Главная » Просмотр файлов » Конформационная динамика нуклеиновых кислот при взаимодействии с лигандами

Конформационная динамика нуклеиновых кислот при взаимодействии с лигандами (1098269), страница 47

Файл №1098269 Конформационная динамика нуклеиновых кислот при взаимодействии с лигандами (Конформационная динамика нуклеиновых кислот при взаимодействии с лигандами) 47 страницаКонформационная динамика нуклеиновых кислот при взаимодействии с лигандами (1098269) страница 472019-03-13СтудИзба
Просмтор этого файла доступен только зарегистрированным пользователям. Но у нас супер быстрая регистрация: достаточно только электронной почты!

Текст из файла (страница 47)

—2009. — Feb. — Vol. 37, no. 3. — Pp. 972–82.371. Vairamani M., Gross M. L. G-Quadruplex Formation of Thrombin-BindingAptamer Detected by Electrospray Ionization Mass Spectrometry // Journalof the American Chemical Society. — 2003. — Vol. 125, no. 1. — Pp. 42–43. — eprint: http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/ja0284299.372. Turjanski A., Hummer G., Gutkind J. How mitogen-activated protein kinasesrecognize and phosphorylate their targets: A QM/MM study. // J Am ChemSoc. — 2009.

— May. — Vol. 131, no. 17. — Pp. 6141–8.373. Kankia B., Marky L. Folding of the thrombin aptamer into a G-quadruplexwith Sr(2+): stability, heat, and hydration. // J Am Chem Soc. — 2001. —Nov. — Vol. 123, no. 44. — Pp. 10799–804.374. Nagatoishi S., Tanaka Y., Tsumoto K. Circular dichroism spectra demonstrate formation of the thrombin-binding DNA aptamer G-quadruplex understabilizing-cation-deficient conditions. // Biochem Biophys Res Commun. —2007.

— Jan. — Vol. 352, no. 3. — Pp. 812–7.375. Stadlbauer P. [et al.] Structural dynamics of possible late-stage intermediatesin folding of quadruplex DNA studied by molecular simulations. // NucleicAcids Res. — 2013. — Aug. — Vol. 41, no. 14. — Pp. 7128–43.311376. Dolinnaya N. [et al.] Coexistence of G-quadruplex and duplex domains withinthe secondary structure of 31-mer DNA thrombin-binding aptamer. // J BiomolStruct Dyn. — 2012. — June. — Vol.

30, no. 5. — Pp. 524–31.377. Ikebukuro K. [et al.] Novel strategy for DNA aptamers inhibiting enzymaticactivity using algorithm mimicking evolution. // Nucleic Acids Res Suppl. —2003. — July. — No. 3. — Pp. 205–6.378. Yarotski D. [et al.] Scanning tunneling microscopy of DNA-wrapped carbonnanotubes.

// Nano Lett. — 2009. — Jan. — Vol. 9, no. 1. — Pp. 12–7.379. Alexeev Y. [et al.] GAMESS as a free quantum-mechanical platform for drugresearch. // Curr Top Med Chem. — 2012None. — Vol. 12, no. 18. —Pp. 2013–33.380. Dupradeau F. [et al.] The R.E.D. tools: advances in RESP and ESP chargederivation and force field library building. // Phys Chem Chem Phys.

—2010. — July. — Vol. 12, no. 28. — Pp. 7821–39.381. Weber J., Pande V. Characterization and rapid sampling of protein foldingMarkov state model topologies. // J Chem Theory Comput. — 2011. — Oct. —Vol. 7, no. 10. — Pp. 3405–3411.382. Schwantes C., Pande V. Improvements in Markov State Model ConstructionReveal Many Non-Native Interactions in the Folding of NTL9. // J Chem Theory Comput. — 2013. — Apr. — Vol. 9, no.

