт!у аЬгирт геопептабоп оГ а РЬе в)т!есЬа!и (тт'т ж 90') тп йе ф !оор ге81оп ь Го!!отчет! Ьу а тчЫеп(п8 оГ йат 1оор апт! гер!асетпепт оГ штгапю!еси1аг Ьут!го8еп Ьопт(в ш йе !оор Ьу Ьопт!в то во1чепс.
Тгуряп 1в а шисЬ !аг8ег рготе(п йап ВРТ! ог АРР, во йат йе вппи1абоп оГ йтв епхутпе ш епои8Ь ехр!тсЬ тчатег (4785 тпо!еси!ев) то арргохппате т!1!иге во!итюп сопгВтюпв ччав 8геат!у Гас)!!татет! Ъу асеева то а вирегсошритег (%оп8 ат МсСапипоп, 198ба,Ь). ТЬе в!ши!атюп соп6ппв ргечюив геят1тв ав Гаг ав 8епега! сЬагастег(вт!св оГ рготеш шобоп аге сопсегпет), Ьит а!во а11отчв т!ета1!ет) втитВев оГ во!чатюп апт! (п1иЬттог Ь)пт!!п8, ТЬе ачега8е ппв атоппс роябоп Оистиабоп Гог йе рготетп асошв т!иг(п8 19 рв ат ЗООК гв 0.068 птп.
ТЬе чапатюп оГ !)истиатюп атпр!1тит)е 86 Яюгг Фие г(упит!ся о.ооя о.оов о.оог о.ооо 1.О 1.5 2.0 01яяяпсе 1ппО 0.5 я !8. 5.2. Меап о11Гив! оп сопягвпгя оГ 1Ье ячагег то!еси!ев вя а ГипсПоп оГ йе1г ягяггищ яЯяяапсея го 1Ье с!овеяв аготя оГ 1Ье епяуте ггурвш.
ТЬе яо!чепг вг 1Ье ргоге!и яигГвсе Ь иашйсап11у 1евв пюЬ1!е 1Ьап риге яо1чеп1. а)й йвгапсе Ггопг йе ргоСеш сепгег 15 чету внш!аг го 1Ьаг а!геену г(евсг(Ьед Гог суСосЬгогпе с; йе ачега8е ашрПгиде Ы с!ове го 0.05 шп ш йе шгепог, Ъия 1псгеаяея гарЫ!у го 0.1 шп Гог гПвгапсев 1псгеаяш8 Ггош 1.5 Го 2.7 шп (1.е., ш йе ге81оп оГ йе пюге 1оояе!у рас1сед яигГасе). Ойег я!гас!ига! согге!аПопя ав ячеП ав йе ашяоггору оГ 1Ье ргояе)п агогп пю1юпв аге а!во впш!аг Го ячЬа1 Ьав Ъееп я)евспЬед аЬоче. ТЬе ачега80 пюЬППу оГ йе во1чепг дерепг(в яггоп8! у оп сПяяапсе Ггош йе ргоге(п, ав вЬоячп ш Я8иге 5.2. ТЬе ейесПче оПЯивюп сопягапг !ог ячагег ая йе рго1е(п вигГасе !я !евв йап Ьа!Г йе ЪиПг ча!ие (22 = 0.0036 птп' ря ') Гог йе 8РС ччагег шойе! ияеЯ 1п йе 51пш1аг!оп, ТЫв гея$исей пюЬП!гу ргоЬаЫу гейесгя вопр!е 8еопгегпс Гасгогв (йе ргогеш асяв ая а Ьагпег го ячаСег еПяр!асегпепг) ав ячеП ав врес(Яс 1пгегасПопв (яисЬ ав яо!чепг Ьудго8еп ЪопеПп8 го сЬаг8ед 8гоирв оп йе ргогеяп).
