McCammon, Harvey - Dynamics of Proteins and Nucleic Acids (522918), страница 32
Текст из файла (страница 32)
11 йегеГоге арреагв Иге!у йаг чаг!аг)опв !и во!чепг сопд!г!опв апд гпгегасдопв чг!гЬ ойег пю!еси)ев впау ргодисе !аг8е сЬап8ев !и гЬе очега11 сопГоппадоп оГ !КО (Тип8 ег а!., 1984). Ехрегппепга! гпГоппагюп оп йе йпе вса1е оГ гЬеве Ып8е Ъепд!п8 впог!опв !и ГКХАгв" !и во!и!!оп !в по! уег ачгд!аЫе. ТЬе !а гасио пю!еси!аг дупаписв вдпьи1адоп (сГ.
весгюп 5.3) д!д вЬов вага!1 апьр1!гиде чападопв !и йе гадгив оГ 8угаг!оп йаг апве Ггпу Г)исгиадопв т гЬе Ьепд ап8!е Ъеггчееп йе пчо аппв (Нагчеу ег а!., ! 985а). ТЬе !еп81Ь оГ гЬе вдпщ1абоп (24 рв) !в сопграгаЫе со йе аррагепг рег!од оГгЬове пвог!опв, апд !г ччои!д 150 О!оЬа( к|гисьга! сЬап8ея датред ЬепгПп8 |псгеаяев |ч)й йе!еп8|Ь оГ|Ье Ьеп| рогыоп оГ йе ЬеПх; выЪв|апда! Ъепд)п8 оГ 30 шп ве8|пепгя оссыгв ш |ыпев оп йе огдег оГ 10 пя (ВагИеу сг Ултт, 1979; АПВоп св МсСапипоп, 1984Ь). 1п йе саяе оГ пюдопв йа| Ьаче ап |п||дпвкаПу ты!1(д)тепя(опа! па|иге, во!чепс датр(п8 ейес|в тау а!во сЬап8е йе ргеГеггед райваув оГ |Пвр!асе|пеп| Ггоп| чгЬаг ччои!д Ье ехрес|ед Ьавед оп |Ье ро|епда! яигГасе а1опе.
Ап еха|пр1е В |Ье яо!чеп1 шдисед согге!а|юп |и дйедга! ап8!е го|а|юпв д(вр!ауед 1п 68ыге 7.2. 1| Ьая гесеп|1у Ьееп вЬочгп йа| йе ргеГеггед рай Р о(еПвр1асетеп| Гога ЫВЫу датред яув|еп| В |Ьа| Гог чгЬ|сЬ (Вег1сочч(гк, Мог8ап, МсСапыпоп дг Ыог|Ьгир, 1983) ~ .Гы ехр О)И'КЬ = пыттит (7. 1) |чЬегеГы В йе |ап8епда1 соп|ропеп| оГ |Ье Гпсдоп |епяог а1оп8 йе рай, 1У ' = Iга Т |я йе Во1|хтапп сопв|ап| пшШрПед Ьу Сеп|рега|иге, апд 1!' В йе ро|епда1 оГ теап 1огсе.
ТЫв ча|дадопа1 Гогти!а ехрйс|ду гПвр!ауя йе дерепдепсе оГ йе райюау оГ сопГогтадопа! сЬап8е ироп Ьой Гпс|юпа) апд ро|еп||а1 е(Тес!в. Ав едП Ье сПвсыввед ш |Ье пех| сЬар|ег, яисЬ ейес|в |пау 1пйиепсе йе п|есЬашвдс де|аПя оГ П8апд Ь~пгПп8 апд о1Ьег Ью!о81са! Гипс|юпв оГ Ьюро1угпегв. 1п йе апа1увея оГдатрш8 ейес|в девспЬед аЬоче, йе во1чеп| Ьав Ьееп |геа|ед ав а чдвсоыв сопдпышп. ТЫя вппр!е тоде! тая| Ье гер!асед Ьу пюге ворЬ|ядса|ед девспрдопя оГ йе во!чеп| ш сег|а|п саяея, гог ехатр1е, йе 1аг8е гев|о|дп8 Гогсев |пчо!чед |и |Ье 1увохуте Ып8е ЬепгПп8 геви11 1п ви(Пс(еп|1 у гарЫ пю|юпв йа| йе гдтр!е гдясоыв гевропяе тоде! Гог |Ье воЫеп| Ье81пв |о Ъгеа1с до|чп (МсСапыпоп 8|%о!упев, 1977).
