Главная » Просмотр файлов » Конформационная динамика нуклеиновых кислот при взаимодействии с лигандами

Конформационная динамика нуклеиновых кислот при взаимодействии с лигандами (1098269), страница 45

Файл №1098269 Конформационная динамика нуклеиновых кислот при взаимодействии с лигандами (Конформационная динамика нуклеиновых кислот при взаимодействии с лигандами) 45 страницаКонформационная динамика нуклеиновых кислот при взаимодействии с лигандами (1098269) страница 452019-03-13СтудИзба
Просмтор этого файла доступен только зарегистрированным пользователям. Но у нас супер быстрая регистрация: достаточно только электронной почты!

Текст из файла (страница 45)

—Aug. — Vol. 251, no. 1. — Pp. 76–94.276. Parkinson G. N., Lee M. P. H., Neidle S. Crystal structure of parallel quadruplexes from human telomeric DNA // Nature. — 2002. — June. — Vol. 417,no. 6891. — Pp. 876–880.277. Parkinson G. N., Cuenca F., Neidle S. Topology conservation and loop flexibility in quadruplex-drug recognition: crystal structures of inter- and intramolecular telomeric DNA quadruplex-drug complexes // Journal of molecular biology. — 2008.

— Sept. — Vol. 381, no. 5. — Pp. 1145–1156.278. Ambrus A. [et al.] Solution structure of the biologically relevant G-quadruplexelement in the human c-MYC promoter. Implications for G-quadruplex stabilization // Biochemistry. — 2005. — Feb.

— Vol. 44, no. 6. — Pp. 2048–2058.298279. Phan A. T. [et al.] Small-molecule interaction with a five-guanine-tract Gquadruplex structure from the human MYC promoter // Nature chemical biology. — 2005. — Aug. — Vol. 1, no. 3. — Pp. 167–173.280. Hsu S.-T. D. [et al.] A G-rich sequence within the c-kit oncogene promoterforms a parallel G-quadruplex having asymmetric G-tetrad dynamics // Journal of the American Chemical Society. — 2009.

— Sept. — Vol. 131, no.37. — Pp. 13399–13409.281. Kuryavyi V., Phan A. T., Patel D. J. Solution structures of all parallel-strandedmonomeric and dimeric G-quadruplex scaffolds of the human c-kit2 promoter // Nucleic acids research. — 2010. — Oct. — Vol. 38, no. 19. —Pp. 6757–6773.282. Matsugami A. [et al.] An intramolecular quadruplex of (GGA)(4) triplet repeat DNA with a G:G:G:G tetrad and a G(:A):G(:A):G(:A):G heptad, and itsdimeric interaction // Journal of molecular biology. — 2001. — Oct. — Vol.313, no.

2. — Pp. 255–269.283. Phan A. T. [et al.] An interlocked dimeric parallel-stranded DNA quadruplex:a potent inhibitor of HIV-1 integrase // Proceedings of the National Academyof Sciences of the United States of America. — 2005. — Jan. — Vol. 102,no. 3. — Pp. 634–639.284. Kettani A. [et al.] Solution structure of a Na cation stabilized DNA quadruplex containing G-G-G-G and G-C-G-C tetrads formed by G-G-G-C repeatsobserved in adeno-associated viral DNA // Journal of molecular biology. —1998. — Sept. — Vol. 282, no. 3. — Pp.

619–636.285. Bouaziz S., Kettani A., Patel D. J. A K cation-induced conformational switchwithin a loop spanning segment of a DNA quadruplex containing G-G-G-C299repeats // Journal of molecular biology. — 1998. — Sept. — Vol. 282, no.3. — Pp. 637–652.286. Kettani A. [et al.] A two-stranded template-based approach to G.(C-A) triadformation: designing novel structural elements into an existing DNA framework // Journal of molecular biology. — 2000.

— Aug. — Vol. 301, no. 1. —Pp. 129–146.287. Smith F. W., Feigon J. Quadruplex structure of Oxytricha telomeric DNAoligonucleotides // Nature. — 1992. — Mar. — Vol. 356, no. 6365. — Pp. 164–168.288. Smith F. W., Feigon J. Strand orientation in the DNA quadruplex formed fromthe Oxytricha telomere repeat oligonucleotide d(G4T4G4) in solution // Biochemistry. — 1993.