Веяячееп 1.0 апг( 1.5 шп Ггош йе ргогеяп, йе во!чепя ЙЯивюп сопягапг ж вопгеччЬаг 1аг8ег йап йе ЪиПс ча!ие. ТЫв сои!О соггевропг! 1о а ге!аПче!у г)1вогЯегег! ге81оп оГ яо!чеп1 1Ьаг геяи!15 Ггопя сошрейюп Ьегччееп 1Ье я!гас!ига! шЯиепсе оГ йе ргоге(п апя( Пв во!чаПоп яЬеПв оп йе опе Ьапд, апг! йе Гогсев йас я$егепп(пе ЬиПс ъча1ег я!гас!иге оп йе ойег. ТЫ в япш!агюп Ьав а! яо Ьееп ивери1 яп ягод!ев оГ во!чаЯоп ейесгв оп 1Ье ЬяпсПп8 оГ епяуше япЫЪПогв (сГ.
сЬаргег 9). 87 Яези!тв Гог ргоге(т о.оз Е с с 4 о.ов -'Б Е тп о.оо О.О1 0.1 1 ю 100 Типе (ри) И8. 5.3. !(шв г)!вр! асешептз са сутосЬгогпе с, ачегаает( очег г(!Йегепт типе Ьиегча!в!и а пто1есп!аг аупагп!св ыгпи!ат(оп (Могзап ет а!., 1983). Кепи!тв аге учев Гог йе пег а!апис г!!зр!зсешептв ( ), тЬе т!!вр!асегпептв оГ гевЫие септгоЫв ( — — ), апо тЬе т(!вр!асегпептв оГ атотв ге!апче то тЬеЬ гев!йие септгоЫв (......).
Со!)ест!че тпот!оп, ав 8апзег( Ьу тЬе септгоЫ о!вр!асегпепгв, допипатев тЬе пег атопнс шопоп Гог пше гптегча!в !оп8ег тЬап 1 рв. (Соруп8Ьт © !983, ЗоЬп чч!!еу ет 8опв, 1пс. Керт!птео Ьу репшзвюп.) 5.2.2 Со!!ест(ое аврестз 8ечега1 оГ йе тези!тв г!езст!Ьет! ш йе ргетоив зиЬвест!оп !пг(!саге йа1 со!!ес1!че тпотюпз аге оГ ппрогтапсе ш рготе!и г!упаш!св. Рог ехашр!е, со!!ест!че пютюпз аге ви88езтег! Ьу йе соИшеапту оГ (Ье ргеГеггег! ахев оГ т!!вр!асешепт оГ а пшпЬег оГ атошз ш 68иге 5.1(а). ТЬат зисЬ со!!ест!че сотпропептз аге ргезепт тз сопязтепт тч!1Ь йе !аг8е ашр!!тиг!е оГ йе атопис роз!т!оп Йистиат!опв !п йе с!озе1у рас!гет) аттис!иге оГ йе ргогеш;!аг8е атпрИЬЫе г)!зр!асешепгв тпивт !пчо!че йе со!1ест!че тпотюп оГ ап атош апг! !тз пет8ЬЬогз.
А пишЬег оГ зтиг!!ез Ьаче Госивег! оп йезе со!!ест!че пют!опз. !и опе зтиг(у, 1Ье а!апис г!!зр!асешептв ш а г(упаписа! зппп!аппп оГ сутосЬгоше с пете т!есотпровет! што тччо рагтз (Мог8ап ет а1., 1983). ТЬе йгвг рагС тв йе О!вр)асешепт оГ ап атош ге!ат!че то йе сепггоЫ оГ 1Ье апипо асЫ гев!Йие Го тчЬ!сЬ Ь Ье!опуЬ апг! йе зесопг! рагг !з йе т!!вр(асешепт оГ йе гезЫие септгоЫ !тве(Г, ТЬе 1оппег сошропепс !аг8е!у 88 Б)гогг гцие гГупаиисв |оо зо 60 40 го зо |оо го 40 60 Кеавве р!8. 5.4. Мар вЬо|ч!п8 |Ье ех|епяче гев!г!ие йвр!асе|непг сопе!аИопв ш а 32 рв г!упапнса! япш!аИоп оГ сугосЬ|о|пе с !МсСапнпоп, 1984). ТЬе согге!аИоп оГ гевЫнев | апг! / |з со|прше4 вв |Ье попив!!гег! цнап|Ьу Со — — (Я, Я )/(Я,'у!(Я~в)), |чЬеге Я, ы |Ье |пв|ап|апеоив г)!вр!все|пей| оГ |Ье сап|го!Й оГ гев!|!не | Ггоп| |Ье |певи рояИоп оГ |Ье сепггоЫ.