ТЬе во!чеп| сап вПП Ье пюде!ед ав а сопдпшпп, Ъи| опе вЫсЬ Ьая ап шегда! ав |чеП ав гдвсоив сЬагас1ег. 0|Ьег ех|епгдопв оГ йе соп|1пышп пюде! аге ровгдЫе 1п р|дпс|!1, е.8., 1псогрогадп8 яо1чеп| гПе!ее|по Геа|игев ав Ьав Ьееп допе |и в|ыгПев оГ е1ес|го1у|е во1и|юпв (чч'о!упея, 1980). 1п воте савев, В тау Ье песеввагу |о 1п|годисе а де|Ы1ед пю!есы1аг пюде! Гог йе войеп|. ТЬыпау Ье гег(ы)гед 1ог Ь|оро1у|пег то|юпв |Ьа| геви!С |и я18п(йсап1 а1|егадопя оГ йе выгГасе ехрояиге.
КисЬ |подопв а)П шчо)че сЬап8ев 1п йе во!чадоп оГ йе выгГасе 8гоырв чд|Ь сопсотВап| епег8е|к апд )дпедс е(уес1в. Ап арргохппа|е сопгддега|юп оГ высЬ ейес1в ироп йе Ь~п8е ЬепгПп8 |подопя оГ йе В-агаЪ|пове-Ь(пгПп8 рго|е)п яи88еягя йа| во1чадоп сЬап8ея оГ сЬаг8ед гддесЬа|па |и |Ье Ь|пгПп8 гд|е с!ей п|ау ге8ы!а|е йе очегаП сопГоггпаг)оп оГ 1Ыв рго|е(п (Мао е| а!., 1982Ь). 152 23упаткв оГ то!еси!аг авяю!агГот !пйиепсе Ъ!о1о8)са1 ргосеввев !и а чаПегу оГииегевИп8 ччаув. рог ехатр!е, 88апйв апг! гесергогв 1Ьаг Ьаче сопгр!егпепгагу йзпИЬиИопв оГ е!есгПс сЬаг8е тау Ье вгеегег! шго ргог!исИче опепгаг!опв йиг)п8 йИив!опа! епсоипгегв, геви1Ип8 1п 1псгеавед геасИоп гагев. !п зисЬ савев, 11 сап Ье ваЫ 1Ьаг то!еси!аг гесо8п!гюп Ье8)пв ЬеГоге гЬе И8апг! апг! гесергог асгиа1!у соте !пго сопГас!.
Весаиве оГ ГЬе сотрИсаг!опв оигИпег! аЪоче, геасИопв Ьегччееп Ь!о!о8!са! то!еси!ев тау Ье ййив)оп сои!го!!ед апг! уес Ьаче гаге сопвгапгв ГЬаГ йИег Ьу вечега! оп1егв оГ та8п!гиг!е Ггогп гчЬаГ 1в ехресГег! оп 1Ье Ьаяв оГ1Ье випр!е Бто!исЬоввЫ 1Ьеогу. Апа!уИс гЬеопев ГЬаг са!ге воте оГ 1Ьеве сотрИсагюпв !псо ассоипг Ьаче Ьееп г!ече1орей апг! аге девсг)Ьед 1п вечега! гесепг геч)еччв (СЬои ег УЬои, 1982; БЬоир ег БхаЬо, 1982; Са!еГ ес РетсЬ, 1983; Вег8 й чоп Н)рре!, 1985; Ке)гег, 1985). Ноччечег, В арреагв И!се!у 1Ьаг гЬе пювг г!ега11ед Иевсг) рг!опв оГйИивюпа! Ьппо!еси1аг епсоипгегв апг! виЬвециепг вгерв т то!еси!аг аввос)аИоп ии!1 Ье ргочЫей Ьу сотри!ег випи!аИоп тегЬог!в оГ 1Ье Ыпй г!евсПЬег! 1п сЬаргег 4.
