McCammon, Harvey - Dynamics of Proteins and Nucleic Acids (522918), страница 34
Текст из файла (страница 34)
ТЬ(з 14 а 1аг8е зувгет, сотрпвт8 ! 6400 агота. %$$Ь гЬе Ъевг ача(!аЫе чегяопв оГ гЬе ОКОМОБ пю1еси!аг дупаппсз рго8гат (%~. Р. чап Оипвгегеп ег а!., регвопа1 сотишпкадоп), а 10 рв вппи!адоп оГ гЬ(з вувгет ччои)д гег)и)ге арргох(таге!у 20 СР($ Ьоигз оп ГЬе АВЕК 205 вирегсотриГег, 250 СР$$ Ьоигв оп йе РРБ 364 ргосеззог, апд 2800 СР(У Ьоигв оп 1Ье ЧАХ 11/780. То оЬга!и геавопаЫе зреедв оп тасЬ(пев висЬ ав йе СУВЕК 205 (Вегепдвеп, чап Оипвгегеп й Роз!та, $984; ОаПюп, 1.ечу, %е)пег дг Н(гага, 1986) ог РРБ 364 (Т.
Р. ЬуЬгапд, регвопа! сопипишсадоп) $$ $в песеззагу со ог8ап)ге гЬе сотри(ег рго8гат во гЬаг тапу апдипедс орегадопз сап Ье ехесигед зппп!гапеоив!у. 8$т$1аг сопв)дегагюпв арр!у ш (Ье саве оГ Вгойп(ап дупаписв рго8гатв (Оапд Ь МсСатгпоп, 1986). 11 тазг Ье Ъогпе т пипд гЬас ведоиз герго8гапишп8 ейоггз гпау Ье гес(и)гед го га)се адчапга8е оГ йе зрес(а1 агсЬ(гесгиге оГ аггау ргосезвогв, ти1$$ргосеввогв апд зирегсотри(егв (Нос1спеу дг уеввЬоре, 1983; ВеП, 1985). ТЬе вреед оГ гЬезе гпасЬ)пев 8епегаПу гехи!гв Ггот гЬе(г аЬ$!$су го саггу оиг вечега1 сотригадопа1 газ)св аг опсе, апд пог аП сотригег а$8одгЬтз 1епд йетзе1чев го йе рагаПе! ргосезз(п8 арргоасЬ. Ав а 8епега1 ги!е, йе пюге гесепду а рагг(си!аг сотригег агсЬ(!ее!иге Ьав Ьееп дече!оред, гЬе тоге е$Гогг Ы гесрпгед го сопчегг рге-ех(вдп8 рго8гатв го а Гопп гЬас гч(П (1) гип аг аП апд (2) гип аг тахипшп вреед оп йе пею тасЬ(пе. ТЫв Ы Ьесаизе йе дече!ортепг оГ рочгегГи! ргергосевяп8 а18ог$йтв апд сотр$!егз гЬаг сап ашотадсаПу оргишхе ех(зпп8 рго- 160 Яесепг дезе1ортеия ага! !Миге йгесг!оаз 8гатв Го гип оп а пей сотриГег авиа!!у!а8в вечега! уеагв ЬеЫпд ГЬе ге!еаве оГ 1Ье гпасЫпе.
ТЬе дега!!ед сопвЫегагюпв оГ 1Ьеве герго8гатт!п8 ргоЫетв аге Ьеуопд йе всоре оГ 1Ыв Ьоо)г, Ьиг !пчезг!Иагогв еЬо аге сопвЫедп8 а певуч сотригег ччои!д Ье чче!1 адгдвед го сопви11 вогпеопе ччЬо Ьаз а!геаду Ьад ехрепепсе 1п сопчегдп8 впт!аг рго8гатз Го ГЬаГ врес!Ис тасЫпе ЬеГоге таЫп8 а сопптгтепг. 9.2.2 Адеапсев и гпейодо!оеу ТЬеге аге а чаде!у оГ пюд!Исав!опв гЬаг сап Ье шаде го сопчепИопа! в!ти!аг!оп тегЬодз го ехгепд гЬе з!хе оГ йе вувгегпв гЬаг сап Ье ггеагед апд йе гппе зса1ев гЬаг сап Ье сочегед.