— Aug. — Vol. 32, no. 33. — Pp. 8682–8692.289. Haider S. M., Parkinson G. N., Neidle S. Structure of a G-quadruplex-ligandcomplex // Journal of molecular biology. — 2003. — Feb. — Vol. 326, no.1. — Pp. 117–125.290. Campbell N. H. [et al.] Selectivity in ligand recognition of G-quadruplexloops // Biochemistry. — 2009. — Mar. — Vol. 48, no. 8.

— Pp. 1675–1680.291. Gill M. L., Strobel S. A., Loria J. P. 205Tl NMR methods for the characterization of monovalent cation binding to nucleic acids // Journal of the AmericanChemical Society. — 2005. — Nov. — Vol. 127, no. 47. — Pp. 16723–16732.292. Gill M. L., Strobel S. A., Loria J. P. Crystallization and characterization ofthe thallium form of the Oxytricha nova G-quadruplex // Nucleic acids research. — 2006. — Vol. 34, no. 16.

— Pp. 4506–4514.300293. Balkwill G. D. [et al.] Folding topology of a bimolecular DNA quadruplexcontaining a stable mini-hairpin motif within the diagonal loop // Journal ofmolecular biology. — 2009. — Feb. — Vol. 385, no. 5. — Pp. 1600–1615.294. Sket P., Crnugelj M., Plavec J. d(G3T4G4) forms unusual dimeric Gquadruplex structure with the same general fold in the presence of K+, Na+ orNH4+ ions // Bioorganic & medicinal chemistry. — 2004. — Nov.

— Vol. 12,no. 22. — Pp. 5735–5744.295. Crnugelj M., HudN. V., Plavec J. The solution structure ofd(G(4)T(4)G(3))(2): a bimolecular G-quadruplex with a novel fold // Journalof molecular biology. — 2002. — July. — Vol. 320, no. 5. — Pp. 911–924.296. Keniry M. A. [et al.] Solution structure of the Na+ form of the dimeric guaninequadruplex [d(G3T4G3)]2 // European journal of biochemistry / FEBS. —1995. — Oct.

— Vol. 233, no. 2. — Pp. 631–643.297. Parkinson G. N., Ghosh R., Neidle S. Structural basis for binding of porphyrinto human telomeres // Biochemistry. — 2007. — Mar. — Vol. 46, no. 9. —Pp. 2390–2397.298. Campbell N. H. [et al.] Structural basis of DNA quadruplex recognition byan acridine drug // Journal of the American Chemical Society. — 2008.

—May. — Vol. 130, no. 21. — Pp. 6722–6724.299. Kuryavyi V., Phan A. T., Patel D. J. Solution structures of all parallel-strandedmonomeric and dimeric G-quadruplex scaffolds of the human c-kit2 promoter // Nucleic acids research. — 2010. — Oct. — Vol. 38, no. 19. —Pp. 6757–6773.301300. Webba da Silva M. Association of DNA quadruplexes through G:C:G:Ctetrads. Solution structure of d(GCGGTGGAT) // Biochemistry. — 2003. —Dec. — Vol. 42, no. 49. — Pp. 14356–14365.301.

Kettani A. [et al.] A dimeric DNA interface stabilized by stackedA.(G.G.G.G).A hexads and coordinated monovalent cations // Journal ofmolecular biology. — 2000. — Mar. — Vol. 297, no. 3. — Pp. 627–644.302. Webba da Silva M. Experimental demonstration of T:(G:G:G:G):T hexad andT:A:A:T tetrad alignments within a DNA quadruplex stem // Biochemistry. —2005. — Mar. — Vol. 44, no. 10. — Pp.

3754–3764.303. Tuerk C., Gold L. Systematic evolution of ligands by exponential enrichment:RNA ligands to bacteriophage T4 DNA polymerase // Science (New York,N.Y.) — 1990. — Aug. — Vol. 249, no. 4968. — Pp. 505–510.304. Ikebukuro K. [et al.] A novel method of screening thrombin-inhibiting DNAaptamers using an evolution-mimicking algorithm // Nucleic Acids Research. — 2005. — Jan.