Ап ехсе1!епг геч1ечг оГ1Ье Ъас!г8гоипг! апг! рговресгв Гог висЬ вгийев Ьав Ьееп ргочЫед Ьу Р!сЫпвоп (1985). 8.2 Яирегохйе йяпи!аве ТЬе ййив!оп сои!го!1ег! геасг!оп о1'вирегохЫе (О, ) сага!улей Ьу 1Ье епхуте зирегохЫе йвтигаве (ВОР) В апогпа!оиз 1п ас 1еавг гччо гевресгв (СигЫ ег ргЫоч!сЬ, 1982; Оегкой'ег а!., 1983). р!гвг, 1Ье геасг!оп гаге (Уг а 2х!0' М ' в ' аг Т = 25'С апг! ютс вггепВГЬ оГ0.02 М) 1в !аг8ег 1Ьап яЬаГ опе пи8ЬГ ехресГ, 8!чеп ГЬа! (а) !Ье геасгапгв Ьаче пеГ е!ессгозгаИс сЬаг8ев оГ 1Ье вагпе я8п ( — 4 Гог БОР апг! — 1 Гог О,, !и ип11в оГ ргоГоп сЬаг8е) апг! Ьепсе вийег вогпе е!есгговГаг)с гери1яоп, апй (Ь) гЬе сво врес!Ис Ь)пйп8 рос!се!в Гог виЬвггаге ассоипг Гог оп!у 0.1;; оГ гЬе вигГасе агеа оГ гЬе йтеПс епхуте.
Бесопг), ГЬе геасгюп гаге г!есгеавев ичгЬ 1псгеаяп8 юшс вГгеп8ГЬ оГ 1Ье во1чепГ аГ тодегаге ва!1 сопсепггаг!опв, ччЬегеав гЬе орров!ге ЬеЬагИог ччои!д Ье ехресгег! Гог е1ессговзаИсаПу гере!Ип8 геасГапГв. СЬет)са! апд вите!ига! вгийев оГ БОР ви88евг гЬа! 1Ьеве апотаИев апзе Ггот ап авупипеЬИс сЬаг8е йвИИЬигюп оп БОР ГЬаГ асзв Го вгеег О, 1пзо ГЬе асИче вВез (СигЫ ег ргЫоч)сЬ, 1982; Оеггой ег а!., 1983). А1Ивоп апг! со-ччог1сегв Ьаче шгИагед а вепев оГ Вгочгп!ап дупаписв яти!а!юп вгийев го ехапипе гЬе йййвюпа) епсоипгег Иупаписв ш шсгеаяп8!у геаИвИс тоде!в оГ гЬе БОР— О, вувгет (А!Ивоп ег МсСапипоп, 1985; А!Ивоп, ОапИ ег МсСапипоп, 1985а; Оапек, А!Ивоп ег МсСапипоп, 1985; А1!Воп ег а!., 19858).
!п 1Ье Игвг вгийев, БОР Ьав Ьееп гергевепгед Ьу а врЬеге оГ 2.85 пт гайив. Тюо вта!1, с)гси1аг ге- 154 Рупаткл о~то!ели!аг аллосигг(оил ав !Ье зо!чеп! юшс зггеп8!Ь ччаз шсгеавед. ТЬе шида! шсгеаве соггезропдв го гЬе всгееп)п8 ог" !Ье 1оп8 гап8е топоро!е гери1яоп, ччЫ!е йе виЬвес1иепг десгеаве соггевропдв го гЬе зсгеейп8 ог" !Ье зЬоггег гап8е, попсепгга! згеепп8 Ие!дв. 8.3 !Ч!атге оз шо1еси)аг аввос!акоп ТЬе ш11!а! д!!Тизюпа! епсошиег Ьегяееп И8апд апд гесерсог пю1еси1ез В тоге сотрИсагед гЬап Ьав сопипоп!у Ъееп аввшпед. Ав 111ивггагед !п йе ргесегИп8 весдоп, 1п!еппо1еси!аг рогепда!з сап 1пйиепсе гЬе гаге о1' со!Ияопв Ъе!ччееп И8апд то!еси!ез апд гесергог Ыпд)п8 ягев.
