Главная » Просмотр файлов » Конформационная динамика нуклеиновых кислот при взаимодействии с лигандами

Конформационная динамика нуклеиновых кислот при взаимодействии с лигандами (1098269), страница 42

Файл №1098269 Конформационная динамика нуклеиновых кислот при взаимодействии с лигандами (Конформационная динамика нуклеиновых кислот при взаимодействии с лигандами) 42 страницаКонформационная динамика нуклеиновых кислот при взаимодействии с лигандами (1098269) страница 422019-03-13СтудИзба
Просмтор этого файла доступен только зарегистрированным пользователям. Но у нас супер быстрая регистрация: достаточно только электронной почты!

Текст из файла (страница 42)

910–929.117. Stefl R. [et al.] Formation pathways of a guanine-quadruplex DNA revealed bymolecular dynamics and thermodynamic analysis of the substates. // BiophysJ. — 2003. — Sept. — Vol. 85, no. 3. — Pp. 1787–804.118. Dickerson R. [et al.] The effect of crystal packing on oligonucleotide doublehelix structure. // J Biomol Struct Dyn. — 1987. — Dec. — Vol. 5, no. 3. —Pp. 557–79.119. Jain S., Sundaralingam M. Effect of crystal packing environment on conformation of the DNA duplex. Molecular structure of the A-DNA octamer d(GT-G-T-A-C-A-C) in two crystal forms.

// J Biol Chem. — 1989. — Aug. —Vol. 264, no. 22. — Pp. 12780–4.120. Shakked Z. [et al.] The conformation of the DNA double helix in the crystalis dependent on its environment. // Nature. — 1989. — Nov. — Vol. 342, no.6248. — Pp. 456–60.121. Dieckmann T. [et al.] Solution structure of an ATP-binding RNA aptamer reveals a novel fold. // RNA. — 1996. — July. — Vol. 2, no. 7. — Pp. 628–40.278122. Ramos A., Varani G. Structure of the acceptor stem of Escherichia coli tRNAAla: role of the G3.U70 base pair in synthetase recognition. // Nucleic AcidsRes. — 1997. — June. — Vol. 25, no. 11. — Pp. 2083–90.123. Gueron M., Kochoyan M., Leroy J. A single mode of DNA base-pair openingdrives imino proton exchange. // Nature.

— 1987. — Apr. — Vol. 328, no.6125. — Pp. 89–92.124. Furse K., Corcelli S. Dynamical signature of abasic damage in DNA. // J AmChem Soc. — 2011. — Feb. — Vol. 133, no. 4. — Pp. 720–3.125. Dornberger U., Leijon M., Fritzsche H. High base pair opening rates in tractsof GC base pairs. // J Biol Chem. — 1999.

— Mar. — Vol. 274, no. 11. —Pp. 6957–62.126. Warmlander S. [et al.] The influence of the thymine C5 methyl group on spontaneous base pair breathing in DNA. // J Biol Chem. — 2002. — Aug. — Vol.277, no. 32. — Pp. 28491–7.127. Lane A. [et al.] Stability and kinetics of G-quadruplex structures. // NucleicAcids Res. — 2008. — Oct. — Vol. 36, no. 17.

— Pp. 5482–515.128. Tidor B. [et al.] Dynamics of DNA oligomers. // J Biomol Struct Dyn. —1983. — Oct. — Vol. 1, no. 1. — Pp. 231–52.129. Seibel G., Singh U., Kollman P. A molecular dynamics simulation of doublehelical B-DNA including counterions and water. // Proc Natl Acad Sci U SA. — 1985. — Oct. — Vol. 82, no. 19. — Pp. 6537–40.130. Chen A., Draper D., Pappu R. Molecular simulation studies of monovalent counterion-mediated interactions in a model RNA kissing loop. // J MolBiol.

