Автореферат (1139570), страница 6
Текст из файла (страница 6)
рneumoniae были не чувствительны к ампициллину,амоксициллину/клавуланат, бисептолу, нитрофуронтоину и амикацину. К ципрофлоксацинубыло нечувствительно три штамма. К имипенему резистентых было два штамма, а к меропенему– один.Все протестированные штаммы E. faecalis (n=3) были чувствительными к ванкомицину,имипенему, линезолиду, нитрофурантоину, тигециклину. К ампициллину, ципрофлоксацину илевофлоксацину было нечувствительных по одному изоляту.22Из двух штаммов P. aeruginosa , выделенных из ликвора, один штамм обладал МЛУ ибыл чувствителен только к колистину. Другой штамм имел чувствительность к амикацину инетилмицину, карбапенемам, ципрофлоксацину и колистину.Выделенные микроорганизмы из ликвора у детей с острым менингитом быличувствительны ко всем тестируемым группам антибиотиков.Таким образом, возбудители, выделенные из положительных проб ликвора у детей C-2,отличались от такового полученных от детей C-1, которые были типичными возбудителямиострого менингеального воспаления и обладали чувствительностью к антибактериальнымпрепаратам, которые используются для лечения этих инфекций.
У детей C-2 в микробномпейзаже преобладали оппортунистические возбудители, что говорит о вероятном инфицированиив стационаре. Микроорганизмы, выделенные из положительных образцов крови в монокультуре,скорее всего, указывают на истинную бактериемию.
Возбудители, выделенные в ассоциациях,скорее всего, являются следствием контаминации при взятии материала. Чаще всего, изположительных гемокультур у детей C-2 выделялись оппортунистические микроорганизмы, а отпациентов C-1 СКН. Возможно, это связано с неправильным забором материала (например, кровьзабирали из ЦВК), что значительно увеличивает риск контаминации. Результаты изучениярезистентности к антибиотикам изолятов, выделенных из положительных гемокультур и пробликвора, показали высокую долю резистентных штаммов оппортунистических микроорганизмов.Однако возбудители острых менингитов были чувствительны ко всем антибиотикам, которыеобычно применяют при данном виде инфекции.3.
Клональное разнообразие, молекулярные механизмы устойчивости к карбапенемам ибиопленкообразование у карбапенемрезистентных штаммов Acinetobacter baumannii,выделенных в г. МосквеВсего было исследовано 88 карба-Р изолятов A. baumannii, выделенных из крови (14%),трахеального аспирата (48%), отделяемого раны (9%) и скрининговых мазков из зева/ануса (29%).Исходно для всех изолятов мы провели МЛСТ по схеме Oxford, выявив 15 сиквенс-типов,которые принадлежали к трем клональным комплексам: CC92Oxf (n=61), CC109Oxf (n=1) иCC944Oxf (n=26).
CC92Oxf (69%) был представлен тремя однолокусными вариантами (single locusvariant, SLV) и восемью двухлокусными вариантами (double locus variant, DLV) ST92Oxf.Доминирующим генотипом был ST348Oxf (n=30), который составил 34% всей коллекции.CC944Oxf состоял из 26 изолятов (30% всей коллекции), относившихся к трем сиквенс-типам,включая ST944Oxf (n=16) и два его SLV: ST1103Oxf (n=3) и ST1104Oxf (n=7).
Один изолят ST441Oxfпринадлежал к CC109Oxf . Взаимосвязи между сиквенс-типом и типом образца – источником23изолята выявлено не было. Шесть из 15 Oxford-сиквенс-типов ранее не были представлены в базеданных МЛСТ A. baumannii. Новые комбинации алеллей встречались у пяти из шести впервыеописанных сиквенс-типов; ST1128Oxf содержал новую gpi-аллель. Восемь из 11 изолятов ST493Oxfнесли делецию размером 18 п.о. в аллели rpoD (позиции 229-246). Этот вариант ST493, которыймы обозначили как ST493rpoDOxf, встречался только в одном изучаемом стационаре, С-3.Впервые описанные ST1103Oxf и ST1104Oxf составили 38% (10/26) изолятов из числапредставителей СС944 Oxf. Для выявления взаимосвязи между изолятами СС944Oxf и известнымимеждународными клонами мы провели дополнительное генотипирование A.
baumannii по схемеPasteur. Все три сиквенс-типа СС944Oxf соответствовали ST78Pas.Мы провели дальнейшее сравнение схем МЛСТ Oxford и Pasteur, выполнив Pasteur-МЛСТкак минимум одного изолята каждого Oxford-сиквенс-типа из каждого стационара. Обе схемыМЛСТраспределилиисследованныеизолятымеждутремяклональнымигруппами:CC92Oxf/CC2Pas (относится к IC2), CC109Oxf/CC1Pas (относится к IC1) и CC944Oxf/ST78Pas. В то жевремя, схема Oxford позволила идентифицировать 15 сиквенс-типов, тогда как схема Pasteurвыделила только пять сиквенс-типов.
Единственный Pasteur-сиквенс-тип ST2Pas охватывал семьиз одиннадцати Oxford-сиквенс-типов, принадлежавших к СС92Oxf; ST78Pas соответствовал тремсиквенс-типам схемы Oxford. ST493Oxf был эквивалентен двум сиквенс-типам схемы Pasteur:ST45Pas и ST570Pas; последний был идентичен ST493rpoDOxf. В связи с тем, что схема Oxfordпоказала более высокую разрешающую способность, мы использовали ее для анализаразнообразия генотипов карба-Р A.
baumannii на уровне стационара (Рис. 1).Распространенность клонов в трех исследуемых стационарах отличалась незначимо(2=7,3; p=0,294), однако распределение сиквенс-типов было разным (2=123; p<0,001). Десять из15 выявленных Oxford-сиквенс-типов встречались в единственном стационаре, пять сиквенстипов были обнаружены в двух стационарах, и только ST944Oxf присутствовал во всех трехстационарах (Рис. 1).Например, все изоляты ST450Oxf (n=9) и ST1104Oxf (n=7) были выявлены в C-1;ST493rpoDOxf (n=8) и ST1128Oxf (n=3) встречались только в С-3.24Рисунок 1.
