Автореферат (1139570), страница 7
Текст из файла (страница 7)
Намибыли выявлены также комбинации генов БЛРС и карбапенемаз. Так, пять (35%) штаммовобладали комбинацией, состоящей из трех генов: blaCTX-M+blaTEM+blaОХА-48. Ген карбапенемазblaОХА-48 в двух случаях сочетался с геном blaTEM и в одном случае с blaCTX-M.Среди карба-Р штаммов гены карбапенемаз blaОХА-48 в качестве единственнойдетерминанты резистентности присутствовали в пяти (6%) изолятах, ген blaNDM только у одногоштамма. Использованный нами ПЦР-метод не выявил ни одного штамма K.
pneumoniae,обладающего генами IMP, KPC, VIM. Наиболее распространенной комбинацией детерминантрезистентности стало сочетание гена карбапенемазы blaОХА-48 с двумя генами БЛРС blaCTXM+blaTEMвыявленное у 53 (63%) изолятов, при этом у 17 (20%) карба-Р изолятов был выявленакомбинация blaОХА-48+blaCTX-M и только у одного изолята blaОХА-48+blaТЕM. Сочетание генакарбапенемаз blaТЕM и гена БЛРС blaCTX-M было найдено в 5 (6%) случаях. У одного штамма былиобнаружены комбинации двух генов карбапенемаз blaТЕM + blaNDM с геном БЛРС blaCTX-M. Одинштамм имел четыре детерминанты резистентности: два гена карбапенемаз и два гена БЛРС.Всего 84 карба-Р и 13 карба-Ч штаммов K.
pneumoniae были исследованы методом МЛСТ.Разнообразие сиквенс-типов представлено на рисунке 2. Проанализированные изолятыотносились к 15 сиквенс-типам, в том числе был обнаружен один новый сиквенс-тип,зарегистрированный в базе данных МЛСТ под номером ST3024.27Рисунок 2. Распределение сиквенс-типов штаммов K. pneumoniaeПримечание: числа в кругах обозначают количество изолятов, относящихся ксоответствующему ST. Прямой линией показаны SLV (single locus variant, однолокусныйвариант), прерывистой – DLV (double locus variant, двухлокусный вариант); CG (clonal group) –клональная группа.В целом, в исследованной популяции преобладали четыре сиквенс-типа: ST395(n=31; 32%), ST307 (n=28; 29%), ST48 (n=11; 11%) и ST377 (n=7; 7%), в совокупности,составлявшие 79% всей выборки.
Большинство карба-Р штаммов относилось к ST395 (n=31; 37%этой части коллекции). Не было обнаружено ни одного карба-Ч изолята, относившегося кданному сиквенс-типу. Вторым по частоте среди карба-Р изолятов был ST307 (n=10; 24%),данный сиквенс-тип доминировал среди карба-Ч изолятов (8/13; 62% этой части коллекции). Впопуляции карба-Р K. pneumoniae были выявлены 10 (12%) и 7 (8%) изолятов, относившихся кST48 и ST377 соответственно. К четырем вышеописанным генотипам суммарно относились 68(81%) карба-Р изолятов K. pneumoniae. Остальные девять сиквенс-типов этой части коллекции28были представлены 1-3 штаммами. Карба-Ч изоляты отличались меньшим клональнымразнообразием: три из пяти выявленных сиквенс-типов (ST48, ST70, ST111) были представленыединичными изолятами.
ST11 и ST111 не встречались в карба-Р части коллекции.Далее, мы проанализировали распределение сиквенс-типов штаммов K. pneumoniae,выделенных в период с 2012 по 2016 гг. в двух педиатрических стационарах. Из 15 выявленныхсиквенс-типов 10 встречались только в С1, а один сиквенс-тип (ST23) был обнаружен только вС2. Изоляты, принадлежавшие к четырем сиквенс-типам (ST395, 337, 70 и 336), былиобнаружены в обоих стационарах. Составлявшие значительную часть коллекции штаммы ST307(n=28) и ST48 (n=11) были выделены только у пациентов в С1. Интересно, что клон ST307доминировал в данном стационаре в течение всего периода исследования.
ST395 такжевстречался в С1 (10/31) и С2 (21/31) на протяжении всего проанализированного периода. ИзолятыST48 (n=11) выделяли в С1 в период с января 2014 по сентябрь 2015 гг., а ST377 (n=7) выявляли вС2 с апреля по июнь 2015 г (n=3), а в С1 с апреля 2015 по март 2016 гг. (n=4). Среди карба-Ризолятов K. pneumoniae доминирующим был ST395 (n=31), который встречался в обоихисследованных стационарах.
Семь штаммов данного сиквенс-типа были носителями генов БЛРСи карбапенемаз blaCTX-M + blaOXA-48, 20 изолятов дополнительно несли ген БЛРС blaTEM. Триштамма имели только ген blaOXA-48, а один изолят обладал комбинацией двух генов БЛРС.5. Популяционная структура карбапенемрезистентных P. aeruginosaи носительство металло-β-лактамазВсего было отобрано 87 изолятов P. aeruginosa, которые были резистентны (МПК >8 мг/л)к меропенему и/или имипенему (карба-Р изоляты). Из них 78 (90%) изолятов были резистентны кобоим карбапенемам, еще восемь (9%) изолятов обладали умеренной устойчивостью кмеропенему (МПК 4-8 мг/л) и один (1%) изолят был умеренно устойчив в имипенему (МПК 8мг/л). Максимальную МПК ≥32 мг/л меропенема и имипенема имели 85 (98%) и 78 (90%)изолятов соответственно. Анализ чувствительности карба-Р P.
aeruginosa к некарбапенемнымантибиотикам показал их высокую устойчивость ко всем группам исследованных препаратов,включая цефалоспорины, аминогликозиды и фторхинолоны. Наиболее высокая резистентностьнаблюдалась к амикацину, гентамицину и цефепиму (>80% устойчивых изолятов). Такимобразом, все исследованные изоляты обладали МЛУ.Все выделенные изоляты были подвергнуты генотпированию с помощью МЛСТ. Всегобыл выявлен 21 уникальный сиквенс-тип. В структуре с большим отрывом лидировалипредставители пяти сиквенс-типов, включая ST111, ST235, ST446, ST654 и ST2592, которыесуммарно составляли 78% выборки карба-Р P. aeruginosa; из них самыми распространенными29стали ST654 (30%), ST235 (23%) и ST111 (13%).
