Главная » Просмотр файлов » Конформационная динамика нуклеиновых кислот при взаимодействии с лигандами

Конформационная динамика нуклеиновых кислот при взаимодействии с лигандами (1098269), страница 43

Файл №1098269 Конформационная динамика нуклеиновых кислот при взаимодействии с лигандами (Конформационная динамика нуклеиновых кислот при взаимодействии с лигандами) 43 страницаКонформационная динамика нуклеиновых кислот при взаимодействии с лигандами (1098269) страница 432019-03-13СтудИзба
Просмтор этого файла доступен только зарегистрированным пользователям. Но у нас супер быстрая регистрация: достаточно только электронной почты!

Текст из файла (страница 43)

// Nucleic Acids Res. — 2008. — Jan. —Vol. 36, Database issue. — Pp. D360–7.165. Wang J. [et al.] Development and testing of a general amber force field. // JComput Chem. — 2004. — July. — Vol. 25, no. 9. — Pp. 1157–74.166. Wang J. [et al.] Automatic atom type and bond type perception in molecularmechanical calculations. // J Mol Graph Model.

— 2006. — Oct. — Vol. 25,no. 2. — Pp. 247–60.167. Noy A. [et al.] Theoretical study of large conformational transitions in DNA:the B<–>A conformational change in water and ethanol/water. // NucleicAcids Res. — 2007. — Nov. — Vol. 35, no. 10. — Pp. 3330–8.168. Beck D., White G., Daggett V. Exploring the energy landscape of proteinfolding using replica-exchange and conventional molecular dynamics simulations.

// J Struct Biol. — 2007. — Mar. — Vol. 157, no. 3. — Pp. 514–23.169. Meyer M., Hocquet A., Sühnel J. Interaction of sodium and potassium ionswith sandwiched cytosine-, guanine-, thymine-, and uracil-base tetrads. // JComput Chem. — 2005. — Mar. — Vol. 26, no. 4. — Pp.

352–64.170. Mourik T. van, Dingley A. Characterization of the monovalent ion positionand hydrogen-bond network in guanine quartets by DFT calculations of NMRparameters. // Chemistry. — 2005. — Oct. — Vol. 11, no. 20. — Pp. 6064–79.284171. Fonseca Guerra C.

[et al.] Telomere structure and stability: covalency in hydrogen bonds, not resonance assistance, causes cooperativity in guanine quartets. // Chemistry. — 2011. — Nov. — Vol. 17, no. 45. — Pp. 12612–22.172. Bogdanov A. [Some structural aspects of the peptidyltransferase reaction]. //Mol Biol (Mosk). — 2003.

— July. — Vol. 37, no. 3. — Pp. 511–4.173. Tu G. [et al.] C-terminal extension of truncated recombinant proteins in Escherichia coli with a 10Sa RNA decapeptide. // J Biol Chem. — 1995. —Apr. — Vol. 270, no. 16. — Pp. 9322–6.174. Keiler K., Waller P., Sauer R. Role of a peptide tagging system in degradationof proteins synthesized from damaged messenger RNA. // Science. — 1996.

—Feb. — Vol. 271, no. 5251. — Pp. 990–3.175. Sundermeier T. [et al.] A previously uncharacterized role for small protein B(SmpB) in transfer messenger RNA-mediated trans-translation. // Proc NatlAcad Sci U S A. — 2005. — Feb. — Vol. 102, no. 7. — Pp. 2316–21.176. Nonin-Lecomte S., Felden B., Dardel F. NMR structure of the Aquifex aeolicus tmRNA pseudoknot PK1: new insights into the recoding event of theribosomal trans-translation // Nucleic Acids Res.

— 2006. — Vol. 34, no. 6. —Pp. 1847–1853.177. Gutmann S. [et al.] Crystal structure of the transfer-RNA domain of transfermessenger RNA in complex with SmpB // Nature. — 2003. — Aug. — Vol.424, no. 6949. — Pp. 699–703.178. Valle M. [et al.] Visualizing tmRNA entry into a stalled ribosome // Science. —2003. — Apr. — Vol. 300, no. 5616. — Pp. 127–130.285179. Kaur S.

[et al.] Cryo-EM visualization of transfer messenger RNA with twoSmpBs in a stalled ribosome. // Proc Natl Acad Sci U S A. — 2006. — Oct. —Vol. 103, no. 44. — Pp. 16484–9.180. Moore S., Sauer R. The tmRNA system for translational surveillance and ribosome rescue. // Annu Rev Biochem. — 2007. — Apr. — Vol.

