Главная » Просмотр файлов » Конформационная динамика нуклеиновых кислот при взаимодействии с лигандами

Конформационная динамика нуклеиновых кислот при взаимодействии с лигандами (1098269), страница 40

Файл №1098269 Конформационная динамика нуклеиновых кислот при взаимодействии с лигандами (Конформационная динамика нуклеиновых кислот при взаимодействии с лигандами) 40 страницаКонформационная динамика нуклеиновых кислот при взаимодействии с лигандами (1098269) страница 402019-03-13СтудИзба
Просмтор этого файла доступен только зарегистрированным пользователям. Но у нас супер быстрая регистрация: достаточно только электронной почты!

Текст из файла (страница 40)

— 2010. — Dec. — Vol. 114, no. 48. — Pp. 15723–41.21. Zirbel C. [et al.] Classification and energetics of the base-phosphate interactions in RNA. // Nucleic Acids Res. — 2009. — Aug. — Vol. 37, no. 15. —Pp. 4898–918.22. Noller H. RNA structure: reading the ribosome.

// Science. — 2005. —Sept. — Vol. 309, no. 5740. — Pp. 1508–14.26523. Dickerson R. DNA bending: the prevalence of kinkiness and the virtues of normality. // Nucleic Acids Res. — 1998. — Apr. — Vol. 26, no. 8. — Pp. 1906–26.24. El Hassan M., Calladine C. Two distinct modes of protein-induced bendingin DNA.

// J Mol Biol. — 1998. — Sept. — Vol. 282, no. 2. — Pp. 331–43.25. Olson W. [et al.] DNA sequence-dependent deformability deduced fromprotein-DNA crystal complexes. // Proc Natl Acad Sci U S A. — 1998. —Sept. — Vol. 95, no. 19. — Pp. 11163–8.26. Srinivasan A., Olson W. Nucleic acid model building: the multiple backbonesolutions associated with a given base morphology. // J Biomol Struct Dyn. —1987. — June. — Vol. 4, no.

6. — Pp. 895–938.27. Suzuki M. [et al.] Use of a 3D structure data base for understanding sequencedependent conformational aspects of DNA. // J Mol Biol. — 1997. — Dec. —Vol. 274, no. 3. — Pp. 421–35.28. Olson W. [et al.] A standard reference frame for the description of nucleic acidbase-pair geometry. // J Mol Biol. — 2001. — Oct. — Vol. 313, no.

1. —Pp. 229–37.29. Lu X., Olson W. 3DNA: a software package for the analysis, rebuilding andvisualization of three-dimensional nucleic acid structures. // Nucleic AcidsRes. — 2003. — Sept. — Vol. 31, no. 17. — Pp. 5108–21.30. Sponer J., Leszczynski J., Hobza P. Electronic properties, hydrogen bonding,stacking, and cation binding of DNA and RNA bases. // Biopolymers. —2002. — Aug. — Vol. 61, no. 1. — Pp. 3–31.26631. Pérez A. [et al.] Refinement of the AMBER force field for nucleic acids: improving the description of alpha/gamma conformers. // Biophys J. — 2007. —June. — Vol.

92, no. 11. — Pp. 3817–29.32. Fürtig B. [et al.] NMR spectroscopy of RNA. // Chembiochem. — 2003. —Oct. — Vol. 4, no. 10. — Pp. 936–62.33. Sponer J., Kypr J. Relationships among rise, cup, roll and stagger in DNAsuggested by empirical potential studies of base stacking. // J Biomol StructDyn. — 1993. — Aug. — Vol. 11, no. 1. — Pp. 27–41.34. Neidle S. Principles of Nucleic Acid Structure. — Elsevier Science, 2010.35.

Altona C., Sundaralingam M. Conformational analysis of the sugar ring in nucleosides and nucleotides. A new description using the concept of pseudorotation. // J Am Chem Soc. — 1972. — Nov. — Vol. 94, no. 23. — Pp. 8205–12.36. Privé G., Yanagi K., Dickerson R. Structure of the B-DNA decamer C-C-AA-C-G-T-T-G-G and comparison with isomorphous decamers C-C-A-A-G-AT-T-G-G and C-C-A-G-G-C-C-T-G-G. // J Mol Biol.

