McCammon, Harvey - Dynamics of Proteins and Nucleic Acids (522918), страница 35
Текст из файла (страница 35)
ТЬе ипба1 тоде! сотрпзед йгее а!рЬа Ье!(сев чч1юве 1осабопз апд ге1абче опеп|а6оп сои!д Ье дедисед Ггот йе и||егпис!еаг д(агапеев. ТЬе тоде1 |чав гейпед Ьу саггуш8 ои| а пю!еси1аг дупаппсв япт!а|юп внЬ)ес| со 1п|епшс1еаг д(згапсе сопв|гаш|в соггеьропд)п8 |о йе ЫМВ гези!|в. 1| |чав Гоипд йа| то!еси1аг дупапнсв ччав Гаг пюге еГГес|1че йап епег8у пнтпихабоп (п е!ип(пабп8 йе гВв|апсе сопв|г|дпс ч(о!аг(опя ргеяеп| 1п |Ье 1т6а1 пюде1.
БиЬвег(иеп|1у„а вшп!аг арргоасЬ Ьаь Ьееп ивед |о в1иду апойег рго|е(п Гга8тепг (С!оге, ОгопепЬогп, ВгВп8ег й Кагр!нв, 1985). 1п рбпс|р!е, Ь вЬои!д Ье рояв(Ые |о |тргоче янсЬ са!си!а|юпв Ьу ияп8 пюд(пед ро|епба! Гнпсбопв йа| |(на!1|а!(че1у ге((есс во1ча|юп ейесгв (сГ. яес|юп 4.2). Апойег тейод Гог Ьн(16(п8 апд геГ|п(п8 тодеВ виЬ)ес| |о сопвгга!пгв висЬ ав 1п|егпис1еаг д(агапеев Ггот пис1еаг п|а8пебс гевопапсе ехре6- теп|в 1в йа| дне |о 1.еч(|| (1983с). 1п й|я арргоасЬ, а чету ро|чегГи1 епег8у пншппхадоп а18опйт (йе чапаЪ(е те|пс тейод, |ч(|Ь йе рго|е(п Вп8!е Ьопд |огвюп ап8!ев д, уг апд ч аыЬе (пдерепдеп| чапаЫев) В ивед |о Го)д ех|епдед тоде1в (пго |па! сотрас| соп68нгаг!опз йа| ваг(вГу йе сопвгга(пгв; |Ьеяе соп68ига6опв аге йеп Гигйег гейпед Ъу аппеа!(п8 чч1|Ь то!еси!аг дупаписв Го!!о|чед Ьу сопчепбопа1 епег8у пнп(пнкагюп.
Опе поче! Геа|иге оГ 1.еч16'в |геа||пеп| 1в йе иве оГ 'юВ' агота дипп8 йе пиба1 Го!д(п8. ТЬеве вой асотв аге сгеа|ед Ъу гер!ас(п8 йе сопчепбопа! чап дег Ъчаа!в ро|еп6а1, ччЬеге йе 1п|ега|опнс 1огсез аге ех|ге|пе! у в|гоп8 а| д(агапеев Ье!о|ч аЬои| 0.25 пт, илй а ро|еп6а! йа| репт|в агота |о разя |Ьгои8Ь опе апойег. ТЫв а11о|чв |Ье 8епегабоп оГ 164 Яесеат йеее!ортептя аптГ Гитше тГ!теетточя пюйе1в «чй сИГегепт сЬаш йгеатВп8з, ргоч!й!п8 а «чйе гап8е оГ Спа! сопй8игайопв зшсаЫе Гог ехапипасюп апй Гигйег геГтпешепс.
А1сЬои8Ь йе пийа1 зшйу тчаз йопе оп а пюйе1 вузсеш, йе шейой тчав вЬотчп со Ье вшсаЫе Гог ЬшЫш8 шог1е1в зиЬ)есс со сВвсапсе сопягашся (Г.еч!сс, 1983с). Сопзесртепс1у, тс ь ап а|сегпас!че арргоасЬ со йас оГ Карсе|и ет а!. (1985) Гог ияп8 йаса Ггош пис1еаг ОчегЬаивег шеавигептепсв со йесегпипе шасгопю!еси1аг зсгиссиге. ТЬе яр|и-зр!п соир1|п8 сопясапсв оЪсашей !и ХМВ зсийев оГ шасгопто1еси|ев |и во1ийоп вЬои|й а|во Ье Ье|рГИ ш йесептип!п8 йе всгиссигев оГ йеве шо1еси1ев.