ТЬе тегЬод оГ сЬо)се зч!!1, оГ соигзе, дерепд оп гЬе рагИси!аг ргоЫетя Ъечега! пьогИИед тейодв Ьаче а!геаду Ьееп девспЬед !п сЬаргегз 4-8. Неге и е Ьпейу геч)ечч вечега1 пезчег дече!ортепГз ш гпегЬог!о!о8у ГЬа! Ьаче по! уеГ Ьееп аррИед чегу ехгепв!че!у. 1п сопвЫепп8 гЬе в)ге оГ 1Ье вузгет Ье!п8 гподе!ед, !г !з оГгеп гЬе сазе гЬаг опе )в по! пт!у 1пгегевгед !п гЬе дега!1ед дупаписз оГгЬе епдге вувгет, апд оп!у а япа11 ге8!оп ГвисЬ ав ап асгпе в!ге ог а ИИапд Ыпд!п8 в!ге) !з оГ спдса! шгегевг, 1п висЬ а сазе, опе сап саггу оиг Ги!1 пю!еси!аг дупат!св оп а япа1! чо!шпе сои!а!п1п8 йе ге8!оп оГ)п!егевг !Г 1Ье чо!шпе !з зиггоипдед Ьу а вшГаЫе Ъоипдагу ге8!оп !п ччЫсЬ а!опас пюдопв аге гподе!ед Ьу вгосЬавг!с дупаппсв ГВег1сомлГх ег МсСапипоп, 1982; Вгоо1сз ег а!., 1985).
ТЫв ргоседиге !в г)евсПЬег1 т тоге дега! ш вес!!оп 4.7. 1Г гЬе в!ге оГ гЬе чо1шпе тазг Ье сЬап8ед г)идп8 гЬе яти!адоп, Гог ехатр!е иЬеп гЬе тасгото!еси!е !в го Ье деГоппед, йгв сап Ье ассотрИзЬед Ъу гЬе иве оГ вшгаЫе Игпе дерепдепг Ьоипдагу сопд!г!опз. ТЬе рагатегегз оГ йе Ьоипдагу сопд!1!опв тау Иисгиаге зропгапеоиз!у, ав ш гпо!еси1аг дупаппсз аг сопвгапг ргеввиге (аррепд!х 3), ог гЬеу гпау Ье сЬап8ед вувгепгадса!1у. ТЬе 1аггег сазе Ьав Ьееп вЬовп го Ье рагдси!аг!у ивера! ш йе зГгегсЫп8 деГогтаГ!опв оГ ЭХА Гог ГЬе Гоппадоп оГап !пГегса!аГ!оп з!ге (РгаЬЬа1сагап ег Нагчеу, 1985).
А весопд арргоасЬ Гог ехгепд!п8 гЬе з!хе апд йпе вса1е оГ 1Ье в!пиз1агюпв гв со еИпппаге воте дега!!в оГ гЬе пюде1. Рог ехатр1е, гЬе рогепда! оГ теап Гогсе гЬаг асгз оп еасЬ геядие оГ а ргоге)п сап Ье дегеггп!пед !п ап оггИпагу гпо!еси!аг дупаппсв зппи!адоп, апд гЫз сап 1Ьеп Ье ивед Гог йе рогепг!а! Гипсдоп оГа вппрИВед тоде! оГ гЬе гпо1еси!е !п ччЫсЬ еасЬ гевЫие !в гергевепгед Ъу а вш8!е Ьоду. 1Г 1Ье рогепг)а1 оГ теап Гогсе !з арргохппагед Ьу а г!иадгадс 1шюдоп (гЬе г!иаз!Ьаппоп!с арргохппадоп), йеп а поппа1 тоде апа1уяв оп й!з вппрИЙед пюде! ргочддев а ге!агйе!у гарЫ те!Иод Гог в!иду)п8 йе гподопв оГгЬе ргоге!и (1.ечу ег а!., 1984с). АпогЬег ехагпр!е оГ гЫв Ыпд оГ тоде! внпрИИсагюп Вюто!еси)аг вггисгите 161 1в йе теГЬод оГ Вгоччп(ап дупаписз (вес!!оп 4.10), т юЫсЬ ГЬе ег(иазюпв оГтогюп шс!иде геппв Гог Ъой вгосЬавг(с соП)яопв апд гдвсоив даик)п8 ейесгя А й!гд арргоасЬ го ехгепгПп8 ейесиче йие вса(ев ияп8 а тод)йед МопСе Саг1о ргоседпге Ьав гесепС!у Ьееп ргоровед Ъу Ыо8и11 й Сго (1985).