Оставшиеся 16 сиквенс-типов формировали 22%выборки. Популяционная структура карба-Р P. aeruginosa в двух исследованных стационарахзначимо различалась (2=46, р=0,001). В стационаре С2 было обнаружено семь, а в стационаре С1– 16 различных сиквенс-типов. Два наиболее распространенных генотипа ST235 и ST654 былипредставлены в обоих стационарах, тогда как ST111 присутствовал только в С2, а уникальнымдля С1 стал ST446; для С2 был эндемичным также ST2592. Одиннадцать из 16 сиквенс-типов,обнаруженных в стационаре С1, были представлены единичными изолятами, доля которых вобщем числе изолятов из С2 составила 25% (Рисунок 3).Рисунок 3. Популяционная структура P.
aeruginosaС-1С-2У 50 (57%) исследованных изолятов карба-Р P. aeruginosa был выявлен ген МБЛ blaVIM;носительство других карбапенемаз, включая blaNDM и blaIMP, обнаружено не было. ПродуцентамиVIM-подобных карбапенемаз были представители трех сиквенс-типов: ST111, ST235 и ST654.Носителями blaVIM были все изоляты ST111 и ST654, а также 13 (65%) ST235-изолятов. В структурев структуре VIM-позитивных изолятов лидировал ST654 (52%, 26/50), ST111 и ST235 занималидолю 23% (11/50) и 26% (13/50) соответственно (таблица 4).30Таблица 4Распределение карбапенемрезистентных изолятов P. aeruginosa в соответствии с генотипом,распространенностью в стационарах, носительством blaVIMSTn (%)Носители blaVIMаС1С2рб26 (30%)26 (100%)10 (23%)16 (37%)>0,0565420 (23%)13 (65%)14 (32%)6 (14%)0,04823511 (13%)11 (100%)011 (26%)<0,0011116(7%)006(14%)0,0125925 (6%)05 (11%)00,0234462 (2%)002 (5%)>0,052442 (2%)02 (5%)0>0,0512112 (2%)02 (5%)0>0,051567гв13 (15%)011 (25%)2 (5%)0,008Другие87 (100%)50 (57%)44 (100%)43 (100%)ВсегоПримечание.
Представлены сиквенс-типы с частотой >=2. ST – сиквенс-тип, С1 – стационар 1, С2 –стационар 2. аВ скобках указана доля blaVIM-положительных изолятов от общего числа изолятовсоответствующего сиквенс-типа. б Значение р указывает на значимость различий (критерий 2)между частотой встречаемости соответствующего сиквенс-типа в двух стационарах; значимыеразличия выделены жирным шрифтом. в ST234, ST1930.
г Всего11 сиквенс-типов: 233, 245 260, 399,562, 612, 644, 1031, 1033, 2049, 2757; каждый представлен одним изолятом.Таким образом, наше исследование показало широкое распространение (>50%)носительства VIM-подобных карбапенемаз среди Карба-Р P. aeruginosa, что делает их наличиеведущим механизмом устойчивости к карбапенемам у госпитальных штаммов этих возбудителей.В то же время, у значительной доли Карба-Р изолятов механизмы резистентности остаютсянерасшифрованными. Все это свидетельствует о необходимости дальнейших исследований,направленных на мониторинг устойчивости к антибиотикам и популяционной эволюциигоспитальных штаммов P.
aeruginosa на территории России.6. Респираторные патогеныВсего было идентифицировано 48 различных серотипов пневмококков, 25 (2,3%) изолятовотносились к категории нетипируемых. Шесть ведущих педиатрических серотипов, включаясеротипы 3, 6А, 6В, 14, 19F и 23F, суммарно составили 63,2% в общем распределении; лидировалсеротип 19F (18,8%). Помимо перечисленных серотипов заметную долю (≥2%) имели серотипы11А, 15В/С, 23А. Распространенность остальных серотипов составила <2%.Распределение серотипов зависело от возраста (2=103, р<0,001). У детей младше 5 летбыло выявлено 39 серотипов, у детей старше 5 лет был обнаружен 41 серотип.
Cеротипы 6А, 6B,15В/С и 19F чаще встречались в младшей возрастной группе, а серотипы 3, 33F и 37 были больше31распространены у детей старше 5 лет, причем серотип 37 встречался исключительно у старшихдетей. У младших детей также чаще встречался серотип 14 (z=1,7; p=0,087).За шестилетний период наблюдения структура серотипов в целом не претерпела заметныхизменений.
Так, доля серотипов, входящих в 13-валентную ПКВ, менялась незначимо иколебалась около 70% (2=3,9; р=0,423; Рис.4А); по всей выборке она составила 70,2% (95% ДИ67,5%-72,9%). Отметим, что доля вакцинных серотипов была значимо выше у детей до 5 лет,достигнув 74% (95% ДИ 70,8% -77,2%) против 63,3% (95% ДИ 58,6%-68%) у старших детей(z=3,7; p<0,001).Динамика распространенности отдельных серотипов показала разнонаправленные тренды.Доля серотипа 14 повысилась с 8% в 2010/2011 гг.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