76. — Pp. 101–24.181. Bugaeva E. [et al.] Structural features of the tmRNA-ribosome interaction. //RNA. — 2009. — Dec. — Vol. 15, no. 12. — Pp. 2312–20.182. Berman H. M. [et al.] The Protein Data Bank // Nucleic Acids Res. — 2000. —Jan. — Vol. 28, no. 1. — Pp. 235–242.183. Murthy V. L., Rose G. D. RNABase: an annotated database of RNA structures //Nucleic Acids Res. — 2003.

— Jan. — Vol. 31, no. 1. — Pp. 502–504.184. Sharma S., Ding F., Dokholyan N. V. iFoldRNA: three-dimensional RNAstructure prediction and folding // Bioinformatics. — 2008. — Sept. — Vol.24, no. 17. — Pp. 1951–1952.185. Jonikas M. A. [et al.] Coarse-grained modeling of large RNA molecules withknowledge-based potentials and structural filters // RNA. — 2009. — Feb. —Vol. 15, no. 2.

— Pp. 189–199.186. Burks J. [et al.] Comparative 3-D modeling of tmRNA // BMC Mol. Biol. —2005. — Vol. 6. — P. 14.187. Massire C., Westhof E. MANIP: an interactive tool for modelling RNA // J.Mol. Graph. Model. — 1998. — Vol. 16, 4-6. — Pp. 197–205.286188. Tsai H. [et al.] Molecular modeling of the three-dimensional structure of thebacterial RNase P holoenzyme. // J Mol Biol.

— 2003. — Jan. — Vol. 325,no. 4. — Pp. 661–75.189. J. M. T., A. C. D. Modeling Unusual Nucleic Acid Structures // MolecularModeling of Nucleic Acids. — Chap. 25. Pp. 379–393. — eprint: http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/bk-1998-0682.ch024.190. Parisien M., Major F. The MC-Fold and MC-Sym pipeline infers RNA structure from sequence data. // Nature.

— 2008. — Mar. — Vol. 452, no. 7183. —Pp. 51–5.191. Boyapati V. [et al.] Basis for ligand discrimination between ON and OFFstate riboswitch conformations: the case of the SAM-I riboswitch. // RNA. —2012. — June. — Vol. 18, no. 6. — Pp. 1230–43.192. Gillet R. [et al.] Scaffolding as an organizing principle in trans-translation. Theroles of small protein B and ribosomal protein S1 // J. Biol.

Chem. — 2007. —Mar. — Vol. 282, no. 9. — Pp. 6356–6363.193. Yusupova G. [et al.] Structural basis for messenger RNA movement on theribosome. // Nature. — 2006. — Nov. — Vol. 444, no. 7117. — Pp. 391–4.194. Harms J. [et al.] High resolution structure of the large ribosomal subunit froma mesophilic eubacterium. // Cell. — 2001. — Nov. — Vol. 107, no. 5. —Pp.

679–88.195. Shpanchenko O. [et al.] Stepping transfer messenger RNA through the ribosome. // J Biol Chem. — 2005. — May. — Vol. 280, no. 18. — Pp. 18368–74.287196. Bugaeva E. [et al.] One SmpB molecule accompanies tmRNA during its passage through the ribosomes. // FEBS Lett. — 2008. — Apr. — Vol. 582, no.10. — Pp. 1532–6.197. Hallier M. [et al.] Pre-binding of small protein B to a stalled ribosome triggerstrans-translation.

// J Biol Chem. — 2004. — June. — Vol. 279, no. 25. —Pp. 25978–85.198. Ramrath D. [et al.] The complex of tmRNA-SmpB and EF-G on translocatingribosomes. // Nature. — 2012. — May. — Vol. 485, no. 7399. — Pp. 526–9.199. Mankin A. Nascent peptide in the "birth canal" of the ribosome. // TrendsBiochem Sci.

— 2006. — Jan. — Vol. 31, no. 1. — Pp. 11–3.200. Bogdanov A. [et al.] Ribosomal tunnel and translation regulation. // Biochemistry (Mosc). — 2010. — Dec. — Vol. 75, no. 13. — Pp. 1501–16.201. Cruz-Vera L. [et al.] Nascent polypeptide sequences that influence ribosomefunction. // Curr Opin Microbiol. — 2011. — Apr. — Vol. 14, no. 2. —Pp. 160–6.202. Ōmura S. Macrolide Antibiotics: Chemistry, Biology, and Practice. — Academic Press, 2002.203. Wilson D. On the specificity of antibiotics targeting the large ribosomal subunit.

