А.В. Финкельштейн, О.Б. Птицын - Физика белка - Курс лекций с цветными и стереоскопическими иллюстрациями и задачами (1123404), страница 100

Просмтор этого файла доступен только зарегистрированным пользователям. Но у нас супер быстрая регистрация: достаточно только электронной почты!

Текст из файла (страница 100)

интермедиаты сворачиванияпроникновение растворителя в глобулу240–241, 252«пропеллер» 167, 171–172, 174протеолиз 19, 238, 349 см. такжегидролиз«Протеомика» проект 342протягивания метод 335–339профили первичной структуры 321,473путь сворачивания 271, 274–275, 285,293–309, 313, 324пучки α-спиралей 152, 177–185Рравновесие термодинамическое 128,267, 298, 300–302, 307, 464,468–469разворачивание белков 231, 239, 285,288, 294, 310, 458, 461–462, 468,470, 479–480 см. также денатурация487рамачандрана карты разрешенных состояний 37–40, 88, 136, 167ренатурация глобулярных белков см. самоорганизациярентгеноструктурный анализ 45, 82,148, 151, 344, 385репрессор 17–18, 353–355, 378рецептор 152–153, 355рибосома и синтез белка 197, 199,263–265, 267, 269–271родственность см. гомологияроссманна укладка 186–188, 225, 358,375, 381, 448–449ротамер 39, 252, 406Ссамоорганизациябелков 18–20, 193, 199, 230,263–267, 269–270, 272, 274, 277,303, 307, 311стадийная 272, 310вирусов 277саркомер 385, 481свободная энергия 48–49, 51–52,54–62, 64–65, 67–71, 79–80, 82,84, 97, 103–108, 111, 113, 117–121,123, 125–129, 137, 139, 154–155,205–206, 214–219, 222, 224, 226,236–237, 244, 246–247, 253,259–260, 271, 275, 280–281, 283,289, 291–292, 294–295, 297–298,300, 303, 305–306, 311, 324, 327,363–364, 371, 387, 408–409, 411–413, 415, 417, 421, 427–428, 430,436–438, 454–455, 457, 459–461,463–463, 467, 471, 476–477,479–482и гидрофобность 59, 62–68и сворачивание белка300–308свободно-энергетический барьер 107,110–112, 114, 116, 125, 251, 280,283, 288, 297, 301, 364сворачивание белков см.