НосЬ, РоЪюп ас Катр!ив (1985) Ьаче апа!угей шо!еси! аг йупашкв япш!алоиз оГ ВРТ1 апй |уяохуше со аввезв йе е1Гесся оГ яе8тпепса! тпойоп ш яисЬ йеСепп!пайопв. Ая тчаз йопе ш яоше оГ йе Х-гау тчог|с йевспЬей аЪоче, йе випи1асюп тчаз изей со Вепегасе зупйейс ехрепшепса1 йаса (сипе ачега8ея оГ сЬе |пвсапсапеоив соир!тп8 сопвсапсз), «ЫсЬ счете сЬеп сошрагей «чй йе ехрепптепса! геви1св ехрессей Гог йе ачега8е ягиссигев. Ооой а8геешепс тчая Гоипй Гог йе ргосеш Ьас1сЬопев, Ьис йе вЫезргеай оссипепсе оГ госаВопа! !зошепхайоп 1еайв со зошетчЬас роогег а8геешепс Гог йе яйесЬашя.
ТЬе изеГи! гап8е оГ сошрисег внии!асюп шейойв ш сЬе ргейсВоп оГ Ьюшо!еси!аг всгиссиге !в пос уес с1еаг. Оп йе опе Ьапй, ргегВссюп оГ сЬе сегйагу всгисшге оГ а ргосе|п 8!чеп Вв вет|иепсе апй а вшсаЫе росепйа1 Гипсйоп В тче!1 1спотчп со Гоипйег оп сЬе ишИр1е иипипшп ргоЫеш. Оп йе ойег Ьапй, ргейсйоп оГ йе всгиссиге оГ а яп81е ясе пииапс ргосетп 8!чеп йе рагепс всгиссиге |я яоптейпея роввтЫе Ъу яувсешайс чапасюп оГ йе ЙЬет|га! ап8!ез оГ йе виЬвСттисей аинпо асЫ апй епег8у гейпетпепт оГ апу 1отч епег8у яСгисСигез йат аге Гоипй (БЬЙ, Вгайу ас Катр!из, 1985). 1псеппейасе сазев, Гог ехапчр!е, ргегВсйоп оГ йе всгисшге оГ а ргосе|п «чй |евя ехсепв|че Ьошо1о8у со а рагепс оГ |спотчп в|гас|иге, тч!!1 8епега!1 у тес|и!ге сЬе яашр1ш8 оГ шапу 1о«епег8у всгистигев СЬас й|ГГег |и сЬе сопГоппасюпя оГ тпапу геяЫиев апй аге Иге!у со шчо1че ГоппЫаЫе й|йси1С!ев (Веай, Вгауег, Зигазе1с й Зашев, 1984). 1и йеве савея, регГопшп8 1еп8йу тпо!еси1аг йупаписв ятпи1айопв ас поппа! ог е|ечасей Сетпрегатигев апй т!иепсЬ!п8 а виЬяет оГ СЬе геви1йп8 сопй8игайопв Ьу епег8у ш|п|ш|хас!оп шау а11отч опе со Вепегате 1о«т епег8у ясгиссигев оисвЫе сЬе ге8!оп оГ йе оп8|па! !оса1 епег8у пишпиип (Г.етчсс„1983с; Р! Хо!а ет а!., !984).