// Ann N Y Acad Sci. — 2011. — Dec. — Vol. 1241. — Pp. 1–16.204. Kannan K., Mankin A. Macrolide antibiotics in the ribosome exit tunnel:species-specific binding and action. // Ann N Y Acad Sci. — 2011. — Dec. —Vol. 1241. — Pp. 33–47.288205. Hansen J. [et al.] The structures of four macrolide antibiotics bound to thelarge ribosomal subunit.

// Mol Cell. — 2002. — July. — Vol. 10, no. 1. —Pp. 117–28.206. Kannan K., Vázquez-Laslop N., Mankin A. Selective protein synthesis by ribosomes with a drug-obstructed exit tunnel. // Cell. — 2012. — Oct. — Vol. 151,no. 3. — Pp. 508–20.207. Sumbatyan N., Korshunova G., Bogdanov A.

Peptide derivatives of antibiotics tylosin and desmycosin, protein synthesis inhibitors. // Biochemistry(Mosc). — 2003. — Oct. — Vol. 68, no. 10. — Pp. 1156–8.208. Korshunova G. [et al.] [Peptide derivatives of tylosin-related macrolides]. //Bioorg Khim. — 2007. — May. — Vol. 33, no. 2. — Pp. 235–44.209. Starosta A. [et al.] Interplay between the ribosomal tunnel, nascent chain, andmacrolides influences drug inhibition.

// Chem Biol. — 2010. — May. — Vol.17, no. 5. — Pp. 504–14.210. Trabuco L. [et al.] Recognition of the regulatory nascent chain TnaC by theribosome. // Structure. — 2010. — May. — Vol. 18, no. 5. — Pp. 627–37.211. Petrone P. [et al.] Side-chain recognition and gating in the ribosome exit tunnel. // Proc Natl Acad Sci U S A. — 2008. — Oct. — Vol. 105, no. 43. —Pp. 16549–54.212. Dunkle J. [et al.] Structures of the Escherichia coli ribosome with antibioticsbound near the peptidyl transferase center explain spectra of drug action. //Proc Natl Acad Sci U S A. — 2010. — Oct.

— Vol. 107, no. 40. — Pp. 17152–7.289213. Kowalak J., Bruenger E., McCloskey J. Posttranscriptional modification ofthe central loop of domain V in Escherichia coli 23 S ribosomal RNA. // JBiol Chem. — 1995. — July. — Vol. 270, no. 30. — Pp. 17758–64.214. Hornak V. [et al.] Comparison of multiple Amber force fields and developmentof improved protein backbone parameters. // Proteins. — 2006. — Nov.

—Vol. 65, no. 3. — Pp. 712–25.215. Petropoulos A. [et al.] Stepwise binding of tylosin and erythromycin to Escherichia coli ribosomes, characterized by kinetic and footprinting analysis. //J Biol Chem. — 2008. — Feb. — Vol. 283, no. 8. — Pp. 4756–65.216. Karahalios P. [et al.] On the mechanism of action of 9-O-arylalkyloximederivatives of 6-O-mycaminosyltylonolide, a new class of 16-memberedmacrolide antibiotics. // Mol Pharmacol. — 2006. — Oct.

— Vol. 70, no. 4. —Pp. 1271–80.217. Bulkley D. [et al.] Revisiting the structures of several antibiotics bound to thebacterial ribosome. // Proc Natl Acad Sci U S A. — 2010. — Oct. — Vol. 107,no. 40. — Pp. 17158–63.218. Llano-Sotelo B. [et al.] Binding and action of CEM-101, a new fluoroketolideantibiotic that inhibits protein synthesis. // Antimicrob Agents Chemother. —2010.

— Dec. — Vol. 54, no. 12. — Pp. 4961–70.219. Poehlsgaard J. [et al.] Visualizing the 16-membered ring macrolidestildipirosin and tilmicosin bound to their ribosomal site. // ACS Chem Biol. —2012. — Aug. — Vol. 7, no. 8. — Pp. 1351–5.220. GELLERT M., LIPSETT M. N., DAVIES D. R. Helix formation by guanylicacid // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United Statesof America. — 1962. — Dec. — Vol.