Популяционная структура 88 карбапенемрезистентныхизолятов A. baumannii, выделенных в трех стационарах г. МосквыПримечание. Цвет кружков обозначает стационар: черный С-1, белый С-2, серый С3. Размер кружков пропорционален числу изолятов с соответствующим сиквенс-типом. Линииобозначают однолокусные варианты (SLV).Интересно, что все изоляты ST1104Oxf (n=7) были выявлены в ОРИТ С-1 в течение пятинедель в ноябре-декабре 2014 г., что указывало на вспышку, а девять изолятов ST450Oxfприсутствовали здесь в течение почти всего периода исследования, с сентября 2012 по декабрь2014 гг.
В С-2 было получено 27 из 30 изолятов ST348Oxf, что сделало этот генотипдоминирующим в данном стационаре; выделение изолятов было равномерно распределено вовремени исследования.МПК карбапенемов у всех исследованных изолятов А. baumannii составила ≥32 мг/л. Всештаммы были резистентны к ципрофлоксацину (МПК>1 мг/л); 88% и 82% изолятов проявлялиустойчивость к гентамицину и нетилмицину соответственно. Все карба-Р изоляты быличувствительны к колистину с МПК в пределах 0,125-0,5 мг/л.25У всех карба-Р изолятов А.
baumannii были выявлены гены карбапенемазы из группыOXA. Большинство изолятов (73/88; 82%) несли OXA-40-подобную карбапенемазу, у 15% (13/88)была обнаружена OXA-23-подобная карбапенемаза, еще два изолята имели обе карбапенемазы.НиодинизолятнеобладалOXA-58-подобнойкарбапенемазой.Секвенированиеамплифицированных фрагментов blaOXA-23- и blaOXA-40-подобных генов показало, что они былиидентичны blaOXA-23 и blaOXA-72 соответственно.Таким образом, наличие OXA-40-подобной карбапенемазы типа OXA-72 было наиболеераспространенным механизмом устойчивости к карбапенемам у исследованных нами изолятов А.baumannii.Среди представителей СС944Oxf встречались носители как ОХА-72 (75%; 46/61), так иOXA-23 (23%; 14/61), однако изоляты СС944Oxf обладали исключительно OXA-72 (у одногоизолята она сочеталась с OXA-23).
Примечательно, что каждый сиквенс-тип отличался наличиемгена определенной карбапенемазы, за некоторыми исключениями. Например, все изолятыST348Oxf (n=30) и ST944Oxf (n=16) несли ген blaOXA-72, в то время как все изоляты ST493rpoDOxf(n=8) и ST1128Oxf (n=3) обладали геном blaOXA-23. Исключение составили изоляты ST493Oxf,которые имели карбапенемазу OXA-72 (2 из 3) или OXA-23 (1 из 3), а также два изолята, которыепродуцировали обе карбапенемазы (по одному изоляту ST450Oxf и ST1103Oxf). Все изолятыCC944Oxf/ST78Pas, за исключением одного, несли ген blaCTX-M-115. Ни один из оставшихся карба-Ризолятов А.
baumannii не был носителем blaCTX-M-115, за исключением единственного изолятаST558.4. Клональное разнообразие, молекулярные механизмы устойчивости к карбапенемаму карбапенемрезистентных штаммов K. pneumoniaeДля анализа были отобраны 84 штамма карба-Р и 17 карба-Ч K.
pneumoniae, выделенныхиз крови/ликвора (25%), трахеального аспирата (17%), отделяемого раны/дренажи/стомы (11%),мочи (6%) и локусов мониторинга зева/ануса (37%).Все исследованные карба-Ч и карба-Р изоляты были резистентны к цефалоспоринам III-IVпоколений. К аминогликозидам доля нечувствительных штаммов у карба-Ч варьировала от 59%до 100%, а у карба-Р от 71% до 86%. К ципрофлоксацину и фосфомицину резистентность карба-Чизолятов составила 94% и 31%, соответственно, а карба-Р штаммы в 94% случаев былирезистентныикципрофлоксацинуифосфомицину.Наибольшуючувствительностьисследованные изоляты проявляли в отношении тигециклина. Нечувствительных штаммов ктигециклину было 18% как среди карба-Ч, так и для карба-Р изолятов.26Все изоляты были протестированы на наличие генов БЛРС (CTX-M, TEM) и карбапенемазIMP, KPC, OXA-48, NDM, VIM (Таблица 3).Таблица 3Распространенность генов резистентности и их комбинацийу штаммов K. pneumoniae (n=101)ГеныCTX-MCTX-M +OXA-48CTX-M +TEMCTX-M +TEM +OXA-48CTX-M + TEM +NDMCTX-M +TEM +OXA-48+NDMOXA-48TEM+ OXA-48NDMКарба-Р,n=84017 (20%)5 (6%)53 (63%)1 (1%)1 (1%)5 (6%)1 (1%)1 (1%)Карба-Ч,n=171 (6%)1 (6%)8 (47%)5 (35%)0002 (3%)0Среди карба-Ч штаммов ген БЛРС blaCTX-M был найден только у одного изолята (6%), авосемь штаммов (47%) обладали комбинацией, состоящей из двух генов blaCTX-M и blaTEM.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