БисЬ ргосейигев Ьаче Ьееп оГ ргасйса! ча1ие ш ви88еяйп8 а|сегпайче ясгистигея оГ рерсЫея оГ разя!Ъ|е шейстпа| шсегевс (На8!ег, Оз8шЬогре, Ра«Ьег-Ов8исЬогре ес Нешре!, 1985). Неге апй |и СЛе ХМК втгисйге гейпешепт саяе, В «чП Ье песеввагу Со втийу а пиКет гап8е оГ вузсешз со евсаЫ!зЬ йе гайия оГ сопчег8епсе оГ сЬезе зашр|!п8 шейойя. Втоото1ееи1аг Гипс|топ 165 9.4 Вюто1еси1аг Гипсйоп 9.4.1 Г.18апс( Ьтпс)тпц Баии!аИоп в|ийев аге Ье1рш8 со с!агтТу йе пасите оГ И8апс) Ъ|пйп8 |п вечега! Ь|ото!еси1аг вувтетв. ТЬе ратЬ|чаув оГ й!Гив!опа! епсоип|ег Ьеттчееп йе виЪвтгате вирегох)с)е апс) еигуте яирегохЫе йвиштаве Ьаче Ьееп ехр!огес) Ьу Вгосчтап дупат!св внии!аИопв, ав с)евспЬес) т весИоп 8.2. 1и риис!р!е, висЬ втийев сои!0 Ье иьеГи1 !и йе с)ев!Бп оГ тоййео Готта оГ тЫв епкуте тчЫсЬ Ьаче !тргочес) е!ес|гов|аИс в|еепп8 ИеЬ1в 1ог виЬв|га|е то1еси!ев апс) соггевропйп81 у ЫВЬег сага!уск га|ев.
ТЬеогеИса1 в|ийев оГ йе а|апис с!упаписв ш сотр!ехев оГ сагЬоп топохйе ог йоху8еп тч!|Ь Ьепю8!оЬ!п ог п|уо8! оЪ|и аге сиггеп|! у Ье!п8 ригвиес) Ьу вечегй ййегепс 8гоирв. ТЬеве з|ийев а|гетр| то 8о Ьеуопс) рге|Иоиз тчог)с оп висЬ сотр1ехея (е.8., весИоп 6.2) Ьу сопзЫепп8 йе с)ета!1ес) с)упат!св оГ йе рго|е!п аь тче!! ав йат оГйе И8апс). БисЬ всийев вЬои1с) 1еас) то тоге с)ета!1ед ш|егргетатюпв оГ ехрегпиеп|а! ЫпеИс с)ага (Непгу, Бопипег, НоГпсЬ|ег Вс Еатоп, 1983; Апяаг! ет а1., 1985; О!Ьвоп, 01ьоп, МсК!пте ас ВоЫГв, 1986) апс) тпоге ассига|е рагатиетегв Гог |ЬеогеИса! всийев Ьавес) оп рЬепотепо!о8!са1 тос)е! в (А8тиоп й Норйе!й 1983; Нап881,! 983; Уоип8 Вс Во|чае, 1984).
Непгу, Г.еч!тт Вс Еатоп (1985) Ьаче ехапипес) |Ье !тИа! ечепсв |Ьат оссиг ирои рЬо|ойвзос!аИоп оГ сагЬоп июпохЫе Гготп ап Ыо!а|е6 а1рЬа сЬЫп оГ Ьепю81оЪ|п. РЬотойвзос!аИоп |чав тос)е!ес) Ъу ап аЪгирт сЬап8е оГротеп|!а! ГипсИоп с)ипп8 с)упат!с яиш!аИопв оГ |Ье И8апс)ес) сотпр!ех; йе ротепИа! |чав сЬап8ес) Ггот опе «атЬ аи !гоп-И8апс) Ьопс) апс) Гогсев Гачопп8 а ()ат Ьете то опе «4|Ь !гоп-И8апс) гери!вюп апс) Гогсев Гачопп8 йе попр!аиаг Ьетпе ехрестес) Гог йе ипИ8апс)ес) то!еси!е.
