McCammon, Harvey - Dynamics of Proteins and Nucleic Acids (522918), страница 28
Текст из файла (страница 28)
8!псе йе ехосусИс |огяоп ап81е д, с(ейпес( Ьу С5'-С4'-СЗ'-03', !в зо с!ове!у ге!асес1 со |Ье епс!осусИс |огяоп Оо с(ейпес! Ьу 04'-С4'-СЗ'-С2', д»чои!6 а1зо Ье ехрессес! со ГоПочч а репойс ге!аИопвЫр И)се (6.2). ГуаСа Ггоп| йе 4800 пЬозе сопИИигаг!опз оГ йе (ПХА япш1аСюп аге зЬо»чп ш 68иге 6.7, »чЫсЬ зЬо»чз япаП де|иаИопз Ггот сЬе ехрессес! ЬеЬачюг. А р!ос оГ О, чегвиз Р (Нагчеу дс РгаЪЬа1сагаи, 1986) |з чегу япи!аг Со 68иге 6.7.
Хог!п8 йаС д !в пюге вепяспе со сЬап8ев т Р Гог С2'-епс(а ви8агз йап Гог СЗ'-еис(о ви8агв, %евсЬоГ й Бипс!ага!ш8ат (1983а, Ь) аг8иес! йас |Ьеге !в а Оерепс(епсе оГ Ьас1сЬопе Пех!Ъ|!Пу оп ви8аг рис1сег. ТЬе!г аг8итепс !в Е!ив|гаги»! Ьу 08иге 6.7, иЬеге И !в вееп йа| рагИа1 рзеис!огогаИоп |п йе СЗ'-епс(о с!ота!и 1еас!з Со япаПег сЬап8ев |п д СЬап йе за|пе сЬап8е |и Р ш йе С2'-епс(о с1оташ (во!Ы Ипе). Ноге, Ьосчечег, СЬа| йе мелу !аг8е йеппа1 ПиссиаИопз т йе ча1ие оГ д ас апу учел Р аге ви(Пс!епс со зеНоив1у йпип|зЬ апу ейест оГ рис)сег-с!ерепс)епс Ъас1сЬопе Пех!И|И|у.
Епег8у т!пип!хас!оп зтйез а!зо ргейс| япаП Ьш зув(етаИс чапаИопв оГ йе Ьопс! ап8!ев идсЬ!и йе Гигапозе пп8 аз !с !в точес( а!оп8 йе рвеис!огосаИоп Р!8. 6.6. (а) Ро!аг всаиег р!о| оГ йе визаг рис1сег рЬзве ап8!е (аизи1вг соогйпв|е) впс! рис1сепи8 вл|рИ|иде (гайа1 соогйпв|е) Гог 4800 пЬове сопГопиаИоиз 8еиегасес( с(ипп8 а |КХАч"' и|о!еси!аг с!усат!св вппи!аИоп (Нагчеу дс РгаЬЬа1свгап, 1986).
ТЬе ои|ег с!гс!е соггевроис(в |о вп втррпиде О,„= 70', яЬИе |Ье !пиег с!гс1е соггевропс(в |о |Ье вчега8е ап|рИтде, 41.8'. ТЬе р!о| Ь йчйед !псо ве8|пепя |Ьа| сочег |Ье |еи еиче!оре соп88игаг!опв, !пйсагес( Ьу йе авив! посвИоп: 'Е = С2'-ел|Го; »Е = С2'-еха; 'Е = О4'-еас(а; е|с. (Ь) То с(степе»гасе йа| йе зсапег !и 68|пе 6.6(а) и по| ап агс»Тасс оГ йе з!ти1ас!оп, |Ыв йв8|ат ргевеис» сЬе вате р!о| Гог |Ье 76 сгув|аИозгврЬ(с пЬове всгиссигев т |КХАч"' (Н!пзег|у е| а!., 1978) (Ьеачу ро!п|з) апй Гог соп|рвпвои, йе »ГеохупЬове рис1сегв Ггот йе сгув|а! в|гистге оГ |Ье ве!Г-сотр!ессеи|агу с!ос(есвтег с((СОСОААТТСОСО)» (ЕгвИп| ес а!., ! 982) (И8Ы Ро!п|в). (Сорупзт 42 1986, Аи|епсвп СЬеписа! 8ос)есу. !»ерппсед Ьу регии вв! Оп.) 130 Еоса! в!гас!ига! ггапяс!опв 2ОО 150 юо 50.