!г гчав вЬоип вечега1 уеагв а8о гЬас ггаддюпа! Мопсе СаНо тейодв аге птсЬ 1езв ейс(епг йап то!еси1аг дупаписз Гог загпр!ш8 тасгопю!еси1аг соп68игадопа1 врасе (ЫоггЬгир ег МсСаиипоп, 1980а). Ап 1тргочетепг т гЬе е(Пс)епсу оГ йе Мои!с Саг1о тейод сап Ье оЪсашед Ьу ГоПоилп8 гЬе оЬвегчадоп оГ 1.ечу ег аЬ (!984Ь) гЬаг йе погта! пюде ещепчесзогв аге йе арргорпаге шдерепдепз сооггПпазев Гог ГЬе МопСе Саг!о Яерв.
1п йе ргоседпге дече!оред Ьу Хо8пв! 8г Сго (! 985), йе вгер ягев а!оп8 йе поппа! пюде е18епчесзогз аге вса!ед во 1ЬаС гЬе вузгет гаЕев йе!аг8евг вгерв а1оп8 йе 1о~чевг Ггеииепсу е!8епчесгогв (ш йе гПгесгюпв оГ йе войевг поппа1 тодев). АГгег зечега! 1Ьоивапд Мои!с Саг!о вгерв, а попиа1 тоде апа1уяв В сагпед оиг оп йе спггепг в!гас!иге, юЬ~сЬ )в по! аг ап епег8у пипипшп, апд йе зппп!адоп ргосеедв Ггот гЬеге. Хев поппа! гподе апа!увез аге юпПаг1 у пгП(лед айег еасЬ 10' Мопге Саг1о вгерв. Аз ччоп1д Ье ехресгед, япсе йе вуяет 1в по! аг а иййпши епег8у соп68игадоп, еасЬ поппа! тоде апа!уяз ргодисев тапу пе8аг!че е18епча1иев.
(АЬош! 5;~ оГ 1Ье Ггег!пепе(ез аге ппа81пагу.) ТЬеве ашЬогв ггеаг гЬеве 1та8)пагу пюдев ав 1Г гЬеу ччеге геа! опев Ьу випр!у сЬап81п8 йе я8пв оГ йе е18епча1иев, апд йеу йпд гЬаг гЬе пюде! в!гас!иге ечо)чев !п а геаюпаЫе апд вгаЫе таппег. ТЬе рогепда1 ро~чег оГ гЬе тегЬод Пев ш йе Гас! гЬаг йе ейесдче гипс вгер 1в героггед го аЬопг 50 г)тев!аг8ег йап ш пю!еси1аг дупагтсв, а11Ьои8Ь йе рогепда1 8аш 1п согпригадопа1 е(Пс(епсу 1в зиЬвгапдаПу ойвег Ъу йе сотригадопаПу ехрепяче погта! тоде апа!ув(в аг ге8и1аг 1пгегча!в.