— 2009. — July. — Vol. 390, no. 4. — Pp. 805–19.279131. Auffinger P., Hashem Y. Nucleic acid solvation: from outside to insight. // CurrOpin Struct Biol. — 2007. — June. — Vol. 17, no. 3. — Pp. 325–33.132. Ke A. [et al.] Structural roles of monovalent cations in the HDV ribozyme. //Structure. — 2007. — Mar. — Vol. 15, no. 3. — Pp. 281–7.133. Sponer J., Spacková N. Molecular dynamics simulations and their applicationto four-stranded DNA. // Methods. — 2007. — Dec. — Vol. 43, no. 4. —Pp. 278–90.134. Joung I., Cheatham T.

Determination of alkali and halide monovalent ionparameters for use in explicitly solvated biomolecular simulations. // J PhysChem B. — 2008. — July. — Vol. 112, no. 30. — Pp. 9020–41.135. Balasubramanian S., Neidle S. G-quadruplex nucleic acids as therapeutic targets. // Curr Opin Chem Biol. — 2009. — June. — Vol. 13, no. 3.

— Pp. 345–53.136. Neidle S. The structures of quadruplex nucleic acids and their drug complexes. // Curr Opin Struct Biol. — 2009. — June. — Vol. 19, no. 3. —Pp. 239–50.137. Alcaro S. The impact of the G-quadruplex conformation in the developmentof novel therapeutic and diagnostic agents. // Curr Pharm Des. — 2012Sen. —Vol. 18, no. 14. — Pp. 1865–6.138.

Bhattacharya S. [et al.] Symmetrical bisbenzimidazoles with benzenediylspacer: the role of the shape of the ligand on the stabilization and structuralalterations in telomeric G-quadruplex DNA and telomerase inhibition. // Bioconjug Chem. — 2010. — July. — Vol. 21, no. 7. — Pp. 1148–59.280139. Haider S., Autiero I., Neidle S.

Surface area accessibility and the preferredtopology of telomeric DNA quadruplex-ligand complexes. // Biochimie. —2011. — Aug. — Vol. 93, no. 8. — Pp. 1275–9.140. Sparapani S. [et al.] Rational design of acridine-based ligands with selectivityfor human telomeric quadruplexes. // J Am Chem Soc. — 2010. — Sept.

—Vol. 132, no. 35. — Pp. 12263–72.141. Ma D. [et al.] Molecular modeling of drug-DNA interactions: virtual screeningto structure-based design. // Biochimie. — 2011. — Aug. — Vol. 93, no. 8. —Pp. 1252–66.142. Trotta R. [et al.] A more detailed picture of the interactions between virtualscreening-derived hits and the DNA G-quadruplex: NMR, molecular modelling and ITC studies. // Biochimie.

— 2011. — Aug. — Vol. 93, no. 8. —Pp. 1280–7.143. Haider S., Neidle S. Molecular modeling and simulation of G-quadruplexesand quadruplex-ligand complexes. // Methods Mol Biol. — 2010None. — Vol.608, None. — Pp. 17–37.144. Han H. [et al.] Selective interactions of cationic porphyrins with G-quadruplexstructures. // J Am Chem Soc. — 2001. — Sept.

— Vol. 123, no. 37. —Pp. 8902–13.145. Arora A. [et al.] Binding of berberine to human telomeric quadruplex - spectroscopic, calorimetric and molecular modeling studies. // FEBS J. — 2008. —Aug. — Vol. 275, no. 15. — Pp. 3971–83.146. Li M. [et al.] Molecular dynamics studies of the 3D structure and planar ligandbinding of a quadruplex dimer. // J Mol Model. — 2011. — Mar.

— Vol. 17,no. 3. — Pp. 515–26.281147. Collie G. [et al.] A crystallographic and modelling study of a human telomericRNA (TERRA) quadruplex. // Nucleic Acids Res. — 2010. — Sept. — Vol.38, no. 16. — Pp. 5569–80.148. Hou J. [et al.] New insights into the structures of ligand-quadruplex complexesfrom molecular dynamics simulations. // J Phys Chem B. — 2010.