— 1 00 о соо 200 Р (дев) И8. 6Л. 8сассег р1ос вЬосч)п8 сЬе ге!асюпвЫр Ьессчееп йе ехосус!гс согвюп б (03'-СЗ'-С4'-С5') апс) сЬе рис1сег рЬазе ап8!е Р Гог 4800 пЬозе всгисииев Ггопс а сКХАгее то!еси1аг с(упаписв япя!аПоп (Нагчеу бс РгаЬЬв1сагап, 1986). ТЬе воПс) Ипе гергезепсв сЬе ге!аПопзЫр оГ еосаПоп 6.2 р!ив сЬе оЬвегчаиоп сЬас, Гог 01еа! сесгаЬес)га! 8еотесгу вс сЬе СЗ' апс) С4' свгЬопв, Ь чгосйа Ье ехрессес) СЬвг б = Ис+!20' (все 88иге 2 8).
(СоРУп81и 40 1986, Атег!сап СЬеписа1 8сс)егу. Керппсед Ьу репи)зв)оп.) сус!е (ечев!ЬоГ бс Бипс)ага!ш8аш, 1980; О!зоп, 1982; 01воп сс Биззшап, 1982). ТЬе апа!уяз оГ йе 4800 с)упаш)саПу 8епегагед пЪове соп68игасюпв Ггош йе !ВЫ зипи1аПоп вЬосчв висЬ чапаПопв, ш ас)йпоп со зиЬвгапПа1 йеппа1 Писгиагюпв ш йе Ъопс! ап81ев.
ТЬе с)есаПес1 !оса! зспгссига! !гааз(иопв ассошрапуш8 йе!0081сийпа! зсгессЬ)п8 оГ ЭХА со Гопп ап шсегса!аВоп ясе Ьаче Ьееп ехапипес1 Ьу Ьой згаВс апс) с)упаш)с шейос1в. Тау!ог бс О!зоп (1983) 8епегагес! аП Геаз)Ые соспЬспасюпз оГ сЬе согяопа1 ап8!ез оГеасЬ пис!еос)с)е. ТЬеу йеп 1оПосчес1 йе расЬсчаув сЬас аПоя Гог япоой 1псегсопчегвюп Ьессчееп всгиссигев сЬас счои1с) аПосч пиегса!аПоп. А с)упапис арргоасЬ счав изес) Ьу РгаЬЬа)сагап бс Нагчеу (1985), счЬо Гагру ягессЬе6 йе с)оиЫе ЬеПх с)ипп8 а шо!еси!аг с)упаш)св япш!асюп. ТЫв изе оГ сапе дерепс)епс сопвсгыпсв са)сев ас)чапса8е оГ йе ргочеп аЬг!Ьу оГ пю!еси1аг с)упаш)сз Со аппеа! вгегеосЬеписа! сопй)сев (Вгоо)сз е! а!., !983; 1.еч)СС, 1983с). ТЬе райи ау Гог йе В-ГЗХА со Е-)ЗЫА сгапз!1!оп Ьав Ьееп ехаш)пей ш с)есаП ш !чго вгийез (О1воп, Бпп)чазап, Маг1су ес Ва!а)1, 1983; Нагчеу, Ага!иге о~ Гаса) зггисгига) и абаз!гюпз !31 1983).
ТЬе ЫЬга6опа1 етгору 666егепсе Ьеичееп йе В апг) У, сопГогта6опз Ьав Ьееп са)си)а)ед !и а попиа) тоде апа)ув!з ()п)сига, ТЫог, Вгоо)сз й Кагр!ив, 1985); йе са)си!агег) ча!ие, 913 пю1 ' К ', !в ОГ йе вате огг)ег ав йе ча)иев г)егегт!пег) Ьу ХМК (Сача!11ев ег а)., 1984; Ре!8оп ег а!., 1984). к = к(го,/2к) ехр( — А)г7!спТ) к = огвигД' (6.3) (6.4) Неге, и, апд сов аге ГЬе ап8и)аг Гге9иепс!ев оГ овс!1)а!!оп аввос)агег) и!ГЬ 6.4 Хапгге оГ )оса) в)гпс)пга) ггапяйопв Ягиб!ез оГ Гая то6опв ш рго!е!пв апг) пис)еЫ асЫз Ьаче вЬояп айаг йе а!от)с 6!вр)асетеп)в геветЫе йозе оЪзегчег) и1 йе 1!г)и!д апд во1Ы в!агев, ав Ьав Ьееп 6!зсиввед !п сЬар!ег 5.