1| «тав оЪяегчес) йас Ьеп|е точес) то Ьв попр1апаг сопГоппаИоп «Ий а Ьа!Г типе!еьв йап 150 Гв, счЫсЬ яиррогтв йе |псегргесат!оп оГ гесеп| 1авег ри! ве врес|гоясору ехрегииеп|в. Неигу е| а1, (1985) р!аи то ехтепс1 висЬ Ыпш!аИопв со втш)у |Ье гевропве оГ йе рго|еш со йе Ье|ие соиГоппатюпа! сЬап8е. Саяе Вс МсСапииоп (1986) Ьаче ехат!пес) йе си|тапсе апс1 ехЬ оГ йоху8еп Гготп йе Ьете рос1се| ге8!оп !и туо81оЪ|п Ъу ап арргоасЬ |Ипи!аг со йас изет) |п всийев оГ тугоя!пе пп8 го|аИопв (вестюп 6.2).
1п йе Ига| рагс оГ йе са!си!аИоп, |Ье ротепИа1 оГ теап Гогсе (ог И8апс) йвр!асетпеп| ат 300 К |чав с)етепп!пес) а!оп8 |Ье рп|иагу ра|Ь !с)епт!Вес) ш еагИег тчог)с Ьу Саве й Катр)ив (1979) (сГ. весИоп 6.2). А Ьап!ег оГ аЪоис 30 )с3/то! |чав Гоипс) !и йе ехрестес) Ьо|т!епес1с ге8!оп Ьеттчееп йе вЫесЬЫпв оГ Н!в Е7 апс) Ча1 Е11. ТЬе Ъагпег Ы а1тпоы риге1у еп|горк !и оп8!п, тчЫсЬ сап Ъе ср|аИ|аИче!у гат!опадет) !и сепия оГ |Ье гес)исес) |гааз!а|юпа! аис! готаиоиа1 тоЬ|И|у оГ йе И8апс! |п йе Ьот|!епес1с ге8!оп 166 Яесеаь ь/ече1орпьепгв апь//и|иге ь/ьуес!|ой сотраге6 |о йе Ье|пе рос)геь ге81 оп. 1п йе зесоп6 раг! оГ йе са!си!абоп, гергевеп|а6че |га!ессопев |Ьгои8Ь йе Ъои!епес1| ге81оп |чеге сотри|ей. ТЬеве сга)ес|опев ве!дот гесговв йе |гапа|юп в|асе 61ч!6!п8 р1апе, ви88евбп8 йа| йе ьгапвт!вя)оп сое!Пс!епь Гог гВоху8еп Ьоррш8 В 1аг8ег |Ьап йас Гог сугояпе 01 рр!п8 ьпвЫе ВРТ1 (зесбоп 6.2). ТЫв 6ПГегепсе 1в !Йе!у дие |о йе япаПег в|хе апд соггевропгПп8! у втаПег соП!Попа! егозя весбоп оГ|!юху8еп сотрагед |о йояе оГ |Ье |угояпе пп8.
Оа6п8 то6опя ш йе рго|е1п п|а|пх аге а1во еч)цепь. Хеиь вппи!апоп арргоасЬев аге а1яо Ье!п8 дече!сред |о апа!ухе ог рге6!сь ьЬепподупапис аврес|в оГ П8апд Ь!п61п8. Опе оГ йеве, йе ьЬеггподупат1с сус1е-рег|игЪабоп те|Лоб, Ьав а!геаду Ьееп йеяспЬед !п яес|юп 4.8. 1п |Ььв теЬЬод, |Ье ге!абче Ггее епег8у оГ Ъ|псПп8 П8апбв Ь апд М |о а гесер|ог В Ы сотриьед Ггот ычо Ыпш1абопв ш ьчЫсЬ Ь ~в ьгапвГоггпед ш|о М, Пгвь чч(ьЬ!и |Ье ЫпгПп8 я|е оГ В аист йеп !п зо1чеп| виггоип61п8в. Ав девспЬед |и весбоп 4.8, йе ге1а6че Ггее епег8у оГ Ь|пгПп8 Ы еь!иа1 |о |Ье 6ПГегепсе |и Ггее епег8у оГ йе 'попрЬувка!' ьгапвГоггпаь!опв. ТЬ~в теьЬоь! Ьав Ьееп ивед гесеп1!у |о са1си!а|е |Ье ге!а6че Ггее епег8у оГ Ь1пбьп8 6ПГегепбу виЪвйи|ед ЬепгапигПпе !пЫЬ~|огв |о йе спруте |гуряп (МсСапипоп, Капт, ЬуЬгапд ег %оп8, 198ба; %оп8 й МсСапипоп, !98ба,Ц.