— Nov. —Vol. 114, no. 46. — Pp. 15301–10.149. Li M. [et al.] The 3D structures of G-quadruplexes of HIV-1 integrase inhibitors: molecular dynamics simulations in aqueous solution and in the gasphase. // J Mol Model. — 2010. — Apr. — Vol. 16, no. 4. — Pp. 645–57.150. Li M., Luo Q., Li Z. Molecular dynamics study on the interactions of porphyrinwith two antiparallel human telomeric quadruplexes.

// J Phys Chem B. —2010. — May. — Vol. 114, no. 18. — Pp. 6216–24.151. Agrawal S., Ojha R., Maiti S. Energetics of the human Tel-22 quadruplextelomestatin interaction: a molecular dynamics study. // J Phys Chem B. —2008. — June. — Vol. 112, no. 22. — Pp. 6828–36.152. Garner T. [et al.] Selectivity of small molecule ligands for parallel and antiparallel DNA G-quadruplex structures. // Org Biomol Chem. — 2009. —Oct. — Vol. 7, no. 20.

— Pp. 4194–200.153. Aixiao L. [et al.] Molecular modeling study of binding site selectivity of TQMPto G-quadruplex DNA. // Eur J Med Chem. — 2010. — Mar. — Vol. 45, no.3. — Pp. 983–91.154. Bazzicalupi C. [et al.] Modeling and biological investigations of an unusualbehavior of novel synthesized acridine-based polyamine ligands in the binding of double helix and G-quadruplex DNA. // ChemMedChem. — 2010. —Dec. — Vol. 5, no. 12. — Pp.

1995–2005.282155. Petraccone L. [et al.] The triazatruxene derivative azatrux binds to the parallelform of the human telomeric G-quadruplex under molecular crowding conditions: biophysical and molecular modeling studies. // Biochimie. — 2011. —Aug. — Vol. 93, no. 8. — Pp.

1318–27.156. Rao L. [et al.] Interactions of a platinum-modified perylene derivative withthe human telomeric G-quadruplex. // J Phys Chem B. — 2011. — Nov. —Vol. 115, no. 46. — Pp. 13701–12.157. Read M. [et al.] Molecular modeling studies on G-quadruplex complexesof telomerase inhibitors: structure-activity relationships. // J Med Chem. —1999.

— Nov. — Vol. 42, no. 22. — Pp. 4538–46.158. Murat P., Singh Y., Defrancq E. Methods for investigating G-quadruplexDNA/ligand interactions. // Chem Soc Rev. — 2011. — Nov. — Vol. 40, no.11. — Pp. 5293–307.159. Xu Y., Komiyama M. Structure, function and targeting of human telomereRNA. // Methods. — 2012. — May. — Vol. 57, no. 1. — Pp. 100–5.160. Li J. [et al.] Identification of nonplanar small molecule for G-quadruplexgrooves: molecular docking and molecular dynamic study. // Bioorg MedChem Lett.

— 2011. — Dec. — Vol. 21, no. 23. — Pp. 6969–72.161. Ibrahim M. Molecular mechanical study of halogen bonding in drug discovery. // J Comput Chem. — 2011. — Sept. — Vol. 32, no. 12. — Pp. 2564–74.162. Rendine S. [et al.] Halogen bonding in ligand-receptor systems in the framework of classical force fields. // Phys Chem Chem Phys. — 2011. — Nov.

—Vol. 13, no. 43. — Pp. 19508–16.283163. Bayly C. I. [et al.] A well-behaved electrostatic potential based method usingcharge restraints for deriving atomic charges: the RESP model // The Journalof Physical Chemistry. — 1993. — Vol. 97, no. 40. — Pp. 10269–10280. —eprint: http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/j100142a004.164. Dupradeau F. [et al.] R.E.DD.B.: a database for RESP and ESP atomiccharges, and force field libraries.