48. — Pp. 2013–2018.290221. Arnott S., Chandrasekaran R., Marttila C. M. Structures for polyinosinic acidand polyguanylic acid // The Biochemical journal. — 1974. — Aug. — Vol.141, no. 2. — Pp. 537–543.222. Zimmerman S. B. X-ray study by fiber diffraction methods of a self-aggregateof guanosine-5'-phosphate with the same helical parameters as poly(rG) //Journal of molecular biology. — 1976. — Sept.

Характеристики

Список файлов диссертации

Свежие статьи
Популярно сейчас
Почему делать на заказ в разы дороже, чем купить готовую учебную работу на СтудИзбе? Наши учебные работы продаются каждый год, тогда как большинство заказов выполняются с нуля. Найдите подходящий учебный материал на СтудИзбе!
Ответы на популярные вопросы
Да! Наши авторы собирают и выкладывают те работы, которые сдаются в Вашем учебном заведении ежегодно и уже проверены преподавателями.
Да! У нас любой человек может выложить любую учебную работу и зарабатывать на её продажах! Но каждый учебный материал публикуется только после тщательной проверки администрацией.
Вернём деньги! А если быть более точными, то автору даётся немного времени на исправление, а если не исправит или выйдет время, то вернём деньги в полном объёме!
Да! На равне с готовыми студенческими работами у нас продаются услуги. Цены на услуги видны сразу, то есть Вам нужно только указать параметры и сразу можно оплачивать.
Отзывы студентов
Ставлю 10/10
Все нравится, очень удобный сайт, помогает в учебе. Кроме этого, можно заработать самому, выставляя готовые учебные материалы на продажу здесь. Рейтинги и отзывы на преподавателей очень помогают сориентироваться в начале нового семестра. Спасибо за такую функцию. Ставлю максимальную оценку.
Лучшая платформа для успешной сдачи сессии
Познакомился со СтудИзбой благодаря своему другу, очень нравится интерфейс, количество доступных файлов, цена, в общем, все прекрасно. Даже сам продаю какие-то свои работы.
Студизба ван лав ❤
Очень офигенный сайт для студентов. Много полезных учебных материалов. Пользуюсь студизбой с октября 2021 года. Серьёзных нареканий нет. Хотелось бы, что бы ввели подписочную модель и сделали материалы дешевле 300 рублей в рамках подписки бесплатными.
Отличный сайт
Лично меня всё устраивает - и покупка, и продажа; и цены, и возможность предпросмотра куска файла, и обилие бесплатных файлов (в подборках по авторам, читай, ВУЗам и факультетам). Есть определённые баги, но всё решаемо, да и администраторы реагируют в течение суток.
Маленький отзыв о большом помощнике!
Студизба спасает в те моменты, когда сроки горят, а работ накопилось достаточно. Довольно удобный сайт с простой навигацией и огромным количеством материалов.
Студ. Изба как крупнейший сборник работ для студентов
Тут дофига бывает всего полезного. Печально, что бывают предметы по которым даже одного бесплатного решения нет, но это скорее вопрос к студентам. В остальном всё здорово.
Спасательный островок
Если уже не успеваешь разобраться или застрял на каком-то задание поможет тебе быстро и недорого решить твою проблему.
Всё и так отлично
Всё очень удобно. Особенно круто, что есть система бонусов и можно выводить остатки денег. Очень много качественных бесплатных файлов.
Отзыв о системе "Студизба"
Отличная платформа для распространения работ, востребованных студентами. Хорошо налаженная и качественная работа сайта, огромная база заданий и аудитория.
Отличный помощник
Отличный сайт с кучей полезных файлов, позволяющий найти много методичек / учебников / отзывов о вузах и преподователях.
Отлично помогает студентам в любой момент для решения трудных и незамедлительных задач
Хотелось бы больше конкретной информации о преподавателях. А так в принципе хороший сайт, всегда им пользуюсь и ни разу не было желания прекратить. Хороший сайт для помощи студентам, удобный и приятный интерфейс. Из недостатков можно выделить только отсутствия небольшого количества файлов.
Спасибо за шикарный сайт
Великолепный сайт на котором студент за не большие деньги может найти помощь с дз, проектами курсовыми, лабораторными, а также узнать отзывы на преподавателей и бесплатно скачать пособия.
Популярные преподаватели
Добавляйте материалы
и зарабатывайте!
Продажи идут автоматически
6476
Авторов
на СтудИзбе
304
Средний доход
с одного платного файла
Обучение Подробнее