Рог ехап|р!е, |гапвГоппабоп оГ йе рага Ьуйго8еп а|от |о а Пиоппе а|опь у|еред 1п|егас6оп Ггее епег8у сЬап8ев оГ 0.3+ 2.0 !се/то! апь! — 3.5+0.4 1сХ/пю! Гог шЫЬ|ьогв ьп йе во1чагед епхуте апд |и )ы!и16 ччагег, геврес6че!у. ТЬе Ъ|пгПп8 оГ ЪепхаписПпе 1в йегеГоге рге6!сьеб |о Ье тоге ГачогаЫе Ьу 3.8+ 2.4 Ь3/то! йап йе Ь!п61п8 оГ рагайиогоЬепгат161пе, апд |Ыв 6ьйегепсе !в вееп |о Ъе 6от(па!ей Ъу йе 6ППси1гу оГ дево!чаг!п8 рагайиогоЬепгаьп16!пе сотрагед |о Ьепхат!61пе. ТЪе са1си!асей 6ПГегепсе 1п Ггее епег8у оГ Ъ|пгПп8 Ь сопяв|еп| чч1|Ь ехрепьпеп|а1 геви1|в.
ТЬе |Ьегтобупатьс сус!е-рег|игЬа|юп теьЬод апд ге!аье6 арргоасЬев вЬои16 Ье ивеГи1 |оо!в !п йе дев18п оГ 6ги8в, епгутев ап6 ойег пю1еси1ев. 1п сотрапвопв оГ йе Ъ|пгПп8 оГ 6ПГегепь!у виЪвйи|ед П8апдя, йе шейся сап Ье ге8агбед ав а йеогебса! апа!о8ие оГ йе НапясЬ ьпейод. ТЬе 1а||ег та)сея ияе оГ етр16са1 согге1а6опв Ьеььчееп Ь!п61п8 апд висЬ ргорег|ьев оГ виЬв6|иепьв ав йе!г ге!а6че во!иЬ|!Ьу !п 6ПГегепь во1чеп|в |о 8и(де йе |1е68п оГ Ъюас6че то1еси1ев (БпиьЬ ег а/., 1982; Саго|6, НапвсЬ, МиеПег еь В!апеу, 1984). ТЬе |Ьеогебса! арргоасЬев сап а)во Ье ивед |о рге6!сь йе сопвег)иепсев оГ пю616сабопв ш гесерсог в|гас|те ав ччеП ав 1п П8апс1 в|гас|иге (все вес|юп 9.4.2). ТЬе сараЪ|1Ьу оГ йе теьЬод |о йеа! ассига|е1у ьч!1Ь яо!ча|юп апд еп|гору ейесьв 6!В а 8ар !п йе ехВ6п8 |Ьеоге6са1 теЬЬодо1о8у Гог |по1еси!аг |1ея8п (Ве|ЫеП, 1984; Ногп ег Ре Вапьег, 1984; В(сЬагбв, 1984; КоП|пап, 1985).
Вито!еси!аг 1ипс|юп !67 9.4.2 Еигу|пе асг!игу Кесепг!у |!ече!оре|! ше|Ьог!в Гог йе врес(йс гер1асе|пеп| оГапипо асЫ гевЫиев |и епзушев Ьу 8епебс шайри!абоп Ьаче ргочйед ипрог|ап| пе|ч |оо1в Гог епгушо!о8у (ЕегвЫ е| а!., 1984). ТЬезе ше|Ьо|!в сап Ье изей |о зги|!у |Ье го!ев оГ !пйч!г!иа! гев!г)иев |и зиЪв|га|е Ъ!пйп8 апг! са|а1уяв (Сгай е| а!., 1985; РегвЫ е| а!., 1985). СЬеписа1 гесЬпк!иев сап а!во Ье иве|! |о пюйГу йе асбче в!зев оГ епгушев (Кавег Вз Ьаитепсе, 1984).
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