самоорганизациясвязывание 82, 153, 171, 188, 196,488198, 230, 321, 351–354, 357, 359,363–365, 368–370, 376, 378,381–387, 433связывания константа 386, 476селективная проводимость мембранных белков 154–155селеноцистеин 134середина перехода 107–108, 120–121,234, 238, 258, 282, 288 см. такжеравновесие…сериновые протеазы 22–23, 307,357–360, 364, 369–370, 373–374серпин 262, 307,синтез белковбиохимический 17, 19химический 267, 346скорость см. также время…перехода 111–113, 161,280–281, 295приближения к равновесию284–285, 304, 468–469разворачивания 282, 284–285,288–289, 468–470сворачивания 269, 275, 279,282, 284–292, 297, 299, 301–303,306, 313, 468–470слоевая структура 200, 224«словесный портрет» белка 166солевая связь 80случайные последовательности 202–203, 211–213, 218–219, 224–227,261, 313специфичность ферментов 369, 372спирали 17, 87–90, 92–96, 117–129,135–138, 141–147, 151–152, 156,166, 173, 177–190, 205, 213, 225,228, 277, 316, 323–334, 337, 345,350, 353–355, 383, 390, 434, 436,449, 470без водородных связей 92спираль как длинный диполь 90стабильность глобулярных белков иих сворачивание 199, 202, 205,208–209, 216, 220–222, 288–289,305, 306–308, 312, 440, 457статистика Больцмана 207, 213–216,450статистическаямеханика 11, 312, 336сумма 97, 102–103, 430физика 11, 97, 101, 103, 295,432структура белка см. также конформация и последовательностивторичная 17–18, 20, 87–89,92–97, 110, 117, 123, 135–137, 140,147, 151, 163–167, 193, 203, 238,272–276, 324, 330, 339, 457первичная 17, 122, 140–142,197, 201–202, 211–213, 224–226,303, 316, 321–323, 331, 338,449–450третичная 17–18, 87, 95,193, 273, 312, 325, 332упрощенные схемы165–166, 210четвертичная 17–18, 22«структурная геномика» проект 342структурный каркас 163–164, 178,208–209, 335субтилизин 22–23, 373–374, 379суперспираль 92, 141–146, 176, 224,327–328, 358, 385, 446Ттвердость белков 22–24, 253, 359, 366температура 12, 18, 22, 28–29, 32–33,49–51, 54–67, 69–70, 83–85, 97–110, 115, 161, 207, 226, 229–249,253–262, 268, 281–285, 297,306–309, 328–330, 348, 377–378,395–396конформационная 214, 221,262перехода 119–121, 453плавления 42, 145, 221, 260, 262,329–330, 455–456, 463–464, 467стеклования 260–261теплоемкость 58–63, 104, 109, 231, 233,236, 456, 463–464, 466«тепловой квант» (kT) 28термодинамика 58, 60, 64, 67, 97, 101,105, 233, 259, 271, 274, 279, 280,294, 298, 307, 428–429термолизин 181, 374тетрамер 146, 347, 381топология 165, 170–176, 186, 194, 254,305, 334, 349–350, 446трипсин 172–173, 272, 322, 330–331,357–358, 360, 369, 373–375, 379туннельный эффект 159Уугол вращения 26, 29–32, 89, 207, 215,252, 326, 395упаковка 63, 92, 137, 144, 164–168,177–186, 194, 200, 203, 210, 217,224, 252, 261, 273–276, 279, 312,330, 334, 340, 342, 347–348ортогональная 168–169,172–173, 179–180, 190продольная 168–172компактная 181, 199, 208–209упругость полимера 205–206ФФ-величины 288–291фаговый дисплей 228фазовая диаграмма белка 238, 255, 258фазового перехода отсутствие 110, 229фазовые переходыв статистической механике107–110первого рода 107–108, 110,118120, 125–126, 129, 231,242–243, 248–251, 289, 307, 312и их нуклеация 289–290второго рода 109, 248, 251, 255ферментативный катализ 361–365ферменты 359–364, 366–372фибриллярные белки 16, 19, 88,140–141, 144, 147, 149, 197–198,201–202, 211, 213, 228, 263, 270,340, 350, 375, 439фиброин 140–141, 145489формы стерические 25фотосинтетический реакционныйцентр 155–158, 161,функции белков 14–15, 20–24, 167,177–179, 196, 313–314, 321–323,342, 344–345, 351–352, 359, 363,371–381Ххимическая связь см.

валентная связьхимический потенциал 56–58, 246–248,384, 410–412, 426–427, 454–455,458–460химотрипсин 22, 172–173, 360, 369холодовая денатурация глобулярныхбелков 235–237, 255, 259, 456–457хроматография 256–257Ццикл 386–387цинковый палец 348, 355цистеин см. S-S связичислоЧаминокислотных последовательностей 208–209, 216, 219, 226конформаций 206–207ШШапероны 12, 264–265, 268–270, 278,311, 313шевронный график 285–288, 299,467–468ширина перехода 121–122, 138,231–235«штабель» см.