1п ехггете савел, !пгеппо!еси!аг ро!епда1з тау сир!иге апу И8апд гЬа! арргоасЬез йе гесергог апд Ит(! виЪвес!иепв пюдоп ог" гЬе И8апд го а ге81оп пеаг йе гесергог виггасе. БисЬ ейесгв сап!еад го виЪвгапда! гаге епЬапсетепг, Ьесаиве йе сар!игед И8апд чд11 чегу!Йе!у епсоипгег йе Ь!пгИп8 вде, ечеп !г" 1!з иида1 сопГас! идгЬ !Ье гесергог чгав гаг !гот гЫв яге (Адат ег Эе!Ъгйс)г, 1968; В)сЬгег ег Е!8еп, 1974; СЬои дг ХЬои, 1982; Вег8, 1984; Вег8 ег чоп Н!рре1, !985).
1п !Ье саве ог" И8апдз ГЬаС Ь)пд !п оп1у опе одепсагюп, гесер!ог Ие!дз тау а)зо гепд со гогаге гЬе И8апд 1пго !Ье соггесг одепга!юп дипп8 гЬе д)йияопа! епсоипгег з!ер (Хеигпапп, 1981; Маг8оИавЬ ег ВовзЬагд, 1983; Магйе~ч ег а!., 1983; А!Изоп, БПпгчавап, МсСапипоп ег ХоггЬгир, !984; Слеггой; !985; ччеЪег ел То)Ип, 1985). ТЬе гапдопиг)п8 ейес! оГсо!Ияопз чч11Ь зо1чепг пю!еси!ев а! зо сепдз со 1псгеазе !Ье гасе ог" ргодисг)че епсоипвегв Ьеуопд ччЬа! т18Ы Ье ехрес!ед оп !Ье Ъаяв ог" Ыпд)п8 8еотеггу (Вег8 ег чоп Н!рре1, 1985).
рог ехатр1е, а И8апд гЬа! Ыпдв т оп1у опе одепгагюп ад1! Ьаче а ге!адче1у Ы8Ь ргоЪаЫИсу ог" асЫеч(п8 гЬа! одепгадоп дипп8 а 81чеп епсоипгег 1г" гЬе И8апд Ьаз а ЫИЬ гогадопа! тоЬ!Игу. ТЬе 1пгегпа) пзодопв ог" а гесергог тау 1пйиепсе воте дега!!в ог" Вз ййияопа! епсошиегв иигЬ И8апдв (ав а гели!1 ог" Ьудгодупапис соирИп8 гЬгои8Ь !Ье зо1чепг, сЬаг8е Иисгиадопз, его.), Ъи! гпоге !троггап! !дпеис ейесгв аге ехрес!ед ш гЬе виЪзес~иепг вгерв ог" йе аввос)агюп ргосевз. ТЬе в!гас!ига! Йисгиаг)опз ог" гЬе гесергог зч)И 8епега!! у !пс!иде чадагюпз !п йе ача11аЫе чо!шиез оГ 1гв Ъ!пгИп8 яге, аз чче11 ав !п гЬе гИвровЬИоп ог" сЬаг8ед, Ьудго8еп ЪопгИп8 апд о!Ьег 8гоирв гЬас аге Ычойед ш И8апд Ыпд)п8. ТЬе ргоЬаЬ!!Иу гЬас а ргорег!у опепгед ИВапд чд1! асвиа!1у Ье Ьоипд ирои со!Ивюп чдгЬ !Ье 1шда! ЬинИп8 ге81оп а! 1Ье гесергог виггасе ид!! 1Ьеге!оге гИзр1ау а йие дерепдепсе. ТЬе дега!!ед сЬагассег оГ йе ге!ечап! Ь!пгИп8 в!ге то!(опв ~ч1! дерепд оп гЬе рагдси!аг И8апд апд гесергог шчо!чед.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