4. — Pp. 2000–2009.383. Sorin E. J. [et al.] RNA simulations: probing hairpin unfolding and the dynamics of a GNRA tetraloop // J. Mol. Biol. — 2002. — Apr. — Vol. 317,no. 4. — Pp. 493–506.312384. Kannan S., Zacharias M. Folding of a DNA hairpin loop structure in explicitsolvent using replica-exchange molecular dynamics simulations // Biophys.J.

— 2007. — Nov. — Vol. 93, no. 9. — Pp. 3218–3228.385. Kannan S., Zacharias M. Role of the closing base pair for d(GCA) hairpinstability: free energy analysis and folding simulations // Nucleic Acids Res. —2011. — Oct. — Vol. 39, no. 19. — Pp. 8271–8280.386. Kannan S., Zacharias M. Simulation of DNA double-strand dissociation andformation during replica-exchange molecular dynamics simulations // PhysChem Chem Phys. — 2009.

— Dec. — Vol. 11, no. 45. — Pp. 10589–10595.387. Roxbury D., Jagota A., Mittal J. Structural characteristics of oligomeric DNAstrands adsorbed onto single-walled carbon nanotubes // J Phys Chem B. —2013. — Jan. — Vol. 117, no. 1. — Pp. 132–140.388. Roxbury D., Mittal J., Jagota A. Molecular-basis of single-walled carbon nanotube recognition by single-stranded DNA // Nano Lett. — 2012. — Mar. —Vol. 12, no.

3. — Pp. 1464–1469.389. Roxbury D., Jagota A., Mittal J. Sequence-specific self-stitching motif of shortsingle-stranded DNA on a single-walled carbon nanotube // J. Am. Chem.Soc. — 2011. — Aug. — Vol. 133, no. 34. — Pp. 13545–13550.390. Curuksu J., Zacharias M. Enhanced conformational sampling of nucleic acidsby a new Hamiltonian replica exchange molecular dynamics approach // JChem Phys. — 2009.

— Mar. — Vol. 130, no. 10. — P. 104110.391. Hagen M. [et al.] Serial replica exchange // J Phys Chem B. — 2007. — Feb. —Vol. 111, no. 6. — Pp. 1416–1423.313392. Zhou L. [et al.] Precise determination, cross-recognition, and functional analysis of the double-strand origins of the rolling-circle replication plasmids inhaloarchaea // J. Bacteriol. — 2008. — Aug. — Vol. 190, no. 16. — Pp. 5710–5719.393. Ruiz-Maso J. A. [et al.] Interactions between the RepB initiator protein of plasmid pMV158 and two distant DNA regions within the origin of replication //Nucleic Acids Res.

— 2007. — Vol. 35, no. 4. — Pp. 1230–1244.394. Jaishree T. N., Wang A. H. Human chromosomal centromere (AATGG)nsequence forms stable structures with unusual base pairs // FEBS Lett. —1994. — June. — Vol. 347, no. 1. — Pp. 99–103.395. Chou S. H., Zhu L., Reid B. R. On the relative ability of centromeric GNAtriplets to form hairpins versus self-paired duplexes // J. Mol. Biol. — 1996. —June.

— Vol. 259, no. 3. — Pp. 445–457.396. Naville M., Gautheret D. Transcription attenuation in bacteria: theme and variations // Brief Funct Genomic Proteomic. — 2009. — Nov. — Vol. 8, no. 6. —Pp. 482–492.397. Smith A. M. [et al.] Riboswitch RNAs: regulation of gene expression by directmonitoring of a physiological signal // RNA Biol. — 2010.

— Vol. 7, no. 1. —Pp. 104–110.398. Mitas M. Trinucleotide repeats associated with human disease // Nucleic AcidsRes. — 1997. — June. — Vol. 25, no. 12. — Pp. 2245–2254.399. Talini G., Branciamore S., Gallori E. Ribozymes: Flexible molecular devicesat work // Biochimie. — 2011.