11 !в ГЬегеГоге ивеГи! го сопвЫег йе 8епега) сЬагас)еПв6св оГ )оса) асбча)ед ргосеввев !и!щи!дв апд во)Ыв ав а геГегепсе рош! Гог йе соггевроп6!п8 ргосевзев !и Ьюро)утегв. Ас6ча!ег) ргосеввев !и сопг)епзег) рЬавев сап Ье апа)ухег) !и гепиз оГег)иаг!опв (4.29) апг) (4.30). Ргосеввев Гог ччЬ!сЬ йе !гапвппввюп соеГ6с!епг к = 1 соггевропд !о ап Ыеа1 !гапз!Г!оп в!а!е йеогу )пп!И ТЫв йеогу аввшпев !Ьа! йе Гпс)юпа! ебес!в (е.8., со11!вюп Ггециепс)ез) аий!п а вувгет аге 1аг8е епои8Ь го швиге !Ьаг ап ег)ш!!Ьпшп рорц)абоп оГ асГ!ча!ед в)а)ев !в та!и)а!пег) т ап епзеп1Ые оГ геасГ!п8 зуяегпз, апг) ГЬа! зувгетв йа! Ьаче сговвед !Ье епег8у Ьагпег аге г)иепсЬед !и йе 6па! з)аге ге8!оп Ье)оге )Ьеу сап геЬоипг) Ьас1с асгозв йе Ъагг!ег.
11!в а)во азвитед 1Ьа) йе Гпс6опа1 е)Тес)в аге вта)1 епои8Ь )Ьаг вуз)етв сговз!п8 1Ье ЬагПег ге8!оп ш йе 61гес)!оп оГ йе 6па1 вгаге аге по! !и)еггир)ег) апг) г)е6ес!ед Ьас)г гоччаг6 йе шЬ!а1 в)аге. ТЬезе вотеччЬа! соп6ЫВп8 азвшпрбопв саппо! Ье регГесг)у геа)!ход !и апу асгиа! зув)ет, во ГЬа! к !з аЬчаув 1евв йап 1. МпсЬ мог)с !и сЬеппса) рЬуясв Ьав Ьееп г)ечо)ег) )о с!апГу!и8 йе па)иге оГ г)ераг)игев Ггот йе Ыеа1 ггапз!г!оп в!а!е йеогу (Кгатегз, 1940; СЬап6!ег, 1978; 8)аппег ес %о)упез, 1978; Хогйгир и Нупез, 1980; Сгго!е й Нупев, 1980; Сгагг!!у й БЫппег, 1983; Нупез, 1985).
1п а 1!9и1Ы, ГЬе со!Ияоп Ггег)иепс!ев аге виГ6с!епг!у )аг8е йаг йе га)ев оГ вогпе ргосезвев тау Ье гег)исег) виЬвгапба!1у Ъу шсеггир6оп оГ вузгет Гга)ес)опев т йе ЬагПег ге8)оп. БцсЬ ебесгв аге тов) ргопоипсед )ог йе то!юп оГ )аг8е 8гоирв (ччЬ1сЬ Ьаче )аг8е со!Ияоп сговв-зес6опв апг) Гпс6оп сое)6с!еп!в) очес Ъгоаг) еиег8у Ъагпегв. Рог а Ь!8Ыу батрак, опе г)!тепз!опа) ргосезв !и ~чЬ1сЬ йе ейес6че ро!еп6а! вшГасе !з рагаЪобс !и йе !и!1!а), Ъагг!ег апг) 6па! зга!е ге8!опз, йе га!е сопв!ап! сап Ье ехргевзег) ав (Кгатегз, 1940; СЬапбгаве)гЬаг, 1943) 132 йоса! яггисгита! г апз|г!опз |Ье !и!1!а! |че1! апг! !пчеггег! ЬагПег, гезресг(чту; А И'!з йе Ье!8Ы оГ |Ье рогепг!а! ог" теап !огсе Ьагпег оп йе геасВоп соогг)!паге; )сп !з Во!1юпапп'в сопв|ап|; Т !з аЬзо1и|е |еп|рега|иге; о| !в йе п|азз оГ йе раг1!с!е точ!п8 а!оп8 йе геас1юп соогйпаге; Г|в йе гг!с1!оп спейс!еп1 ог" йе рагВс!е; апд к Ь а ггапвт!зз!оп соейс!епг ччЫсЬ ччоиЫ Ье ег)иа! со опе т йе випр!е |гапз!1!оп в|а|е йеогу.
