Автореферат (1139570), страница 9
Текст из файла (страница 9)
AMX и CHLсохраняли активность в отношении большинства исследованных изолятов. Доля пневмококков,устойчивых к этим АПМ, составила 7% и 4% соответственно. Для того чтобы определитьвозможную взаимосвязь изменений спектра антибиотикочувствительности со сдвигами вклональной структуре, мы провели МЛСТ пневмококков серотипа 14, полученных в 2010-2015гг., разделив выборку по времени выделения изолятов на два периода: 2010-2012 и 2013-2015 гг.(в каждую группу вошло по 39 изолятов).
Всего было выявлено 26 сиквенс-типов (в том числе 13новых сиквенс-типов), 19 (70%) из которых принадлежали трем клонам, включая СС15 (семьсиквенс-типов), СС143 (семь сиквенс-типов) и СС156 (пять сиквенс-типов) ( Рисунок 5).Рисунок 5. Популяционная структура пневмококков серотипа 14,выделенных в 2010-2015 гг., eBURST-анализПримечание. Однолокусные варианты (SLV) обозначены сплошными линиями, двухолкусныеварианты (DLV) - пунктирными линиями. Размер круга пропорционален числу изолятов.Белымцветом представлены изоляты, выделенные в 2010-2012 гг., черным – в 2013-2015 гг.Несмотря на то, что ST143 является DLV ST156 (по локусам gdh и recP), для целейнастоящего исследования мы выделили ST143 и родственные сиквенс-типы, которые отличалисьот ST156 по динамке распространенности и профилю устойчивости к АМП, в отдельныйклональный комплекс.СС15, СС143 и СС156 содержали большинство исследованных изолятов (67/78, 86%), асамым представительным по их числу стал СС143 (39%, 30/78).
В СС143 доминировалипневмококки ST143 (73%, 22/30), которые также лидировали по выборке в целом на уровнесиквенс-типа (28%, 22/78). Доли двух других ведущих сиквенс-типов ST15 и ST156 составили3613% (10/78) и 10% (8/78) соответственно. Распространенность как клональных комплексов, так иотдельных сиквенс-типов значимо отличалась в зависимости от периода (2=19, p<0,001 и (2=38,р=0,043 соответственно).Так, в 2010-2012 гг. в популяции преобладал СС15 (41%, 16/39), а СС143 и СС156 былименее представительны (18%, 7/39 каждый).
При этом 23% (9/39) выборки этого периодасоставляли сиквенс-типы из других клональных групп. Напротив, в 2013-2015 гг. лидирующимклоном стал СС143, который составил долю в 59% (23/39) в числе изолятов этого периода(z=3,72, р<0,001), а доля СС15 снизилась до 13% (5/39) (z=-2,81, р=0,005).
Доля СС156изменилась незначимо, составив 23% (9/39) (z=0,56, p=0,575), а распространенность сиквенстипов из группы «Другие» значимо уменьшилась до 5% (2/39; z=-2,26, p=0,023). Возрастаниедоли СС143 произошло преимущественно за счет пневмококков ST143, которые увеличили своепредставительство с 10% (4/39) в 2010-2012 гг. до 46% (18/39) в 2013-2015 гг. (z=3,52, р<0,001).Сокращение СС15 было обусловлено значимым снижением доли ST15 с 21% (8/39) до 5% (2/39)(z=-2,03, р=0,042) и прекращением циркуляции пневмококков ST12623 (4/39 против 0/39 в 20102012 и 2013-2015 гг.
соответственно; z=-2,05, р=0,04).Таким образом, число сиквенс-типов пневмококков серотипа 14 сократилось с 19 в 20102012 гг. до 15 в 2013-2015 гг. Экспансия СС143 привела к снижению разнообразияциркулирующих генотипов (т.е. к повышению клональности в популяции пневмококков серотипа14). Это выразилось в статистически значимом уменьшение индекса биоразнообразия Шенноназа время исследования с 2,63 (95% ДИ 2,93-2,33) до 2,05 (95% ДИ 2,47-1,64) (t-тест Хатчисона,t=2,22, p=0,03).Пневмококковые клоны серотипа 14 обладали разным профилем чувствительности кАМП. Изоляты СС143 отличались МЛУ-фенотипом (29/30, 97%), 100% были нечувствительны кPEN с высокой МПК50 и МПК90 (1 мг/л); 97% обладали резистентностью к ERY (МПК50, МПК90ERY ≥256 мг/л), причем у 97% (28/29) ERY-резистентных изолятов присутствовал ген ermB, чтоделало их CLI-резистентными и придавало MLSB-фенотип. Большинство СС143-изолятовсохраняли чувствительность к AMX (2/30 нечувствительных, в т.ч.
