Автореферат (Метод доминантного параметра в моделировании и анализе динамики биологических осцилляторов), страница 6
Описание файла
Файл "Автореферат" внутри архива находится в папке "Метод доминантного параметра в моделировании и анализе динамики биологических осцилляторов". PDF-файл из архива "Метод доминантного параметра в моделировании и анализе динамики биологических осцилляторов", который расположен в категории "". Всё это находится в предмете "физико-математические науки" из Аспирантура и докторантура, которые можно найти в файловом архиве СПбПУ Петра Великого. Не смотря на прямую связь этого архива с СПбПУ Петра Великого, его также можно найти и в других разделах. , а ещё этот архив представляет собой докторскую диссертацию, поэтому ещё представлен в разделе всех диссертаций на соискание учёной степени доктора физико-математических наук.
Просмотр PDF-файла онлайн
Текст 6 страницы из PDF
Сложность моделирования нейрональных и нейроподобных систем связано прежде всего сих большой размерностью, что обычно приводит к построению громоздкихсложных моделей (уравнения типа Ходжкина-Хаксли, Моррис-Лекара и др.)с большим количеством параметров и переменных, среди которых довольно21сложно выбрать один или несколько доминантных. Также в таких моделях довольно сложно “проследить” за динамикой установления различных синхронных режимов и объяснить биофизические механизмы, лежащие в основе ихвозникновения. Имеет смысл в этом случае идти в двух направлениях: сокращать сеть до минимального модуля, который может генерировать режимы,описанные в эксперименте, и каждый элемент описывать более простыми моделями, которые не учитывают всего континуума параметров и переменных,зато позволяют не только описать динамику, но и объяснить наблюдаемые вэксперименте явления.В частности, была рассмотрена нейрональная сеть гиппокампа (отделмозга, отвечающий за когнитивные процессы, память, хранение и передачуинформации32 , 33 , 34 ), генерирующая различные осцилляторные режимы и демонстрирующая три синхронных режима, наиболее исследованных в гиппокампальной области СА3: тета (2-10 Гц), гамма (30-65 Гц) и смешанный режим тета-гамма, где наблюдается модуляция высокочастотных ритмов медленными осцилляциями.35 , 36 Между режимами также могут быть переключения, обусловленные как варьированием характеристик связанных нейронов,так и изменением начальных условий.37 , 38 , 39 .Ранее была создана модель39 , описывающая данную сеть, состоящую издвух „медленных“ и трех „быстрых“ нейронов (частота их осцилляций определялась биологическими характеристиками) и генерирующую описанные выше режимы.
Модель состояла из 41 уравнения (по типу Ходжкина-Хаксли)и более чем 80 параметров и переменных; переключения между режимамизадавались параметрами силы связи между всеми нейронами и сдвигом фазмежду медленными клетками, который задавался специально выбранныминачальными условиями. Важно отметить, что при установлении синхронныхрежимов гамма или тета-гамма период спайков медленных клеток практически не менялся, то есть синхронный режим устанавливался между “быстрыми” клетками.32 J. O’Keefe and M. L. Recce, Phase relationship between hippocampal place units and the eeg theta-rhythm,Hippocampus 3, 317 (1993)33 G.
Buzsaki, Theta oscillations in the hippocampus, Neuron 33, 325 (2002)34 K. D. Harris, J. Csicsvari, H. Hirase, G. Dragoi and G. Buzsaki, Organization of cell assemblies in thehippocampus, Nature 424, 552 (2003).35 T. Gloveli, T. Dugladze, S. Saha, H. Monyer, U. Heinemann,R. D. Traub, M. A. Whittington, E.H. Buhl,Differential involvement of oriens/pyramidale interneurones in hippocampal network oscillations in vitro,J.
Physiol. 562.1, 131 (2005)36 N. Hajos, O. Paulsen, Network mechanisms of gamma oscillations in the CA3 region of the hippocampusNeuronal Networks 22, 1113 (2009)37 F. Froehlich, T. J. Sejnowski, M. Bazhenov, Network Bistability Mediates Spontaneous Transitionsbetween Normal and Pathological Brain States, J. Neuroscience 30, 10734 (2010).38 J. I.