— 1991. — Jan. — Vol.217, no. 1. — Pp. 177–99.37. Svozil D. [et al.] DNA conformations and their sequence preferences. // Nucleic Acids Res. — 2008. — June. — Vol. 36, no. 11. — Pp. 3690–706.38. Schneider B., Neidle S., Berman H. Conformations of the sugar-phosphatebackbone in helical DNA crystal structures. // Biopolymers. — 1997. —July. — Vol. 42, no. 1. — Pp. 113–24.39. Várnai P. [et al.] Alpha/gamma transitions in the B-DNA backbone. // NucleicAcids Res. — 2002. — Dec. — Vol. 30, no. 24. — Pp. 5398–406.26740. Krepl M.

[et al.] Reference simulations of noncanonical nucleic acids withdifferent variants of the AMBER force field: quadruplex DNA, quadruplexRNA and Z-DNA. // J Chem Theory Comput. — 2012. — July. — Vol. 8,no. 7. — Pp. 2506–2520.41. Jones S. [et al.] Protein-DNA interactions: A structural analysis. // J MolBiol. — 1999. — Apr. — Vol. 287, no. 5. — Pp. 877–96.42.

Lu X., Shakked Z., Olson W. A-form conformational motifs in ligand-boundDNA structures. // J Mol Biol. — 2000. — July. — Vol. 300, no. 4. — Pp. 819–40.43. Matthews B. Protein-DNA interaction. No code for recognition. // Nature. —1988. — Sept. — Vol. 335, no. 6188. — Pp. 294–5.44. Pabo C., Nekludova L. Geometric analysis and comparison of protein-DNA interfaces: why is there no simple code for recognition? // J Mol Biol. — 2000.

—Aug. — Vol. 301, no. 3. — Pp. 597–624.45. Rohs R. [et al.] Nuance in the double-helix and its role in protein-DNA recognition. // Curr Opin Struct Biol. — 2009. — Apr. — Vol. 19, no. 2. — Pp. 171–7.46. Richardson J. [et al.] RNA backbone: consensus all-angle conformers andmodular string nomenclature (an RNA Ontology Consortium contribution). //RNA. — 2008. — Mar. — Vol.

14, no. 3. — Pp. 465–81.47. Murray L. [et al.] RNA backbone is rotameric. // Proc Natl Acad Sci U S A. —2003. — Nov. — Vol. 100, no. 24. — Pp. 13904–9.48. Schneider B., Morávek Z., Berman H. RNA conformational classes. // NucleicAcids Res. — 2004. — June. — Vol. 32, no. 5. — Pp.

1666–77.26849. Duarte C., Pyle A. Stepping through an RNA structure: A novel approach toconformational analysis. // J Mol Biol. — 1998. — Dec. — Vol. 284, no. 5. —Pp. 1465–78.50. Hershkovitz E. [et al.] Automated identification of RNA conformational motifs: theory and application to the HM LSU 23S rRNA. // Nucleic Acids Res. —2003. — Nov. — Vol. 31, no. 21. — Pp.

6249–57.51. Le Faucheur X. [et al.] Nonparametric clustering for studying RNA conformations. // IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform. — 2013. — June. —Vol. 8, no. 6. — Pp. 1604–19.52. Hershkovitz E. [et al.] Statistical analysis of RNA backbone. // IEEE/ACMTrans Comput Biol Bioinform. — 2006. — Nov.

— Vol. 3, no. 1. — Pp. 33–46.53. Banás P. [et al.] Theoretical studies of RNA catalysis: hybrid QM/MM methods and their comparison with MD and QM. // Methods. — 2009. — Oct. —Vol. 49, no. 2. — Pp. 202–16.54. Lavery R. [et al.] A systematic molecular dynamics study of nearest-neighboreffects on base pair and base pair step conformations and fluctuations in BDNA. // Nucleic Acids Res. — 2010.

— Jan. — Vol. 38, no. 1. — Pp. 299–313.55. Vokacova Z. [et al.] Structure and dynamics of the ApA, ApC, CpA, and CpCRNA dinucleoside monophosphates resolved with NMR scalar spin-spin couplings. // J Phys Chem B. — 2009. — Jan. — Vol. 113, no. 4. — Pp. 1182–91.56.