структурный каркасЭэволюция белка 195–196, 198, 227–228электростатические взаимодействия44, 69–70, 78, 80, 83–84, 159, 404,413, 415, 418, 465и корпускулярность среды79–81элонгация α-спиралей 118, 120,490123–124, 126энергетическая щель 259–262, 294–296, 305, 307, 311–312, 323, 463энергетическийбарьер 161, 283, 365, 378,432ландшафт 296, 308–310спектр 101, 104–105,259–262, 450–452, 463энергия 27–28, 30–32, 34, 36, 38, 40–41,43, 45, 48–52, 78, 82–86, 98–110,158–161, 167, 205–207, 213, 220–221, 232–234, 236–237, 240, 244–247, 249, 255, 259–261, 281–283,287, 293–295, 299–302, 306–307,310–313, 323, 365–368, 386, 388,395–401, 403–405, 415–417, 419,421–426, 428–433, 440–443,450–453, 462–467, 475–476, 480водородной связи 45, 48,62, 79–80свободная 49, 51–52,54–62, 64–65, 67–71, 79–80, 82,84, 97, 105–108, 111, 113, 117–121,123–129, 131, 137, 139, 154–155,214–219, 222, 224, 226, 236–237,244, 246–247, 253, 259–260, 267,271, 275, 280–281, 288–289, 291–292, 294–295, 297–300, 303–306,311, 324, 327, 330, 363–364, 371,387, 408–409, 411–413, 415, 421,427–428, 436–438, 444, 454–461,467, 471, 476–477, 479–482энтальпийный катализ 362энтальпия 55, 60, 67, 242, 310, 362–363,408–409, 421, 455–456 см. такжеэнергияэнтропийный катализ 363энтропия 48–49, 51–56, 58–62, 64, 67–68,86, 97–106, 109, 116, 118–121, 206,218, 234, 236, 240, 242, 244, 246–248, 253, 255, 259–260, 283, 295,297–302, 309–310, 363, 408–409,425–430, 432, 453–456, 463, 467эукариот белки 19, 197ядроЯбелковой глобулы 59, 135,170, 181сворачивания 276–277,288–289, 291, 303, 305, 313,467–468, 471ЯМр-спектроскопия 13, 15–16, 40, 82,94, 147–148, 162, 238–241, 266,316, 342–343, 348αα + β-белки 163, 185–186, 188–190,209, 354α/β-белки 163, 185–186, 187–190α/β-бочонок см.

α/β-цилиндрыα/β-складка 188–190, 194α/β-цилиндры 186–188, 194, 357, 375α-белки 163, 177–178, 181, 303, 375α-кератин 141α-спирали 17, 21–22, 29, 87–90, 94–96,117, 120–129, 135–138, 141–143,151–152, 155, 163–165, 168,177–183, 185–186, 188–190, 194,199, 208–212, 224–226, 240, 252,262, 272, 297, 302–303, 308, 322,324–327, 329–331, 332–334, 338,347, 352–355, 373, 380, 382–184,386, 439–440, 470, 475ββ-белки 163, 167, 172, 174–175, 177,189–190, 195–196, 376β-бочонок см. β-цилиндрβ-изгибы 93, 126, 135, 325, 327, 436,475β-листы 87, 91–94, 125–129, 140–141,152–153, 163–164, 167–176,178–179, 185–190, 199, 201–202,222, 224–225, 252, 262, 308, 356,373, 381, 436–438, 440, 446, 449β-призмы 173–174, 195, 223β-структура 17–18, 22, 87, 89–96,123–126, 128–129, 135–138, 141,148–149, 152–153, 163, 167–168,170–171, 174–175, 185–186, 188–190, 194–195, 198–200, 206, 210,212, 242, 256, 308, 322, 325–331,347, 354, 357, 375, 437–438антипараллельная 90–92,94, 167–168, 174–175, 188–189,195параллельная 90–92, 94,148, 168, 171, 174–175, 186смешанная 90–91, 175скрученность 90, 92,167–168, 174, 185, 446β-сэндвич 148–149, 170–172, 308β-тяж 90–93, 125–127, 138, 148, 153,164–165, 167–174, 176–177,185–186, 189–190, 194, 210, 212,222–224, 322, 325, 329, 331, 333,338, 380, 437, 446–447, 449, 475β-цилиндр 152–153, 168–170, 172,186–187, 356–358, 381, 440, 446β-шпильки 93, 125–127, 151, 170–171,175, 189, 196, 272, 302, 327, 247,355, 436BLAST 317–320BCcis-конформация 31–32, 36–37GG-белок 152–153, 377HMMer 317, 320HPPSI-BLAST 317, 320SS-S-связи 20, 28, 84–85, 141, 146, 201,266–269, 274–275, 285, 302Ttrans-конформация 31–32, 36, 92491.

Характеристики

Список файлов лекций