Характеристики

Список файлов диссертации

Свежие статьи
Популярно сейчас
Зачем заказывать выполнение своего задания, если оно уже было выполнено много много раз? Его можно просто купить или даже скачать бесплатно на СтудИзбе. Найдите нужный учебный материал у нас!
Ответы на популярные вопросы
Да! Наши авторы собирают и выкладывают те работы, которые сдаются в Вашем учебном заведении ежегодно и уже проверены преподавателями.
Да! У нас любой человек может выложить любую учебную работу и зарабатывать на её продажах! Но каждый учебный материал публикуется только после тщательной проверки администрацией.
Вернём деньги! А если быть более точными, то автору даётся немного времени на исправление, а если не исправит или выйдет время, то вернём деньги в полном объёме!
Да! На равне с готовыми студенческими работами у нас продаются услуги. Цены на услуги видны сразу, то есть Вам нужно только указать параметры и сразу можно оплачивать.
Отзывы студентов
Ставлю 10/10
Все нравится, очень удобный сайт, помогает в учебе. Кроме этого, можно заработать самому, выставляя готовые учебные материалы на продажу здесь. Рейтинги и отзывы на преподавателей очень помогают сориентироваться в начале нового семестра. Спасибо за такую функцию. Ставлю максимальную оценку.
Лучшая платформа для успешной сдачи сессии
Познакомился со СтудИзбой благодаря своему другу, очень нравится интерфейс, количество доступных файлов, цена, в общем, все прекрасно. Даже сам продаю какие-то свои работы.
Студизба ван лав ❤
Очень офигенный сайт для студентов. Много полезных учебных материалов. Пользуюсь студизбой с октября 2021 года. Серьёзных нареканий нет. Хотелось бы, что бы ввели подписочную модель и сделали материалы дешевле 300 рублей в рамках подписки бесплатными.
Отличный сайт
Лично меня всё устраивает - и покупка, и продажа; и цены, и возможность предпросмотра куска файла, и обилие бесплатных файлов (в подборках по авторам, читай, ВУЗам и факультетам). Есть определённые баги, но всё решаемо, да и администраторы реагируют в течение суток.
Маленький отзыв о большом помощнике!
Студизба спасает в те моменты, когда сроки горят, а работ накопилось достаточно. Довольно удобный сайт с простой навигацией и огромным количеством материалов.
Студ. Изба как крупнейший сборник работ для студентов
Тут дофига бывает всего полезного. Печально, что бывают предметы по которым даже одного бесплатного решения нет, но это скорее вопрос к студентам. В остальном всё здорово.
Спасательный островок
Если уже не успеваешь разобраться или застрял на каком-то задание поможет тебе быстро и недорого решить твою проблему.
Всё и так отлично
Всё очень удобно. Особенно круто, что есть система бонусов и можно выводить остатки денег. Очень много качественных бесплатных файлов.
Отзыв о системе "Студизба"
Отличная платформа для распространения работ, востребованных студентами. Хорошо налаженная и качественная работа сайта, огромная база заданий и аудитория.
Отличный помощник
Отличный сайт с кучей полезных файлов, позволяющий найти много методичек / учебников / отзывов о вузах и преподователях.
Отлично помогает студентам в любой момент для решения трудных и незамедлительных задач
Хотелось бы больше конкретной информации о преподавателях. А так в принципе хороший сайт, всегда им пользуюсь и ни разу не было желания прекратить. Хороший сайт для помощи студентам, удобный и приятный интерфейс. Из недостатков можно выделить только отсутствия небольшого количества файлов.
Спасибо за шикарный сайт
Великолепный сайт на котором студент за не большие деньги может найти помощь с дз, проектами курсовыми, лабораторными, а также узнать отзывы на преподавателей и бесплатно скачать пособия.
Популярные преподаватели
Добавляйте материалы
и зарабатывайте!
Продажи идут автоматически
6439
Авторов
на СтудИзбе
306
Средний доход
с одного платного файла
Обучение Подробнее