ТЬе Ь!8Ь г!атр!п8 1пш| !з оЪ~а!пег! Гог сег|ып соп(огтаг!опа! сЬап8ев оГ ()ех!Ые то!еси!ев !п во!и1!оп; йе гаве сопв|ап| |в гег!псе|! вагит йе Ыеа! |гапвйоп в|а|е ча!ие Ьесаизе висЬ пю!еси!ев сгозв йе епег8у Ьагпегв !п ап егга|!с, Вгоччп!ап п|аппег (Еечу, Кагр!ив й МсСапипоп, 1979). ТЬе випр!е !гааз!1!оп вва|е рк|иге тау а!во Ьгеа!с г!оччп гог ргосеввев йа! (пчо!че то1!оп о!сЬаг8ег! 8гоирв ш ро!аг во!чеп|в.
Неге, йе тог!оп оГ йе сЬаг8ев |пау Ье в|гоп81 у !п()иепсе|! Ьу г!ис1иа|!опв ш йе ро!аг!ка1!оп оГ йе во!чеп1 (чап бег а|чаи 8| Нупев, 1982; %агвЬе1, 1982; Са!еГ 8| %о!упез, 1983; Нупев, 1985), ог Ьу со!1есбче геог8ап|ха1юп ог" Ьудго8еп Ьопг!з т йе во!чаВоп вЬе!1в оГ йе сЬаг8е|$8гоирв (КаПт й МсСапипоп, 1986). 1Г опе г!ейпев а рг!т!1!че геасг!оп соогйпаге ш |егтз оГ йе сЬаг8е верагаг!оп, йе ро!аПка1!оп ог Ьуг!го8еп Ьопг)!п8 ()исвиаг(опз чч!!! а8а!и !еаг! |о ап еггаг!с, Вгоччп!ап тог!оп а!оп8 й|в соогйпазе. 1п ех|гете савев, йе гаге ог" йе ргосевв |Ы11 Ье сои!го!!ед Ьу йе со!1есВче п|о|юпв ог" йе во1чеп| пю!есШев. 1п во1Ыв, опе а8а|п оЬвегчев сег|а|п з!8п!йсапг |!ерагвигев !гот випр1е |гапв!1!оп в|а|е |Ьеогу |!ие |о йе па|иге оГ йе ипдег!у!п8 а|апис пю|юп.
СопвЫег, Гог ехатр!е, часапсу й(гиз!оп !п а вопр!е тапа|апис сгув|а! (Веппеи, 1975; Вес1сег ос НоЬе!ве1, 1982). Тур|са!!у, ап а|оп| пшв| зг!иееге Ьегччееп вече|а! пеагев1 пе!8ЬЬогз |о точе |пво йе часапсу з!|е. ТЬе песеввагу йзр!асетепс оГ 1Ье пе!8ЬЬогв гоп|!в |о оссиг йгв1 апд еп8еп|!егв звга|п ш 1Ье !а11!се йа| ргочЫев йе |!ош!пап1 соп|ПЬивюп 1о йе асВча|юп епег8у. ТЬе тоЬ~1е а|о|п йеп развез Ьег|чееп Ьв пе!8ЬЬогв, ехрепепсш8 пшсЬ з|па1!ег попЬопг!е|! гери1вюпв йап ччои!д оссиг !п йе ипйзгог|ег) !а|1!се.
Вега!!е|! вгийез вЬочч йа| а з!8п!йсапг пшпЬег ог" ЬагПег гесгозз!п8в оссиг; йе пюЬ|!е а|от ге|а|па епои8Ь ЫпеВс епег8у |о ге|игп 1о Ьв иийа! вЬе ЪеГоге йе репшвзпе соп68ига1!оп оГ йе пе!8ЬЬог!п8 агота со!!арвез. Асв!чаве|! ргосезв !п рго|етв ап|! пис!ек асЫв сап Ье ехресге|! со йвр!ау тапу ог" йе ргорегбез оЬзегче|! ш !щи!йз апд во!Ыв ав |че!! ав а|ЫЙюпа1 ргорег1!ев йа1 гехи!| !гот |Ье ип!г!ие в|гис|ига1 Геагигев оГ йеве пю1еси!ев. Ргосеввев йа| !пчо!че зта!! Йвр!асетепвв ог" попро!аг 8гоирз аге Иге!у |о Ъе виЪ)ес| |о ге!а1!че!у вта1! Гг!сг!опа! !огоев. ТЬе го!а!!опа! !вотег!кацап оГ а те|Ьу! 8гоир, гог ехатр!е, сап Ье ехрес1ег! 1о Ьаче а пеаг1у Ыеа1 1гапя|юп в|а|с сЬагас|ег а!|Ьои8Ь юте гесговз!п8 134 Г.оса! в|гас|ига! !гааз(г(опв р(8.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