— Nov. — Vol. 93, no. 11. — Pp. 1998–2005.314400. Yoshizawa S. [et al.] GNA trinucleotide loop sequences producing extraordinarily stable DNA minihairpins // Biochemistry. — 1997. — Apr. — Vol. 36,no. 16. — Pp. 4761–4767.401. Beauchamp K. A. [et al.] MSMBuilder2: Modeling Conformational Dynamicsat the Picosecond to Millisecond Scale // J Chem Theory Comput.

— 2011. —Oct. — Vol. 7, no. 10. — Pp. 3412–3419.402. Ma H. [et al.] DNA folding and melting observed in real time redefine theenergy landscape // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. — 2007. — Jan. — Vol.104, no. 3. — Pp. 712–716.403. Hess B. [et al.] GROMACS 4: Algorithms for Highly Efficient, LoadBalanced, and Scalable Molecular Simulation // Journal of Chemical Theoryand Computation. — 2008. — Mar. — Vol.

4, no. 3. — Pp. 435–447.404. Sorin E. J., Pande V. S. Exploring the helix-coil transition via all-atom equilibrium ensemble simulations // Biophysical journal. — 2005. — Apr. — Vol.88, no. 4. — Pp. 2472–2493.405. Van Der Spoel D. [et al.] GROMACS: fast, flexible, and free // Journal ofcomputational chemistry. — 2005. — Dec. — Vol. 26, no. 16. — Pp. 1701–1718.406.

Hornak V. [et al.] Comparison of multiple Amber force fields and developmentof improved protein backbone parameters // Proteins. — 2006. — Nov. — Vol.65, no. 3. — Pp. 712–725.407. Bussi G., Donadio D., Parrinello M. Canonical sampling through velocityrescaling // The Journal of Chemical Physics.

— 2007. — Vol. 126, no. 1. —P. 014101.315408. Berendsen H. J. C. [et al.] Molecular dynamics with coupling to an externalbath // The Journal of Chemical Physics. — 1984. — Vol. 81, no. 8. — P. 3684.409. Darden T., York D., Pedersen L. Particle mesh Ewald: An N log(N) method forEwald sums in large systems // The Journal of Chemical Physics. — 1993. —Vol. 98, no. 12. — P. 10089.410.

Jorgensen W. L. [et al.] Comparison of simple potential functions for simulating liquid water // The Journal of Chemical Physics. — 1983. — Vol. 79,no. 2. — P. 926.411. Tsvetkov F., Devred F., Makarov A. [Thermodynamics of zinc binding to human S100A2]. // Mol Biol (Mosk). — NoneNone. — Vol. 44, no. 5. —Pp. 938–42.412. Lee W.

[et al.] PINE-SPARKY: graphical interface for evaluating automatedprobabilistic peak assignments in protein NMR spectroscopy. // Bioinformatics. — 2009. — Aug. — Vol. 25, no. 16. — Pp. 2085–7.413. Markley J. [et al.] BioMagResBank (BMRB) as a partner in the WorldwideProtein Data Bank (wwPDB): new policies affecting biomolecular NMR depositions. // J Biomol NMR. — 2008.

— Mar. — Vol. 40, no. 3. — Pp. 153–5.414. Brnger A. T. [et al.] Crystallography & NMR system: A new software suitefor macromolecular structure determination // Acta Crystallographica SectionD. — 1998. — Sept. — Vol. 54, no. 5. — Pp. 905–921.415. Yang Z. [et al.] Amino acid analogues bind to carbon nanotube via interactions:comparison of molecular mechanical and quantum mechanical calculations. //J Chem Phys. — 2012.

— Jan. — Vol. 136, no. 2. — P. 025103.316416. Vega C., Abascal J., Nezbeda I. Vapor-liquid equilibria from the triple point upto the critical point for the new generation of TIP4P-like models: TIP4P/Ew,TIP4P/2005, and TIP4P/ice. // J Chem Phys. — 2006. — July. — Vol. 125,no. 3. — P. 34503.317.