один AMX-резистентный).Устойчивость к SXT проявляли 87% (26/30) СС143-изолятов. Все изоляты СС143, выделенные с2010 по 2015 гг., были чувствительны к CHL. Фенотип изолятов СС143 за время исследованиякачественно не изменился, а их вклад в уровень резистентности вырос за счет увеличения доли впопуляции циркулирующих пневмококков. Отметим, что в 2013-2015 гг. СС143 был представленST143, к которому принадлежало 46% (18/39) из общего числа изолятов в данном периодеисследования, и пятью SLV этого сиквенс-типа, четыре из которых были впервые описаны.Кроме того, в 2013-2015 гг. пневмококки ST143, ST9781 и ST12620 приобрели дополнительнуюдетерминанту устойчивости к макролидам, став носителями гена mef, который наряду с ermB37присутствовал у семи из 23 ERY-резистентных изолятов этого периода. У других клоноводновременного носительства ermB и mef выявлено не было.
Большинство из 21 СС15-изолятасохраняло чувствительность к бета-лактамам, лишь четыре изолята (19%) ST15 (n=3) и ST9587(n=1) обладали умеренной резистентностью к PEN с МПК 0,12-1 мг/л (МПК90 0,5 мг/л).Устойчивость к ERY и CLI была выявлена соответственно у 8 (38%) и 5 (27%) изолятов СС15.Три из восьми ERY-резистентных изолятов (все ST9) были носителями гена mef с Мфенотипом, т.е. они сохраняли чувствительность к CLI. Два из трех CHL-резистентных изолятоввсей исследованной выборки относились к данному клональному комплексу.Большинство СС15-изолятов (16/21, 76%) были устойчивы к SXT.
В 2010-2012 гг. клонСС15 был представлен 16 изолятами, относившимися к шести сиквенс-типами, среди которыхпреобладали ST15 (n=8) и его DLV, впервые описанный ST12623 (n=4). Все ST12623-изолятыбыли чувствительны к PEN, ERY и CLI, четверть из них к CHL. В 2013-2015 гг. СС15 составлялопять изолятов трех сиквенс-типов, все были резистентны к ERY, 3/5 – нечувствительны к PEN.МЛУ была выявлена у 24% (5/21) СС15-изолятов.
СС156 в рассматриваемые периоды былпредставлен ST156 и четырьмя его SLV. Фенотипический профиль СС156-изолятов в целом завремя наблюдения не претерпел заметных изменений. Все они были нечувствительны к PEN сМПК90 2 мг/л, 19% (3/16) обладали сниженной чувствительностью к AMX (МПК90 4 мг/л), 88%(14/16) были резистентны к SXT. В то же время, большинство СС156-пневмококков сохраняличувствительность к ERY и CLI, в том числе все пневмококки ST156. Резистентностью к этимАМП обладали пневмококки ST1227 (n=2), ST1569 (n=1) и ST2944 (n=1).
Доля изолятов с МЛУфенотипом в СС156 была невысока – 25% (4/16).Изоляты ST124 (CC124, n=4), ST782 (n=1, CC63), ST1500 (n=1, СС30) были чувствительныко всем тестированным АМП (ST782 был устойчив к SXT). Изоляты синглетонов ST12621 иST12624, а также группы из двух сиквенс-типов ST12622 (1 из 2 изолятов) и ST12625 былиустойчивы к PEN с МПК 0,25-1 мг/л. Группа ST12622/12625 обладала резистентностью к ERY иCLI с MLSB-фенотипом, связанной с носительством ermB.
Эта группа из трех изолятов,единственная из числа внеклональных изолятов, обладала МЛУ-фенотипом. Разнообразиеклональных линий и сиквенс-типов 19А-пневмококков в зависимости от времени выделения иего географии представлено на Рисунке 6.Всего было выявлено 25 сиквенс-типов (14 из них были описаны впервые),принадлежавших к шести основным клонам; три сиквенс-типа не имели определеннойклональной принадлежности, т.е.
были синглетонами. Распределение клональных комплексов втечение периода исследования существенно различалось (χ2 = 29,60, р<0,001). Европейскиеизоляты 2003 г. были представлены двумя клонами, CC663 (n=12) и CC156 (n=6). В период 20102013 гг. распространенность этих клонов снизилась, и они были в значительной степени38замещены клонами CC230 и CC320, которые составили 73% (16/22) от всех изолятов,выделенных в 2010-2013 гг.
Пять из девяти изолятов из азиатской части России былипредставлены синглетонами; три изолята принадлежали к CC230.Рисунок 6. Популяционная структура пневмококков серотипа 19A,выделенных в России в 2002-2013 гг., eBURST анализПримечание. SLV обозначены сплошными линиями; DLV - пунктирными линиями. Размеркруга пропорционален числу изолятов.Наиболее распространенный клон СС663 (n=14, 28% от всей коллекции) был представленчетырьмя родственными сиквенс-типами. CC663 преобладал в европейской части России в 2003году (67%); в 2010-2013 гг. были выделены только два изолята CC663.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