Beveridge D. [et al.] Molecular dynamics simulations of the 136 uniquetetranucleotide sequences of DNA oligonucleotides. I. Research design and269results on d(CpG) steps. // Biophys J. — 2004. — Dec. — Vol. 87, no. 6. —Pp. 3799–813.57. Mlídek A. [et al.] Conformational Energies of DNA Sugar−Phosphate Backbone: Reference QM Calculations and a Comparison with Density FunctionalTheory and Molecular Mechanics // Journal of Chemical Theory and Computation. — 2010.

— Vol. 6, no. 12. — Pp. 3817–3835. — eprint: http ://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/ct1004593.58. Sychrovský V. [et al.] Calculation of structural behavior of indirect NMR spinspin couplings in the backbone of nucleic acids. // J Phys Chem B. — 2006. —Nov. — Vol. 110, no. 45. — Pp. 22894–902.59. Krasovska M. [et al.] Cations and hydration in catalytic RNA: molecular dynamics of the hepatitis delta virus ribozyme. // Biophys J. — 2006. — July. —Vol. 91, no. 2. — Pp. 626–38.60.

Denning E., MacKerell A. Intrinsic contribution of the 2'-hydroxyl to RNAconformational heterogeneity. // J Am Chem Soc. — 2012. — Feb. — Vol.134, no. 5. — Pp. 2800–6.61. Cheatham T., Cieplak P., Kollman P. A modified version of the Cornell et al.force field with improved sugar pucker phases and helical repeat. // J BiomolStruct Dyn.

— 1999. — Feb. — Vol. 16, no. 4. — Pp. 845–62.62. Hart K. [et al.] Optimization of the CHARMM additive force field for DNA:Improved treatment of the BI/BII conformational equilibrium. // J Chem Theory Comput. — 2012. — Jan. — Vol. 8, no. 1. — Pp. 348–362.63. Mlýnský V.

[et al.] Extensive molecular dynamics simulations showing thatcanonical G8 and protonated A38H+ forms are most consistent with crystal270structures of hairpin ribozyme. // J Phys Chem B. — 2010. — May. — Vol.114, no. 19. — Pp. 6642–52.64. Zgarbova M. [et al.] Refinement of the Cornell et al. Nucleic Acids Force FieldBased on Reference Quantum Chemical Calculations of Glycosidic TorsionProfiles. // J Chem Theory Comput. — 2011. — Sept. — Vol. 7, no.

9. —Pp. 2886–2902.65. Jurecka P. [et al.] Density functional theory augmented with an empiricaldispersion term. Interaction energies and geometries of 80 noncovalent complexes compared with ab initio quantum mechanics calculations. // J ComputChem. — 2007. — Jan.

— Vol. 28, no. 2. — Pp. 555–69.66. Zgarboví M. [et al.] A Novel Approach for Deriving Force Field Torsion Angle Parameters Accounting for Conformation-Dependent Solvation Effects //Journal of Chemical Theory and Computation. — 2012. — Vol. 8, no. 9. —Pp. 3232–3242. — eprint: http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/ct3001987.67. Wolfe-Simon F. [et al.] A bacterium that can grow by using arsenic instead ofphosphorus. // Science.

— 2011. — June. — Vol. 332, no. 6034. — Pp. 1163–6.68. Mlídek A. [et al.] On the Geometry and Electronic Structure of the As-DNABackbone // The Journal of Physical Chemistry Letters. — 2011. — Vol. 2,no. 5. — Pp. 389–392. — eprint: http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/jz200015n.69. Denning E., Mackerell A. Impact of arsenic/phosphorus substitution on theintrinsic conformational properties of the phosphodiester backbone of DNA271investigated using ab initio quantum mechanical calculations. // J Am ChemSoc. — 2011.

— Apr. — Vol. 133, no. 15. — Pp. 5770–2.70. Long J. W., Ray W. J. Kinetics and thermodynamics of the formation of glucose arsenate. Reaction of glucose arsenate with phosphoglucomutase // Biochemistry. — 1973. — Vol. 12, no. 20. — Pp. 3932–3937. — eprint: http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/bi00744a023.71. Baer C. D., Edwards J. O., Rieger P. H. Kinetics of the hydrolysis of arsenate(V) triesters // Inorganic Chemistry.