А!зо, гЬе тейод ргоч(дев по шГоппадоп оп дупаткв рег зе, Ьиг 1в гайег а ворЫздсагед гоо1 Гог соп68пгадопа! ватр1ш8. 9.3 В1ото!есп)аг ввгистге ТЬеогедса! втгПев оГ гподоп т Ыо!о81са! то!еси)ев Ьаче Пгеаг рогепда1 ид!иу 1и йе гейпетепг апд ргегПсдоп оГ то!еси!аг в!гас!иге. !п гейпетепЬ опе пи8Ы иве йе геви!гв оГ а то1еси1аг дупаиисв яти!адоп го ииргоче гЬе ассигасу оГ а гподе1 сопвггисгед Ггогп Х-гау д(П?асиоп ог ЫМК дага, ччЫ!е ш ргед(сг!оп опе пи8Ы иве з)тп!аг(опв го ргорове рова)Ъ|е вггнсгигев гехи!Пп8 1гот йе 1пвепдоп, де!едоп ог тодИсазюи оГ гев)диев 1и а то!еси!е оГ 1споюп в!гас!иге.
1п ГЫз весгюп, чче девспЬе гесепг ~чог1г а!оп8 йезе Ппез апд 1пгПсаге воте ровяЫе ехвепяопв оГ гЬгв ччог~с, 162 !яееепг деве!ортепгя апд)и!иге дСтег(от Х-гау бсйгаессоп ыигПев оГ тасгопю1еси1ев рго пде Гесчег баса йап аге гессшгеб Гог а еотр!есе десепшпаиоп оГ сЬе бдвспЪисюп оГ пю1ееи1аг ыгиссигез счссЫп а егувса1. ТЫв ргоЫет 1з с)гсшпчепсед 1п ргаебее Ъу ссчо сурев оГ арргохппадоп. Рсгвс, йе псо1еси!аг бсзспЬиссоп Ь еЬагассегсхеб Ъу Ьв 1о«евс тоспепсз.
Рог ехатр1е, йе пюде1 ивед со Пс сЬе баса тау еотрпве сЬе теап роысюпв оГ Йе агота апб йе опепсасюпаПу ачега8еб спеап вс(иаге гПвр1аеетепс оГ еасЬ асопс Ггопс ссв спеап роыдоп. 1п сЫв саве, опе Ьаз Гоиг рагатесегв со Ъе Пс Гог еасЬ асот, пате1у, йгее сооггПпасев со дейпе йе теап роыбоп апд а сетрегатге Гассог со дейпе сЬе свосгорк псеап яс!иаге бсвр!аеетепс (сГ.
весдоп 5.2.4). Бееопб, йе пшпЬег оГ)пдерепдепс рагаспесегв спау Ье гебиеед Ьу гес!шпп8 йас йеве вадвГу еегсасп еогге1асюпв ог гевсггбпсы ТЬеве гевсгаспсз аге сурсеаПу Ьавед оп йе ехреесеб всегеосЬеппыгу (е.8., Ьопд 1еп8сЬв тау Ье гес!шгед со Ье с1ове со еегсгбп 1беа! ча!иев) апд оп дупапнса1 авяшпрбопв (е.8., йе сетрегасиге Гаесогз оГ Ъопдед агота тау Ье гес!шгеб со Ье оГ виш1аг та8тсибе).
Яшге гесепС!у, вечега1 8гоирв Ьаче сагпед оиС тоде! вгиб)ев деы8пеб со ипргоче йе аввшпрдопв йас аге Ьш1с спсо гейпетепс а!8опйты 1п йеве зсибсев, Х-гау бсйгаесюп баса аге Пгы 8епегасеб вупсЬедеаПу Ггосп йе асоспк роыссоп гПяспЪидопв оЬвегчед 1п а пю!еси1аг дупапиея вспш1асюп. ТЬезе баса аге йеп ргоееввед Ьу йе гейпетепс а18опсЬсп, апс1 йе гези!ся (е.8., теап роыдопв апс1 йе сетпрегасиге Гассогв оГ йе асопсв) аге сотрагед «бсЬ сЬе 'сгие' геви!св оЫатед дсгесс1у Ггот йе випи1адоп.