Kass, I. M. Mintz, Silent plateau potentials, rhythmic bursts, and pacemaker firing: three patternsof activity that coexist in quadristable subthalamic neurons, PNAS 103, 183 (2006)39 T. Gloveli, T. Dugladze, H. G. Rotstein, R. D. Traub, H. Monyer, U. Heinemann, M. A. Whittington,N. J. Kopell, Orthogonal arrangement of rhythm-generating microcircuits in the hippocampus, PNAS 102,13295 (2005)22GLРис. 7.GL1P2PМинимальная гиппокампальнаянейросеть1,2 :„медленные“ OLM клетки;„быстрые“ клетки:ка и –пирамидальная клет– корзинчатая клетка. Стрелкамиобозначены направления связей; чернымиL1GPL1PGPLL22кружками обозначены синапсы. Плюсыактиваторнаясинаптическаясвязь,минусы– ингибиторные синапсы. СинаптичеGPBские связи характеризуются максимальGBPGLGBLInput signal I extными проводимостямиGL1B2BB1GBLпульс .Внешний имактивирует только пирамидальную клетку.2В данной работе рассматривается существенно редуцированная модель,где: 1) количество элементов в сети было уменьшено до четырех, 2) каждыйнейрон описывался с помощью модели ФитцХью-Нагумо (ФХН),которая является упрощенным (однако более удобным и физичным) аналогом уравнений Ходжкина-Хаксли.
Как показано на рисунке 7, нейрональная сеть уменьшена до 4 главных элементов, где пирамидальный „быстрый“ нейрон ( ) активирует всех, а остальные клетки ингибируют его и друг друга, связи неттолько между „медленными“ специфическими для гиппокампа 33 клетками (1 , 2 ). Все клетки контактируют между собой за счет химическихконтактов- синапсов, сила связи которых определяется их максимальнымипроводимостями , где , = 1 , 2 , , (и =0). В минимальном модуле была оставлена только одна корзинчатая клетка ( ), однако, чтобы учестьразличие между прямым и перекрестным взаимодействием между и клетками, была введена асимметрия в связи от к 1 , 2 нейронам, что подразумевает 1 ̸= 2 .
Уравнения ФХН (в безразмерных переменных ипараметрах), описывающие каждый элемент в сети будут записываться следующим образом:∑︁3()= −− + ext , +syn,3= ( + − ).(10)где мембранный потенциал -ой клетки (то есть = 1 , 2 , , ), и - мембранная переменная (соответствует суммарному ионному току при возбуждении нейрональной мембраны).
Значения параметров =0.5 и =0.8 близкик значениям, полученным в оригинальной статье ФитцХью-Нагумо.40 Число40 Mathematical models of excitation and propagation in nerve, inSchwan (McGraw-Hill Book Co., N.Y. 1969), Chap. 1, p. 1.23Biological Engineering, edited by H.P.Кронекера , указывает на то, что только пирамидальная клетка возбуждается внешним импульсом ext . Параметр в модели ФХН определяет частотуколебаний в изолированном осцилляторе и прямо пропорционален ей, соответственно для “медленных” клеток =0.04, для быстрых =0.3.
Синаптический()ток syn в (10) – это ток, направленный от клетки к клетке – определяет()ся как syn = (ex,in − ) и управляется кинетикой синапсов, в общемслучае которую можно представить как: 41(︂)︂=1 + tanh(1 − ) − ,2(11)где ()-синаптическая переменная (обозначает суммарный ток через синапсы), =1, =0.3 и =0.1 параметры синаптического спайка, определяющиеоткрытие и закрытие синапсов и полученные фиттированием экспериментальных данных; активаторная и ингибиторная связь определяются потенциалом ex,in , который равен 0 и -5 соответственно. Таким образом, системасостоит из 12 уравнений, которые включают 8 уравнений ФХН и 4 для синаптической переменной.1vPvP10-10100200t3004005001,2vLvL1,20100200t3004005000100200t3004005000-1-1Рис. 8.011(a)0-10100200t300400(b)500Динамические режимы при варьировании =0.035;Правая панель (b) тета-гамма ритм, .Левая панель (а) гамма ритм, =0.05; -изменениемембранногопотенциала пирамидальной клетки (колебания синфазны с корзинчатой клеткой),1,2 -1 ; голубая пунктиром: 2 .