— Vol. 33, no. 12. — e108–e108.305. Schultze P., Macaya R. F., Feigon J. Three-dimensional solution structure ofthe thrombin-binding DNA aptamer d(GGTTGGTGTGGTTGG) // Journal ofmolecular biology. — 1994. — Feb. — Vol. 235, no. 5. — Pp. 1532–1547.306. Padmanabhan K. [et al.] The structure of alpha-thrombin inhibited by a15-mer single-stranded DNA aptamer // The Journal of biological chemistry. — 1993. — Aug. — Vol.

268, no. 24. — Pp. 17651–17654.307. Kelly J. A., Feigon J., Yeates T. O. Reconciliation of the X-ray and NMR structures of the thrombin-binding aptamer d(GGTTGGTGTGGTTGG) // Journalof molecular biology. — 1996. — Mar. — Vol. 256, no. 3. — Pp. 417–422.302308. Tasset D. M., Kubik M. F., Steiner W. Oligonucleotide inhibitors of human thrombin that bind distinct epitopes // Journal of molecular biology.

—1997. — Oct. — Vol. 272, no. 5. — Pp. 688–698.309. Pagano B. [et al.] Stability and binding properties of a modified thrombinbinding aptamer // Biophysical journal. — 2008. — Jan. — Vol. 94, no. 2. —Pp. 562–569.310. Fadrní E. [et al.] Molecular dynamics simulations of Guanine quadruplexloops: advances and force field limitations // Biophysical journal. — 2004. —July.

— Vol. 87, no. 1. — Pp. 227–242.311. Sponer J., Spackoví N. Molecular dynamics simulations and their applicationto four-stranded DNA // Methods (San Diego, Calif.) — 2007. — Dec. — Vol.43, no. 4. — Pp. 278–290.312. Fadrní E. [et al.] Single Stranded Loops of Quadruplex DNA As Key Benchmark for Testing Nucleic Acids Force Fields // Journal of Chemical Theoryand Computation.

— 2009. — Sept. — Vol. 5, no. 9. — Pp. 2514–2530.313. Haider S., Neidle S. Molecular modeling and simulation of G-quadruplexesand quadruplex-ligand complexes // Methods in molecular biology (Clifton,N.J.) — 2010. — Vol. 608. — Pp. 17–37.314.

Hazel P., Parkinson G. N., Neidle S. Predictive modelling of topology and loopvariations in dimeric DNA quadruplex structures // Nucleic acids research. —2006. — Vol. 34, no. 7. — Pp. 2117–2127.315. Cavallari M. [et al.] Stability and migration of metal ions in G4-wires bymolecular dynamics simulations // The journal of physical chemistry. B. —2006. — Dec. — Vol.

110, no. 51. — Pp. 26337–26348.303316. Cheatham T E 3., Cieplak P., Kollman P. A. A modified version of the Cornell et al. force field with improved sugar pucker phases and helical repeat //Journal of biomolecular structure & dynamics. — 1999. — Feb. — Vol. 16,no. 4. — Pp. 845–862.317. Wang J., Cieplak P., Kollman P. A. How well does a restrained electrostaticpotential (RESP) model perform in calculating conformational energies of organic and biological molecules? // Journal of Computational Chemistry. —2000. — Sept.

— Vol. 21, no. 12. — Pp. 1049–1074.318. Pérez A. [et al.] Refinement of the AMBER force field for nucleic acids: improving the description of alpha/gamma conformers // Biophysical journal. —2007. — June. — Vol. 92, no. 11. — Pp. 3817–3829.319. Pérez A., Luque F. J., Orozco M. Dynamics of B-DNA on the microsecondtime scale // Journal of the American Chemical Society. — 2007. — Nov. —Vol. 129, no. 47.

— Pp. 14739–14745.320. Byrd R. H. [et al.] A Limited Memory Algorithm for Bound Constrained Optimization // SIAM Journal on Scientific Computing. — 1995. — Sept. — Vol.16, no. 5. — Pp. 1190–1208.321. Ahmed H. U. [et al.] The determination of protonation states in proteins // Actacrystallographica. Section D, Biological crystallography. — 2007. — Aug. —Vol.