ТЬе авыипрбопв Ьш!с спсо сЬе гейпетепс а!8оНПип аге чапед со Ппд Йове аяыипрдопв йас у)е!б Йе Ьеяс а8геетепс чдй Йе ыти!адоп геви1св. ТЬе всиб(ев Ьаче Ьееп Ьаяеб оп бсйегепс спасгопю1еси!ев, )пс!идсп8 йе ргоСеспв ВРТ! (Уи, Кагр!ив ес Непбг(с!своп, 1985) апд туо81оЬсп (Кипуап, РегвЬо, 1.ечу ес Каср!ив„1986), апб а Е-РЫА Ьехатег (%евСЬоГ ег а!., 1986), ТЬеве всигПев Ьаче вЬо«п йас сЬе аввшпрсюп сЬас еасЬ асосп точев ЬаггпошсаПу аЬоис а ып8!е теап роыдоп 1еабя со ыпаП Ьис в18псйсапс еггогз 1п йе роыдопв оГ йе пювс пюЪс1е асоспв, апд со ипбегевйпасев оГ йе атрИсидея оГ тоссоп оГ йеве асотв. ТЬеве еггогя Ггес!иепс!у апяе счЬеп ап асот Ьорв Ъас1с апд Гогй аспоп8 с«о ог тоге всаЫе роыдопв; йе ргоЪаЬП)су бепысу Гог йе асопис ровссюп «ПП йеп Ьаче ссчо ог пюге реа1св, апд Йе гейпетепс а18опсЬт суркаПу спев со Пс оп!у опе оГ сЬезе.
Апойег Ппд!п8 1в йаС ипргочеб евсппасев оГ йе атрПсидев оГ асопие сподоп сап Ье оЬсаспед Ггот ехсяс)п8 гевсгаспед гейпетепс а18опс!ппв Ьу авыпшп8 сЬас йе согге!асюп оГ сетрегасиге Гассогя Гог Ьопдед асотв Ь счеа!сег йап Ьав сопипоп1у Ьееп вирровед. 1п ассгПсюп со ипргогбп8 йе аввшпрсюпв сЬаС аге Ьш1с тсо гейпетепс а18огссЬгпз, Ь вЬои!б т рппсср!е Ье роза(Ые со иве ыпш1абопв 68гесс!у В1ото1еси1аг в||не|иге 163 1п йе гейпетепг оГ Х-гау дага.
Рог ехап|р1е, ппргочед а8гее|пепс Ьег|чееп тоде!в апд сгув|а!1о8гарЫс дага сап Ье оЪ||дпед Ьу виЪ)ес6п8 рагбаПу гейпед я|гистгев |о 1о|ч |етрега|иге (аЪои| !50 К) пю(еси!аг дупаппсз аппеаИп8 (%ев|ЬоГ ег а!., 1986). 1п 8епега1, Ьо|чечег, ип6! ро|епба1 Гипс|юпз апд ятн!а6оп тейодв Ьаче Ьееп вийе!епг!у ппргочед |о у(е!д ассшасе теап сгузга) в|гнс|игев, знпи1а|юпв |ч(1! ргоЬаЫу Ье |поз| ивеГи1 1п ргоч(д!п8 а|опнс ров(доп гВв|пЬи|юп Гипс|юпз |Ьа| сап Ье изед |о тоде! йе ()не|на|!опв аЪои| |Ье ехрептеп|а!1у оЪзегчед роз1|юпя.
Во|Ь п|о!еси1аг дупаписв (чап Оипзгегеп ег а(., 1983) апд поппа! тоде са1си! абопв (Ьеч(н ег а(., 1985) аге! Йе1у со Ье ивеГи! ш внсЬ |чог1с. Мо!еси1аг дупаписв вшш!абопв а1яо Ьаче сопя!дегаЫе ро|еп6а! ая а гейпетепг |оо! ш ЫМВ десеппшабопв оГ рго|е(п апд пис!е(с ас|д в|гис|игев. А рюпеепп8 ввиду 1п |Ыь агеа Ьаз Ьееп девспЬе|1 Ъу Карге!и е| а1. (1985). 1п |Ь|в ччог)с а зе| оГ 159 1пгегпис!еаг гВв|апсев оЫ|дпед Ьу пис1еаг сговв-ге1аха6оп теавигетеп|в (йе пис!еаг ОчегЬаивег е(Гесс) |чав ивед |о сопя|гас| апд гейне а пюде! оГ |Ье РЫА Ъ|пгВп8 до|па(п оГ |Ье!ас гергеввог рго|е!и.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