ТЬе ча!нев оГ С, ганзе Ггот О.б |о!.О. А в!п8!е соп|опг |в |!гз|чп а| |Ье ча!не 0.87; 1агзег согге!апопз оссиг а!оп8 |Ье г!!авопа! зпг! |ч!|Ь!и |Ье в|па!! с!овей гев!опв оГГ |Ье г!!азопа!. геГ)есгв !оса!!гед шо|юпз, |чЬ!!е йе 1аггег соп|ропеп| |в а ргоЬе оГ йе со1!есг!че пю|юп. ТЬ!з згиг!у вЬо|чег! |Ьа| йе 1оса! сошропеп|з дош!паге йе ша80!гиг)е апд Йгесг!она!!гу оГ йе пе| а|опис йзр!асешепгз |$нпп8 Г!ше ш|егча!в !евв йап 1 рв. Очег 1оп8ег |ипе ш|егча!в, йе 001!ес|!че сошропеп| генг!з |о г!опипаге йе а|опис о!зр!асешепгз.
ТЬезе гевн1|в аге !1!ив!гасе|! !п 68иге 5.3. ТЬе Ьас1сЪопе йзр1асешепгз апг! йе|г чаг!аг!оп |Ьгон8Ьои| йе гегг!агу в|гас|иге аге в|гоп8!у г!опипасе|$ Ьу со1)есг!че г)упапнсв очег йеве !оп8ег силе ш|егча!з. ТЬе в!г!есЬа!пз генг! |о гЫе а!оп8 чч1|ЫЬе ЬасЬЬопе, Ъи| Ьаче аг!йг!опа! 1оса! |поЬ~!Ьу. ТЬе враг!а! ех|еп| оГ йе со!!есг!че пю|юпз ш су|осЬгоп|е с Ьаз Ьееп ргоЬег) Ъу са!си!а|!08 йе г!!зр!асешеп| согге!а|юпз оГ |Ье гев!дне сепсгои!з (МсСагп|поп, 1984), ТЬе гезн)гв, г)1зр!ауег! |и Г|8иге 5.4, вЬо|ч |Ьа| Яеии(|и)ог ргоге|пв тапу гевЫиев Ьаче !аг8е сговз-согге!аВопв. Боте оГ йезе согге!аВопз аге еав11у ипдегв|оод.
Рог ехатр1е, йе согге!аге|! пюВоп оГ гевЫиез 92-103 гейесгз со!1есйче |поВоп оГ йе С-|еппша! а!рЬа Ье!!х, апд йе согге1аВопв оГ йезе гезЫиев |ч!|Ь гевЫиев 1-10 геГ)есгз |Ье соп|ас| Ьег|чееп йе С-|епп)па1 ап|! Х-геппша! Ье1кев ш йе паВче з|гис|иге оГ йе рго|еш. ТЪа| а!рЬа Ье!)сез сап пюче ав зепнпВЫ ЪогВев ы а1во с!еаг 1п гесеп| з(ти!апопв оГ |пуо8!оЬ(п (! ечу ег а!., 1985) апг! йе С-сепп!па! Гга8тепг оГ |Ье Ь7/!.!2 пЪозо|па! рго|еш (Аг!ч!вЬ чап С|ипвгегеп, !.е!)оптагс)с ег Тар|а, 1985). 0|Ьег согге!аВопв йа| !пчо1че зраВа11у г!1вгапг гевЫиев тау Ье Ьез| газ!опа!!хе|! !п |еппв оГ 1аг8е зса!е поггпа! тог!ев оГ озс!11аВоп ог !аг8е зса!е з|гисшга1 |гап|6|юпз Ье|«ееп |!!Йегепс сопГоппа|юпа1 зиЬз|а|ез (вее Ье!о|ч).
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