Сдвиггамма ритма 2/3, в случае тета-гаммаизменения потенциалов OLM клеток, где красная линия:Δ между „медленными“-Δ=0; -времяфазнейронами в случаеКак было сказано, возникновение различных синхронных режимов, атакже переключение между ними управляется силой связи между элементами сети, и в таком редуцированном модуле было бы логично рассмотретьмодулирующее влияние медленной подсистемы (1 , 2 клетки) на быструю( и клетки), что подразумевает выделение доминантного параметрасилы ингибиторной связи ( 1 = 2 = ) между нейронами и пирамидальной клеткой . Остальные параметры связи ( ) выбира41 N.Kopell, C. Borgers, D. Pervouchine, P.
Malerba, A. Tort, Gamma and Theta Rhythms in BiophysicalModels of Hippocampal Circuits, In: Hippocampal Microcircuits: A Computational Modeller’s Resource Book.24лись в диапазоне, определенным в экспериментальных измерениях и былификсированы: = 0.7, = 0.57, =0.1, 1 =0.06, 2 =0.03 и1 = 2 =0.01. Значение входящего импульса ext = 0.43 выбиралось изинтервала 0.02 < ext < 1.1, где стационарное состояние теряет устойчивостьи возникает устойчивый предельный цикл.
Надо отметить, что варьированиедоминантного параметра не влияет на границы данного интервала.Колебания типа гамма (интерспайковый интервал ISI=14.73) наблюдаются при низких значениях (рис. 8а), при дальнейшем постепенномувеличении параметра в интервале 0.0724 < < 0.0734 режим трансформируется и преобразуется в тета (ISI=35.94) и существует в диапазоне0.1 < < 3,что говорит о том, что два этих режима принадлежат одномуи тому же семейству решений. В случае же тета-гамма ритма, ветвь решенийизолирована в параметрическом пространстве и начинается с колебаний смешанного типа (mixe-mode) при =0.0362, но уже =0.0363 устанавливается характерный ритм (см.
рис. 8b); при =2.274 предельный цикл, соотвествующий тета-гамма колебаниям исчезает за счет седло-узловой бифуркации, и устанавливается тета ритм (рис. 9). Таким образом, при достаточРис.vP19.Переключениетета-гамма0итета =2.274. -изменение-2ного0100200t300400500примембранпирамидальнойклетки (колебания синфазны с корзинчатой клеткой),1vL1,2ритмами-1потенциаламежду1,2 -измененияпотенциалов OLM клеток, где крас01 ; голубая пунктиром:фаз Δ = ; -времяная линия:-12 .-20100200t300400Сдвиг500но больших значениях наблюдается сосуществование двух аттракторовтета-гамма и тета, и следующим шагом было исследование чувствительностисистемы к изменению начальных условий (начальные значения менялись от2 до -2, что соответствует минимуму и максимуму переменной мембранногопотенциала). Было показано, что система наиболее чувствительна к изменениям начальных значений мембранного потенциала и мембранной переменной„медленных“ нейронов, при этом, тета-гамма режим существует достаточно вузком интервале изменения начальных условий по сравнению с областью существования тета ритма.
Надо отметить, что установление каждого режимасопровождается сдвигом фаз медленных клеток, который определяется неспециально созданными начальными условиями, а за счет асимметрии связей между и 1 ,2 клетками. Было показано, что при полной симметриисвязей (1 = 2 =0.03) существуют несколько аттракторов типа гаммаколебаний при низких значениях , они характеризуются разными сдвигами фаз у медленных клеток: 1) Δ = 0 2)Δ = 2/3, однако последний25существует двух типов, первый, 1 клетка опережает вторую, и второй, гденаблюдается зеркальное отображение.
Все они устойчивы, однако, при увеличении 2 , рост бассейна притяжения режима с лидирующей 1 происходитза счет двух других бассейнов, в результате остается только один, рассмотренный выше. При больших значениях тета-гамма режим исчезает в результатепитчфорк бифуркации при =2.014. Также симметрия в 1,2 приводит кпонижению пороговых значений мембранного потенциала 1,2 необходимыхдля возникновения спайков клеток.В принципе, возникает вопрос, можно ли редуцировать еще больше такой минимальный модуль, однако численные исследования показали, что подобная редукция с последовательным удалением элементов приводит либо куничтожению одного из режимов, либо к зависимости возникновения ритмовот начальных условий, что противоречит экспериментальным данным.