— 1981. — Vol. 20, no. 3. — Pp. 905–907. — eprint: http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/ic50217a052.72. Baer C. D. [et al.] Kinetics of an associative ligand-exchange process: alcohol exchange with arsenate(V) triesters // Journal of the American ChemicalSociety. — 1980. — Vol. 102, no. 18. — Pp. 5793–5798. — eprint: http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/ja00538a016.73. Reaves M. [et al.] Absence of detectable arsenate in DNA from arsenate-grownGFAJ-1 cells. // Science. — 2012. — July. — Vol. 337, no. 6093.

Характеристики

Список файлов диссертации

Свежие статьи
Популярно сейчас
Зачем заказывать выполнение своего задания, если оно уже было выполнено много много раз? Его можно просто купить или даже скачать бесплатно на СтудИзбе. Найдите нужный учебный материал у нас!
Ответы на популярные вопросы
Да! Наши авторы собирают и выкладывают те работы, которые сдаются в Вашем учебном заведении ежегодно и уже проверены преподавателями.
Да! У нас любой человек может выложить любую учебную работу и зарабатывать на её продажах! Но каждый учебный материал публикуется только после тщательной проверки администрацией.
Вернём деньги! А если быть более точными, то автору даётся немного времени на исправление, а если не исправит или выйдет время, то вернём деньги в полном объёме!
Да! На равне с готовыми студенческими работами у нас продаются услуги. Цены на услуги видны сразу, то есть Вам нужно только указать параметры и сразу можно оплачивать.
Отзывы студентов
Ставлю 10/10
Все нравится, очень удобный сайт, помогает в учебе. Кроме этого, можно заработать самому, выставляя готовые учебные материалы на продажу здесь. Рейтинги и отзывы на преподавателей очень помогают сориентироваться в начале нового семестра. Спасибо за такую функцию. Ставлю максимальную оценку.
Лучшая платформа для успешной сдачи сессии
Познакомился со СтудИзбой благодаря своему другу, очень нравится интерфейс, количество доступных файлов, цена, в общем, все прекрасно. Даже сам продаю какие-то свои работы.
Студизба ван лав ❤
Очень офигенный сайт для студентов. Много полезных учебных материалов. Пользуюсь студизбой с октября 2021 года. Серьёзных нареканий нет. Хотелось бы, что бы ввели подписочную модель и сделали материалы дешевле 300 рублей в рамках подписки бесплатными.
Отличный сайт
Лично меня всё устраивает - и покупка, и продажа; и цены, и возможность предпросмотра куска файла, и обилие бесплатных файлов (в подборках по авторам, читай, ВУЗам и факультетам). Есть определённые баги, но всё решаемо, да и администраторы реагируют в течение суток.
Маленький отзыв о большом помощнике!
Студизба спасает в те моменты, когда сроки горят, а работ накопилось достаточно. Довольно удобный сайт с простой навигацией и огромным количеством материалов.
Студ. Изба как крупнейший сборник работ для студентов
Тут дофига бывает всего полезного. Печально, что бывают предметы по которым даже одного бесплатного решения нет, но это скорее вопрос к студентам. В остальном всё здорово.
Спасательный островок
Если уже не успеваешь разобраться или застрял на каком-то задание поможет тебе быстро и недорого решить твою проблему.
Всё и так отлично
Всё очень удобно. Особенно круто, что есть система бонусов и можно выводить остатки денег. Очень много качественных бесплатных файлов.
Отзыв о системе "Студизба"
Отличная платформа для распространения работ, востребованных студентами. Хорошо налаженная и качественная работа сайта, огромная база заданий и аудитория.
Отличный помощник
Отличный сайт с кучей полезных файлов, позволяющий найти много методичек / учебников / отзывов о вузах и преподователях.
Отлично помогает студентам в любой момент для решения трудных и незамедлительных задач
Хотелось бы больше конкретной информации о преподавателях. А так в принципе хороший сайт, всегда им пользуюсь и ни разу не было желания прекратить. Хороший сайт для помощи студентам, удобный и приятный интерфейс. Из недостатков можно выделить только отсутствия небольшого количества файлов.
Спасибо за шикарный сайт
Великолепный сайт на котором студент за не большие деньги может найти помощь с дз, проектами курсовыми, лабораторными, а также узнать отзывы на преподавателей и бесплатно скачать пособия.
Популярные преподаватели
Добавляйте материалы
и зарабатывайте!
Продажи идут автоматически
6451
Авторов
на СтудИзбе
305
Средний доход
с одного платного файла
Обучение Подробнее