63, Pt 8. — Pp. 906–922.322. Stefl R. [et al.] Formation pathways of a guanine-quadruplex DNA revealedby molecular dynamics and thermodynamic analysis of the substates // Biophysical journal. — 2003. — Sept. — Vol. 85, no. 3. — Pp. 1787–1804.323. Russo Krauss I. [et al.] High-resolution structures of two complexes betweenthrombin and thrombin-binding aptamer shed light on the role of cations in304the aptamer inhibitory activity // Nucleic acids research. — 2012. — Sept.

Характеристики

Список файлов диссертации

Свежие статьи
Популярно сейчас
Зачем заказывать выполнение своего задания, если оно уже было выполнено много много раз? Его можно просто купить или даже скачать бесплатно на СтудИзбе. Найдите нужный учебный материал у нас!
Ответы на популярные вопросы
Да! Наши авторы собирают и выкладывают те работы, которые сдаются в Вашем учебном заведении ежегодно и уже проверены преподавателями.
Да! У нас любой человек может выложить любую учебную работу и зарабатывать на её продажах! Но каждый учебный материал публикуется только после тщательной проверки администрацией.
Вернём деньги! А если быть более точными, то автору даётся немного времени на исправление, а если не исправит или выйдет время, то вернём деньги в полном объёме!
Да! На равне с готовыми студенческими работами у нас продаются услуги. Цены на услуги видны сразу, то есть Вам нужно только указать параметры и сразу можно оплачивать.
Отзывы студентов
Ставлю 10/10
Все нравится, очень удобный сайт, помогает в учебе. Кроме этого, можно заработать самому, выставляя готовые учебные материалы на продажу здесь. Рейтинги и отзывы на преподавателей очень помогают сориентироваться в начале нового семестра. Спасибо за такую функцию. Ставлю максимальную оценку.
Лучшая платформа для успешной сдачи сессии
Познакомился со СтудИзбой благодаря своему другу, очень нравится интерфейс, количество доступных файлов, цена, в общем, все прекрасно. Даже сам продаю какие-то свои работы.
Студизба ван лав ❤
Очень офигенный сайт для студентов. Много полезных учебных материалов. Пользуюсь студизбой с октября 2021 года. Серьёзных нареканий нет. Хотелось бы, что бы ввели подписочную модель и сделали материалы дешевле 300 рублей в рамках подписки бесплатными.
Отличный сайт
Лично меня всё устраивает - и покупка, и продажа; и цены, и возможность предпросмотра куска файла, и обилие бесплатных файлов (в подборках по авторам, читай, ВУЗам и факультетам). Есть определённые баги, но всё решаемо, да и администраторы реагируют в течение суток.
Маленький отзыв о большом помощнике!
Студизба спасает в те моменты, когда сроки горят, а работ накопилось достаточно. Довольно удобный сайт с простой навигацией и огромным количеством материалов.
Студ. Изба как крупнейший сборник работ для студентов
Тут дофига бывает всего полезного. Печально, что бывают предметы по которым даже одного бесплатного решения нет, но это скорее вопрос к студентам. В остальном всё здорово.
Спасательный островок
Если уже не успеваешь разобраться или застрял на каком-то задание поможет тебе быстро и недорого решить твою проблему.
Всё и так отлично
Всё очень удобно. Особенно круто, что есть система бонусов и можно выводить остатки денег. Очень много качественных бесплатных файлов.
Отзыв о системе "Студизба"
Отличная платформа для распространения работ, востребованных студентами. Хорошо налаженная и качественная работа сайта, огромная база заданий и аудитория.
Отличный помощник
Отличный сайт с кучей полезных файлов, позволяющий найти много методичек / учебников / отзывов о вузах и преподователях.
Отлично помогает студентам в любой момент для решения трудных и незамедлительных задач
Хотелось бы больше конкретной информации о преподавателях. А так в принципе хороший сайт, всегда им пользуюсь и ни разу не было желания прекратить. Хороший сайт для помощи студентам, удобный и приятный интерфейс. Из недостатков можно выделить только отсутствия небольшого количества файлов.
Спасибо за шикарный сайт
Великолепный сайт на котором студент за не большие деньги может найти помощь с дз, проектами курсовыми, лабораторными, а также узнать отзывы на преподавателей и бесплатно скачать пособия.
Популярные преподаватели
Добавляйте материалы
и зарабатывайте!
Продажи идут автоматически
6451
Авторов
на СтудИзбе
305
Средний доход
с одного платного файла
Обучение Подробнее