Характеристики

Список файлов диссертации

Свежие статьи
Популярно сейчас
Почему делать на заказ в разы дороже, чем купить готовую учебную работу на СтудИзбе? Наши учебные работы продаются каждый год, тогда как большинство заказов выполняются с нуля. Найдите подходящий учебный материал на СтудИзбе!
Ответы на популярные вопросы
Да! Наши авторы собирают и выкладывают те работы, которые сдаются в Вашем учебном заведении ежегодно и уже проверены преподавателями.
Да! У нас любой человек может выложить любую учебную работу и зарабатывать на её продажах! Но каждый учебный материал публикуется только после тщательной проверки администрацией.
Вернём деньги! А если быть более точными, то автору даётся немного времени на исправление, а если не исправит или выйдет время, то вернём деньги в полном объёме!
Да! На равне с готовыми студенческими работами у нас продаются услуги. Цены на услуги видны сразу, то есть Вам нужно только указать параметры и сразу можно оплачивать.
Отзывы студентов
Ставлю 10/10
Все нравится, очень удобный сайт, помогает в учебе. Кроме этого, можно заработать самому, выставляя готовые учебные материалы на продажу здесь. Рейтинги и отзывы на преподавателей очень помогают сориентироваться в начале нового семестра. Спасибо за такую функцию. Ставлю максимальную оценку.
Лучшая платформа для успешной сдачи сессии
Познакомился со СтудИзбой благодаря своему другу, очень нравится интерфейс, количество доступных файлов, цена, в общем, все прекрасно. Даже сам продаю какие-то свои работы.
Студизба ван лав ❤
Очень офигенный сайт для студентов. Много полезных учебных материалов. Пользуюсь студизбой с октября 2021 года. Серьёзных нареканий нет. Хотелось бы, что бы ввели подписочную модель и сделали материалы дешевле 300 рублей в рамках подписки бесплатными.
Отличный сайт
Лично меня всё устраивает - и покупка, и продажа; и цены, и возможность предпросмотра куска файла, и обилие бесплатных файлов (в подборках по авторам, читай, ВУЗам и факультетам). Есть определённые баги, но всё решаемо, да и администраторы реагируют в течение суток.
Маленький отзыв о большом помощнике!
Студизба спасает в те моменты, когда сроки горят, а работ накопилось достаточно. Довольно удобный сайт с простой навигацией и огромным количеством материалов.
Студ. Изба как крупнейший сборник работ для студентов
Тут дофига бывает всего полезного. Печально, что бывают предметы по которым даже одного бесплатного решения нет, но это скорее вопрос к студентам. В остальном всё здорово.
Спасательный островок
Если уже не успеваешь разобраться или застрял на каком-то задание поможет тебе быстро и недорого решить твою проблему.
Всё и так отлично
Всё очень удобно. Особенно круто, что есть система бонусов и можно выводить остатки денег. Очень много качественных бесплатных файлов.
Отзыв о системе "Студизба"
Отличная платформа для распространения работ, востребованных студентами. Хорошо налаженная и качественная работа сайта, огромная база заданий и аудитория.
Отличный помощник
Отличный сайт с кучей полезных файлов, позволяющий найти много методичек / учебников / отзывов о вузах и преподователях.
Отлично помогает студентам в любой момент для решения трудных и незамедлительных задач
Хотелось бы больше конкретной информации о преподавателях. А так в принципе хороший сайт, всегда им пользуюсь и ни разу не было желания прекратить. Хороший сайт для помощи студентам, удобный и приятный интерфейс. Из недостатков можно выделить только отсутствия небольшого количества файлов.
Спасибо за шикарный сайт
Великолепный сайт на котором студент за не большие деньги может найти помощь с дз, проектами курсовыми, лабораторными, а также узнать отзывы на преподавателей и бесплатно скачать пособия.
Популярные преподаватели
Добавляйте материалы
и зарабатывайте!
Продажи идут автоматически
6439
Авторов
на СтудИзбе
306
Средний доход
с одного платного файла
Обучение Подробнее